More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0060 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0060  yecA family protein  100 
 
 		 237 aa  486  1e-136  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1894  YgfB and YecA  40.27 
 
 		 432 aa  166  2.9999999999999998e-40  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.00737905  normal  0.979127 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3093  yecA family protein  33.33 
 
 		 267 aa  134  8e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.062887  normal  0.759909 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1413  yecA family protein  33.77 
 
 		 237 aa  134  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1156  yecA family protein  35.79 
 
 		 201 aa  125  5e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.324064 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5791  yecA family protein  35.1 
 
 		 236 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2490  hypothetical protein  29.46 
 
 		 222 aa  108  9.000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0950  yecA family protein  30.77 
 
 		 226 aa  105  7e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0098  YgfB and YecA  32.97 
 
 		 210 aa  105  8e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0914  yecA family protein  32.81 
 
 		 198 aa  105  8e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2706  yecA family protein  35.32 
 
 		 232 aa  105  9e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.179188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2940  yecA family protein  35.32 
 
 		 232 aa  105  9e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.188532  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1273  yecA family protein  37.36 
 
 		 204 aa  103  2e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0113  yecA family protein  30.27 
 
 		 198 aa  102  5e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000620345  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01876  conserved metal-binding protein  28.25 
 
 		 221 aa  97.1  2e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000425313  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2648  hypothetical protein  28.25 
 
 		 221 aa  97.4  2e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.265395  hitchhiker  0.000000180818 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01865  hypothetical protein  28.25 
 
 		 221 aa  97.1  2e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000280044  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1275  hypothetical protein  28.25 
 
 		 221 aa  96.7  3e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000031022  hitchhiker  0.000229612 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1735  yecA family protein  28.25 
 
 		 221 aa  96.7  3e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000279922  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2006  hypothetical protein  28.25 
 
 		 221 aa  96.7  3e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000852324  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1728  hypothetical protein  28.25 
 
 		 221 aa  96.7  3e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000258214  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2141  hypothetical protein  28.25 
 
 		 221 aa  96.7  3e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000291021  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2102  yecA family protein  33.33 
 
 		 196 aa  96.3  4e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2224  YgfB and YecA  32.41 
 
 		 239 aa  95.1  8e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.358802 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0115  yecA family protein  31.2 
 
 		 225 aa  95.1  9e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.410021  hitchhiker  0.00793411 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1306  hypothetical protein  28.25 
 
 		 221 aa  94.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.477015  hitchhiker  0.00000000164009 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1183  hypothetical protein  27.8 
 
 		 221 aa  94.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.022199  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2093  hypothetical protein  27.8 
 
 		 221 aa  93.2  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.228892  hitchhiker  0.0000586575 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2100  hypothetical protein  27.8 
 
 		 221 aa  93.2  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  2.45396e-18 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2153  hypothetical protein  27.8 
 
 		 221 aa  93.2  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000183931 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1035  hypothetical protein  27.35 
 
 		 221 aa  92  7e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000463904  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3237  YgfB and YecA  30 
 
 		 235 aa  90.5  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.278176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2456  yecA family protein  29.46 
 
 		 228 aa  90.1  3e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2000  yecA family protein  31.02 
 
 		 259 aa  89.7  4e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3165  hypothetical protein  28.51 
 
 		 214 aa  89  6e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.550145  normal  0.0595917 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4386  transporter  30.74 
 
 		 228 aa  87  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.387377  normal  0.216789 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4194  yecA family protein  32.81 
 
 		 221 aa  84.3  0.000000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000432994 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1895  YgfB and YecA  30.8 
 
 		 231 aa  82.8  0.000000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7276  yecA family protein  32.59 
 
 		 336 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.106691 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7393  yecA family protein  32.59 
 
 		 336 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.147246  normal  0.347754 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0804  YecA  28.7 
 
 		 283 aa  79.3  0.00000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0426  SecC motif-containing protein  28.45 
 
 		 278 aa  79  0.00000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0244  yecA family protein  27.39 
 
 		 253 aa  77.4  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1161  metal-binding protein  30.48 
 
 		 223 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0107008 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4251  yecA family protein  30.48 
 
 		 183 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.882611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3702  SecA-related metal-binding protein  25.79 
 
 		 254 aa  72  0.000000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.569831 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1195  yecA family protein  30.16 
 
 		 183 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1179  yecA family protein  27.72 
 
 		 184 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.100279  normal  0.0734438 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0342  SEC-C motif domain protein  27.5 
 
 		 276 aa  67.4  0.0000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0940465  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0353  SecC motif-containing protein  27.5 
 
 		 276 aa  67.4  0.0000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.958366 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3722  SecC motif-containing protein  28.14 
 
 		 272 aa  66.6  0.0000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000837198  decreased coverage  0.00531296 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5710  SecC motif-containing protein  28.15 
 
 		 281 aa  66.2  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5406  yecA family protein  25.77 
 
