188 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0686 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_0686  Methyltransferase type 12  100 
 
 
236 aa  476  1e-133  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0562  methyltransferase type 12  73.59 
 
 
239 aa  339  2.9999999999999998e-92  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1760  hypothetical protein  67.73 
 
 
229 aa  314  8e-85  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0609  Methyltransferase type 12  70.4 
 
 
235 aa  314  8e-85  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1626  hypothetical protein  66.51 
 
 
231 aa  298  7e-80  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.220792 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0580  Methyltransferase type 12  59.82 
 
 
233 aa  287  1e-76  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.260933 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0515  Methyltransferase type 12  58.82 
 
 
235 aa  268  5.9999999999999995e-71  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1319  Lipocalin  36.99 
 
 
260 aa  111  8.000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00248779 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0824  methyltransferase type 12  37.81 
 
 
200 aa  111  9e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0475  hypothetical protein  35.22 
 
 
227 aa  107  2e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0149122 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1383  Methyltransferase type 12  36.46 
 
 
249 aa  106  4e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.413132  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2955  hypothetical protein  34.32 
 
 
237 aa  104  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0919903  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1764  hypothetical protein  35.17 
 
 
232 aa  99.4  4e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0452  methyltransferase type 12  30 
 
 
244 aa  97.1  2e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.652795 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1098  methyltransferase small  34.46 
 
 
210 aa  92.8  4e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391663  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1737  Methyltransferase-16, putative  30.04 
 
 
246 aa  92.8  5e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.762946 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0005  methyltransferase small  30.15 
 
 
264 aa  90.1  3e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.125741 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1002  methyltransferase small  30.05 
 
 
240 aa  87.8  1e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1029  methyltransferase small  30.24 
 
 
240 aa  84  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3232  Methyltransferase type 11  30.46 
 
 
218 aa  78.2  0.00000000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.74588  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0211  Methyltransferase type 12  29.08 
 
 
214 aa  75.9  0.0000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.873381  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1914  histidine kinase  32.31 
 
 
221 aa  73.6  0.000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.116894  normal  0.357859 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01421  hypothetical protein  39.81 
 
 
129 aa  70.9  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.232872  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4465  hypothetical protein  38.51 
 
 
217 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2861  histidine kinase  29.65 
 
 
219 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3267  histidine kinase  29.01 
 
 
219 aa  69.7  0.00000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3445  histidine kinase  29.01 
 
 
219 aa  69.7  0.00000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00303754 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3309  histidine kinase  29.01 
 
 
219 aa  69.7  0.00000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1100  histidine kinase  29.01 
 
 
219 aa  69.7  0.00000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000104684 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2589  hypothetical protein  30.77 
 
 
240 aa  68.6  0.00000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.240157 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0687  hypothetical protein  38.67 
 
 
217 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4036  histidine kinase  30.72 
 
 
221 aa  67  0.0000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3014  hypothetical protein  30.34 
 
 
230 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5022  hypothetical protein  37.04 
 
 
218 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.949799 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2848  histidine kinase  28.24 
 
 
217 aa  61.6  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.531025  normal 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_92077  predicted protein  34.62 
 
 
215 aa  59.7  0.00000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00026919  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06680  hypothetical protein  36.94 
 
 
219 aa  58.2  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_92228  predicted protein  31.85 
 
 
214 aa  55.5  0.0000008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2462  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  30.7 
 
 
237 aa  54.7  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.331199 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_92679  predicted protein  33.54 
 
 
216 aa  54.7  0.000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1398  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  30.7 
 
 
237 aa  54.7  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2740  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  32.26 
 
 
238 aa  55.1  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2252  methyltransferase type 11  33.01 
 
 
266 aa  53.9  0.000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0546  methyltransferase type 12  35.56 
 
 
218 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1113  bifunctional 3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase and 2-octaprenyl-6-hydroxy phenol methylase  27.78 
 
 
241 aa  53.1  0.000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2435  hypothetical protein  28.87 
 
 
237 aa  52.8  0.000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.77423 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1797  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  28.35 
 
 
235 aa  52.8  0.000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0461297  unclonable  0.00000318811 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3819  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  29.03 
 
 
248 aa  52.8  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0557  methyltransferase type 12  38.52 
 
 
219 aa  52.8  0.000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3002  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  29.57 
 
