More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0071 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0071  Radical SAM domain protein  100 
 
 		 428 aa  894    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0055  radical SAM domain-containing protein  73.6 
 
 		 429 aa  665    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  33.43 
 
 		 479 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0688  metallo cofactor biosynthesis protein  31.99 
 
 		 390 aa  182  7e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  29.54 
 
 		 496 aa  175  9.999999999999999e-43  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3559  radical SAM domain-containing protein  33.54 
 
 		 347 aa  173  6.999999999999999e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.152847  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  30.65 
 
 		 346 aa  171  2e-41  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0324  Radical SAM domain protein  32.99 
 
 		 480 aa  169  6e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0755362  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  30.47 
 
 		 380 aa  169  1e-40  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1128  Radical SAM domain protein  30.34 
 
 		 327 aa  168  2e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.823251 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  30.33 
 
 		 384 aa  160  4e-38  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  30.99 
 
 		 377 aa  159  8e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  31.12 
 
 		 358 aa  158  1e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  27.59 
 
 		 380 aa  158  2e-37  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1126  Radical SAM domain protein  29.8 
 
 		 393 aa  158  2e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.597913 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  31.56 
 
 		 405 aa  157  3e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  28.21 
 
 		 378 aa  155  9e-37  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0691  radical SAM domain-containing protein  30.65 
 
 		 333 aa  156  9e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  31.65 
 
 		 398 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  29.18 
 
 		 349 aa  152  7e-36  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  32.19 
 
 		 399 aa  152  1e-35  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10707  coenzyme PQQ synthesis protein E pqqE  33.03 
 
 		 391 aa  152  1e-35  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1123  radical SAM domain-containing protein  30.75 
 
 		 342 aa  152  1e-35  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  33.23 
 
 		 325 aa  152  1e-35  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2159  radical SAM domain-containing protein  28.44 
 
 		 330 aa  151  2e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0939338  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  30.09 
 
 		 349 aa  150  3e-35  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  27.76 
 
 		 389 aa  150  3e-35  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2577  Elongator protein 3/MiaB/NifB  30.97 
 
 		 397 aa  150  5e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.720803  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  30.38 
 
 		 359 aa  149  8e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  27.35 
 
 		 501 aa  149  1.0000000000000001e-34  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2362  Radical SAM domain protein  34.06 
 
 		 409 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000000979641  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2393  Radical SAM domain protein  30.54 
 
 		 399 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  30.92 
 
 		 414 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0289  Radical SAM domain protein  29.81 
 
 		 394 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.815066  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1255  Radical SAM domain protein  29.41 
 
 		 330 aa  147  3e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.411599  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  28.06 
 
 		 377 aa  147  3e-34  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1296  radical SAM domain-containing protein  32.3 
 
 		 395 aa  147  5e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0595995 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  31.04 
 
 		 363 aa  146  7.0000000000000006e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3122  Radical SAM domain protein  30.77 
 
 		 354 aa  145  1e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000519465  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1001  radical SAM family protein  32.41 
 
 		 401 aa  145  1e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1028  radical SAM domain-containing protein  32.41 
 
 		 401 aa  145  1e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.880819 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1018  radical SAM domain-containing protein  32.41 
 
 		 401 aa  145  1e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0572613  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5060  radical SAM domain-containing protein  31.79 
 
 		 396 aa  145  2e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0775  Radical SAM domain protein  33.02 
 
 		 405 aa  144  3e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2430  radical SAM domain-containing protein  29.38 
 
 		 347 aa  144  3e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.943222  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12330  predicted Fe-S oxidoreductase  27.22 
 
 		 561 aa  143  8e-33  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0955  radical SAM domain-containing protein  31.55 
 
 		 391 aa  142  9.999999999999999e-33  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3149  Fe-S oxidoreductase, putative component of heme biosynthesis  30 
 
 		 366 aa  142  9.999999999999999e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000504303  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3454  radical SAM domain-containing protein  29.63 
 
 		 356 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.182301  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2391  Radical SAM domain protein  29.61 
 
 		 397 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1247  radical SAM family protein  31.7 
 
 		 355 aa  141  1.9999999999999998e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.421544 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2626  Radical SAM domain protein  29.82 
 
 		 381 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.024935 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3326  radical SAM domain-containing protein  32.72 
 
