More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0290 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0290  50S ribosomal protein L4  100 
 
 		 212 aa  430  1e-120  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2228  50S ribosomal protein L4  83.65 
 
 		 208 aa  355  3.9999999999999996e-97  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169782  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1850  50S ribosomal protein L4  80.29 
 
 		 208 aa  348  3e-95  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.264817  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2422  50S ribosomal protein L4  80.77 
 
 		 208 aa  345  3e-94  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00578828  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0181  50S ribosomal protein L4  78.37 
 
 		 208 aa  343  1e-93  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000196789  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2063  50S ribosomal protein L4  69.57 
 
 		 208 aa  296  1e-79  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000340203  normal  0.385687 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2295  50S ribosomal protein L4  73.56 
 
 		 208 aa  295  4e-79  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0333756  hitchhiker  0.00351228 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0603  ribosomal protein L4/L1e  49.52 
 
 		 209 aa  202  2e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4344  50S ribosomal protein L4  50.72 
 
 		 209 aa  203  2e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000409516  normal  0.126717 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0396  50S ribosomal protein L4  49.28 
 
 		 209 aa  196  2.0000000000000003e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1148  50S ribosomal protein L4  46.86 
 
 		 209 aa  193  2e-48  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0000671055  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0196  50S ribosomal protein L4  48.79 
 
 		 210 aa  189  2e-47  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.371225 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05720  50S ribosomal protein L4  47.83 
 
 		 208 aa  189  2.9999999999999997e-47  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.316206  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3161  50S ribosomal protein L4  47.34 
 
 		 208 aa  189  4e-47  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.614669 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5786  ribosomal protein L4/L1e  46.57 
 
 		 209 aa  187  7e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.116422 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0843  ribosomal protein L4/L1e  45.89 
 
 		 214 aa  184  8e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1616  ribosomal protein L4/L1e  47.29 
 
 		 212 aa  184  8e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1937  50S ribosomal protein L4  46.34 
 
 		 209 aa  182  2.0000000000000003e-45  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0106  50S ribosomal protein L4  46.38 
 
 		 207 aa  176  3e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000544936  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0111  50S ribosomal protein L4  46.38 
 
 		 207 aa  175  4e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000572324  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0132  50S ribosomal protein L4  46.38 
 
 		 207 aa  175  4e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000136863  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0111  50S ribosomal protein L4  46.38 
 
 		 207 aa  175  4e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000900585  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0107  50S ribosomal protein L4  46.38 
 
 		 207 aa  175  4e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  2.56557e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0105  50S ribosomal protein L4  46.38 
 
 		 207 aa  175  4e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000256275  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5194  50S ribosomal protein L4  46.38 
 
 		 207 aa  175  4e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000834057  unclonable  1.98377e-25 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0111  50S ribosomal protein L4  46.38 
 
 		 207 aa  175  4e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000163463  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0123  50S ribosomal protein L4  46.38 
 
 		 207 aa  175  4e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.21989e-61 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0142  50S ribosomal protein L4  46.38 
 
 		 207 aa  175  4e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000690155  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3666  50S ribosomal protein L4  45.32 
 
 		 206 aa  174  9.999999999999999e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000305367  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0105  50S ribosomal protein L4  45.41 
 
 		 207 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000104823  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0287  50S ribosomal protein L4  46.31 
 
 		 206 aa  172  3.9999999999999995e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0371511  hitchhiker  0.00627174 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0216  50S ribosomal protein L4  46.57 
 
 		 206 aa  172  5e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000320704  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0868  50S ribosomal protein L4  44.06 
 
 		 206 aa  169  2e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000685593  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0112  50S ribosomal protein L4  44.55 
 
 		 207 aa  169  3e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000123482  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16230  ribosomal protein L4  43.9 
 
 		 207 aa  168  5e-41  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.308573  decreased coverage  0.0000000146284 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0193  ribosomal protein L4/L1e  42.45 
 
 		 214 aa  166  2e-40  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2710  ribosomal protein L4/L1e  46.31 
 
 		 206 aa  166  2e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000254915  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1573  ribosomal protein L4/L1e  43.69 
 
 		 207 aa  165  4e-40  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000791532  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0108  50S ribosomal protein L4  44.06 
 
 		 207 aa  164  6.9999999999999995e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2904  50S ribosomal protein L4  40.98 
 
 		 208 aa  163  2.0000000000000002e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000879055  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0695  50S ribosomal protein L4  42.72 
 
 		 208 aa  162  3e-39  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0226  ribosomal protein L4/L1e  42.36 
 
 		 207 aa  161  7e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0423  50S ribosomal protein L4  42.72 
 
 		 207 aa  160  1e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000203712  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0195  LSU ribosomal protein L4P  42.23 
 
 		 207 aa  160  1e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00135777  normal  0.0747506 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1183  ribosomal protein L4/L1e  45.63 
 
 		 208 aa  160  1e-38  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000000599505  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2332  ribosomal protein L4/L1e  42.03 
 
 		 207 aa  160  1e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000847375  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl124  50S ribosomal protein L4  42.93 
 
 		 208 aa  159  2e-38  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000604234  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1744  50S ribosomal protein L4  42.08 
 
 		 208 aa  159  2e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000318286  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1523  ribosomal protein L4/L1e  41.67 
 
 		 207 aa  160  2e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.790483  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2459  50S ribosomal protein L4P  41.95 
 
 		 207 aa  158  5e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0863955 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01180  ribosomal protein L4/L1e  42.08 
 
