More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0497 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0497  pseudouridine synthase  100 
 
 		 247 aa  508  1e-143  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.196452  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0542  pseudouridine synthase, Rsu  79.51 
 
 		 251 aa  410  1e-114  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1688  pseudouridine synthase, Rsu  74.79 
 
 		 250 aa  380  1e-104  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1997  pseudouridine synthase  76.39 
 
 		 252 aa  374  1e-103  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0494  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  71.6 
 
 		 243 aa  372  1e-102  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0477  pseudouridine synthase  68.35 
 
 		 254 aa  335  5e-91  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0441  pseudouridine synthase  65.43 
 
 		 248 aa  334  7.999999999999999e-91  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00343055  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3919  pseudouridine synthase  49.15 
 
 		 555 aa  209  4e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0430  hypothetical protein  44.63 
 
 		 252 aa  196  3e-49  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.877766 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0143  pseudouridylate synthase (ribosomal large subunit pseudouridine synthase B)  44.92 
 
 		 562 aa  193  2e-48  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.303983 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1147  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.72 
 
 		 236 aa  191  8e-48  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000045472  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1319  RNA-binding S4 domain protein  44.66 
 
 		 268 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.834019  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1336  ribosomal small subunit pseudouridine synthase B  43.29 
 
 		 236 aa  189  2.9999999999999997e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.014485  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  45.87 
 
 		 238 aa  189  5e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.75 
 
 		 238 aa  188  8e-47  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000912353  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  42.62 
 
 		 253 aa  187  9e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0498  RNA-binding S4 domain protein  42.62 
 
 		 472 aa  186  3e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.86 
 
 		 249 aa  186  3e-46  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531864  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  41.6 
 
 		 556 aa  186  4e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  45.04 
 
 		 243 aa  185  5e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  42.44 
 
 		 624 aa  185  6e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  45.34 
 
 		 251 aa  185  7e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  42.74 
 
 		 271 aa  184  8e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1709  RNA-binding S4 domain protein  44.44 
 
 		 387 aa  184  1.0000000000000001e-45  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.397798  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  39.92 
 
 		 274 aa  183  2.0000000000000003e-45  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  44.21 
 
 		 567 aa  182  3e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  42.62 
 
 		 309 aa  183  3e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  40.76 
 
 		 238 aa  182  6e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  44.21 
 
 		 243 aa  181  9.000000000000001e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  41.45 
 
 		 236 aa  181  1e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.22 
 
 		 239 aa  181  1e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1928  pseudouridine synthase  43.83 
 
 		 262 aa  181  1e-44  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0159722  normal  0.219047 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1203  pseudouridine synthase  43.35 
 
 		 516 aa  180  2e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0112543 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4420  RNA-binding S4 domain protein  42.74 
 
 		 638 aa  180  2e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1919  pseudouridine synthase  43.83 
 
 		 256 aa  180  2e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00118075 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  43.33 
 
 		 255 aa  179  4e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  42.98 
 
 		 242 aa  178  5.999999999999999e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  41.38 
 
 		 274 aa  176  2e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1396  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.04 
 
 		 239 aa  176  2e-43  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.131517  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  41.95 
 
 		 239 aa  175  5e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  41.45 
 
 		 266 aa  175  6e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  41.53 
 
 		 266 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.68 
 
 		 247 aa  172  2.9999999999999996e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.59 
 
 		 237 aa  172  2.9999999999999996e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  39.83 
 
 		 230 aa  172  3.9999999999999995e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  41.74 
 
 		 242 aa  172  5e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2830  pseudouridine synthase  41.77 
 
 		 250 aa  172  5.999999999999999e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00016926  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  41.74 
 
 		 242 aa  171  6.999999999999999e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.74 
 
 		 242 aa  171  6.999999999999999e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  41.74 
 
 		 242 aa  171  7.999999999999999e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.74 
 
