More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0205 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0205  periplasmic solute binding protein  100 
 
 		 300 aa  622  1e-177  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.767408  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2317  periplasmic solute binding protein  64.87 
 
 		 300 aa  382  1e-105  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2476  periplasmic solute binding protein  58.75 
 
 		 313 aa  353  2e-96  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00202006  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1674  adhesion protein, putative  54.36 
 
 		 311 aa  336  2.9999999999999997e-91  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0484174  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0185  periplasmic solute binding protein  54.18 
 
 		 307 aa  317  1e-85  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0195  periplasmic solute binding protein  53.87 
 
 		 292 aa  313  1.9999999999999998e-84  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.591767  normal  0.474509 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0139  adhesion protein, putative  53.61 
 
 		 294 aa  312  4.999999999999999e-84  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0377699  normal  0.42131 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0400  periplasmic solute binding protein  43.66 
 
 		 302 aa  229  4e-59  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3026  ABC-type transport system, periplasmic component  40.73 
 
 		 302 aa  228  1e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3888  periplasmic solute binding protein  39.31 
 
 		 310 aa  226  4e-58  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3938  periplasmic solute binding protein  39.31 
 
 		 310 aa  225  8e-58  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.165215 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1015  solute binding protein  36.45 
 
 		 310 aa  221  9.999999999999999e-57  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0631  cation ABC transporter, periplasmc-binding protein  37.82 
 
 		 290 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0624  periplasmic solute binding protein  39.67 
 
 		 310 aa  220  3e-56  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.17894  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0604  periplasmic solute binding protein  38.55 
 
 		 290 aa  218  7.999999999999999e-56  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0024  periplasmic solute binding protein  41.07 
 
 		 312 aa  218  8.999999999999998e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.229432  normal  0.178577 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_572  cation ABC transporter, periplasmc-binding protein  38.55 
 
 		 290 aa  217  2e-55  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0131  periplasmic solute binding protein  39.64 
 
 		 285 aa  216  2.9999999999999998e-55  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0993  zinc ABC transporter, zinc-binding protein  34.29 
 
 		 323 aa  216  4e-55  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.27598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0816  periplasmic solute binding protein  36.45 
 
 		 300 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.313747  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1015  periplasmic solute binding protein  41.54 
 
 		 293 aa  213  2.9999999999999995e-54  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0119  periplasmic solute binding protein  42.22 
 
 		 344 aa  208  8e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.527461 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2088  periplasmic solute binding protein  36.7 
 
 		 323 aa  201  9.999999999999999e-51  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.245809  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1102  periplasmic solute binding protein  36.75 
 
 		 282 aa  199  7e-50  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0094  periplasmic solute binding protein  36.4 
 
 		 296 aa  195  8.000000000000001e-49  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.000753569  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2423  periplasmic solute binding protein  37.15 
 
 		 296 aa  194  2e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.890095  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1793  putative carbon storage regulator-like protein  35.43 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.265514  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2208  cation ABC transporter, periplasmc-binding protein  34.6 
 
 		 345 aa  185  6e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.353615  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1725  periplasmic solute binding protein  36.3 
 
 		 335 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.432414 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1891  cation ABC transporter, periplasmc-binding protein  35.29 
 
 		 288 aa  183  3e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0516  periplasmic solute binding protein  32 
 
 		 299 aa  172  6.999999999999999e-42  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0547  periplasmic solute binding protein  31.15 
 
 		 318 aa  164  1.0000000000000001e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.624279  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0025  periplasmic solute binding protein  34.88 
 
 		 293 aa  162  4.0000000000000004e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0833  periplasmic solute binding protein  34.16 
 
 		 345 aa  162  5.0000000000000005e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0184  laminin-binding surface protein  29.82 
 
 		 317 aa  160  3e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.570136  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0278  laminin-binding surface protein  29.82 
 
 		 317 aa  160  3e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0156  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  33.58 
 
 		 291 aa  159  4e-38  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0179  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  35.07 
 
 		 296 aa  159  6e-38  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0138  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  34.7 
 
 		 296 aa  157  2e-37  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2645  periplasmic solute binding protein  29.74 
 
 		 317 aa  151  1e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1851  high-affinity zinc uptake system periplasmic-binding protein  30.07 
 
 		 316 aa  150  2e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.623587  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1889  adhesion lipoprotein  29.73 
 
 		 316 aa  150  3e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.994637  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2035  adhesion lipoprotein  29.73 
 
 		 316 aa  150  3e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2136  putative adhesion lipoprotein  29.39 
 
 		 316 aa  149  5e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2103  adhesion lipoprotein  29.39 
 
 		 316 aa  149  6e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1841  high-affinity zinc uptake system periplasmic-binding protein  29.73 
 
 		 316 aa  149  7e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.18542  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2125  ABC transporter, substrate-binding protein  29.97 
 
 		 298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.570615  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3284  putative adhesion lipoprotein  29.39 
 
