291 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1456 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_1456  type III restriction protein res subunit  100 
 
 		 932 aa  1920    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1523  DEAD/DEAH box helicase-like  75.37 
 
 		 936 aa  1476    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4243  type III restriction protein res subunit  76.18 
 
 		 933 aa  1477    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1128  type III restriction enzyme, res subunit  97.21 
 
 		 932 aa  1869    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2724  type III restriction protein res subunit  79.57 
 
 		 936 aa  1548    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0388  type III restriction protein res subunit  39.3 
 
 		 907 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000267171 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1094  type III restriction enzyme, res subunit  36.37 
 
 		 945 aa  585  1.0000000000000001e-165  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.5514  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3202  type III restriction protein res subunit  35.44 
 
 		 1133 aa  536  1e-151  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1034  type III restriction protein res subunit  35.39 
 
 		 1126 aa  527  1e-148  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0485696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1238  hypothetical protein  35.71 
 
 		 1131 aa  514  1e-144  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4808  type III restriction enzyme, res subunit  35.78 
 
 		 1137 aa  509  1e-143  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.564367  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2877  type III restriction protein res subunit  35.83 
 
 		 1137 aa  504  1e-141  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4712  type III restriction enzyme, res subunit  35.78 
 
 		 1137 aa  505  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0160  type III restriction enzyme, res subunit  34.73 
 
 		 1137 aa  495  9.999999999999999e-139  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0444998  normal  0.740458 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0803  type III restriction enzyme, res subunit  33.93 
 
 		 1137 aa  465  1e-129  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.874877  normal  0.710753 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2026  type III restriction enzyme, res subunit  32.73 
 
 		 1138 aa  464  1e-129  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000476841 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3175  type III restriction protein res subunit  34.16 
 
 		 1115 aa  462  9.999999999999999e-129  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1062  type III restriction enzyme, res subunit  33.47 
 
 		 1138 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0725  type III restriction protein res subunit  42.9 
 
 		 1005 aa  449  1e-125  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.147192 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3537  type III restriction enzyme, res subunit  34.35 
 
 		 1130 aa  447  1.0000000000000001e-124  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.244688  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3004  type III restriction protein res subunit  32.78 
 
 		 1129 aa  429  1e-119  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.385036  normal  0.0400425 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2422  type III restriction enzyme, res subunit  32.38 
 
 		 1119 aa  416  1e-114  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.567699  normal  0.274661 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03609  Type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit and related helicase  32.98 
 
 		 1141 aa  416  1e-114  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0516  type I restriction-modification system R subunit (endonuclease)  33.65 
 
 		 1115 aa  405  1e-111  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0197  type III restriction protein res subunit  33.12 
 
 		 1125 aa  394  1e-108  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000621753 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1171  type III restriction enzyme, res subunit  31.84 
 
 		 912 aa  392  1e-107  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.145829  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4190  type III restriction protein res subunit  31.72 
 
 		 1233 aa  381  1e-104  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1432  type III restriction protein, res subunit  31.86 
 
 		 1108 aa  370  1e-101  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0902  Type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit related helicase  30.42 
 
 		 1113 aa  363  1e-98  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.164801  hitchhiker  0.00000563993 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3394  putative restriction modification enzyme R subunit protein  29.86 
 
 		 954 aa  325  2e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1025  type III restriction enzyme, res subunit  35.7 
 
 		 753 aa  291  4e-77  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0129  type III restriction protein res subunit  29.79 
 
 		 846 aa  216  9.999999999999999e-55  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.042937  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0896  type III restriction enzyme, res subunit  27.74 
 
 		 845 aa  205  4e-51  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1672  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  31.66 
 
 		 1080 aa  197  7e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0853  type III restriction enzyme, res subunit  30.83 
 
 		 921 aa  197  1e-48  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.237382  normal  0.0361479 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3671  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  29.95 
 
 		 1174 aa  195  3e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1537  type III restriction protein res subunit  31.67 
 
 		 776 aa  192  2e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3274  type I site-specific deoxyribonuclease  25.1 
 
 		 917 aa  190  1e-46  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.3318 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0087  type III restriction enzyme, res subunit  29.17 
 
 		 925 aa  189  3e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.517588  n/a   
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5278  type III restriction protein res subunit  29.33 
 
 		 899 aa  188  3e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0509  type III restriction enzyme, res subunit  29.24 
 
 		 918 aa  187  8e-46  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0731  type III restriction enzyme, res subunit  29.37 
 
 		 899 aa  185  3e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4267  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  30.18 
 
 		 1188 aa  185  4.0000000000000006e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2963  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  29.38 
 
 		 1167 aa  184  6e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1495  type III restriction enzyme, res subunit  29.62 
 
 		 931 aa  183  1e-44  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2990  EcoEI R domain protein  28.7 
 
 		 875 aa  180  1e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2892  type III restriction protein res subunit  30.41 
 
 		 583 aa  178  5e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0810  DEAD/DEAH box helicase-like  29.43 
 
 		 797 aa  178  5e-43  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.135985  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1205  hypothetical protein  30.39 
 
