242 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0307 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0307  50S ribosomal protein L30  100 
 
 		 66 aa  135  2e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0473987  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2405  50S ribosomal protein L30  85 
 
 		 61 aa  110  5e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0137776  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0199  50S ribosomal protein L30  86.89 
 
 		 61 aa  110  8.000000000000001e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.166144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2211  50S ribosomal protein L30  78.69 
 
 		 61 aa  103  9e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000289447  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2046  50S ribosomal protein L30  75.41 
 
 		 62 aa  101  4e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00780916  normal  0.406407 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2278  50S ribosomal protein L30  76.67 
 
 		 61 aa  94.4  5e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.00000000449635  hitchhiker  0.00309208 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1833  50S ribosomal protein L30  74.58 
 
 		 63 aa  93.2  1e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.188636  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2628  50S ribosomal protein L30  62.5 
 
 		 61 aa  66.2  0.0000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.115062  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0600  50S ribosomal protein L30  60.71 
 
 		 61 aa  64.7  0.0000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5142  ribosomal protein L30  58.93 
 
 		 61 aa  63.9  0.0000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.632245 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3125  50S ribosomal protein L30  55.36 
 
 		 62 aa  62.4  0.000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2160  ribosomal protein L30  53.33 
 
 		 63 aa  61.6  0.000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0544492  normal  0.73473 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0324  50S ribosomal protein L30P  57.14 
 
 		 60 aa  61.2  0.000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00151243 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0233  50S ribosomal protein L30  54.55 
 
 		 59 aa  60.8  0.000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000351817  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1506  ribosomal protein L30  50 
 
 		 60 aa  60.5  0.000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.41299  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0733  ribosomal protein L30  55.36 
 
 		 62 aa  59.7  0.00000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2259  50S ribosomal protein L30  54.55 
 
 		 59 aa  59.3  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00380843  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4361  ribosomal protein L30  51.79 
 
 		 59 aa  58.9  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000836724  normal  0.0761791 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2300  50S ribosomal protein L30  54.55 
 
 		 59 aa  59.3  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.818228  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10736  50S ribosomal protein L30  57.41 
 
 		 65 aa  59.3  0.00000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.00000107725  normal  0.417501 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5029  50S ribosomal protein L30  55.36 
 
 		 61 aa  59.3  0.00000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  hitchhiker  0.0000128267  normal  0.550586 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6031  50S ribosomal protein L30  55.36 
 
 		 61 aa  58.5  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.13747 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23620  LSU ribosomal protein L30P  53.57 
 
 		 59 aa  58.5  0.00000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.844957  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1340  50S ribosomal protein L30  55.36 
 
 		 59 aa  58.2  0.00000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00168719  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1813  50S ribosomal protein L30  50.91 
 
 		 60 aa  57.8  0.00000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0860  ribosomal protein L30  49.21 
 
 		 66 aa  57  0.00000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0176  ribosomal protein L30  46.67 
 
 		 60 aa  57  0.00000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000191615  hitchhiker  0.000355415 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3804  ribosomal protein L30  47.37 
 
 		 61 aa  56.2  0.0000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00029637  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3983  50S ribosomal protein L30  47.37 
 
 		 59 aa  56.2  0.0000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.234859  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0304  ribosomal protein L30  51.79 
 
 		 59 aa  56.2  0.0000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00111257  normal  0.144172 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0166  50S ribosomal protein L30  45.9 
 
 		 62 aa  56.2  0.0000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000187774  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0341  50S ribosomal protein L30  47.37 
 
 		 59 aa  56.2  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00191247  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4297  50S ribosomal protein L30  53.57 
 
 		 60 aa  56.6  0.0000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00294158 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3905  50S ribosomal protein L30  53.57 
 
 		 60 aa  56.2  0.0000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0899974  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03153  50S ribosomal protein L30  49.12 
 
 		 59 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00272403  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0411  ribosomal protein L30  49.12 
 
 		 59 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000158772  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23290  LSU ribosomal protein L30P  51.72 
 
 		 64 aa  55.8  0.0000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0884067  hitchhiker  0.00000565029 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3496  50S ribosomal protein L30  49.12 
 
 		 59 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000235964  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3687  50S ribosomal protein L30  49.12 
 
 		 59 aa  55.8  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000288891  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0411  50S ribosomal protein L30  49.12 
 
 		 59 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000870321  hitchhiker  0.00000243699 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0346  ribosomal protein L30  49.12 
 
 		 60 aa  56.2  0.0000002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0149627  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4625  50S ribosomal protein L30  49.12 
 
 		 59 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000160254  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0423  50S ribosomal protein L30  47.37 
 
 		 59 aa  55.8  0.0000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0858998  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3785  50S ribosomal protein L30  49.12 
 
 		 59 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000084288  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03104  hypothetical protein  49.12 
 
 		 59 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00160317  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3597  50S ribosomal protein L30  49.12 
 
 		 59 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0159663  normal  0.022282 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3726  50S ribosomal protein L30  47.37 
 
 		 59 aa  55.5  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.990578  normal  0.0950772 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1120  50S ribosomal protein L30  51.72 
 
 		 61 aa  55.5  0.0000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.481118  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00748  50S ribosomal protein L30  45.45 
 
 		 58 aa  55.1  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3618  50S ribosomal protein L30  47.37 
 
 		 59 aa  55.5  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0118319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3789  50S ribosomal protein L30  47.37 
 
 		 59 aa  55.5  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.143721  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3618  50S ribosomal protein L30  47.37 
 