 		 316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2025  putative adhesion lipoprotein  29.39 
 
 		 316 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0930  periplasmic solute binding protein  31.34 
 
 		 292 aa  145  6e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.933909  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1526  periplasmic solute binding protein  29.53 
 
 		 316 aa  145  8.000000000000001e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2413  ABC transporter, substrate-binding protein  29.68 
 
 		 298 aa  144  1e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.423087  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2226  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  27.85 
 
 		 323 aa  142  8e-33  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.118705  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1885  periplasmic solute binding protein  28.28 
 
 		 316 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0182568  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1215  periplasmic solute binding protein  30.19 
 
 		 309 aa  138  1e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3534  periplasmic solute binding protein  33.46 
 
 		 304 aa  136  3.0000000000000003e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04310  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  32.5 
 
 		 349 aa  136  4e-31  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3805  periplasmic solute binding protein  27.3 
 
 		 298 aa  136  5e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0163421  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1731  periplasmic solute binding protein  39.63 
 
 		 469 aa  135  9e-31  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1655  periplasmic solute binding protein  29.82 
 
 		 306 aa  135  9.999999999999999e-31  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3600  periplasmic solute binding protein  33.85 
 
 		 304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4557  periplasmic solute binding protein  31.15 
 
 		 304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.667309  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1759  adhesion protein, putative  29.84 
 
 		 315 aa  133  3e-30  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4951  periplasmic solute binding protein  29.15 
 
 		 317 aa  132  6e-30  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1128  periplasmic solute binding protein  30.47 
 
 		 296 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.29041 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0046  periplasmic solute binding protein  33.86 
 
 		 316 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0042  periplasmic solute binding protein  30.14 
 
 		 332 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000671872  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2998  periplasmic solute binding protein  28.87 
 
 		 328 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000688581  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1058  periplasmic solute binding protein  29.97 
 
 		 333 aa  127  2.0000000000000002e-28  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.985578  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0278  periplasmic solute binding protein  27.01 
 
 		 293 aa  126  5e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.664498  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0057  periplasmic solute binding protein  26.62 
 
 		 276 aa  126  5e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1578  periplasmic solute binding protein  26.9 
 
 		 314 aa  125  9e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2791  periplasmic solute binding protein  28.89 
 
 		 314 aa  124  2e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000435611  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0039  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  29.18 
 
 		 278 aa  124  2e-27  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1915  periplasmic solute binding protein  25.68 
 
 		 365 aa  123  3e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.163703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0491  periplasmic solute binding protein  32 
 
 		 318 aa  123  5e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2875  periplasmic solute binding protein  30.13 
 
 		 309 aa  122  6e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.279263  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1999  periplasmic solute binding protein  30.85 
 
 		 292 aa  122  7e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.870733  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4184  periplasmic solute binding protein  28.82 
 
 		 307 aa  122  7e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0757118  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0703  periplasmic solute binding protein  30.56 
 
 		 292 aa  122  7e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.326839  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2986  adhesion lipoprotein  29.45 
 
 		 326 aa  122  8e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0224  periplasmic solute binding protein  25.8 
 
 		 368 aa  122  8e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3101  periplasmic solute binding protein  30.19 
 
 		 309 aa  122  8e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal  0.191751 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1833  periplasmic solute binding protein  31.99 
 
 		 321 aa  122  9e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.475081  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3704  periplasmic solute binding protein  31.75 
 
 		 316 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.474771  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13680  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  27.04 
 
 		 320 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.785587 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1775  periplasmic solute binding protein  29.43 
 
 		 312 aa  120  1.9999999999999998e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.176875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4709  periplasmic solute binding protein  31.23 
 
 		 321 aa  121  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.150845 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2435  periplasmic solute binding protein  27.88 
 
 		 301 aa  120  1.9999999999999998e-26  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000148152  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1470  periplasmic solute binding protein  29.82 
 
 		 298 aa  120  3e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0700113  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0333  periplasmic solute binding protein  28.03 
 
 		 302 aa  119  3.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000273282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2065  periplasmic solute binding protein  31.89 
 
 		 304 aa  120  3.9999999999999996e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1919  periplasmic solute binding protein  29.07 
 
 		 304 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00461225  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2383  ABC transporter, substrate-binding protein  27.41 
 
 		 331 aa  119  4.9999999999999996e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0653  periplasmic solute binding protein  30.8 
 
 		 292 aa  119  4.9999999999999996e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3227  periplasmic solute binding protein  28.21 
 
 		 312 aa  119  6e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0202963  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7253  periplasmic solute binding protein  29.53 
 
 		 346 aa  119  6e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518447  normal  0.0520295 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3176  periplasmic solute binding protein  30.08 
 
 		 292 aa  119  7.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2304  putative ABC-transporter metal-binding lipoprotein  28.77 
 
 		 311 aa  118  9.999999999999999e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2047  periplasmic solute binding protein  27.48 
 
 		 311 aa  118  9.999999999999999e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.862803 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>