More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0427 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007512  Plut_1756  transcription termination factor Rho  91.82 
 
 		 429 aa  815    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.147978  normal  0.349316 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0459  transcription termination factor Rho  92.54 
 
 		 429 aa  828    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0427  transcription termination factor Rho  100 
 
 		 429 aa  879    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000196448  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0424  transcription termination factor Rho  90.91 
 
 		 429 aa  811    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.00623615  normal  0.0254414 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0323  transcription termination factor Rho  93.71 
 
 		 429 aa  829    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0180092  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0393  transcription termination factor Rho  93.71 
 
 		 429 aa  831    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.023811  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0391  transcription termination factor Rho  91.14 
 
 		 429 aa  808    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000575661  normal  0.0124015 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1711  transcription termination factor Rho  64.58 
 
 		 437 aa  560  1e-158  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000145962  normal  0.971448 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3108  transcription termination factor Rho  64.29 
 
 		 415 aa  555  1e-157  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3713  transcription termination factor Rho  63.57 
 
 		 415 aa  555  1e-157  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000184202  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2695  transcription termination factor Rho  63.81 
 
 		 415 aa  556  1e-157  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000315458  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1025  transcription termination factor Rho  64.52 
 
 		 415 aa  555  1e-157  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0252595  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0376  transcription termination factor Rho  64.05 
 
 		 415 aa  553  1e-156  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000395561  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3808  transcription termination factor Rho  63.33 
 
 		 415 aa  553  1e-156  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3229  transcription termination factor Rho  62.95 
 
 		 415 aa  553  1e-156  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.0000000548676  normal  0.0477745 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2651  transcription termination factor Rho  63.33 
 
 		 415 aa  549  1e-155  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000111099  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4065  transcription termination factor Rho  63.1 
 
 		 415 aa  545  1e-154  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000187673  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0470  transcription termination factor Rho  62.86 
 
 		 414 aa  540  9.999999999999999e-153  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000467448  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3603  transcription termination factor Rho  66.23 
 
 		 573 aa  540  9.999999999999999e-153  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.177753  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0843  transcription termination factor Rho  61.28 
 
 		 415 aa  533  1e-150  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.0000000000858809  normal  0.0802102 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3070  transcription termination factor Rho  68.83 
 
 		 615 aa  532  1e-150  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.581675  hitchhiker  0.00476927 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2309  transcription termination factor Rho  67.02 
 
 		 518 aa  533  1e-150  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0139277  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4662  transcription termination factor Rho  64.1 
 
 		 604 aa  528  1e-149  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3619  transcription termination factor Rho  61.79 
 
 		 418 aa  528  1e-149  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3206  transcription termination factor Rho  61.48 
 
 		 421 aa  528  1e-149  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1503  transcription termination factor Rho  61.28 
 
 		 548 aa  526  1e-148  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000037905  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01045  transcription termination factor Rho  64.99 
 
 		 579 aa  527  1e-148  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0658  transcription termination factor Rho  60.52 
 
 		 418 aa  526  1e-148  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1295  transcription termination factor Rho  67.39 
 
 		 750 aa  527  1e-148  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.623564 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5202  transcription termination factor Rho  67.12 
 
 		 602 aa  525  1e-148  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.722557 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3656  transcription termination factor Rho  60.38 
 
 		 419 aa  526  1e-148  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.04416  normal  0.624434 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0807  transcription termination factor Rho  60.52 
 
 		 418 aa  526  1e-148  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2835  transcription termination factor Rho  59.33 
 
 		 418 aa  521  1e-147  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.182498 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1824  transcription termination factor Rho  62.38 
 
 		 422 aa  523  1e-147  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0768704 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4391  transcription termination factor Rho  60.53 
 
 		 421 aa  521  1e-147  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0137  transcription termination factor Rho  60.42 
 
 		 421 aa  524  1e-147  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000246562  normal  0.597575 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1778  transcription termination factor Rho  65.95 
 
 		 549 aa  523  1e-147  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0677  transcription termination factor Rho  60.1 
 
 		 415 aa  520  1e-146  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.0000000284119  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1005  transcription termination factor Rho  66.67 
 
 		 576 aa  519  1e-146  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.297296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3932  transcription termination factor Rho  60.29 
 
 		 421 aa  521  1e-146  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.713144  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0100  transcription termination factor Rho  60.53 
 
 		 421 aa  518  1e-146  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.581004  normal  0.035165 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0393  transcription termination factor Rho  61 
 
 		 421 aa  519  1e-146  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.557794 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0292  transcription termination factor Rho  60.77 
 
 		 421 aa  518  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0428  transcription termination factor Rho  61 
 
 		 421 aa  519  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1260  transcription termination factor Rho  59.57 
 
 		 422 aa  518  1e-146  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0491  transcription termination factor Rho  60.57 
 
 		 416 aa  520  1e-146  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000212536 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4258  transcription termination factor Rho  60.05 
 
 		 421 aa  518  1e-146  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.884099 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0059  transcription termination factor Rho  61.41 
 
 		 436 aa  516  1.0000000000000001e-145  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.121136  hitchhiker  0.0035916 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1563  transcription termination factor Rho  60.29 
 