 		 59 aa  55.5  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00151537  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3691  50S ribosomal protein L30  47.37 
 
 		 59 aa  55.5  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0510411  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2156  50S ribosomal protein L30  45.45 
 
 		 58 aa  55.1  0.0000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000499402  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001724  LSU ribosomal protein L30p (L7e)  45.45 
 
 		 58 aa  54.7  0.0000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000860316  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2641  ribosomal protein L30  50 
 
 		 60 aa  54.7  0.0000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3733  50S ribosomal protein L30  47.37 
 
 		 59 aa  55.1  0.0000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000176157  hitchhiker  0.00372314 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3320  50S ribosomal protein L30  45.76 
 
 		 60 aa  54.3  0.0000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00901204  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4526  50S ribosomal protein L30  43.86 
 
 		 59 aa  54.3  0.0000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000879323  hitchhiker  0.000148464 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0949  50S ribosomal protein L30  51.79 
 
 		 60 aa  54.3  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.235553  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20690  LSU ribosomal protein L30P  46.43 
 
 		 60 aa  54.3  0.0000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3688  ribosomal protein L30  51.79 
 
 		 60 aa  54.3  0.0000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.00000284143  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0619  ribosomal protein L30  44.83 
 
 		 61 aa  53.9  0.0000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.191878  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0605  ribosomal protein L30  50 
 
 		 60 aa  53.9  0.0000007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.243208  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0301  50S ribosomal protein L30  43.86 
 
 		 59 aa  53.9  0.0000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000735954  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4489  ribosomal protein L30  48.21 
 
 		 60 aa  53.9  0.0000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0645  ribosomal protein L30  48.21 
 
 		 60 aa  53.9  0.0000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0078  50S ribosomal protein L30  46.67 
 
 		 60 aa  53.9  0.0000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0903493  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3896  50S ribosomal protein L30  43.86 
 
 		 59 aa  53.9  0.0000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000209135  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0337  50S ribosomal protein L30  44.07 
 
 		 60 aa  53.9  0.0000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000664675  unclonable  0.000000038279 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2958  50S ribosomal protein L30  47.62 
 
 		 68 aa  53.9  0.0000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0270162  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3506  ribosomal protein L30  48.15 
 
 		 58 aa  53.5  0.0000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000460865  hitchhiker  0.000000075211 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3001  50S ribosomal protein L30  48.28 
 
 		 60 aa  53.5  0.0000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0537795  normal  0.0504923 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0297  50S ribosomal protein L30P  42.19 
 
 		 65 aa  53.5  0.0000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.00000000000859668  hitchhiker  0.00000207421 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4672  ribosomal protein L30  43.33 
 
 		 60 aa  53.1  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000104117  unclonable  0.00000000820737 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0776  50S ribosomal protein L30  50 
 
 		 59 aa  53.5  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000050093  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0217  50S ribosomal protein L30  43.33 
 
 		 60 aa  53.1  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000105847  unclonable  0.0000000000126926 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1889  50S ribosomal protein L30  46.43 
 
 		 60 aa  53.1  0.000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0217  50S ribosomal protein L30  43.33 
 
 		 60 aa  53.1  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000799433  hitchhiker  0.000000000956055 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0267  50S ribosomal protein L30  46.55 
 
 		 63 aa  52.8  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.16996  hitchhiker  0.00743529 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2821  50S ribosomal protein L30  46.55 
 
 		 60 aa  52.4  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.238696  normal  0.243188 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0076  50S ribosomal protein L30  45.45 
 
 		 59 aa  52.4  0.000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.663543  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2614  50S ribosomal protein L30  46.55 
 
 		 60 aa  52.4  0.000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.177274  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0345  50S ribosomal protein L30  46.55 
 
 		 60 aa  52.8  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.123094  normal  0.0645299 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29560  LSU ribosomal protein L30P  48.21 
 
 		 60 aa  52.4  0.000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.349049  normal  0.73381 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3758  50S ribosomal protein L30  46.55 
 
 		 60 aa  52.4  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0279178  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3465  50S ribosomal protein L30  46.55 
 
 		 60 aa  52.8  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0155512  normal  0.071059 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0294  50S ribosomal protein L30  46.55 
 
 		 60 aa  52.8  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000487608  normal  0.0630356 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2741  50S ribosomal protein L30  46.55 
 
 		 60 aa  52.8  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0301719  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2137  50S ribosomal protein L30P  51.79 
 
 		 61 aa  52.4  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0274633  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0212  50S ribosomal protein L30  43.33 
 
 		 60 aa  52.8  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00049871  hitchhiker  0.00666763 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2315  ribosomal protein L30  44.83 
 
 		 60 aa  52.4  0.000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0059609  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0285  50S ribosomal protein L30  46.55 
 
 		 60 aa  52.8  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.104363  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3151  50S ribosomal protein L30  46.55 
 
 		 60 aa  52.4  0.000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0153482  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1335  50S ribosomal protein L30  47.54 
 
 		 61 aa  52.4  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.227269 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1942  50S ribosomal protein L30  46.55 
 
 		 60 aa  52.4  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.428807  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3728  50S ribosomal protein L30  46.55 
 
 		 60 aa  52.4  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00881974  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3786  50S ribosomal protein L30  46.55 
 
 		 60 aa  52.4  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3496  50S ribosomal protein L30  46.55 
 
 		 60 aa  52.4  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.943573  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0269  ribosomal protein L30  44.64 
 
 		 60 aa  52.4  0.000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>