275 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0986 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0986  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 130 aa  262  1e-69  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1786  helix-turn-helix transcriptional regulator  47.5 
 
 		 124 aa  117  3.9999999999999996e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2542  XRE family transcriptional regulator  49.19 
 
 		 165 aa  114  3e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0571  transcriptional regulator, XRE family  59.78 
 
 		 94 aa  106  1e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.263203 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5702  transcriptional regulator, XRE family  45.6 
 
 		 124 aa  102  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1676  gp68  45.45 
 
 		 155 aa  96.3  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.610076  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1998  hypothetical protein  45.79 
 
 		 119 aa  94.7  4e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.503515  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2268  XRE family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 201 aa  93.2  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.924655  normal  0.398688 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0273  transcriptional regulator, XRE family  45.63 
 
 		 115 aa  89.7  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0868  XRE family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 263 aa  89.4  2e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.471001  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0893  XRE family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 110 aa  88.6  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00171565  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4742  transcriptional regulator, XRE family  39.17 
 
 		 124 aa  84  6e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0122495 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2413  helix-turn-helix domain-containing protein  35.77 
 
 		 129 aa  75.9  0.0000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.383209  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3072  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 135 aa  70.1  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.185071  normal  0.0716873 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1647  DNA-binding protein  35.14 
 
 		 115 aa  68.9  0.00000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.68181  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2666  XRE family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 86 aa  67.8  0.00000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.355164  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0604  transcriptional regulator, XRE family  30.71 
 
 		 138 aa  64.7  0.0000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1040  transcriptional regulator, XRE family  34.33 
 
 		 137 aa  63.9  0.0000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.119087 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0556  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 62 aa  63.9  0.0000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.4035 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6629  putative Phage-related transcriptional regulator  37.97 
 
 		 143 aa  61.6  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.275503 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1681  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 123 aa  60.5  0.000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.527285 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3278  hypothetical protein  36.11 
 
 		 110 aa  58.9  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.397996  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0405  transcriptional regulator, XRE family  34.69 
 
 		 123 aa  57.8  0.00000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267838  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1635  transcriptional regulator, XRE family  28.8 
 
 		 112 aa  55.5  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1266  XRE family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 112 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000000461097  normal  0.0226828 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4149  helix-turn-helix DNA binding domain-containing protein  31.19 
 
 		 120 aa  54.3  0.0000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00609324  hitchhiker  0.00863395 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3331  XRE family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 109 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.925348  normal  0.648001 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3858  helix-turn-helix DNA binding domain-containing protein  31.19 
 
 		 120 aa  53.1  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.793488  normal  0.0443892 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1317  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 106 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00000865545  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1716  Cro/CI family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 112 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000130124  normal  0.0231665 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4003  XRE family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 112 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000134059  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1596  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  33.04 
 
 		 112 aa  51.6  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000735944  normal  0.0306402 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21850  putative transcriptional regulator  33.9 
 
 		 103 aa  51.6  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000342125  hitchhiker  0.00251437 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4623  putative transcriptional regulator, XRE family  40.62 
 
 		 197 aa  51.2  0.000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.155979 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1221  XRE family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 119 aa  51.6  0.000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02050  predicted transcriptional regulator  41.07 
 
 		 201 aa  51.6  0.000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0887  helix-turn-helix DNA binding domain-containing protein  30.28 
 
 		 120 aa  51.6  0.000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1423  transcriptional regulator, XRE family  46.43 
 
 		 195 aa  51.6  0.000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1308  XRE family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 112 aa  51.2  0.000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000019995  normal  0.279059 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0594  transcriptional regulator, XRE family  44.64 
 
 		 117 aa  51.2  0.000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3888  hypothetical protein  35.34 
 
 		 113 aa  50.4  0.000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0000176936  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6981  transcriptional regulator, XRE family  43.1 
 
 		 245 aa  50.4  0.000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2613  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 219 aa  50.1  0.00001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.629122 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1673  XRE family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 113 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000189543  normal  0.0572625 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0642  XRE family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 161 aa  48.9  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.112362  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0655  XRE family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 161 aa  48.9  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0535888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0635  XRE family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 161 aa  48.9  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.453741  normal  0.0430623 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3170  putative phage-related transcriptional regulator  27.78 
 
