143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0791 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0791  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 91 aa  184  3e-46  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0650  XRE family transcriptional regulator  98.9 
 
 		 91 aa  184  4e-46  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1909  XRE family transcriptional regulator  82.42 
 
 		 107 aa  158  2e-38  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2125  transcriptional regulator, XRE family  73.33 
 
 		 91 aa  134  3.0000000000000003e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0381  XRE family transcriptional regulator  67.03 
 
 		 91 aa  127  5.0000000000000004e-29  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1932  transcriptional regulator, XRE family  61.54 
 
 		 91 aa  123  1e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0590  transcriptional regulator, XRE family  54.95 
 
 		 97 aa  107  6e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0647  XRE family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 97 aa  105  2e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.459505 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1386  XRE family transcriptional regulator  51.43 
 
 		 101 aa  68.6  0.00000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1858  XRE family transcriptional regulator  49.3 
 
 		 100 aa  68.2  0.00000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2425  transcriptional regulator  44.44 
 
 		 99 aa  64.3  0.0000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3103  transcriptional regulator, XRE family  49.12 
 
 		 503 aa  57  0.00000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.597911  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1336  XRE family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 104 aa  56.2  0.0000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40166 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2564  XRE family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 104 aa  56.2  0.0000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2735  XRE family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 104 aa  56.2  0.0000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000363521 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2042  putative cytochrome c  42.31 
 
 		 90 aa  56.6  0.0000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0039  DNA-binding protein  32.1 
 
 		 95 aa  56.6  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.514774  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0084  XRE family transcriptional regulator  50.68 
 
 		 109 aa  55.8  0.0000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3859  transcriptional regulator, XRE family  34.57 
 
 		 93 aa  55.5  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0665  XRE family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 100 aa  54.7  0.0000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17690  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  49.12 
 
 		 517 aa  54.7  0.0000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.356525  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0099  DNA-binding protein  32.1 
 
 		 95 aa  54.3  0.0000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0074  hypothetical protein  30.23 
 
 		 94 aa  53.9  0.0000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11984  transcriptional regulator  34.44 
 
 		 149 aa  53.5  0.0000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0834  XRE family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 107 aa  52.4  0.000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.259279 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5139  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 95 aa  52.8  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01487  phage N15 gp48-like protein  29.76 
 
 		 94 aa  52  0.000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.497667  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2672  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  42.86 
 
 		 508 aa  52  0.000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01498  hypothetical protein  29.76 
 
 		 94 aa  52  0.000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.573871  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3182  transcriptional regulator, XRE family  49.06 
 
 		 513 aa  52  0.000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0470208  hitchhiker  0.000000000985397 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13300  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  47.37 
 
 		 509 aa  52  0.000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.801467  normal  0.209244 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3798  helix-turn-helix domain-containing protein  47.37 
 
 		 123 aa  52  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0000456685  hitchhiker  0.000109219 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0870  transcriptional regulator, XRE family  40.96 
 
 		 108 aa  51.6  0.000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0928  DNA polymerase III delta prime subunit  38.1 
 
 		 90 aa  51.2  0.000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0569  helix-turn-helix domain-containing protein  50 
 
 		 263 aa  51.2  0.000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.102394  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3280  XRE family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 95 aa  50.8  0.000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.843876 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1724  transcriptional regulator, XRE family  45.33 
 
 		 108 aa  50.8  0.000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0726  Cro/CI family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 264 aa  49.7  0.00001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2805  XRE family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 123 aa  50.1  0.00001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0718  Cro/CI family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 264 aa  49.7  0.00001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15700  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  40.68 
 
 		 507 aa  49.7  0.00001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.645755  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0529  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 205 aa  49.3  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000109326  normal  0.171352 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0315  XRE family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 117 aa  48.9  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0773865 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3260  transcriptional regulator, XRE family  44.64 
 
 		 513 aa  49.3  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0795644  normal  0.23679 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0658  XRE family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 95 aa  48.9  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0983  transcriptional regulator, XRE family  46.43 
 
 		 80 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.525138  normal  0.0218109 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1361  EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase)  45.28 
 
 		 516 aa  48.5  0.00003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.419571  normal  0.53858 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3256  helix-turn-helix domain-containing protein  38.67 
 
 		 136 aa  48.1  0.00004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.103023  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0601  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 108 aa  47.4  0.00006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1165  toxin-antitoxin system, antitoxin component, Xre family  36.99 
 