 
253 aa  52.4  0.000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1042  hypothetical protein  35.67 
 
 
220 aa  52  0.000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.553345  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1658  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  27.5 
 
 
230 aa  51.6  0.00001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_36186  predicted protein  26.86 
 
 
249 aa  51.2  0.00001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2506  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  29.46 
 
 
248 aa  51.2  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.117869  normal  0.18577 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0573  hypothetical protein  31.3 
 
 
216 aa  50.1  0.00003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_46702  predicted protein  36.94 
 
 
337 aa  50.1  0.00003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.761256  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4015  putative methyltransferase protein  30 
 
 
215 aa  50.1  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.232 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3527  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  28.23 
 
 
252 aa  50.1  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.204476  normal  0.816598 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3550  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  31 
 
 
248 aa  50.1  0.00003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1631  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  27.97 
 
 
246 aa  49.7  0.00004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1664  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  27.73 
 
 
230 aa  49.7  0.00004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0513  hypothetical protein  32.81 
 
 
220 aa  49.7  0.00004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11350  hypothetical protein  35.03 
 
 
220 aa  49.7  0.00004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0604927  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0564  methyltransferase type 12  37.78 
 
 
219 aa  49.7  0.00004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.772066 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4502  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  29.91 
 
 
244 aa  49.7  0.00004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.166087 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1175  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  30.69 
 
 
247 aa  49.3  0.00005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.125464  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2837  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  30.69 
 
 
247 aa  49.3  0.00005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2768  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  30.69 
 
 
247 aa  48.9  0.00006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1574  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  27.97 
 
 
246 aa  48.9  0.00006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3127  methyltransferase type 11  32.32 
 
 
261 aa  48.9  0.00007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.484844  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1872  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  26.96 
 
 
248 aa  48.1  0.0001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.466783  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1892  hypothetical protein  28.87 
 
 
218 aa  47.8  0.0001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0957  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  27.52 
 
 
235 aa  47.8  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1603  ubiquinone biosynthesis O-methyltransferase  28.57 
 
 
251 aa  48.1  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.905646  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3694  putative methyltransferase protein  28.86 
 
 
217 aa  48.5  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2847  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  27.88 
 
 
242 aa  48.1  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.170371  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1730  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  29.36 
 
 
237 aa  47.8  0.0001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00224217 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3860  methyltransferase type 12  36.84 
 
 
219 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.79296  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1803  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  26.96 
 
 
248 aa  48.1  0.0001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0795517  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2768  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  27.88 
 
 
242 aa  48.1  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.167435  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1311  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  27.88 
 
 
242 aa  48.1  0.0001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.310574  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2319  hypothetical protein  25.23 
 
 
356 aa  47.4  0.0002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0363  hypothetical protein  33.98 
 
 
223 aa  47.8  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2246  hypothetical protein  30.67 
 
 
219 aa  47.4  0.0002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0818704 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2788  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  28.33 
 
 
238 aa  47  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000608227  hitchhiker  0.00134688 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1457  methyltransferase type 11  28.3 
 
 
344 aa  47.4  0.0002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2961  hypothetical protein  29.23 
 
 
218 aa  47.8  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.210334  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0607  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  26.42 
 
 
253 aa  47  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.18812  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2330  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  24 
 
 
246 aa  46.6  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.172031  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1227  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  26.45 
 
 
232 aa  47  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000143556  normal  0.238391 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0108  ubiquinone biosynthesis O-methyltransferase  30.17 
 
 
249 aa  47  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1576  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  25.41 
 
 
229 aa  47  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0819441  unclonable  0.000000165496 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1768  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  23.84 
 
 
241 aa  46.6  0.0003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.69336  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_25153  predicted protein  25.52 
 
 
338 aa  47  0.0003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.00188354  hitchhiker  0.00255191 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3889  methyltransferase type 11  30.56 
 
 
281 aa  46.6  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.972662 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0640  hypothetical protein  33.98 
 
 
223 aa  46.6  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.335057  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2620  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  23.36 
 
 
242 aa  46.6  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0890164  normal  0.121795 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2516  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  23.36 
 
 
242 aa  46.6  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.158942  normal  0.172126 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2503  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  23.36 
 
 
242 aa  46.6  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2412  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  23.36 
 
 
242 aa  46.6  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.114708  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>