More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1520 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007514  Cag_1377  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  64.64 
 
 
538 aa  717    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1520  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  100 
 
 
526 aa  1073    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0002199  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1089  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  82.89 
 
 
526 aa  894    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.150639  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0967  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  81.75 
 
 
526 aa  896    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1850  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  46.04 
 
 
527 aa  434  1e-120  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0014  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  44.59 
 
 
526 aa  429  1e-119  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00744014  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0010  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  45.17 
 
 
527 aa  428  1e-118  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.155189  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2164  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  44.32 
 
 
534 aa  423  1e-117  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1231  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.69 
 
 
529 aa  419  1e-116  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.325344  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1543  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.18 
 
 
527 aa  414  1e-114  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00623773  hitchhiker  0.0000362163 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2385  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.4 
 
 
523 aa  411  1e-113  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.917938  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2694  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.52 
 
 
528 aa  406  1.0000000000000001e-112  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2601  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.52 
 
 
528 aa  405  1.0000000000000001e-112  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.159181  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1262  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.14 
 
 
528 aa  405  1e-111  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2506  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.81 
 
 
528 aa  403  1e-111  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000305441 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0896  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.37 
 
 
527 aa  402  1e-111  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.643854  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0439  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42 
 
 
532 aa  403  1e-111  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0587451  normal  0.906143 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0012  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.67 
 
 
526 aa  404  1e-111  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.578759  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1018  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.37 
 
 
527 aa  402  1e-111  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000000612711 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0020  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.35 
 
 
525 aa  399  9.999999999999999e-111  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.173691  hitchhiker  0.000002432 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3063  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.06 
 
 
528 aa  402  9.999999999999999e-111  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.737613  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0616  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.28 
 
 
528 aa  395  1e-109  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.640549 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2680  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.35 
 
 
540 aa  394  1e-108  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3649  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.28 
 
 
526 aa  395  1e-108  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0277903  normal  0.752498 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2138  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.88 
 
 
525 aa  392  1e-107  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1423  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.54 
 
 
527 aa  389  1e-107  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1202  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.05 
 
 
528 aa  387  1e-106  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.661102  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2125  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.03 
 
 
531 aa  386  1e-106  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000018587  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2650  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.36 
 
 
528 aa  384  1e-105  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1436  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.61 
 
 
524 aa  384  1e-105  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2813  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.89 
 
 
532 aa  383  1e-105  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1760  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.66 
 
 
531 aa  383  1e-105  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1501  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.31 
 
 
546 aa  384  1e-105  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1826  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.42 
 
 
529 aa  384  1e-105  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.94456 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4106  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.63 
 
 
529 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.885327  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4789  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.33 
 
 
529 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4340  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.42 
 
 
526 aa  381  1e-104  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3905  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.86 
 
 
529 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3161  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.38 
 
 
532 aa  380  1e-104  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4685  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.89 
 
 
525 aa  381  1e-104  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.436149 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1224  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.95 
 
 
523 aa  381  1e-104  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1269  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.85 
 
 
529 aa  382  1e-104  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0254425 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2827  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.09 
 
 
546 aa  377  1e-103  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0039  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.24 
 
 
525 aa  377  1e-103  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00530837  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1431  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.85 
 
 
523 aa  376  1e-103  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0875304 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2150  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.78 
 
 
528 aa  378  1e-103  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.204731  normal  0.434509 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3375  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.14 
 
 
652 aa  378  1e-103  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1315  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.15 
 
 
529 aa  378  1e-103  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.357791 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3486  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.65 
 
 
531 aa  376  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.158391 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0259  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.96 
 
 
529 aa  372  1e-102  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2968  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.96 
 
 
529 aa  373  1e-102  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0527  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.83 
 
 
528 aa  373  1e-102  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.209223  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2156  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.14 
 
 
526 aa  373  1e-102  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2618  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.6 
 
 
531 aa  373  1e-102  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.497758  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3021  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.08 
 
 
531 aa  375  1e-102  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.487247 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0639  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.39 
 
 
535 aa  374  1e-102  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.295873 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3595  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.78 
 
 
531 aa  372  1e-102  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.86096  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3759  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.46 
 
 
526 aa  370  1e-101  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000435115  normal  0.110256 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1887  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.06 
 
 
528 aa  372  1e-101  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2428  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.84 
 
 
525 aa  371  1e-101  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3192  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.02 
 
 
531 aa  371  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1119  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.16 
 
 
529 aa  369  1e-101  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.480596  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2377  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.84 
 
 
525 aa  371  1e-101  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0077  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.09 
 
 
528 aa  370  1e-101  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15401  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.4 
 
 
528 aa  371  1e-101  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0931759  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15551  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.21 
 
 
528 aa  369  1e-101  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1685  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.06 
 
 
533 aa  365  1e-100  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.447631  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6798  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.47 
 
 
531 aa  366  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.902777  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1452  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.4 
 
 
528 aa  367  1e-100  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0786  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.8 
 
 
527 aa  367  1e-100  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4467  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.16 
 
 
526 aa  366  1e-100  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0468875  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1629  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.06 
 
 
533 aa  365  1e-100  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_05241  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.83 
 
 
528 aa  367  1e-100  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15151  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.21 
 
 
528 aa  365  1e-99  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4196  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.62 
 
 
527 aa  364  2e-99  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1229  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.87 
 
 
533 aa  364  3e-99  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.270378  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0660  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.65 
 
 
535 aa  363  3e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.288846 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4778  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.46 
 
 
527 aa  363  4e-99  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.801669 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3620  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.71 
 
 
525 aa  363  5.0000000000000005e-99  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.737909  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1376  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.86 
 
 
528 aa  362  8e-99  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0672  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.65 
 
 
535 aa  362  8e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.472751  normal  0.0431754 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3521  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.54 
 
 
529 aa  362  8e-99  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.598848  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0926  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.57 
 
 
528 aa  362  9e-99  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2378  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.4 
 
 
541 aa  362  1e-98  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0367603  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2852  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.4 
 
 
527 aa  360  2e-98  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00180336  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17821  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.57 
 
 
528 aa  360  3e-98  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.877269 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0432  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.53 
 
 
524 aa  359  7e-98  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3100  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.62 
 
 
525 aa  358  9e-98  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.659114 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0710  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.21 
 
 
542 aa  358  1.9999999999999998e-97  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.196237  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11540  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.86 
 
 
527 aa  358  1.9999999999999998e-97  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00507142  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2197  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.89 
 
 
525 aa  357  1.9999999999999998e-97  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000367655  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0261  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.52 
 
 
531 aa  357  2.9999999999999997e-97  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0835  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.73 
 
 
523 aa  355  1e-96  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2306  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.56 
 
 
531 aa  355  1e-96  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.551653  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0020  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.24 
 
 
531 aa  355  1e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6394  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.1 
 
 
531 aa  354  2e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.224939 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1352  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.24 
 
 
534 aa  355  2e-96  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0837  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.69 
 
 
527 aa  354  2e-96  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.746889  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1821  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.5 
 
 
523 aa  354  2e-96  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3637  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.02 
 
 
529 aa  353  4e-96  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>