128 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1219 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_1219  restriction modification system DNA specificity domain  100 
 
 		 412 aa  861    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0637  restriction modification system DNA specificity domain  34.68 
 
 		 422 aa  215  9.999999999999999e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  33.41 
 
 		 420 aa  210  4e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  29.55 
 
 		 432 aa  160  3e-38  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1307  restriction modification system DNA specificity subunit  35.04 
 
 		 285 aa  149  1.0000000000000001e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.186237 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.02 
 
 		 429 aa  139  8.999999999999999e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0549  restriction modification system DNA specificity subunit  34.6 
 
 		 385 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1433  restriction modification system DNA specificity subunit  50.68 
 
 		 372 aa  137  5e-31  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3129  restriction modification system DNA specificity subunit  29.05 
 
 		 416 aa  128  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.343622  normal  0.0250234 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3144  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.25 
 
 		 412 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.527027  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1220  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.62 
 
 		 620 aa  114  4.0000000000000004e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  27.27 
 
 		 397 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  36.61 
 
 		 477 aa  107  5e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2909  restriction modification system DNA specificity subunit  26.46 
 
 		 440 aa  105  1e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3010  restriction modification system DNA specificity subunit  26.85 
 
 		 549 aa  103  7e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  36.84 
 
 		 611 aa  102  1e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184495 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1859  restriction modification system DNA specificity subunit  33.98 
 
 		 409 aa  98.6  2e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.777891  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1894  restriction modification system DNA specificity subunit  33.98 
 
 		 409 aa  98.6  2e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.850685  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  26.58 
 
 		 456 aa  98.2  3e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2452  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  25.15 
 
 		 419 aa  95.9  1e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.587532 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  27.25 
 
 		 456 aa  94.4  3e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  23.78 
 
 		 447 aa  93.2  7e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.539395  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.15 
 
 		 457 aa  90.1  7e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  23.06 
 
 		 460 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.93 
 
 		 453 aa  85.5  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3549  restriction modification system DNA specificity subunit  30.89 
 
 		 296 aa  84.7  0.000000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.348533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0448  restriction modification system DNA specificity domain  25.27 
 
 		 435 aa  83.6  0.000000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000159098 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  33.78 
 
 		 402 aa  83.6  0.000000000000006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.26 
 
 		 424 aa  83.6  0.000000000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4778  restriction modification system DNA specificity subunit  25.65 
 
 		 415 aa  81.6  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.16943  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0287  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  22.95 
 
 		 471 aa  80.9  0.00000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2086  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.87 
 
 		 417 aa  80.5  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000683293 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0836  type I restriction-modification system S subunit  27.36 
 
 		 416 aa  80.1  0.00000000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.444813  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1643  restriction modification system DNA specificity domain protein  52.78 
 
 		 428 aa  79.7  0.00000000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003235  type I restriction-modification system specificity subunit S  28.57 
 
 		 437 aa  79  0.0000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2285  hypothetical protein  23.62 
 
 		 425 aa  78.6  0.0000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0313194  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  31.32 
 
 		 397 aa  77.8  0.0000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4007  restriction endonuclease S subunits-like  23.95 
 
 		 412 aa  77.8  0.0000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3757  restriction modification system S subunit  23.66 
 
 		 436 aa  77.8  0.0000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.386531  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  23.92 
 
 		 424 aa  75.9  0.000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.89 
 
 		 477 aa  75.5  0.000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1095  hypothetical protein  26.87 
 
 		 401 aa  75.9  0.000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1027  restriction modification system DNA specificity subunit  25.67 
 
 		 420 aa  76.3  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.57 
 
 		 520 aa  75.5  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0149  restriction modification system DNA specificity subunit  22.31 
 
 		 400 aa  75.1  0.000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.5 
 
 		 427 aa  74.7  0.000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.31 
 
 		 462 aa  71.6  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0959  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.76 
 
 		 442 aa  71.2  0.00000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3499  restriction modification system DNA specificity subunit  24.07 
 
 		 405 aa  70.1  0.00000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.082109 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0006  restriction modification system, type I  25.36 
 
 		 412 aa  69.7  0.00000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  26.76 
 
 		 616 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0005  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.48 
 
 		 378 aa  68.6  0.0000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0023  type I restriction-modification system specificity subunit  24.41 
 
