294 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0017 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_0017  hypothetical protein  100 
 
 
128 aa  268  1e-71  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000457371  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0016  hypothetical protein  65.04 
 
 
129 aa  162  2.0000000000000002e-39  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.197298  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1992  hypothetical protein  63.56 
 
 
129 aa  155  2e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0037  hypothetical protein  57.72 
 
 
127 aa  154  4e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0017  hypothetical protein  56.8 
 
 
126 aa  148  2e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00052241  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0016  hypothetical protein  59.02 
 
 
127 aa  124  6e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.204452  unclonable  0.000000883308 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1447  protein of unknown function UPF0102  50 
 
 
127 aa  107  7.000000000000001e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2230  protein of unknown function UPF0102  48.8 
 
 
127 aa  105  2e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0169041  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3311  protein of unknown function UPF0102  44.07 
 
 
134 aa  99  2e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0650  hypothetical protein  44.96 
 
 
128 aa  98.6  3e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2864  hypothetical protein  48.72 
 
 
122 aa  98.6  3e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00415914  hitchhiker  0.000000500394 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2217  hypothetical protein  44.44 
 
 
123 aa  96.3  1e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000089571  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3756  hypothetical protein  47.15 
 
 
127 aa  93.6  9e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00341379  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0277  protein of unknown function UPF0102  44.92 
 
 
120 aa  92.4  2e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.107261  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2881  hypothetical protein  39.32 
 
 
146 aa  92  3e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.696458 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2025  hypothetical protein  42.37 
 
 
119 aa  90.9  5e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0666  hypothetical protein  42.98 
 
 
116 aa  90.9  5e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0397911  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02085  hypothetical protein  42.37 
 
 
119 aa  90.1  8e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.997348  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1792  hypothetical protein  42.74 
 
 
160 aa  89  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1703  hypothetical protein  41.53 
 
 
123 aa  87.8  5e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2398  hypothetical protein  48.42 
 
 
118 aa  87.8  5e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.430013  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1910  hypothetical protein  41.88 
 
 
134 aa  87.4  6e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.179028  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5877  protein of unknown function UPF0102  41.38 
 
 
117 aa  87.4  6e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.662779 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0701  hypothetical protein  42.5 
 
 
122 aa  87.4  6e-17  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0993  protein of unknown function UPF0102  47 
 
 
129 aa  87.4  6e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.00109853  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1218  protein of unknown function UPF0102  43.33 
 
 
119 aa  87.4  6e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.648075  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2054  hypothetical protein  42.02 
 
 
133 aa  87.4  7e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.595954  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1969  hypothetical protein  42.02 
 
 
133 aa  87.4  7e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.00399816  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2019  protein of unknown function UPF0102  44.68 
 
 
134 aa  87  8e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.573307  normal  0.167847 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07400  hypothetical protein  44.44 
 
 
116 aa  85.9  2e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09830  conserved hypothetical protein TIGR00252  42.2 
 
 
125 aa  85.9  2e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.351272  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1186  hypothetical protein  41.73 
 
 
140 aa  85.9  2e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00400032  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1530  hypothetical protein  39.32 
 
 
118 aa  85.1  3e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0048655  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1406  protein of unknown function UPF0102  45.74 
 
 
114 aa  85.1  3e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0977  hypothetical protein  47.92 
 
 
119 aa  84.3  4e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.320606  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3998  protein of unknown function UPF0102  39.47 
 
 
139 aa  84.7  4e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3485  hypothetical protein  43.59 
 
 
125 aa  84  6e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000340579 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3709  protein of unknown function UPF0102  41.03 
 
 
119 aa  84.3  6e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0629  hypothetical protein  42.73 
 
 
122 aa  84  7e-16  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3424  hypothetical protein  43.59 
 
 
125 aa  84  7e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3740  protein of unknown function UPF0102  38.66 
 
 
121 aa  83.6  9e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000086697  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1959  hypothetical protein  38.46 
 
 
122 aa  82.4  0.000000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.142549  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0758  hypothetical protein  43.69 
 
 
130 aa  82.4  0.000000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0720  hypothetical protein  40 
 
 
126 aa  82  0.000000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0341617  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1677  hypothetical protein  39.82 
 
 
122 aa  81.6  0.000000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.238653  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1217  hypothetical protein  39.67 
 
 
123 aa  81.3  0.000000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.266389  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1291  protein of unknown function UPF0102  45.65 
 
 
115 aa  81.3  0.000000000000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000677509  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2201  hypothetical protein  42.31 
 
 
123 aa  81.3  0.000000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_687  endonuclease  38.24 
 
 
121 aa  80.5  0.000000000000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10070  conserved hypothetical protein TIGR00252  40.98 
 
 
153 aa  80.1  0.000000000000009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0294595  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2095  protein of unknown function UPF0102  35.96 
 