 		 396 aa  142  1.9999999999999998e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.579785 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0015  radical SAM family protein  29.43 
 
 		 356 aa  141  3e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0300598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2942  radical SAM domain-containing protein  29.57 
 
 		 358 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0608132  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2081  Radical SAM domain protein  30.3 
 
 		 409 aa  140  4.999999999999999e-32  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.214481  normal  0.184464 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0014  radical SAM domain-containing protein  30.2 
 
 		 357 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0107505  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0015  Radical SAM domain protein  30.29 
 
 		 358 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0014  Radical SAM domain protein  30.29 
 
 		 358 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1793  metallo cofactor biosynthesis protein  28.73 
 
 		 399 aa  140  6e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4322  radical SAM family protein  30.54 
 
 		 359 aa  140  6e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3352  Radical SAM domain protein  29.75 
 
 		 391 aa  139  7e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1953  Radical SAM domain protein  28.57 
 
 		 394 aa  139  7e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.66123 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2903  Radical SAM domain protein  29.78 
 
 		 393 aa  139  7.999999999999999e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0608543 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0912  Radical SAM domain protein  29.66 
 
 		 368 aa  139  7.999999999999999e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.492815  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2575  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28.97 
 
 		 394 aa  139  8.999999999999999e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1253  Radical SAM domain protein  31.44 
 
 		 396 aa  139  1e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.942502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2352  radical SAM family protein  27.98 
 
 		 487 aa  137  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3778  Radical SAM domain protein  31.71 
 
 		 429 aa  138  2e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.347874  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11650  predicted Fe-S oxidoreductase  30.42 
 
 		 769 aa  137  3.0000000000000003e-31  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.920993 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2126  radical SAM domain-containing protein  28.93 
 
 		 393 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0298  radical SAM domain-containing protein  27.08 
 
 		 491 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3206  radical SAM domain-containing protein  31.38 
 
 		 412 aa  137  4e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1343  radical SAM domain-containing protein  30.84 
 
 		 334 aa  136  6.0000000000000005e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1245  radical SAM family protein  30.28 
 
 		 335 aa  136  8e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.394622 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2319  radical SAM domain-containing protein  29.33 
 
 		 360 aa  136  8e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.111929  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1862  radical SAM domain-containing protein  26.79 
 
 		 491 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.27199  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3350  Radical SAM domain protein  27.85 
 
 		 332 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0390  radical SAM domain-containing protein  26.79 
 
 		 491 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1743  heme biosynthesis protein  26.79 
 
 		 491 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5552  radical SAM domain-containing protein  26.79 
 
 		 482 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.789613 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0870  radical SAM domain-containing protein  26.79 
 
 		 491 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4936  Radical SAM domain protein  31.89 
 
 		 410 aa  135  9.999999999999999e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2161  radical SAM domain-containing protein  29.86 
 
 		 390 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000156576  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2134  radical SAM domain-containing protein  26.79 
 
 		 491 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1157  radical SAM domain-containing protein  26.79 
 
 		 491 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.43485  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4272  Radical SAM domain protein  28.44 
 
 		 337 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3154  radical SAM family protein  31.19 
 
 		 367 aa  134  3e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2079  Radical SAM domain protein  29.11 
 
 		 333 aa  133  6e-30  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000100022 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1225  radical SAM domain-containing protein  29.41 
 
 		 395 aa  132  7.999999999999999e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1256  Radical SAM domain protein  28.44 
 
 		 330 aa  132  7.999999999999999e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1984  Radical SAM domain protein  29.34 
 
 		 407 aa  132  1.0000000000000001e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.519712 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1180  radical SAM domain-containing protein  29.94 
 
 		 418 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.832103  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1728  hypothetical protein  25.36 
 
 		 491 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0101  radical SAM domain-containing protein  28.62 
 
 		 323 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4323  radical SAM family protein  27.73 
 
 		 373 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3056  radical SAM domain-containing protein  29.94 
 
 		 393 aa  131  2.0000000000000002e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.228039 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3173  putative nitrite reductase heme biosynthesis J protein  28.53 
 
 		 404 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.992211 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0862  radical SAM domain-containing protein  29.69 
 
 		 317 aa  130  4.0000000000000003e-29  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000001092  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0071  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28.09 
 
 		 399 aa  129  9.000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.180935  normal  0.590405 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>