More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0935 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_0935  DNA repair protein RadC  100 
 
 
222 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.266168  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1761  DNA repair protein RadC  75.23 
 
 
223 aa  362  3e-99  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1818  DNA repair protein RadC  74.32 
 
 
222 aa  355  1.9999999999999998e-97  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.852458  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0598  DNA repair protein RadC  74.77 
 
 
223 aa  355  1.9999999999999998e-97  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1513  DNA repair protein RadC  69.82 
 
 
222 aa  347  8e-95  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0831  DNA repair protein RadC  70.27 
 
 
223 aa  334  5.999999999999999e-91  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.950681  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0735  DNA repair protein RadC  68.02 
 
 
223 aa  332  3e-90  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0382  DNA repair protein RadC  47.09 
 
 
229 aa  214  7e-55  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2303  DNA repair protein RadC  44.84 
 
 
229 aa  207  9e-53  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.432419  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1319  DNA repair protein RadC  43.38 
 
 
228 aa  194  8.000000000000001e-49  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000567698  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1530  DNA repair protein RadC  44.14 
 
 
227 aa  192  3e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0606843  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0899  DNA repair protein RadC  45.5 
 
 
226 aa  190  2e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2549  DNA repair protein RadC  43.69 
 
 
227 aa  186  2e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0523  DNA repair protein RadC  44.89 
 
 
230 aa  185  5e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2550  DNA repair protein RadC  45.05 
 
 
226 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.727412  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3582  DNA repair protein RadC  45.13 
 
 
229 aa  181  8.000000000000001e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0514  DNA repair protein RadC  44.19 
 
 
241 aa  179  2.9999999999999997e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120777  hitchhiker  0.000000000242554 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1467  DNA repair protein RadC  44.3 
 
 
230 aa  178  4.999999999999999e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4587  DNA repair protein RadC  42.27 
 
 
225 aa  176  2e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.46911  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4545  DNA repair protein RadC  42.27 
 
 
225 aa  176  3e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4351  DNA repair protein RadC  42.27 
 
 
225 aa  176  3e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.579867  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4187  DNA repair protein RadC  42.27 
 
 
225 aa  176  3e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4685  DNA repair protein RadC  42.27 
 
 
225 aa  176  3e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.92537  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4198  DNA repair protein RadC  42.27 
 
 
225 aa  175  6e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000602972  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3340  DNA repair protein RadC  43.86 
 
 
233 aa  174  7e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000661948  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4299  DNA repair protein RadC  41.82 
 
 
225 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4572  DNA repair protein RadC  42.27 
 
 
225 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0345161  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0662  DNA repair protein RadC  41.82 
 
 
225 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.92951  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1220  DNA repair protein RadC  42.52 
 
 
215 aa  173  1.9999999999999998e-42  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0546  DNA repair protein RadC  42.79 
 
 
228 aa  172  3.9999999999999995e-42  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2135  DNA repair protein RadC  42.73 
 
 
236 aa  172  3.9999999999999995e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000438114  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1235  DNA repair protein RadC  42.52 
 
 
222 aa  172  5e-42  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0630  DNA repair protein RadC  40.81 
 
 
229 aa  170  1e-41  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_511  DNA repair protein RadC  41.89 
 
 
228 aa  170  1e-41  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000324187  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2564  DNA repair protein RadC  40.97 
 
 
229 aa  170  2e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0065  DNA repair protein RadC  39.38 
 
 
227 aa  166  2e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1642  DNA repair protein RadC  40.35 
 
 
235 aa  167  2e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000389911  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0572  RadC family DNA repair protein  40.99 
 
 
222 aa  165  5.9999999999999996e-40  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.611512  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0386  DNA repair protein RadC  41.78 
 
 
229 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2399  DNA repair protein RadC  41.7 
 
 
227 aa  164  1.0000000000000001e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2155  DNA repair protein RadC  38.67 
 
 
223 aa  163  2.0000000000000002e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.365065  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0215  DNA repair protein RadC  42.72 
 
 
213 aa  163  2.0000000000000002e-39  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4138  DNA repair protein RadC  41.07 
 
 
228 aa  162  3e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.592557  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0624  DNA repair protein RadC  38.22 
 
 
224 aa  162  3e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000507049 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2111  DNA repair protein RadC  41.26 
 
 
227 aa  162  3e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1532  DNA repair protein RadC  37.67 
 
 
237 aa  161  8.000000000000001e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0881  DNA repair protein RadC  40.18 
 
 
228 aa  160  1e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.701712  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3868  DNA repair protein RadC  41.41 
 
 
231 aa  160  1e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.956659 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3678  DEAD/DEAH box helicase-like  39.11 
 
 
224 aa  160  1e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00158019  normal  0.0453807 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1541  DNA repair protein RadC  44.44 
 
