108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0230 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0230  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 		 325 aa  669    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1018  putative PAS/PAC sensor protein  54.68 
 
 		 332 aa  354  1e-96  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.377599  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0562  putative PAS/PAC sensor protein  54.08 
 
 		 332 aa  343  2.9999999999999997e-93  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1247  putative PAS/PAC sensor protein  53.77 
 
 		 327 aa  321  9.999999999999999e-87  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.977121  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1598  putative PAS/PAC sensor protein  51.27 
 
 		 326 aa  313  1.9999999999999998e-84  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1252  putative PAS/PAC sensor protein  45.37 
 
 		 303 aa  271  8.000000000000001e-72  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1028  putative PAS/PAC sensor protein  45.48 
 
 		 330 aa  266  2.9999999999999995e-70  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2687  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  52.08 
 
 		 554 aa  186  5e-46  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1298  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.57 
 
 		 442 aa  171  2e-41  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0872  histidine kinase  41.56 
 
 		 585 aa  160  2e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.266432  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1654  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.5 
 
 		 1115 aa  161  2e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1879  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.98 
 
 		 604 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1413  transcriptional regulator  67.37 
 
 		 112 aa  142  6e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.946834  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2111  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.31 
 
 		 682 aa  129  6e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0952  hypothetical protein  59.8 
 
 		 115 aa  128  2.0000000000000002e-28  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.411513 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1426  hypothetical protein  55.1 
 
 		 119 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2187  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.02 
 
 		 705 aa  113  4.0000000000000004e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1431  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  38.54 
 
 		 806 aa  112  6e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.333003  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3565  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.33 
 
 		 641 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2461  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.78 
 
 		 575 aa  108  9.000000000000001e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1165  hypothetical protein  55.32 
 
 		 113 aa  108  2e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.758935 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3012  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.65 
 
 		 619 aa  106  6e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.299906  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0779  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.57 
 
 		 434 aa  103  3e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2043  cyclic nucleotide-binding  33.86 
 
 		 439 aa  101  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3129  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.9 
 
 		 777 aa  100  3e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.765489  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2163  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  42.61 
 
 		 575 aa  100  3e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1839  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.64 
 
 		 763 aa  99.4  7e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.338108 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0328  putative PAS/PAC sensor protein  41.78 
 
 		 365 aa  95.9  9e-19  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2356  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.1 
 
 		 602 aa  94.4  2e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3468  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.97 
 
 		 745 aa  91.3  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0436703 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2550  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.02 
 
 		 412 aa  89.7  6e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.665651  normal  0.63887 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3572  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.39 
 
 		 1341 aa  84.7  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4378  multi-sensor signal transduction histidine kinase  58.57 
 
 		 773 aa  84.7  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1413  putative PAS/PAC sensor protein  30.68 
 
 		 1251 aa  82.8  0.000000000000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.629832 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2811  transcriptional regulator  41.49 
 
 		 99 aa  82.4  0.00000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1411  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.21 
 
 		 673 aa  80.5  0.00000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.352206  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1300  transcriptional regulator  43.18 
 
 		 106 aa  77.8  0.0000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.223469  normal  0.471432 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1486  hypothetical protein  36.17 
 
 		 104 aa  70.1  0.00000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0003803  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1117  putative PAS/PAC sensor protein  32.77 
 
 		 193 aa  68.6  0.0000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.476546 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3395  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.14 
 
 		 834 aa  68.6  0.0000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0472  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.35 
 
 		 853 aa  68.6  0.0000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000400428 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.62 
 
 		 853 aa  68.2  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1630  putative transcriptional regulator  35.79 
 
 		 120 aa  68.2  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.917024  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2194  histidine kinase  30.63 
 
 		 609 aa  68.2  0.0000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0470  hypothetical protein  35.79 
 
 		 120 aa  67.4  0.0000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0242594 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4062  hypothetical protein  35.56 
 
 		 147 aa  66.6  0.0000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4430  hypothetical protein  35.56 
 
 		 147 aa  66.6  0.0000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1599  ArsR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 103 aa  66.6  0.0000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.556289  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4890  putative transcriptional regulator  39.29 
 
 		 98 aa  66.2  0.0000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.040811  normal  0.40753 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0718  sensory box histidine kinase/response regulator  29.05 
 
 		 589 aa  66.2  0.0000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.97168  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3394  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.65 
 
 		 560 aa  65.9  0.0000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2973  hypothetical protein  38.53 
 
 		 137 aa  65.9  0.0000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4544  hypothetical protein  36.05 
 
 		 156 aa  65.9  0.0000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.234964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0239  hypothetical protein  40.91 
 