 		 209 aa  158  5e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000715314  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2713  50S ribosomal protein L4  41.09 
 
 		 204 aa  158  5e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2398  50S ribosomal protein L4  41.09 
 
 		 204 aa  157  1e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000730975  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2064  50S ribosomal protein L4  41.26 
 
 		 206 aa  155  4e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.00000000000384651  normal  0.231159 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1764  50S ribosomal protein L4  42.93 
 
 		 206 aa  154  7e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00135584  normal  0.669415 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2401  50S ribosomal protein L4  43 
 
 		 208 aa  154  8e-37  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000036372  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2317  50S ribosomal protein L4  41.67 
 
 		 207 aa  153  1e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000134967  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2276  50S ribosomal protein L4  41.67 
 
 		 207 aa  153  1e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000009811  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1347  50S ribosomal protein L4  40 
 
 		 206 aa  150  1e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3704  50S ribosomal protein L4  44.55 
 
 		 210 aa  149  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0490  50S ribosomal protein L4  41.75 
 
 		 209 aa  149  2e-35  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.789827  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0963  ribosomal protein L4/L1e  45.41 
 
 		 207 aa  149  3e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000403747  hitchhiker  0.0000000000267396 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1830  50S ribosomal protein L4  39.71 
 
 		 207 aa  149  4e-35  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0478396  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0080  50S ribosomal protein L4  41.95 
 
 		 206 aa  149  4e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.186923 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4004  ribosomal protein L4/L1e  40.38 
 
 		 215 aa  148  6e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.070535  normal  0.716068 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0059  50S ribosomal protein L4  41.75 
 
 		 207 aa  147  9e-35  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0599605  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0759  50S ribosomal protein L4  39.8 
 
 		 207 aa  146  2.0000000000000003e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000566858  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3011  50S ribosomal protein L4  41.23 
 
 		 212 aa  146  2.0000000000000003e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00787083 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1906  50S ribosomal protein L4  41.26 
 
 		 207 aa  145  3e-34  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000335339  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0954  50S ribosomal protein L4  38.91 
 
 		 221 aa  145  3e-34  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.000000111144  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0768  50S ribosomal protein L4  37.02 
 
 		 211 aa  145  4.0000000000000006e-34  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000241518  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1482  50S ribosomal protein L4  40.2 
 
 		 207 aa  145  4.0000000000000006e-34  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000984788  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0681  50S ribosomal protein L4  38.05 
 
 		 207 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.486374  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0661  50S ribosomal protein L4  40.59 
 
 		 210 aa  145  5e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00000586581  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1556  ribosomal protein L4/L1e  39.71 
 
 		 207 aa  145  6e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0427554  normal  0.977876 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0563  50S ribosomal protein L4/L1e  39.61 
 
 		 216 aa  144  7.0000000000000006e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0702  50S ribosomal protein L4  39.47 
 
 		 206 aa  144  8.000000000000001e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000569503  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10010  LSU ribosomal protein L4P  44.04 
 
 		 207 aa  144  8.000000000000001e-34  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.0000045126  hitchhiker  0.00000000148432 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4916  ribosomal protein L4/L1e  42.31 
 
 		 209 aa  143  2e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.1186  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2856  50S ribosomal protein L4  39.58 
 
 		 207 aa  143  2e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.400345  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2256  50S ribosomal protein L4  39.02 
 
 		 206 aa  143  2e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000129639  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0596  50S ribosomal protein L4P  41.21 
 
 		 207 aa  142  3e-33  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000475036  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5125  ribosomal protein L4/L1e  42.05 
 
 		 223 aa  142  4e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2687  50S ribosomal protein L4  40.58 
 
 		 206 aa  142  4e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0662732  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3142  ribosomal protein L4/L1e  39.41 
 
 		 221 aa  142  5e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.083105  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2658  ribosomal protein L4/L1e  40 
 
 		 228 aa  141  8e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1837  ribosomal protein L4/L1e  38.57 
 
 		 215 aa  141  8e-33  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00300997  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2560  50S ribosomal protein L4/L1e  40.48 
 
 		 210 aa  141  9e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0559575  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0266  50S ribosomal protein L4  39.79 
 
 		 200 aa  140  9.999999999999999e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000651042  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2773  50S ribosomal protein L4  39.71 
 
 		 206 aa  139  1.9999999999999998e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0187174  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1137  50S ribosomal protein L4  36.36 
 
 		 223 aa  140  1.9999999999999998e-32  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000824266  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0716  ribosomal protein L4/L1e  37.2 
 
 		 223 aa  138  4.999999999999999e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0225  ribosomal protein L4/L1e  47.88 
 
 		 210 aa  137  1e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0588  ribosomal protein L4/L1e  41.04 
 
 		 228 aa  137  2e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.290054  normal  0.451966 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1293  50S ribosomal protein L4  40.59 
 
 		 210 aa  137  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.0000205733  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1124  ribosomal protein L4/L1e  41.36 
 
 		 248 aa  136  3.0000000000000003e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03990  LSU ribosomal protein L4P  40.1 
 
 		 228 aa  135  4e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1087  50S ribosomal protein L4  40.1 
 
 		 215 aa  135  4e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.10489 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0307  50S ribosomal protein L4P  40.41 
 
 		 220 aa  135  4e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00224676 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29730  LSU ribosomal protein L4P  39.51 
 
 		 234 aa  135  5e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.379343 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>