 
232 aa  160  1e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000897994  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0100  DNA repair protein RadC  39.56 
 
 
223 aa  160  2e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.234069  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3784  DNA repair protein RadC  41.41 
 
 
231 aa  159  3e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1630  DNA repair protein RadC  42.86 
 
 
234 aa  159  4e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1825  DNA repair protein RadC  40.28 
 
 
233 aa  158  5e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3142  DNA repair protein RadC  42.24 
 
 
226 aa  158  6e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00442306  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0536  DNA repair protein RadC  46.22 
 
 
229 aa  157  9e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.604905 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05605  putative DNA repair protein  38.57 
 
 
231 aa  157  1e-37  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.762004  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0176  DNA repair protein RadC  40.28 
 
 
225 aa  157  1e-37  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.260187  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001821  DNA repair protein RadC  37.33 
 
 
224 aa  155  6e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000198963  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0413  DNA repair protein RadC  36.94 
 
 
229 aa  155  6e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.319313  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0101  DNA repair protein RadC  37.9 
 
 
243 aa  154  7e-37  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2664  DNA repair protein RadC  37.5 
 
 
224 aa  154  9e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.649783  hitchhiker  0.0000127675 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1225  truncated DNA repair protein RadC  47.22 
 
 
184 aa  154  1e-36  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.247593  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00653  DNA repair protein RadC  37.79 
 
 
224 aa  153  2e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2597  DNA repair protein RadC  36 
 
 
224 aa  153  2e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000367988  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0061  DNA repair protein RadC  37.84 
 
 
223 aa  152  2.9999999999999998e-36  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4352  DNA repair protein RadC  41.26 
 
 
227 aa  152  4e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000113857  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0523  DNA repair protein RadC  35.43 
 
 
231 aa  152  4e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.000000000215475  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6095  DNA repair protein RadC  37.78 
 
 
224 aa  151  7e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.872274  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1718  DNA repair protein RadC  46.67 
 
 
184 aa  151  8.999999999999999e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1752  DNA repair protein RadC  46.67 
 
 
184 aa  151  8.999999999999999e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.351254  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1412  DNA repair protein RadC  38.6 
 
 
227 aa  150  1e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0315  DNA repair protein RadC  38.33 
 
 
224 aa  150  1e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.220116  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1153  DNA repair protein  36.04 
 
 
233 aa  150  1e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1494  DNA repair protein  36.24 
 
 
233 aa  150  1e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000647961  decreased coverage  0.0000976606 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2667  DNA repair protein RadC  39.57 
 
 
243 aa  150  1e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.391418  normal  0.581751 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1430  DNA repair protein RadC  38.28 
 
 
228 aa  150  1e-35  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0192  DNA repair protein RadC  36.61 
 
 
224 aa  150  2e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000306509  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14250  DNA repair protein RadC  40.85 
 
 
228 aa  150  2e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000326992  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5144  DNA repair protein RadC  35.29 
 
 
234 aa  150  2e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2138  DNA repair protein RadC  39.82 
 
 
224 aa  150  2e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.574311  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4376  DNA repair protein RadC  36.44 
 
 
224 aa  150  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0839768 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1231  DNA repair protein RadC  39.34 
 
 
246 aa  150  2e-35  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.375575 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1307  DNA repair protein RadC  39.37 
 
 
231 aa  149  3e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00169173  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0046  DNA repair protein RadC  36.44 
 
 
224 aa  149  3e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.178856  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70230  DNA repair protein RadC  37.33 
 
 
224 aa  149  3e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1917  DNA repair protein RadC  37.17 
 
 
237 aa  149  5e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0777  DNA repair protein RadC  39.01 
 
 
229 aa  148  5e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2479  DNA repair protein RadC  38.94 
 
 
245 aa  148  5e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0528  DNA repair protein RadC  37.67 
 
 
224 aa  148  6e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.204187  unclonable  0.0000000000301239 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0358  DNA repair protein RadC  37.67 
 
 
224 aa  148  6e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1254  DNA repair protein RadC  39.47 
 
 
225 aa  148  7e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.700963  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2444  DNA repair protein RadC  37.61 
 
 
224 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.418589  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1101  DNA repair protein RadC  37.09 
 
 
226 aa  147  1.0000000000000001e-34  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4100  DNA repair protein RadC  37.38 
 
 
221 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0607652  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0281  DNA repair protein RadC  37.28 
 
 
234 aa  147  1.0000000000000001e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.257156  normal  0.0922067 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3481  DNA repair protein RadC  36.61 
 
 
233 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000421033  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0101  DNA repair protein RadC  38.03 
 
 
221 aa  147  2.0000000000000003e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000716823  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2073  DNA repair protein RadC  39.38 
 
 
243 aa  146  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00545763 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00049  DNA repair protein RadC  38.26 
 
 
225 aa  147  2.0000000000000003e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00103184  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>