 		 411 aa  67.8  0.0000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.834107  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0031  type I restriction-modification system specificity subunit  24.41 
 
 		 411 aa  67.8  0.0000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.404176  normal  0.032892 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0871  restriction modification system DNA specificity subunit  25.7 
 
 		 211 aa  68.2  0.0000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0333  restriction modification system DNA specificity subunit  22.15 
 
 		 371 aa  67.4  0.0000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2467  restriction modification system DNA specificity domain  25.87 
 
 		 438 aa  64.7  0.000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4454  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.24 
 
 		 406 aa  64.7  0.000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.859615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1710  restriction modification system DNA specificity subunit  23.46 
 
 		 414 aa  63.9  0.000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1195  type II restriction-modification enzyme  37 
 
 		 1343 aa  63.9  0.000000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1360  restriction modification system DNA specificity subunit  26.47 
 
 		 453 aa  63.9  0.000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2016  restriction modification system DNA specificity subunit  24.54 
 
 		 417 aa  63.2  0.000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0839323  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  28.24 
 
 		 429 aa  63.2  0.000000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0223  putative HsdS protein  24.91 
 
 		 438 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4472  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.14 
 
 		 428 aa  62  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  21.67 
 
 		 422 aa  60.8  0.00000004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0188  N-6 DNA methylase  28.95 
 
 		 775 aa  60.8  0.00000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.113729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1941  restriction endonuclease S subunits-like  23.26 
 
 		 451 aa  60.5  0.00000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0182546  normal  0.0682578 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.95 
 
 		 565 aa  60.1  0.00000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1103  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.35 
 
 		 400 aa  60.1  0.00000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0442932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4241  restriction modification system DNA specificity subunit  24.23 
 
 		 411 aa  59.7  0.00000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.491612  hitchhiker  0.00127278 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3267  restriction modification system DNA specificity subunit  24.85 
 
 		 557 aa  58.9  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0920403  decreased coverage  0.00535253 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3382  restriction modification system DNA specificity subunit  31.2 
 
 		 485 aa  58.9  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2665  type I restriction-modification system specificity subunit  24.3 
 
 		 446 aa  58.5  0.0000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0650221  normal  0.332066 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2791  type I restriction-modification system, S subunit  21.85 
 
 		 418 aa  58.5  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2415  restriction modification system DNA specificity domain  21.85 
 
 		 418 aa  58.5  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.589349  normal  0.260014 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.57 
 
 		 495 aa  58.2  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1237  restriction modification system DNA specificity subunit  29.61 
 
 		 633 aa  57.4  0.0000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0504  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.97 
 
 		 408 aa  57.4  0.0000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3297  restriction modification system DNA specificity subunit  24.46 
 
 		 430 aa  57  0.0000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489204 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1122  restriction endonuclease S subunits-like  24.32 
 
 		 428 aa  56.2  0.000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.878738  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  28.28 
 
 		 439 aa  55.8  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4348  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 		 363 aa  56.2  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2978  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.25 
 
 		 194 aa  55.8  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2364  restriction modification system DNA specificity subunit  21.31 
 
 		 413 aa  55.5  0.000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.188022 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1144  restriction modification system DNA specificity subunit  28.83 
 
 		 473 aa  55.5  0.000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  24.07 
 
 		 417 aa  54.7  0.000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  28.57 
 
 		 511 aa  53.9  0.000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0605  restriction modification system DNA specificity subunit  32.31 
 
 		 453 aa  53.9  0.000005  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3471  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.43 
 
 		 419 aa  53.5  0.000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17660  restriction endonuclease S subunit  35.23 
 
 		 416 aa  52.4  0.00001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3777  restriction endonuclease S subunits-like protein  29.63 
 
 		 419 aa  52.8  0.00001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.32 
 
 		 422 aa  52.8  0.00001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3850  restriction endonuclease S subunits-like protein  29.63 
 
 		 419 aa  52.8  0.00001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.554786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  26.8 
 
 		 429 aa  52.8  0.00001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7555  Restriction endonuclease S subunits-like protein  21 
 
 		 402 aa  52.8  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  22.42 
 
 		 426 aa  52.4  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  24.85 
 
 		 402 aa  52  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2423  restriction modification system DNA specificity subunit  29.06 
 
 		 426 aa  52  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.57431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  22.32 
 
 		 453 aa  51.6  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>