More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0398 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0398  translation initiation factor IF-2  100 
 
 		 986 aa  1974    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0010836  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1588  translation initiation factor IF-2  52.98 
 
 		 883 aa  637    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0169841  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0255  translation initiation factor IF-2  44.27 
 
 		 979 aa  684    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0367  translation initiation factor IF-2  66.9 
 
 		 936 aa  1224    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000368497  normal  0.59996 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0139  translation initiation factor IF-2  39.62 
 
 		 908 aa  667    Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1779  translation initiation factor IF-2  82.66 
 
 		 915 aa  1198    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0123912  normal  0.0703365 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1462  translation initiation factor IF-2  72.22 
 
 		 1022 aa  1375    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.887341  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1586  translation initiation factor IF-2  52.56 
 
 		 884 aa  644    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000230757  normal  0.126599 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0402  translation initiation factor IF-2  73.34 
 
 		 911 aa  1103    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.000176778  normal  0.341297 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01335  putative translation initiation factor  53.09 
 
 		 943 aa  700    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1645  translation initiation factor IF-2  53.38 
 
 		 692 aa  640    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0509218  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3422  translation initiation factor IF-2  44.2 
 
 		 1008 aa  684    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1630  translation initiation factor IF-2  51.77 
 
 		 956 aa  692    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0032  translation initiation factor IF-2  52.11 
 
 		 1016 aa  659    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.247962 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0300  translation initiation factor IF-2  74.22 
 
 		 952 aa  1368    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0137727  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1309  translation initiation factor IF-2  60.2 
 
 		 924 aa  730    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0121044  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0963  translation initiation factor IF-2  52.44 
 
 		 921 aa  640    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0369  translation initiation factor IF-2  72.37 
 
 		 991 aa  1383    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0109319  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1215  translation initiation factor IF-2  52.44 
 
 		 1148 aa  665    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.16026  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1261  translation initiation factor IF-2  51.9 
 
 		 945 aa  699    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.817984  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1901  translation initiation factor IF-2  54.04 
 
 		 882 aa  634  1e-180  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.650972  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1155  translation initiation factor IF-2  54.36 
 
 		 732 aa  633  1e-180  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000874472  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1957  translation initiation factor IF-2  49.18 
 
 		 985 aa  632  1e-179  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1669  translation initiation factor IF-2  52.13 
 
 		 949 aa  630  1e-179  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2047  translation initiation factor IF-2  54.78 
 
 		 739 aa  629  1e-178  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3676  translation initiation factor IF-2  53.62 
 
 		 971 aa  627  1e-178  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.156109  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1302  translation initiation factor IF-2  49.16 
 
 		 986 aa  625  1e-177  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.454709  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3188  translation initiation factor IF-2  48.81 
 
 		 1029 aa  625  1e-177  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000140569  normal  0.29235 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2981  translation initiation factor IF-2  48.77 
 
 		 980 aa  622  1e-176  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.22631e-28 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2465  translation initiation factor IF-2  53.34 
 
 		 689 aa  615  1e-175  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000966946  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1662  translation initiation factor IF-2  50.65 
 
 		 822 aa  613  9.999999999999999e-175  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.775404  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07840  translation initiation factor IF-2  52.82 
 
 		 686 aa  613  9.999999999999999e-175  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3851  translation initiation factor IF-2  53 
 
 		 686 aa  612  1e-173  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.970916  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1050  translation initiation factor 2  51.23 
 
 		 903 aa  611  1e-173  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000107022  unclonable  0.0000000303018 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0653  translation initiation factor IF-2  51.41 
 
 		 1204 aa  611  1e-173  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.696738  normal  0.0609071 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2827  translation initiation factor IF-2  47.54 
 
 		 885 aa  611  1e-173  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00613346 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3860  translation initiation factor IF-2  53 
 
 		 686 aa  612  1e-173  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000141928  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3389  translation initiation factor IF-2  47.21 
 
 		 896 aa  611  1e-173  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.479948  hitchhiker  0.00172114 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3664  translation initiation factor IF-2  52.32 
 
 		 686 aa  605  9.999999999999999e-173  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3554  translation initiation factor IF-2  52.66 
 
 		 686 aa  608  9.999999999999999e-173  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3572  translation initiation factor IF-2  52.66 
 
 		 686 aa  608  9.999999999999999e-173  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1051  translation initiation factor IF-2  54.15 
 
 		 845 aa  608  9.999999999999999e-173  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000251511  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1555  translation initiation factor IF-2  50.76 
 
 		 947 aa  608  9.999999999999999e-173  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000482401  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3950  translation initiation factor IF-2  52.32 
 
 		 686 aa  605  9.999999999999999e-173  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.373868  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0926  translation initiation factor IF-2  50.49 
 
 		 888 aa  608  9.999999999999999e-173  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0148793  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0067  translation initiation factor 2  49.02 
 
 		 907 aa  607  9.999999999999999e-173  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00109363  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3911  translation initiation factor IF-2  52.66 
 
 		 686 aa  608  9.999999999999999e-173  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1333  translation initiation factor IF-2  52.32 
 
 		 688 aa  605  1.0000000000000001e-171  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0112644  hitchhiker  0.000569775 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1106  translation initiation factor IF-2  50.26 
 
 		 896 aa  605  1.0000000000000001e-171  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3635  translation initiation factor IF-2  53.05 
 
 		 688 aa  603  1.0000000000000001e-171  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0196676  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1810  translation initiation factor IF-2  51.12 
 
