155 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1452 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_1452  restriction modification system DNA specificity domain  100 
 
 
392 aa  814  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0462219  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4189  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.42 
 
 
401 aa  216  5e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1526  restriction endonuclease S subunits-like  40.14 
 
 
386 aa  174  3e-42  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  31.4 
 
 
397 aa  154  2e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1131  restriction modification system DNA specificity subunit  36.45 
 
 
413 aa  154  3e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2726  restriction modification system DNA specificity subunit  35.16 
 
 
500 aa  150  5e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  28.61 
 
 
393 aa  143  6e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  24.87 
 
 
402 aa  142  1e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0844  restriction endonuclease S subunits-like protein  32.78 
 
 
386 aa  140  4e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4240  Restriction endonuclease S subunits-like protein  35.09 
 
 
436 aa  137  3e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3569  restriction modification system DNA specificity domain  31.34 
 
 
395 aa  135  1e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0185936  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3382  restriction modification system DNA specificity subunit  39.41 
 
 
485 aa  120  3e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  27.85 
 
 
402 aa  120  3e-26  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1536  hypothetical protein  32.75 
 
 
380 aa  119  1e-25  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00344436  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  26.85 
 
 
392 aa  119  1e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2893  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.96 
 
 
237 aa  117  3e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03610  type I site-specific deoxyribonuclease  27.17 
 
 
360 aa  116  7e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0870  restriction modification system DNA specificity subunit  39.1 
 
 
195 aa  116  7e-25  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.33 
 
 
433 aa  112  1e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  6.77276e-06 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3180  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.05 
 
 
390 aa  110  6e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2852  restriction endonuclease S subunits-like protein  35.15 
 
 
412 aa  108  1e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0584008 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1087  restriction modification system DNA specificity subunit  27.15 
 
 
437 aa  107  5e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0762586  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2740  type I restriction-modification system, S subunit, truncation  38 
 
 
162 aa  105  2e-21  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0987272  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  24.94 
 
 
387 aa  103  5e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2028  restriction modification system DNA specificity subunit  26.11 
 
 
391 aa  101  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000400239 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  33.9 
 
 
435 aa  100  5e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0599  type I restriction-modification system, S subunit  38.93 
 
 
458 aa  99.4  9e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  25.51 
 
 
400 aa  97.4  4e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0515  type I restriction-modification system (specificity subunit)  28.19 
 
 
263 aa  96.7  7e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1260  restriction modification system DNA specificity subunit  24.25 
 
 
385 aa  95.9  1e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0804  restriction modification system DNA specificity subunit  25.3 
 
 
368 aa  95.1  2e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.526121  normal  0.427419 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0727  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.62 
 
 
400 aa  95.5  2e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0968972 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2249  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.35 
 
 
384 aa  95.1  2e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.153937  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3515  restriction modification system DNA specificity domain  31.34 
 
 
514 aa  91.7  2e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  32.88 
 
 
180 aa  89  1e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0307222  normal  0.460019 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4462  restriction modification system DNA specificity subunit  31.43 
 
 
349 aa  88.2  2e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1093  restriction modification system DNA specificity subunit  26.17 
 
 
394 aa  87.8  3e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.614941  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2875  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.95 
 
 
390 aa  85.9  1e-15  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1502  restriction modification system DNA specificity domain  24.6 
 
 
393 aa  85.9  1e-15  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4714  restriction modification system DNA specificity domain  24.15 
 
 
380 aa  84.3  3e-15  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.232226  normal 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  26.53 
 
 
426 aa  81.6  2e-14  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  24.92 
 
 
436 aa  81.3  3e-14  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3010  restriction endonuclease S subunits-like protein  27.02 
 
 
388 aa  80.5  5e-14  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.116402  normal  0.20864 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1398  restriction modification system DNA specificity subunit  34.34 
 
 
557 aa  78.2  2e-13  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1027  restriction modification system DNA specificity subunit  23.72 
 
 
420 aa  75.1  2e-12  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4139  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.51 
 
 
238 aa  74.7  2e-12  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1015  restriction modification system DNA specificity subunit  28.65 
 
 
575 aa  74.7  3e-12  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2869  type I restriction-modification system, S subunit  31.1 
 
 
448 aa  73.9  4e-12  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0947716  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0899  restriction endonuclease S subunit  22.15 
 
 
396 aa  72.8  1e-11  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  6.81459e-08  hitchhiker  1.69581e-06 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1433  restriction modification system DNA specificity subunit  23.75 
 