 		 919 aa  177  6e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.326173  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1637  Type I site-specific deoxyribonuclease  30.03 
 
 		 804 aa  176  1.9999999999999998e-42  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.000133951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1993  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  28.32 
 
 		 1082 aa  176  1.9999999999999998e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000937848  normal  0.215415 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2096  type III restriction protein res subunit  30.14 
 
 		 889 aa  176  2.9999999999999996e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0226  type III restriction protein res subunit  30.2 
 
 		 760 aa  174  5.999999999999999e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4457  EcoEI R domain protein  29.51 
 
 		 771 aa  174  6.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3601  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.71 
 
 		 1137 aa  174  1e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1575  type I restriction-modification system, R subunit  29.56 
 
 		 760 aa  172  3e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1134  EcoEI R domain-containing protein  28.85 
 
 		 780 aa  171  5e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.122502  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1416  EcoEI R domain protein  30.46 
 
 		 800 aa  171  5e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3512  type III restriction protein res subunit  28.51 
 
 		 924 aa  171  9e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1475  type I restriction-modification system, R subunit  28.88 
 
 		 761 aa  169  2e-40  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1895  EcoEI R domain-containing protein  29.94 
 
 		 780 aa  169  2.9999999999999998e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0749811  hitchhiker  0.00699891 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1283  EcoEI R domain-containing protein  28.88 
 
 		 765 aa  167  1.0000000000000001e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5861  type III restriction enzyme domain protein  29.35 
 
 		 810 aa  164  6e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2656  EcoEI R domain protein  31.06 
 
 		 811 aa  164  1e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6047  type I restriction-modification system subunit R  28.57 
 
 		 788 aa  162  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.494965  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1976  EcoEI R domain-containing protein  30.06 
 
 		 825 aa  162  3e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.411939  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0840  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  28.06 
 
 		 1068 aa  161  4e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.473643  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1670  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  28.15 
 
 		 1169 aa  162  4e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.225795  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0344  type I restriction-modification system, R subunit  28.99 
 
 		 770 aa  160  9e-38  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.00000108762  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4882  type I restriction enzyme EcoEI R protein  29.28 
 
 		 809 aa  160  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0843  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.23 
 
 		 1068 aa  159  2e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.76009e-28 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4614  EcoEI R domain-containing protein  28.57 
 
 		 790 aa  159  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000837819 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1098  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.79 
 
 		 1124 aa  159  2e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04216  endonuclease R  28.26 
 
 		 1170 aa  158  4e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3651  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.4 
 
 		 1126 aa  158  4e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.408969 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02066  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  28.97 
 
 		 1157 aa  158  4e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3779  type III restriction enzyme, res subunit  27.95 
 
 		 803 aa  158  5.0000000000000005e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2867  EcoEI R domain-containing protein  27.89 
 
 		 821 aa  158  5.0000000000000005e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3852  type III restriction enzyme, res subunit  27.95 
 
 		 803 aa  158  5.0000000000000005e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.345387  normal  0.793201 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0616  Type I site-specific deoxyribonuclease  29.63 
 
 		 783 aa  158  5.0000000000000005e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0683  type I restriction-modification system, R subunit  28.52 
 
 		 784 aa  156  2e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0824  EcoEI R domain-containing protein  29 
 
 		 783 aa  156  2e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0832  EcoEI R domain protein  28.52 
 
 		 784 aa  156  2e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.916446  normal  0.633032 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2408  type III restriction enzyme, res subunit  27.26 
 
 		 907 aa  155  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4932  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.11 
 
 		 1169 aa  155  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2499  DEAD/DEAH box helicase-like  27.09 
 
 		 793 aa  155  4e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0539678  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3028  hypothetical protein  27.5 
 
 		 796 aa  155  5e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.194288  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02070  type I restriction enzyme EcoAI R protein  27.71 
 
 		 793 aa  154  5e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0503  EcoEI R domain-containing protein  28.29 
 
 		 824 aa  154  5e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000156579  normal  0.0688429 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3568  type III restriction protein res subunit  27.96 
 
 		 802 aa  154  5.9999999999999996e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.427174  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1234  type III restriction enzyme, res subunit  28.74 
 
 		 829 aa  154  7e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3086  Type I site-specific deoxyribonuclease  31.19 
 
 		 813 aa  152  2e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.461628  normal  0.442211 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20230  EcoEI R domain protein  28.36 
 
 		 770 aa  152  3e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.601124  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1193  EcoEI R domain protein  29.26 
 
 		 827 aa  151  7e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.325861  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2618  EcoEI R domain-containing protein  29.26 
 
 		 817 aa  150  9e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0707543 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4740  type I restriction-modification system, R subunit  27.94 
 
 		 787 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00141278 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1255  DEAD/DEAH box helicase  26.97 
 
 		 811 aa  149  2.0000000000000003e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171092  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1309  EcoEI R domain-containing protein  29.11 
 
 		 824 aa  149  3e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0352  EcoEI R domain-containing protein  26.81 
 
 		 791 aa  149  3e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3273  hypothetical protein  27.8 
 
 		 776 aa  147  9e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.246841 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>