 		 920 aa  603  1.0000000000000001e-171  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0893364  normal  0.24179 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0457  translation initiation factor IF-2  51.83 
 
 		 1161 aa  600  1e-170  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3561  translation initiation factor IF-2  49.6 
 
 		 894 aa  600  1e-170  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000180014 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3060  translation initiation factor IF-2  51.26 
 
 		 896 aa  600  1e-170  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.382802  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1204  translation initiation factor IF-2  50.43 
 
 		 885 aa  595  1e-169  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0900  translation initiation factor IF-2  47.14 
 
 		 882 aa  597  1e-169  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.437883  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0836  translation initiation factor IF-2  51.66 
 
 		 720 aa  593  1e-168  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0697  translation initiation factor IF-2  48.18 
 
 		 922 aa  592  1e-168  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.248102  normal  0.307496 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1117  translation initiation factor IF-2  49.92 
 
 		 964 aa  594  1e-168  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.988321  normal  0.615167 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1228  translation initiation factor IF-2  47.87 
 
 		 962 aa  593  1e-168  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00145036  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1030  translation initiation factor IF-2  50.26 
 
 		 889 aa  594  1e-168  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000967139 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1128  translation initiation factor IF-2  50.09 
 
 		 880 aa  591  1e-167  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.247429  unclonable  0.0000000000185319 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3280  translation initiation factor IF-2  50.09 
 
 		 880 aa  591  1e-167  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0131  translation initiation factor IF-2  50.43 
 
 		 871 aa  589  1e-167  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2452  translation initiation factor IF-2  49.4 
 
 		 904 aa  592  1e-167  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00150352  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1210  translation initiation factor IF-2  50.23 
 
 		 964 aa  592  1e-167  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3417  translation initiation factor IF-2  50.09 
 
 		 880 aa  591  1e-167  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0572462  hitchhiker  0.00115564 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3239  translation initiation factor IF-2  50.09 
 
 		 880 aa  591  1e-167  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.432211  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1007  translation initiation factor IF-2  50.09 
 
 		 884 aa  590  1e-167  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.605303  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2834  translation initiation factor IF-2  49.91 
 
 		 880 aa  592  1e-167  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1026  translation initiation factor IF-2  50.09 
 
 		 885 aa  592  1e-167  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.748082  hitchhiker  0.0000041871 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1091  translation initiation factor IF-2  50.09 
 
 		 885 aa  592  1e-167  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.193665  normal  0.0905739 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3727  translation initiation factor 2  50.35 
 
 		 949 aa  589  1e-167  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2433  translation initiation factor IF-2  49.83 
 
 		 1079 aa  590  1e-167  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.189984  normal  0.802602 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2203  translation initiation factor IF-2  49.91 
 
 		 889 aa  587  1e-166  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0598  translation initiation factor IF-2  50.96 
 
 		 891 aa  586  1e-166  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.223745  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0149  translation initiation factor IF-2  49.83 
 
 		 854 aa  587  1e-166  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00379745  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1355  translation initiation factor IF-2  52.01 
 
 		 705 aa  589  1e-166  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.657841  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09360  translation initiation factor IF-2  53.72 
 
 		 941 aa  587  1e-166  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0912391  normal  0.894138 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3162  translation initiation factor IF-2  48.17 
 
 		 984 aa  587  1e-166  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0171  translation initiation factor IF-2  50.43 
 
 		 871 aa  587  1e-166  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00654664  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2031  translation initiation factor IF-2  50.48 
 
 		 979 aa  586  1e-166  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00715867 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0495  translation initiation factor IF-2  47.29 
 
 		 892 aa  586  1e-166  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.221081  normal  0.759489 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0990  translation initiation factor IF-2  49.74 
 
 		 881 aa  589  1e-166  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.106597  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1329  translation initiation factor IF-2  52.01 
 
 		 705 aa  589  1e-166  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03396  translation initiation factor IF-2  51.31 
 
 		 894 aa  586  1e-166  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1289  translation initiation factor IF-2  50.32 
 
 		 964 aa  583  1.0000000000000001e-165  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0908085  normal  0.772813 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1012  translation initiation factor IF-2  51.39 
 
 		 854 aa  584  1.0000000000000001e-165  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000000897592  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0993  translation initiation factor IF-2  55.45 
 
 		 668 aa  584  1.0000000000000001e-165  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000676499  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0830  translation initiation factor IF-2  50.69 
 
 		 879 aa  584  1.0000000000000001e-165  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.122611  unclonable  0.0000000598475 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0489  translation initiation factor IF-2  49.74 
 
 		 895 aa  584  1.0000000000000001e-165  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.160314 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0174  translation initiation factor IF-2  50.35 
 
 		 898 aa  584  1.0000000000000001e-165  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00015566  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01760  translation initiation factor IF-2  48.2 
 
 		 868 aa  584  1.0000000000000001e-165  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.35104  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2513  translation initiation factor IF-2  50.34 
 
 		 1079 aa  585  1.0000000000000001e-165  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002609  translation initiation factor 2  48.89 
 
 		 902 aa  581  1e-164  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0059  translation initiation factor IF-2  49.91 
 
 		 997 aa  579  1e-164  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2414  translation initiation factor IF-2  48.13 
 
 		 940 aa  581  1e-164  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1435  translation initiation factor IF-2  52.03 
 
 		 860 aa  580  1e-164  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0755934  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1493  translation initiation factor IF-2  50.09 
 
 		 838 aa  580  1e-164  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.00496659  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0961  translation initiation factor IF-2  50.26 
 
 		 882 aa  582  1e-164  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.875845  normal  0.117843 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>