 
137 aa  79  0.00000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1475  endonuclease  41.03 
 
 
115 aa  79.3  0.00000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.733308  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0781  hypothetical protein  37.25 
 
 
121 aa  78.2  0.00000000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0503  hypothetical protein  41 
 
 
120 aa  77.4  0.00000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.451178 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2488  protein of unknown function UPF0102  44 
 
 
123 aa  77.4  0.00000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0776001  normal  0.272437 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2148  hypothetical protein  42.02 
 
 
134 aa  77.4  0.00000000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2007  hypothetical protein  39.13 
 
 
124 aa  76.6  0.00000000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.63182  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2474  hypothetical protein  42.2 
 
 
118 aa  76.6  0.00000000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0253334  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1228  hypothetical protein  40.17 
 
 
119 aa  76.6  0.0000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.74821  normal  0.260342 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2298  hypothetical protein  43.62 
 
 
123 aa  76.3  0.0000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0460  protein of unknown function UPF0102  42.11 
 
 
153 aa  76.6  0.0000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3560  hypothetical protein  40.68 
 
 
131 aa  75.9  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3620  hypothetical protein  40.68 
 
 
131 aa  75.9  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3523  hypothetical protein  40.68 
 
 
131 aa  75.9  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.578592  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3454  hypothetical protein  40.68 
 
 
131 aa  75.9  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4252  hypothetical protein  36.21 
 
 
117 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000137469 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3766  hypothetical protein  41.12 
 
 
122 aa  75.1  0.0000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.969308  normal  0.0430921 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3452  hypothetical protein  40.68 
 
 
131 aa  75.1  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0756  hypothetical protein  41.49 
 
 
118 aa  74.7  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.477778  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1947  hypothetical protein  37.5 
 
 
133 aa  74.7  0.0000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.439621  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2202  hypothetical protein  40.21 
 
 
121 aa  74.7  0.0000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.474644  normal  0.174288 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1093  endonuclease-like  38.14 
 
 
202 aa  74.3  0.0000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00890  hypothetical protein  40.2 
 
 
122 aa  74.3  0.0000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3443  hypothetical protein  37.93 
 
 
131 aa  74.3  0.0000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2532  protein of unknown function UPF0102  42.59 
 
 
118 aa  74.3  0.0000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.388001 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03015  hypothetical protein  37.93 
 
 
131 aa  74.3  0.0000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0557  protein of unknown function UPF0102  37.93 
 
 
131 aa  74.3  0.0000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02966  hypothetical protein  37.93 
 
 
131 aa  74.3  0.0000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0707  hypothetical protein  34.26 
 
 
121 aa  73.9  0.0000000000006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1406  protein of unknown function UPF0102  40.78 
 
 
173 aa  73.9  0.0000000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000418677  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0231  protein of unknown function UPF0102  38.95 
 
 
121 aa  73.9  0.0000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.819406  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1272  protein of unknown function UPF0102  37 
 
 
125 aa  74.3  0.0000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0550  hypothetical protein  37.93 
 
 
131 aa  74.3  0.0000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0112  hypothetical protein  39.39 
 
 
122 aa  73.9  0.0000000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3630  hypothetical protein  37.93 
 
 
131 aa  73.6  0.0000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4467  hypothetical protein  37.93 
 
 
131 aa  73.6  0.0000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1156  hypothetical protein  40.17 
 
 
118 aa  73.2  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0160558  normal  0.0576877 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0116  hypothetical protein  41.67 
 
 
118 aa  72.8  0.000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.185512 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10390  predicted endonuclease related to Holliday junction resolvase  40.16 
 
 
167 aa  73.2  0.000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000139118  unclonable  0.000000000910029 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3624  hypothetical protein  37.93 
 
 
131 aa  72.4  0.000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1175  protein of unknown function UPF0102  40 
 
 
122 aa  72.4  0.000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1836  hypothetical protein  38.39 
 
 
117 aa  72.8  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0316841 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1550  hypothetical protein  41.9 
 
 
132 aa  72.4  0.000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.176091 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0226  hypothetical protein  42.55 
 
 
114 aa  72  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.113401  normal  0.113585 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07020  predicted endonuclease related to Holliday junction resolvase  40.62 
 
 
186 aa  72  0.000000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00114408  normal  0.507303 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0315  protein of unknown function UPF0102  43.16 
 
 
121 aa  71.6  0.000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000225244 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1407  protein of unknown function UPF0102  40.82 
 
 
122 aa  71.6  0.000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.993674  normal  0.0549137 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0142  conserved hypothetical protein TIGR00252  43.16 
 
 
121 aa  71.6  0.000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1376  protein of unknown function UPF0102  40.68 
 
 
119 aa  71.2  0.000000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000032081  normal  0.333882 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4420  hypothetical protein  37.89 
 
 
128 aa  71.6  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.149236  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>