 		 242 aa  171  7.999999999999999e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.74 
 
 		 242 aa  171  7.999999999999999e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.74 
 
 		 242 aa  171  9e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  41.74 
 
 		 242 aa  171  9e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  40.66 
 
 		 273 aa  171  9e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.74 
 
 		 242 aa  171  9e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1056  pseudouridine synthase RluB  41.32 
 
 		 245 aa  171  1e-41  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0888  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related enzyme  42.23 
 
 		 245 aa  171  1e-41  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000206154 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.74 
 
 		 251 aa  171  1e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.32 
 
 		 242 aa  169  3e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3120  pseudouridine synthase  41.35 
 
 		 322 aa  169  4e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.246679  hitchhiker  0.00195827 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.1 
 
 		 258 aa  168  6e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.18 
 
 		 240 aa  168  6e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0309  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.66 
 
 		 255 aa  168  6e-41  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.76 
 
 		 240 aa  167  1e-40  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  37.65 
 
 		 298 aa  166  2.9999999999999998e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  38.56 
 
 		 264 aa  165  5e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2122  pseudouridine synthase  40 
 
 		 354 aa  164  8e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327075  normal  0.0800596 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1534  pseudouridine synthase  39.5 
 
 		 403 aa  165  8e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000449556 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  38.66 
 
 		 241 aa  165  8e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15190  pseudouridine synthase family protein  40.85 
 
 		 284 aa  164  1.0000000000000001e-39  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0192942  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2989  pseudouridine synthase  40.95 
 
 		 280 aa  163  2.0000000000000002e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.340471  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5639  pseudouridine synthase  39.02 
 
 		 553 aa  163  2.0000000000000002e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  37.25 
 
 		 298 aa  163  3e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2817  pseudouridine synthase  39.17 
 
 		 329 aa  162  3e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0696867  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  39.41 
 
 		 235 aa  161  8.000000000000001e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1401  pseudouridine synthase  38.43 
 
 		 250 aa  161  9e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.288863  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5061  pseudouridine synthase  38.21 
 
 		 259 aa  161  9e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0210858  normal  0.0392738 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1236  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.75 
 
 		 269 aa  161  9e-39  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.862824 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.93 
 
 		 247 aa  161  1e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.411992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06820  pseudouridine synthase family protein  37.14 
 
 		 296 aa  161  1e-38  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.493821 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.68 
 
 		 236 aa  160  2e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1581  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.33 
 
 		 245 aa  160  2e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1167  RNA-binding S4 domain protein  39.32 
 
 		 228 aa  160  2e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1550  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.33 
 
 		 245 aa  160  2e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0462  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  38.06 
 
 		 256 aa  159  3e-38  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0481234  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2546  16S pseudouridylate synthase  38.33 
 
 		 239 aa  159  3e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2174  pseudouridine synthase  38.91 
 
 		 329 aa  159  4e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2249  16S pseudouridylate synthase  38.33 
 
 		 239 aa  159  4e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1682  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.33 
 
 		 328 aa  159  5e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00200841  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1958  pseudouridine synthase, Rsu  41.15 
 
 		 292 aa  158  6e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.347299  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1454  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.86 
 
 		 252 aa  159  6e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00702616 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4054  pseudouridine synthase  41.6 
 
 		 249 aa  159  6e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.51659 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2263  pseudouridine synthase  38.91 
 
 		 324 aa  158  7e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0689065  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1534  pseudouridine synthase, Rsu  38.98 
 
 		 406 aa  158  7e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0171678  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.08 
 
 		 247 aa  158  9e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.08 
 
 		 247 aa  158  9e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.916857  normal  0.0913763 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2973  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.08 
 
 		 247 aa  158  9e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.855259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1222  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related pseudouridylate synthase  38.02 
 
 		 245 aa  157  2e-37  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000251934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0684  pseudouridine synthase  35.59 
 
 		 239 aa  156  2e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>