More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0769 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_0769  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 
322 aa  652  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.100875  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0621  RND family efflux transporter MFP subunit  77.92 
 
 
311 aa  495  1e-139  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  3.87759e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1945  efflux transporter, RND family, MFP subunit  70.22 
 
 
322 aa  453  1e-126  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0336  secretion protein HlyD  60.94 
 
 
324 aa  404  1e-111  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0816826  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0495  secretion protein HlyD  64.26 
 
 
323 aa  395  1e-109  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1144  efflux transporter, RND family, MFP subunit  57.81 
 
 
321 aa  377  1e-103  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000342468  normal  0.524577 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1628  RND family efflux transporter MFP subunit  48.24 
 
 
326 aa  284  2e-75  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3127  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.13 
 
 
416 aa  110  4e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0322  RND family efflux transporter MFP subunit  30.84 
 
 
353 aa  106  5e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0619651 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_13031  membrane fusion protein  25.22 
 
 
353 aa  102  9e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.560639  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0747  secretion protein HlyD  26.35 
 
 
357 aa  102  1e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.554021  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15871  membrane fusion protein  25.36 
 
 
357 aa  100  4e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_13141  membrane fusion protein  24.47 
 
 
353 aa  99  1e-19  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_13281  membrane fusion protein  24.17 
 
 
353 aa  97.8  2e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.403546  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.02 
 
 
409 aa  97.4  3e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0198  RND family efflux transporter MFP subunit  27.95 
 
 
521 aa  96.7  5e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08701  membrane fusion protein  25.56 
 
 
392 aa  95.9  9e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1235  secretion protein HlyD  24.17 
 
 
353 aa  95.1  2e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.681968  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1814  RND family efflux transporter MFP subunit  25.52 
 
 
432 aa  93.6  4e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4941  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.43 
 
 
419 aa  93.2  5e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.321445  normal  0.921537 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4041  hypothetical protein  29.41 
 
 
366 aa  93.2  6e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1178  RND family efflux transporter MFP subunit  25.93 
 
 
390 aa  92  1e-17  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0782  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.05 
 
 
428 aa  89.7  5e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00204407  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0496  RND family efflux transporter MFP subunit  25.72 
 
 
402 aa  89  9e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2611  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.73 
 
 
549 aa  88.6  1e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3749  RND family efflux transporter MFP subunit  28.34 
 
 
340 aa  89  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3643  RND family efflux transporter MFP subunit  27.92 
 
 
455 aa  89  1e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.384349  normal  0.340778 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1040  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.22 
 
 
500 aa  87.8  2e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2298  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.22 
 
 
663 aa  88.2  2e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1339  RND family efflux transporter MFP subunit  24.17 
 
 
384 aa  85.9  8e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.611384  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0949  RND family efflux transporter MFP subunit  35 
 
 
390 aa  85.9  9e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.17 
 
 
432 aa  84.7  2e-15  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1892  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.91 
 
 
430 aa  84.3  3e-15  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1675  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.92 
 
 
608 aa  84  3e-15  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1706  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.57 
 
 
430 aa  82.8  6e-15  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.353178  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1965  secretion protein HlyD  24.6 
 
 
388 aa  83.2  6e-15  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.455875 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0913  hypothetical protein  29.49 
 
 
338 aa  82.8  7e-15  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0694  secretion protein HlyD  26.21 
 
 
417 aa  82  1e-14  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.459164  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1719  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.03 
 
 
517 aa  82  1e-14  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0477  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1672  RND family efflux transporter MFP subunit  24.75 
 
 
429 aa  81.6  1e-14  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1576  hypothetical protein  24.69 
 
 
538 aa  82  1e-14  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  4.69738e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12131  membrane fusion protein  22.06 
 
 
356 aa  82  1e-14  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.502636 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2920  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.87 
 
 
505 aa  82  1e-14  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.214189 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3271  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.78 
 
 
380 aa  81.3  2e-14  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.525557  normal  0.197401 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1203  RND family efflux transporter MFP subunit  32.42 
 
 
621 aa  81.3  2e-14  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2825  RND family efflux transporter subunit MFP  28.57 
 
 
500 aa  81.3  2e-14  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.708608  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2074  chemiosmotic efflux system protein B-like protein  28.01 
 
 
322 aa  80.9  3e-14  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0882  hypothetical protein  29.17 
 
 
338 aa  80.1  5e-14  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2284  RND family efflux transporter MFP subunit  25.96 
 
 
323 aa  80.1  5e-14  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.489118  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1398  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.57 
 
 
504 aa  79.7  6e-14  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.463842 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2352  chemiosmotic efflux system C protein B  27.4 
 
 
322 aa  79.7  6e-14  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1440  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.53 
 
