More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0706 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0706  ribonuclease H  100 
 
 		 146 aa  300  5.000000000000001e-81  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.572232  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0628  ribonuclease H  65.75 
 
 		 146 aa  202  2e-51  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.702855  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0581  ribonuclease H  69.23 
 
 		 146 aa  201  3e-51  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1607  ribonuclease H  66.21 
 
 		 153 aa  195  1.0000000000000001e-49  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.321118 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0600  ribonuclease H  65.73 
 
 		 146 aa  191  3e-48  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.42246  normal  0.0270163 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1744  ribonuclease H  62.33 
 
 		 146 aa  186  1e-46  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0543  ribonuclease H  63.64 
 
 		 146 aa  183  7e-46  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.751982 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1754  ribonuclease H  51.75 
 
 		 145 aa  151  2e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1987  ribonuclease H  57.02 
 
 		 159 aa  146  7e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0673  ribonuclease H  49.65 
 
 		 147 aa  146  9e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000335449  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1340  Ribonuclease H  56.88 
 
 		 145 aa  144  3e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000000154889  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1616  ribonuclease H  58.04 
 
 		 155 aa  139  9e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000113365  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0619  ribonuclease H  50 
 
 		 152 aa  138  1.9999999999999998e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.772003  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1172  RNase HI  47.55 
 
 		 152 aa  135  2e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000482938  hitchhiker  0.000107341 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1373  Ribonuclease H  58.1 
 
 		 154 aa  131  3e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000016883  hitchhiker  0.00000157044 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2669  ribonuclease H  53.33 
 
 		 156 aa  128  3e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.046845 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2333  ribonuclease H  42.25 
 
 		 153 aa  125  2.0000000000000002e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.076153 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1103  ribonuclease H  55 
 
 		 170 aa  125  3e-28  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2274  ribonuclease H  46.96 
 
 		 156 aa  124  4.0000000000000003e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.933446  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0037  Ribonuclease H  46.88 
 
 		 156 aa  123  1e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2365  ribonuclease H  45.07 
 
 		 153 aa  122  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10510  ribonuclease HI  50.44 
 
 		 161 aa  121  3e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000169175 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2456  ribonuclease H  42.66 
 
 		 159 aa  120  6e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000408734  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2115  ribonuclease H  45.39 
 
 		 146 aa  120  8e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.111638  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1837  ribonuclease H  52.29 
 
 		 153 aa  119  9.999999999999999e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.0000000470607  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0484  ribonuclease H  48.6 
 
 		 157 aa  119  1.9999999999999998e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.416034 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4749  ribonuclease H  50.45 
 
 		 155 aa  117  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02389  ribonuclease H  43.26 
 
 		 156 aa  117  7e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.197834  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1513  ribonuclease H  46.9 
 
 		 151 aa  116  9.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0204  RNase HI  46.22 
 
 		 152 aa  116  9.999999999999999e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.85077e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0591  ribonuclease H  46.77 
 
 		 154 aa  116  9.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.637967  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0482  ribonuclease H  48.21 
 
 		 154 aa  115  1.9999999999999998e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0477  ribonuclease H  48.21 
 
 		 154 aa  115  1.9999999999999998e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.307744  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2041  ribonuclease H  46.9 
 
 		 148 aa  115  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1733  ribonuclease H  46.9 
 
 		 148 aa  115  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0373271  normal  0.553934 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0750  ribonuclease H  47.75 
 
 		 162 aa  115  1.9999999999999998e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.516591  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2382  ribonuclease H  44.22 
 
 		 158 aa  115  3e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2357  ribonuclease H  45.83 
 
 		 151 aa  114  3e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.71288 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1906  Ribonuclease H  43.44 
 
 		 241 aa  114  5e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000526772  normal  0.35014 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1094  ribonuclease H  47.32 
 
 		 158 aa  114  6e-25  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0989345  hitchhiker  0.0000000000000128694 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0950  ribonuclease H  41.3 
 
 		 154 aa  113  6.9999999999999995e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.909306  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1334  ribonuclease H  42.66 
 
 		 143 aa  113  7.999999999999999e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0613  ribonuclease H  48.21 
 
 		 151 aa  113  7.999999999999999e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.657296 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1584  RNase HI  42.96 
 
 		 157 aa  113  8.999999999999998e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.590507  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2941  ribonuclease H  54.29 
 
 		 154 aa  112  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0262  Ribonuclease H  50 
 
 		 158 aa  113  1.0000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4028  ribonuclease H  48.67 
 
 		 150 aa  113  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1189  ribonuclease H  39.01 
 
 		 245 aa  112  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.842568 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1342  ribonuclease H  48.65 
 