 		 94 aa  47.4  0.00008  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000604987 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1361  transcriptional regulator, XRE family  35.37 
 
 		 93 aa  47  0.00009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5447  XRE family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 103 aa  47  0.00009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2787  transcriptional regulator, XRE family  36.47 
 
 		 99 aa  47  0.00009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2419  transcriptional regulator, XRE family  34.18 
 
 		 104 aa  46.2  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3477  transcriptional regulator, XRE family  46.3 
 
 		 737 aa  46.6  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.552103  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2467  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 122 aa  46.6  0.0001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000461389  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0039  transcriptional regulator, XRE family  40.62 
 
 		 377 aa  45.8  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007968  Pcryo_2518  XRE family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 100 aa  45.8  0.0002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.99787 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1896  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 		 512 aa  46.2  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009516  PsycPRwf_2396  XRE family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 100 aa  46.2  0.0002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5820  XRE family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 104 aa  45.4  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.790408  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0889  putative transcriptional regulator, XRE family  34.21 
 
 		 99 aa  45.8  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4157  XRE family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 95 aa  45.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.555179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1031  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 89 aa  45.8  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000313321  normal  0.707924 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1829  transcriptional regulator, XRE family  35.06 
 
 		 103 aa  45.4  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5326  transcriptional regulator, XRE family  41.07 
 
 		 68 aa  45.8  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.134062 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1442  transcriptional regulator, XRE family  33.71 
 
 		 103 aa  45.8  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1414  XRE family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 179 aa  45.1  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0298473 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1922  transcriptional regulator, XRE family  32.56 
 
 		 123 aa  45.1  0.0003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.189064  normal  0.0105553 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3540  transcriptional regulator, XRE family  29.11 
 
 		 94 aa  45.4  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0807  helix-turn-helix domain-containing protein  42.86 
 
 		 94 aa  45.1  0.0003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4032  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 187 aa  45.4  0.0003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.45676  normal  0.0335955 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1396  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 96 aa  45.1  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2243  transcriptional regulator, XRE family  31.52 
 
 		 112 aa  45.4  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3276  hypothetical protein  46.55 
 
 		 105 aa  44.7  0.0004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  41.54 
 
 		 188 aa  45.1  0.0004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 176 aa  44.7  0.0004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0282  transcriptional regulator, XRE family  30.99 
 
 		 94 aa  44.7  0.0005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2214  hypothetical protein  42.37 
 
 		 103 aa  44.7  0.0005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.351958 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1535  transcriptional regulator, LacI family  35.71 
 
 		 465 aa  44.7  0.0005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.38669  decreased coverage  0.00974115 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8074  transcriptional regulator  48.15 
 
 		 95 aa  44.3  0.0005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.725371  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0033  transcriptional regulator, XRE family  39.29 
 
 		 169 aa  44.3  0.0006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.400371  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0390  XRE family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 104 aa  43.9  0.0007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1451  helix-turn-helix domain-containing protein  42.37 
 
 		 127 aa  43.9  0.0007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06770  transcriptional regulator  49.06 
 
 		 489 aa  43.9  0.0007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.949032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1496  XRE family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 110 aa  43.9  0.0007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0593  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 108 aa  43.9  0.0007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0244812  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1022  transcriptional regulator, XRE family  39.62 
 
 		 75 aa  43.9  0.0009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3620  transcriptional regulator, XRE family  35.53 
 
 		 99 aa  43.1  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.494695  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3411  XRE family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 97 aa  43.5  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4900  hypothetical protein  40 
 
 		 105 aa  43.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.978216  normal  0.040659 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3281  transcriptional regulator, XRE family  32.94 
 
 		 173 aa  43.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.871806 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0311  transcriptional regulator  36.17 
 
 		 108 aa  43.5  0.001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1879  DNA-binding protein  36.17 
 
 		 108 aa  43.5  0.001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0010  DNA-binding protein  35.19 
 
 		 99 aa  43.1  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.713803 
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0024  DNA-binding protein  35.19 
 
 		 99 aa  43.1  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12438  transcriptional regulator, XRE family protein  36.62 
 
 		 99 aa  43.5  0.001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0697698  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3445  XRE family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 76 aa  43.5  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0664347  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1000  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 504 aa  42.4  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0930  transcriptional regulator  24.44 
 
 		 91 aa  42.7  0.002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00205943  normal  0.115025 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>