 
374 aa  79.7  7e-14  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.266014  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0365  membrane-fusion protein  26.58 
 
 
394 aa  79.3  7e-14  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1726  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25 
 
 
395 aa  79  9e-14  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  3.59698e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0748  putative PAS/PAC sensor protein  29.5 
 
 
607 aa  78.6  1e-13  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0319  RND family efflux transporter MFP subunit  30.43 
 
 
417 aa  78.6  1e-13  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2858  secretion protein HlyD  28.68 
 
 
517 aa  78.6  1e-13  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2956  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.44 
 
 
430 aa  79  1e-13  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.232515 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0883  RND family efflux transporter MFP subunit  26.64 
 
 
363 aa  78.2  2e-13  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6009  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.51 
 
 
356 aa  78.2  2e-13  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.359632  normal  0.895367 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3595  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.68 
 
 
404 aa  78.2  2e-13  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0852698  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1340  secretion protein HlyD  31.16 
 
 
424 aa  77  3e-13  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2533  RND family efflux transporter MFP subunit  27.51 
 
 
343 aa  77.4  3e-13  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.66716  normal  0.672833 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5197  hypothetical protein  29.41 
 
 
411 aa  76.6  5e-13  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0742487 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0480  RND family efflux transporter MFP subunit  28.81 
 
 
363 aa  76.3  7e-13  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2777  RND family efflux transporter MFP subunit  33.95 
 
 
489 aa  75.9  9e-13  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  9.75793e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2455  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.34 
 
 
391 aa  75.5  1e-12  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.035635  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7080  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.98 
 
 
416 aa  75.5  1e-12  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1288  RND family efflux transporter MFP subunit  26.71 
 
 
365 aa  75.1  1e-12  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  29.17 
 
 
400 aa  75.1  1e-12  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0739  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.92 
 
 
362 aa  75.1  2e-12  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.941037  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0582  RND family efflux transporter MFP subunit  28.24 
 
 
335 aa  74.3  2e-12  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1580  RND family efflux transporter MFP subunit  26.62 
 
 
365 aa  73.9  3e-12  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.610408  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1496  RND family efflux transporter MFP subunit  26.62 
 
 
365 aa  73.9  3e-12  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1201  RND family efflux transporter MFP subunit  26.28 
 
 
365 aa  73.2  5e-12  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0341767  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0383  RND family efflux transporter MFP subunit  26.28 
 
 
365 aa  73.2  5e-12  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0078  RND family efflux transporter MFP subunit  26.28 
 
 
365 aa  73.2  5e-12  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  26.28 
 
 
365 aa  73.2  5e-12  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0567  RND family efflux transporter MFP subunit  28.24 
 
 
335 aa  73.2  5e-12  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1044  RND family efflux transporter MFP subunit  26.28 
 
 
365 aa  73.2  5e-12  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0463  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.4 
 
 
414 aa  73.2  6e-12  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1695  secretion protein HlyD  29.57 
 
 
360 aa  73.2  6e-12  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4067  RND family efflux transporter MFP subunit  33.16 
 
 
621 aa  73.2  6e-12  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3038  secretion protein HlyD  34.32 
 
 
403 aa  72.8  7e-12  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  1.67095e-11  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0635  RND family efflux transporter MFP subunit  25.82 
 
 
406 aa  72  1e-11  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.320707  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0558  secretion protein HlyD  24.5 
 
 
360 aa  72  1e-11  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.177986  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1839  membrane-fusion protein  29.6 
 
 
388 aa  72  1e-11  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00691456  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.93 
 
 
361 aa  71.6  2e-11  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2831  syringolide efflux protein SyfC  23.2 
 
 
383 aa  71.2  2e-11  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.580145  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3375  HlyD family membrane fusion protein  25.55 
 
 
425 aa  70.9  2e-11  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3021  RND family efflux transporter MFP subunit  25.55 
 
 
418 aa  71.2  2e-11  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0354964  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.77 
 
 
383 aa  70.9  3e-11  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3605  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.06 
 
 
429 aa  70.9  3e-11  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1169  membrane-fusion protein  23.4 
 
 
377 aa  70.5  3e-11  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0146013  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1129  RND family efflux transporter MFP subunit  25.17 
 
 
407 aa  70.9  3e-11  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  26.13 
 
 
381 aa  70.9  3e-11  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3412  secretion protein HlyD  30.65 
 
 
443 aa  70.5  3e-11  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0866166  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0607  RND family efflux transporter MFP subunit  25.54 
 
 
406 aa  70.5  4e-11  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0906  secretion protein HlyD  29.63 
 
 
449 aa  70.5  4e-11  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.101628  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2370  secretion protein HlyD  30.9 
 
 
405 aa  70.1  4e-11  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  4.67489e-05 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>