 		 96 aa  64.7  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.15068  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0803  hypothetical protein  36.67 
 
 		 129 aa  64.3  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.80068 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1682  putative transcriptional regulator, ArsR family  35.56 
 
 		 117 aa  65.1  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2000  transcriptional regulator  37.08 
 
 		 94 aa  64.7  0.000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3137  hypothetical protein  38.64 
 
 		 127 aa  63.2  0.000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.581839  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0225  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.19 
 
 		 1418 aa  61.6  0.00000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.180068  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2491  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 393 aa  60.8  0.00000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.116073 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2159  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.22 
 
 		 439 aa  60.5  0.00000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0525823 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0369  putative PAS/PAC sensor protein  30.84 
 
 		 198 aa  60.8  0.00000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.406027  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2484  putative Crp/Fnr family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 389 aa  60.8  0.00000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.399715  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3014  transcriptional regulator, MarR/EmrR family  36.05 
 
 		 98 aa  60.1  0.00000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0765911 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36190  hypothetical protein  37.36 
 
 		 101 aa  59.7  0.00000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1184  transcriptional regulator, ArsR family  35.23 
 
 		 99 aa  59.3  0.00000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG2225  hypothetical protein  36.9 
 
 		 89 aa  58.5  0.0000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000123017 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0422  transcriptional regulator  38.96 
 
 		 99 aa  58.9  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0710  transcriptional regulator, ArsR family  33.71 
 
 		 111 aa  58.2  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.265772 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0889  putative transcriptional regulator  32.95 
 
 		 95 aa  58.5  0.0000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.343594  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0139  transcriptional regulator  39.47 
 
 		 80 aa  58.2  0.0000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1715  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.29 
 
 		 749 aa  57.8  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0081  transcriptional regulator, MarR/EmrR family protein  33.72 
 
 		 103 aa  57  0.0000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3450  hypothetical protein  35.16 
 
 		 101 aa  56.6  0.0000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0490383 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2689  putative transcriptional regulator  32.56 
 
 		 126 aa  56.6  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.515825  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0060  regulatory protein, ArsR  33.72 
 
 		 126 aa  56.2  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.384966 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7857  hypothetical protein  32.56 
 
 		 126 aa  56.2  0.0000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.739073  normal  0.172696 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0904  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.43 
 
 		 785 aa  54.7  0.000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2191  regulatory protein, ArsR  33.75 
 
 		 138 aa  53.9  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1698  transcriptional regulator  37.35 
 
 		 104 aa  53.9  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.354656  normal  0.781335 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0400  PAS sensor signal transduction histidine kinase  30 
 
 		 436 aa  53.9  0.000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.257658  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0611  transcriptional regulator, MarR/EmrR family  32.95 
 
 		 112 aa  53.1  0.000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.254501 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4596  hypothetical protein  32.97 
 
 		 100 aa  53.1  0.000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0505761  normal  0.332896 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2579  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 99 aa  52.8  0.000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0308  transcriptional regulator, MarR/EmrR family protein  29.21 
 
 		 97 aa  52.8  0.000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.762623 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2542  transcriptional regulator, MarR/EmrR family protein  34.52 
 
 		 106 aa  52.8  0.000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0791599  normal  0.380837 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1114  regulatory protein MarR  31.46 
 
 		 102 aa  52.8  0.000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0481626  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4026  hypothetical protein  32.97 
 
 		 100 aa  52.4  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.252958 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0435  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.46 
 
 		 703 aa  51.6  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1396  sensor histidine kinase/response regulator  27.32 
 
 		 1092 aa  50.8  0.00003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3477  MarR/EmrR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 98 aa  50.4  0.00004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3763  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.58 
 
 		 1255 aa  49.7  0.00007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4102  transcriptional regulator  31.17 
 
 		 110 aa  49.7  0.00007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.404387  normal  0.0188241 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_887  sensor histidine kinase/response regulator  25 
 
 		 1258 aa  48.9  0.0001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1352  transcriptional regulator, ArsR family  33.33 
 
 		 101 aa  48.9  0.0001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.182081  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1862  hypothetical protein  38.24 
 
 		 102 aa  47.4  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.361874  normal  0.015188 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3118  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.28 
 
 		 469 aa  47  0.0005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0277954  normal  0.755166 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2593  hypothetical protein  29.76 
 
 		 104 aa  46.2  0.0008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2778  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.21 
 
 		 823 aa  45.4  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.960526 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1420  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.18 
 
 		 1121 aa  43.9  0.003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0817518  normal  0.492636 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>