 		 129 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0151351  normal  0.529674 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3316  transcriptional regulator, XRE family  40.35 
 
 		 60 aa  48.5  0.00003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000216063  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0807  XRE family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 176 aa  48.5  0.00003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.163665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0101  XRE family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 182 aa  48.5  0.00003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0310115  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2028  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 194 aa  48.1  0.00004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.165285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1132  XRE family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 157 aa  48.1  0.00004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0643  XRE family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 191 aa  47.8  0.00005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.605698  hitchhiker  0.00857355 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4240  hypothetical protein  43.14 
 
 		 472 aa  47.8  0.00005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.726169  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5234  DNA-binding protein  33.93 
 
 		 67 aa  47.8  0.00005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000302998 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0696  XRE family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 228 aa  47.8  0.00005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1991  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 69 aa  47.8  0.00006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4719  transcriptional regulator, XRE family  43.64 
 
 		 156 aa  47.8  0.00006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1585  transcriptional regulator, XRE family  41.18 
 
 		 124 aa  47.4  0.00006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.772364  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0875  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 77 aa  47.4  0.00006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000023095  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10482  transcriptional regulator  43.4 
 
 		 140 aa  47.4  0.00007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4921  XRE family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 260 aa  47.4  0.00007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.320603  hitchhiker  0.00542326 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2644  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 474 aa  47.4  0.00008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3050  transcriptional regulator, XRE family  40.58 
 
 		 195 aa  47  0.00008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0215158  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0770  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 262 aa  47  0.00009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.528769  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2943  putative phage-related transcriptional regulator  26.85 
 
 		 129 aa  47  0.00009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.118261 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3407  transcriptional regulator, XRE family  41.07 
 
 		 192 aa  46.2  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1414  XRE family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 179 aa  46.2  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0298473 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3598  XRE family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 477 aa  46.2  0.0001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.149473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 255 aa  46.6  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2999  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 200 aa  46.6  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.290253  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2429  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 191 aa  45.8  0.0002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0848952 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4320  XRE family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 181 aa  45.4  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.810122  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0082  DNA-binding protein  32.14 
 
 		 67 aa  45.8  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.815457  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4666  transcriptional regulator, XRE family  44.64 
 
 		 197 aa  45.8  0.0002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.223091  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0070  XRE family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 67 aa  45.4  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3681  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 109 aa  45.8  0.0002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1460  molybdate metabolism transcriptional regulator  43.33 
 
 		 368 aa  46.2  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0949  putative transcriptional regulator, XRE family  35.59 
 
 		 175 aa  45.4  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.596696  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7925  putative transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 199 aa  46.2  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.421089 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1992  XRE family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 74 aa  45.4  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.979113  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0073  DNA-binding protein  32.14 
 
 		 67 aa  45.1  0.0003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0783  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 394 aa  45.1  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.500633  hitchhiker  0.00490863 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0074  DNA-binding protein  32.14 
 
 		 67 aa  45.1  0.0003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0070  transcriptional regulator  32.14 
 
 		 67 aa  45.1  0.0003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0070  transcriptional regulator  32.14 
 
 		 67 aa  45.1  0.0003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4832  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 107 aa  45.4  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0692  XRE family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 74 aa  45.1  0.0003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.782082  normal  0.118291 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0074  DNA-binding protein  32.14 
 
 		 67 aa  45.1  0.0003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2384  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 82 aa  45.4  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0495747  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0663  transcriptional regulator, XRE family  37.29 
 
 		 145 aa  45.1  0.0003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0428  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 197 aa  45.4  0.0003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02480  Helix-turn-helix protein  33.9 
 
 		 156 aa  45.1  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.251654  normal  0.974666 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0086  DNA-binding protein  32.14 
 
 		 67 aa  45.1  0.0003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.786766  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2143  helix-turn-helix domain protein  35.29 
 
 		 82 aa  45.1  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0083  DNA-binding protein  32.14 
 
 		 67 aa  45.1  0.0003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000440854 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4898  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 127 aa  44.7  0.0004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.680756  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  35.94 
 
 		 75 aa  44.7  0.0004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8701  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 		 200 aa  44.7  0.0004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.257362 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>