141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0006 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007512  Plut_0005  DNA-directed DNA polymerase B  71.25 
 
 		 792 aa  1174    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.775002  normal  0.276245 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2007  DNA-directed DNA polymerase B  69.79 
 
 		 788 aa  1168    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1412  DNA polymerase B region  46.31 
 
 		 785 aa  707    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0027  DNA polymerase B region  71.46 
 
 		 796 aa  1187    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0006  DNA polymerase B region  100 
 
 		 811 aa  1672    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0007  DNA polymerase B region  65.52 
 
 		 796 aa  1085    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0006  DNA polymerase B region  62.12 
 
 		 800 aa  1041    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0104933 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0006  cyclic nucleotide-binding protein  70.44 
 
 		 793 aa  1177    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0296  DNA polymerase B region  41.96 
 
 		 743 aa  558  1e-157  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0413746  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3245  DNA polymerase II, putative  40.03 
 
 		 745 aa  536  1e-151  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3187  DNA polymerase B, exonuclease  38.85 
 
 		 744 aa  513  1e-144  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000163636 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2799  DNA polymerase B region  34.07 
 
 		 735 aa  336  1e-90  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0105637 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0476  DNA polymerase B, exonuclease  26.2 
 
 		 707 aa  280  6e-74  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0121312  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0653  DNA polymerase Pol2  24.22 
 
 		 811 aa  134  6e-30  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.340246  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5509  DNA-directed DNA polymerase B  27.27 
 
 		 603 aa  134  6.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.26262 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1342  DNA polymerase Pol2  24.8 
 
 		 781 aa  132  3e-29  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  unclonable  0.0000000227387  normal  0.522725 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1258  replicative DNA polymerase I  22.97 
 
 		 780 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1378  DNA polymerase Pol2  24.28 
 
 		 780 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00266736 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2154  DNA polymerase II  24.24 
 
 		 783 aa  127  7e-28  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00000768017  hitchhiker  0.000641936 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1367  DNA polymerase Pol2  24.35 
 
 		 810 aa  125  3e-27  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.815142  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1320  DNA polymerase II  24.25 
 
 		 784 aa  125  4e-27  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.4978 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0961  DNA polymerase II  23.71 
 
 		 785 aa  124  5e-27  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0530  DNA polymerase Pol2  23.26 
 
 		 781 aa  124  7e-27  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0393  DNA polymerase II  25.62 
 
 		 794 aa  121  3.9999999999999996e-26  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1049  DNA polymerase II  23.12 
 
 		 783 aa  119  3e-25  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0144376 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1316  DNA-directed DNA polymerase  23.63 
 
 		 784 aa  118  3.9999999999999997e-25  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.198282  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0922  DNA-directed DNA polymerase  24.79 
 
 		 607 aa  118  5e-25  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.434202  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1884  DNA polymerase II  22.42 
 
 		 786 aa  108  4e-22  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.115615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2655  DNA polymerase II  27.01 
 
 		 799 aa  103  1e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.697172  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2428  DNA polymerase II  26.2 
 
 		 821 aa  101  5e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.124227  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1777  replicative DNA polymerase I  23.41 
 
 		 932 aa  101  7e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.227569  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1397  DNA polymerase Pol2  24.24 
 
 		 941 aa  99  3e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.61356  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2273  DNA polymerase II  25.12 
 
 		 818 aa  95.5  3e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006680  CNK00560  delta DNA polymerase, putative  24.92 
 
 		 1058 aa  95.9  3e-18  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1688  replicative DNA polymerase I  23.23 
 
 		 910 aa  95.5  4e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3085  DNA polymerase II  26.17 
 
 		 807 aa  93.6  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000404512  hitchhiker  0.0000370941 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3418  DNA polymerase II  24.44 
 
 		 789 aa  92.4  3e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2947  DNA polymerase II  24.44 
 
 		 789 aa  92.4  3e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.670904 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3546  DNA polymerase II  24.44 
 
 		 789 aa  92.4  3e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_44713  predicted protein  24.66 
 
 		 982 aa  91.3  6e-17  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1567  DNA polymerase II  25.2 
 
 		 793 aa  90.5  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000253112  hitchhiker  0.0000162261 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2629  DNA polymerase II  25.13 
 
 		 792 aa  89.7  2e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.085046  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2629  DNA polymerase II  26.87 
 
 		 810 aa  89.7  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0639534  hitchhiker  0.0000529366 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0831  DNA polymerase II  23.31 
 
 		 787 aa  89.7  2e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0134615  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02749  DNA polymerase II  21.85 
 
 		 816 aa  89.4  2e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1511  DNA polymerase II  24.64 
 
 		 794 aa  89  3e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000196312 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003097  DNA polymerase II  23.08 
 
 		 787 aa  89  3e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000122511  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2482  DNA polymerase II  25.57 
 
 		 795 aa  88.2  5e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.205655  hitchhiker  0.00219855 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1999  DNA polymerase II  23.51 
 
 		 786 aa  87.8  8e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.449398  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3628  DNA polymerase II  25.53 
 