 		 192 aa  65.1  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2227  yecA family protein  31.72 
 
 		 214 aa  64.3  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.802171  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0706  yecA family protein  27.66 
 
 		 314 aa  63.5  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2859  yecA family protein  25.65 
 
 		 249 aa  62.8  0.000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.448598  normal  0.212674 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0305  yecA family protein  29.65 
 
 		 240 aa  62  0.000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0943  yecA family protein  23.74 
 
 		 254 aa  60.5  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0645  YecA family protein  31.25 
 
 		 146 aa  59.3  0.00000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.663243  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0479  SEC-C motif domain protein  33.33 
 
 		 260 aa  57.4  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3195  preprotein translocase subunit SecA  47.37 
 
 		 837 aa  57.8  0.0000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2368  preprotein translocase, SecA subunit  90.91 
 
 		 1200 aa  57.4  0.0000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.464933  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1794  preprotein translocase subunit SecA  55.26 
 
 		 894 aa  56.6  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00704006  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2780  SecC motif-containing protein  64.86 
 
 		 291 aa  56.2  0.0000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.307535  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1709  preprotein translocase subunit SecA  83.33 
 
 		 858 aa  55.8  0.0000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.283153  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1863  SecC motif-containing protein  57.78 
 
 		 800 aa  55.8  0.0000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0589  preprotein translocase, SecA subunit  81.82 
 
 		 910 aa  55.8  0.0000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0760479  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0466  preprotein translocase subunit SecA  86.36 
 
 		 888 aa  55.5  0.0000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1113  SecC motif-containing protein  74.07 
 
 		 618 aa  55.5  0.0000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1429  SEC-C motif domain protein  79.17 
 
 		 384 aa  55.5  0.0000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0052  preprotein translocase, SecA subunit  90.48 
 
 		 866 aa  54.7  0.000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1082  preprotein translocase subunit SecA  82.61 
 
 		 864 aa  55.1  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3118  preprotein translocase subunit SecA  74.07 
 
 		 930 aa  54.7  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.224374  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3769  SecC motif-containing protein  86.36 
 
 		 378 aa  54.7  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00054409  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0617  yecA family protein  24 
 
 		 264 aa  55.1  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.038655  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3318  preprotein translocase subunit SecA  81.82 
 
 		 838 aa  54.7  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.338485  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4747  preprotein translocase, SecA subunit  90.48 
 
 		 834 aa  53.9  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000758665  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2104  preprotein translocase, SecA subunit  85.71 
 
 		 848 aa  53.9  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000251511  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0555  IS66 family orf4  24.61 
 
 		 201 aa  53.9  0.000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0229  preprotein translocase subunit SecA  85.71 
 
 		 896 aa  53.9  0.000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0140186  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2873  preprotein translocase subunit SecA  75 
 
 		 844 aa  53.9  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4482  SecC motif-containing protein  25.65 
 
 		 274 aa  53.5  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.306168 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0521  IS66 family element, orf4  24.61 
 
 		 201 aa  54.3  0.000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.492248  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0667  SEC-C motif domain protein  90.48 
 
 		 421 aa  53.5  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000105843  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0477  preprotein translocase subunit SecA  85.71 
 
 		 897 aa  53.9  0.000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000253416  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18560  SEC-C motif domain protein  81.82 
 
 		 535 aa  53.9  0.000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1898  preprotein translocase subunit SecA  81.82 
 
 		 922 aa  53.1  0.000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2011  preprotein translocase subunit SecA  77.27 
 
 		 836 aa  53.5  0.000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0369  preprotein translocase, SecA subunit  81.82 
 
 		 1136 aa  53.1  0.000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0504  hypothetical protein  41.82 
 
 		 166 aa  52.8  0.000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000000296754  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0190  preprotein translocase, SecA subunit  80.95 
 
 		 921 aa  53.1  0.000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.893566  normal  0.461403 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2540  preprotein translocase subunit SecA  62.16 
 
 		 931 aa  53.1  0.000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.569911  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1320  preprotein translocase subunit SecA  62.16 
 
 		 931 aa  53.1  0.000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3535  preprotein translocase subunit SecA  62.16 
 
 		 931 aa  53.1  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.90437  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3515  preprotein translocase subunit SecA  62.16 
 
 		 931 aa  53.1  0.000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.275917  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1127  preprotein translocase subunit SecA  62.16 
 
 		 930 aa  53.1  0.000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.201414  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1526  preprotein translocase subunit SecA  90 
 
 		 958 aa  53.1  0.000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.614372  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2690  preprotein translocase subunit SecA  90 
 
 		 957 aa  52.8  0.000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  9.11051e-18 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3242  preprotein translocase subunit SecA  62.16 
 
 		 931 aa  53.1  0.000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.358257  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0462  preprotein translocase subunit SecA  62.16 
 
 		 931 aa  53.1  0.000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.125035  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>