 
372 aa  72.8  1e-11  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  28 
 
 
476 aa  72.4  1e-11  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 
429 aa  71.6  2e-11  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0198  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.48 
 
 
386 aa  70.9  4e-11  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.719886  decreased coverage  0.000218103 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  26.14 
 
 
390 aa  70.9  4e-11  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  2.69296e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1037  restriction modification system DNA specificity domain  25.34 
 
 
364 aa  70.5  5e-11  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0890662  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  24.61 
 
 
453 aa  69.7  9e-11  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2226  restriction modification system DNA specificity subunit  27.54 
 
 
451 aa  68.9  1e-10  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.890862  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0390  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.68 
 
 
642 aa  69.3  1e-10  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  2.19621e-05 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3267  restriction modification system DNA specificity subunit  32.3 
 
 
557 aa  67.8  3e-10  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0920403  decreased coverage  0.00535253 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2409  restriction modification system DNA specificity subunit  26.12 
 
 
442 aa  63.9  4e-09  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.39474  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2665  type I restriction-modification system specificity subunit  23.86 
 
 
446 aa  63.2  7e-09  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0650221  normal  0.332066 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  22.84 
 
 
464 aa  62.4  1e-08  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  23.23 
 
 
425 aa  62.4  1e-08  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.27 
 
 
495 aa  62  2e-08  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3144  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.01 
 
 
412 aa  62.4  2e-08  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.527027  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4810  putative type I restriction-modification system specificity subunit  24.04 
 
 
360 aa  62  2e-08  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0162  restriction modification system DNA specificity subunit  22.74 
 
 
383 aa  61.6  2e-08  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.323401 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  32.63 
 
 
511 aa  62  2e-08  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  24.75 
 
 
429 aa  61.2  3e-08  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.59 
 
 
464 aa  60.8  4e-08  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3227  restriction modification system DNA specificity subunit  29.37 
 
 
575 aa  60.5  5e-08  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0005  restriction modification system DNA specificity domain protein  25 
 
 
378 aa  59.7  8e-08  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  21.93 
 
 
432 aa  59.7  9e-08  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0446  restriction modification system DNA specificity subunit  24.64 
 
 
434 aa  58.9  1e-07  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  8.07768e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0605  restriction modification system DNA specificity subunit  23.49 
 
 
453 aa  58.5  2e-07  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.29 
 
 
471 aa  58.9  2e-07  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0637  restriction modification system DNA specificity domain  25 
 
 
422 aa  58.2  3e-07  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2960  restriction modification system DNA specificity subunit  23.43 
 
 
587 aa  57.8  3e-07  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0901  restriction endonuclease S subunit  23.08 
 
 
363 aa  57.8  3e-07  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  1.24976e-07  hitchhiker  5.73897e-07 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.39 
 
 
429 aa  57.4  4e-07  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  23.1 
 
 
425 aa  57  5e-07  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2652  Restriction endonuclease S subunits-like protein  23.62 
 
 
413 aa  57  6e-07  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.252104  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  24.87 
 
 
420 aa  57  6e-07  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  9.62716e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.42 
 
 
565 aa  57  6e-07  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0429  restriction modification system DNA specificity domain protein  25 
 
 
404 aa  57  6e-07  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  27.86 
 
 
439 aa  56.2  9e-07  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  23.19 
 
 
450 aa  55.8  1e-06  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2237  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 
412 aa  56.2  1e-06  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1435  restriction modification system DNA specificity subunit  22.8 
 
 
340 aa  55.8  1e-06  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2423  restriction modification system DNA specificity subunit  20.31 
 
 
426 aa  55.5  1e-06  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.57431  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02074  HsdS polypeptide, part of CfrA family  40.74 
 
 
151 aa  54.7  3e-06  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01116  hypothetical protein  25.95 
 
 
400 aa  54.3  3e-06  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  23.91 
 
 
422 aa  53.9  5e-06  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  20.76 
 
 
409 aa  53.1  7e-06  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3757  restriction modification system S subunit  22.25 
 
 
436 aa  53.1  8e-06  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.386531  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  27.21 
 
 
417 aa  53.1  9e-06  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  29.37 
 
 
456 aa  52.8  1e-05  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  20.76 
 
 
426 aa  52.8  1e-05  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2452  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  29.49 
 
 
419 aa  52.4  1e-05  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.587532 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2909  restriction modification system DNA specificity subunit  30 
 
 
440 aa  51.6  2e-05  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>