 		 788 aa  87.4  9e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1645  DNA polymerase II  22.85 
 
 		 789 aa  87  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0528782  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0570  DNA polymerase II  26.39 
 
 		 790 aa  87.4  0.000000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2469  DNA polymerase II  26.36 
 
 		 810 aa  86.7  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00196726  hitchhiker  0.000569309 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3658  DNA polymerase II  26.4 
 
 		 792 aa  85.9  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0583295  normal  0.426144 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2537  DNA polymerase II  25.84 
 
 		 810 aa  85.9  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.132688  unclonable  0.0000408112 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1250  DNA polymerase II  27.17 
 
 		 801 aa  85.9  0.000000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0167112  hitchhiker  0.000178487 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0731  DNA polymerase II  25.74 
 
 		 787 aa  85.9  0.000000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.13833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3734  DNA polymerase II  23.46 
 
 		 787 aa  85.1  0.000000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_63206  DNA polymerase delta catalytic subunit (DNA polymerase III)  23.12 
 
 		 1070 aa  84.7  0.000000000000006  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.442314 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1653  DNA polymerase II  26.49 
 
 		 809 aa  84.7  0.000000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.112928  normal  0.0896662 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01452  DNA polymerase II  27.04 
 
 		 790 aa  84  0.00000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1903  DNA polymerase II  23.06 
 
 		 786 aa  84  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.856945 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00061  hypothetical protein  21.9 
 
 		 783 aa  82.8  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00062  DNA polymerase II  21.9 
 
 		 783 aa  82.8  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1820  DNA polymerase II  27.2 
 
 		 808 aa  83.6  0.00000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1514  DNA polymerase II  25.75 
 
 		 797 aa  82.8  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000185404  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1619  DNA polymerase II  26.49 
 
 		 809 aa  83.2  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000233393  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0929  DNA polymerase II  25.82 
 
 		 816 aa  82.4  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.193818  normal  0.499363 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3819  DNA polymerase II  25.27 
 
 		 788 aa  82.4  0.00000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0062  DNA polymerase II  21.9 
 
 		 783 aa  82.4  0.00000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0283986  normal  0.967142 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0607  DNA polymerase II  22.63 
 
 		 820 aa  82  0.00000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.427603  normal  0.519282 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3539  DNA-directed DNA polymerase  21.73 
 
 		 783 aa  81.6  0.00000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_54677  DNA polymerase delta  22.35 
 
 		 1087 aa  81.6  0.00000000000005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0609  DNA polymerase II  25.2 
 
 		 790 aa  81.6  0.00000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.231029  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0064  DNA polymerase II  21.73 
 
 		 783 aa  81.6  0.00000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.406876  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4655  DNA polymerase II  22.17 
 
 		 791 aa  81.6  0.00000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.230041  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3597  DNA polymerase II  21.73 
 
 		 783 aa  81.6  0.00000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000326268 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0052  DNA polymerase II  21.73 
 
 		 783 aa  81.3  0.00000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0102  DNA polymerase II  21.9 
 
 		 783 aa  81.3  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1630  DNA polymerase II  26.22 
 
 		 809 aa  81.3  0.00000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00018706  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3302  DNA polymerase II  22.78 
 
 		 786 aa  81.3  0.00000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0835238 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0104  DNA polymerase II  21.9 
 
 		 783 aa  80.9  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0062  DNA polymerase II  21.88 
 
 		 783 aa  80.9  0.00000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00931565  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2393  DNA polymerase II  22.59 
 
 		 786 aa  80.1  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2724  DNA polymerase II  26.22 
 
 		 809 aa  80.5  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000453184  hitchhiker  0.0000581945 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0065  DNA polymerase II  21.16 
 
 		 783 aa  80.5  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3630  DNA polymerase II  23.06 
 
 		 786 aa  80.5  0.0000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0109  DNA polymerase II  21.74 
 
 		 783 aa  80.5  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.455197  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0081  DNA polymerase I-like  26.55 
 
 		 311 aa  79.7  0.0000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0103  DNA polymerase II  21.9 
 
 		 783 aa  80.1  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.249231 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3572  DNA polymerase II  26.8 
 
 		 786 aa  80.1  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.252391 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5084  DNA polymerase II  23.98 
 
 		 788 aa  79  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3400  DNA polymerase II  23.4 
 
 		 788 aa  79  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3234  DNA polymerase II  23.98 
 
 		 788 aa  78.6  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.642975 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2361  DNA polymerase II  22.43 
 
 		 787 aa  78.6  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.168731  normal  0.46504 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2142  DNA polymerase II  22.59 
 
 		 789 aa  78.2  0.0000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.249301  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1740  DNA polymerase B region  24.21 
 
 		 795 aa  77.4  0.000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.883106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4584  DNA polymerase II  25.41 
 
 		 788 aa  76.6  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.657494  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1857  DNA polymerase II  23.05 
 
 		 809 aa  77  0.000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.885669  normal  0.10624 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2621  DNA polymerase II  22.29 
 
 		 787 aa  76.3  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00407821  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>