 		 161 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.765967  normal  0.626609 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4434  Ribonuclease H  41.84 
 
 		 163 aa  111  3e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.10837 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4372  Ribonuclease H  41.84 
 
 		 163 aa  111  3e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0852  ribonuclease H  45.6 
 
 		 164 aa  111  3e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2189  ribonuclease H  44.17 
 
 		 145 aa  110  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1585  ribonuclease H  45.61 
 
 		 149 aa  111  4.0000000000000004e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.272644  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2208  ribonuclease H  40.29 
 
 		 145 aa  111  4.0000000000000004e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000168272  normal  0.227693 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1612  ribonuclease H  44.74 
 
 		 141 aa  110  5e-24  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2939  ribonuclease H  45.54 
 
 		 163 aa  110  5e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.191934  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0446  Ribonuclease H  45.61 
 
 		 145 aa  110  6e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0409  ribonuclease H  43.66 
 
 		 155 aa  110  7.000000000000001e-24  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0653  ribonuclease H  47.32 
 
 		 151 aa  110  9e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.126445 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1338  ribonuclease H  41.96 
 
 		 143 aa  109  1.0000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08950  Ribonuclease H  50 
 
 		 269 aa  109  1.0000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0748  ribonuclease H  42.55 
 
 		 155 aa  109  1.0000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.533393  normal  0.237365 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4076  ribonuclease H  47.75 
 
 		 153 aa  109  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.621887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2281  ribonuclease H  43.31 
 
 		 159 aa  109  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0286  ribonuclease H  42.55 
 
 		 155 aa  109  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0307  ribonuclease H  42.55 
 
 		 155 aa  109  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0142891  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0288  ribonuclease H  42.55 
 
 		 155 aa  109  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.170302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0293  ribonuclease H  42.55 
 
 		 155 aa  109  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.358682  normal  0.575944 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0301  ribonuclease H  42.55 
 
 		 155 aa  109  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2066  ribonuclease H  48.62 
 
 		 149 aa  109  2.0000000000000002e-23  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0246  ribonuclease H  49.09 
 
 		 149 aa  108  2.0000000000000002e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0529  ribonuclease H  44.64 
 
 		 153 aa  108  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2608  ribonuclease H  41.55 
 
 		 161 aa  108  2.0000000000000002e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000274708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0182  ribonuclease H  44.35 
 
 		 157 aa  108  2.0000000000000002e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0614621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2366  ribonuclease H  47.06 
 
 		 158 aa  108  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000704244  hitchhiker  0.00794222 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2687  ribonuclease H  43.9 
 
 		 154 aa  108  3e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.319525  normal  0.662003 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2815  ribonuclease H  47.75 
 
 		 147 aa  108  3e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0928  ribonuclease H  48.65 
 
 		 145 aa  108  3e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1970  ribonuclease H  44.25 
 
 		 160 aa  108  3e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.501543 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2112  ribonuclease H  45.38 
 
 		 158 aa  108  3e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0006502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0684  ribonuclease H  38.3 
 
 		 150 aa  108  3e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.746056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1593  ribonuclease H  39.86 
 
 		 148 aa  107  4.0000000000000004e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0761  ribonuclease H  40.43 
 
 		 146 aa  108  4.0000000000000004e-23  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4573  Ribonuclease H  43.44 
 
 		 159 aa  107  4.0000000000000004e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1108  ribonuclease H  39.01 
 
 		 154 aa  107  5e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1188  ribonuclease H  43.55 
 
 		 157 aa  107  5e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0364672  normal  0.693585 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2683  ribonuclease H  39.01 
 
 		 154 aa  107  5e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0253331 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1054  ribonuclease H  39.01 
 
 		 154 aa  107  5e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.52553  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0219  ribonuclease H  52.83 
 
 		 155 aa  107  5e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00237232  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1534  ribonuclease H  41.1 
 
 		 147 aa  107  5e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0920794  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3394  Ribonuclease H  52.83 
 
 		 155 aa  107  6e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.770336  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0209  ribonuclease H  52.83 
 
 		 155 aa  107  6e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1085  ribonuclease H  44.54 
 
 		 143 aa  107  6e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4709  ribonuclease H  48 
 
 		 236 aa  107  6e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3451  ribonuclease H  52.83 
 
 		 155 aa  107  6e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.453001  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00212  hypothetical protein  52.83 
 
 		 155 aa  107  6e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.92679  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2778  Ribonuclease H  44.17 
 
 		 153 aa  107  6e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0227  ribonuclease H  52.83 
 
 		 155 aa  107  6e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0209104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0219  ribonuclease H  52.83 
 
 		 155 aa  107  6e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.523494  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>