 		 506 aa  514  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.657404 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0264  transcription termination factor Rho  67.68 
 
 		 512 aa  516  1.0000000000000001e-145  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2064  transcription termination factor Rho  59.1 
 
 		 421 aa  515  1.0000000000000001e-145  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.244754  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1842  transcription termination factor Rho  60.14 
 
 		 447 aa  515  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.205012  normal  0.660399 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1562  transcription termination factor Rho  61.14 
 
 		 449 aa  515  1.0000000000000001e-145  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.135636  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0298  transcription termination factor Rho  60.29 
 
 		 421 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2592  transcription termination factor Rho  60.66 
 
 		 418 aa  516  1.0000000000000001e-145  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00987626  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0163  transcription termination factor Rho  60.29 
 
 		 421 aa  515  1.0000000000000001e-145  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.386148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0120  transcription termination factor Rho  59.09 
 
 		 418 aa  516  1.0000000000000001e-145  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.342043  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0108  transcription termination factor Rho  60.53 
 
 		 421 aa  516  1.0000000000000001e-145  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.411018  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1226  transcription termination factor Rho  60.14 
 
 		 424 aa  517  1.0000000000000001e-145  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2845  transcription termination factor Rho  58.13 
 
 		 418 aa  515  1.0000000000000001e-145  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.495163  normal  0.0341841 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3474  transcription termination factor Rho  60.05 
 
 		 429 aa  516  1.0000000000000001e-145  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.169204  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0856  transcription termination factor Rho  58.87 
 
 		 421 aa  514  1.0000000000000001e-145  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.447055  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0332  transcription termination factor Rho  65.12 
 
 		 658 aa  511  1e-144  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1678  transcription termination factor Rho  59.9 
 
 		 447 aa  511  1e-144  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0702428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4288  transcription termination factor Rho  59.67 
 
 		 428 aa  511  1e-144  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0673197 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1984  transcription termination factor Rho  58.87 
 
 		 418 aa  513  1e-144  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0725  transcription termination factor Rho  61.56 
 
 		 417 aa  512  1e-144  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1968  transcription termination factor Rho  58.39 
 
 		 435 aa  513  1e-144  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.6615 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2130  transcription termination factor Rho  61.3 
 
 		 503 aa  513  1e-144  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00148034  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0690  transcription termination factor Rho  60.96 
 
 		 437 aa  512  1e-144  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0734  transcription termination factor Rho  60.24 
 
 		 437 aa  511  1e-144  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0367  transcription termination factor Rho  59 
 
 		 418 aa  513  1e-144  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.151601 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1456  transcription termination factor Rho  60.33 
 
 		 431 aa  511  1e-144  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00134709  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0726  transcription termination factor Rho  61.56 
 
 		 417 aa  512  1e-144  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.578535  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4194  transcription termination factor Rho  59.24 
 
 		 419 aa  509  1e-143  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000794569  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4305  transcription termination factor Rho  59.24 
 
 		 419 aa  509  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5214  transcription termination factor Rho  59 
 
 		 419 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00426874  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1001  transcription termination factor Rho  59.43 
 
 		 436 aa  510  1e-143  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4293  transcription termination factor Rho  59.24 
 
 		 419 aa  509  1e-143  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4197  transcription termination factor Rho  59.24 
 
 		 419 aa  509  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4146  transcription termination factor Rho  59.24 
 
 		 419 aa  509  1e-143  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4220  transcription termination factor Rho  59.24 
 
 		 419 aa  509  1e-143  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00203599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5215  transcription termination factor Rho  59.24 
 
 		 419 aa  509  1e-143  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5037  transcription termination factor Rho  59 
 
 		 419 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4246  transcription termination factor Rho  59.24 
 
 		 419 aa  509  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5456  transcription termination factor Rho  59 
 
 		 419 aa  509  1e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0234949 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5275  transcription termination factor Rho  59 
 
 		 419 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2055  transcription termination factor Rho  57.92 
 
 		 419 aa  508  1e-143  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.224008  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2210  transcription termination factor Rho  58.25 
 
 		 418 aa  509  1e-143  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000272927  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0584  transcription termination factor Rho  58.06 
 
 		 419 aa  509  1e-143  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.290432  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4143  transcription termination factor Rho  59.24 
 
 		 419 aa  509  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1377  transcription termination factor Rho  59.19 
 
 		 436 aa  510  1e-143  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0362049  normal  0.0185592 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2532  transcription termination factor Rho  61.1 
 
 		 422 aa  508  1e-143  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0009  transcription termination factor Rho  59.67 
 
 		 421 aa  509  1e-143  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.000000017892  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0499  transcription termination factor Rho  58.29 
 
 		 497 aa  509  1e-143  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.00000000619502  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4128  transcription termination factor Rho  59.24 
 
 		 419 aa  509  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4139  transcription termination factor Rho  59.24 
 
 		 419 aa  509  1e-143  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2184  transcription termination factor Rho  58.25 
 
 		 418 aa  509  1e-143  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.000000392995  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5123  transcription termination factor Rho  59 
 
 		 419 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.763827 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3999  transcription termination factor Rho  59.24 
 
 		 419 aa  509  1e-143  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>