More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0002 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0002  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 		 374 aa  768    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.12879  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0001  DNA-directed DNA polymerase  77.54 
 
 		 378 aa  624  1e-177  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000454197  normal  0.662665 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0002  DNA polymerase III, beta subunit  73.26 
 
 		 374 aa  590  1e-167  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.22496  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0002  DNA polymerase III, beta chain  70.59 
 
 		 374 aa  568  1e-161  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0511069  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0002  DNA polymerase III, beta subunit  71.85 
 
 		 376 aa  566  1e-160  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0002  DNA polymerase III, beta subunit  63.9 
 
 		 375 aa  521  1e-147  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.145618 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  60.7 
 
 		 374 aa  490  1e-137  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3235  DNA polymerase III, beta subunit  33.16 
 
 		 374 aa  204  2e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0867918 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.85 
 
 		 379 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12563  DNA polymerase III, beta chain  33.51 
 
 		 362 aa  194  2e-48  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.152259  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2720  DNA polymerase III, beta subunit  32.53 
 
 		 372 aa  186  4e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.737243  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1752  DNA polymerase III, beta subunit  30.99 
 
 		 374 aa  177  3e-43  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.236146  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4880  DNA polymerase III, beta subunit  30.61 
 
 		 379 aa  174  2.9999999999999996e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1549  DNA polymerase III, beta subunit  29.71 
 
 		 374 aa  173  2.9999999999999996e-42  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.15445  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3720  DNA polymerase III, beta subunit  30.53 
 
 		 374 aa  171  3e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.626306  normal  0.408951 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0616  DNA polymerase III, beta subunit  30.87 
 
 		 372 aa  167  2e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0152  DNA polymerase III subunit beta  27.97 
 
 		 372 aa  152  1e-35  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.06 
 
 		 367 aa  144  3e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000348538  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.39 
 
 		 375 aa  142  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.39 
 
 		 375 aa  142  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.17 
 
 		 375 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.72 
 
 		 372 aa  140  4.999999999999999e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142435  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.9 
 
 		 367 aa  138  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.243689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4461  DNA polymerase III subunit beta  28.9 
 
 		 367 aa  138  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0591962  normal  0.0989887 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.39 
 
 		 376 aa  136  7.000000000000001e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4329  DNA polymerase III subunit beta  29.21 
 
 		 372 aa  136  7.000000000000001e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.47 
 
 		 376 aa  135  1.9999999999999998e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.33 
 
 		 368 aa  134  3e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0232451  hitchhiker  0.0000583688 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0002  DNA polymerase III subunit beta  27.25 
 
 		 371 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.359453  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0102  DNA polymerase III subunit beta  28.61 
 
 		 367 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3543  DNA polymerase III subunit beta  28.42 
 
 		 372 aa  133  6e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0088  DNA polymerase III subunit beta  28.61 
 
 		 367 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2849  DNA polymerase III subunit beta  28.61 
 
 		 367 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.78206  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0002  DNA polymerase III subunit beta  28.61 
 
 		 367 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.18752  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0300  DNA polymerase III subunit beta  28.61 
 
 		 367 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.61 
 
 		 367 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.645907  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2236  DNA polymerase III subunit beta  28.61 
 
 		 367 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0002  DNA polymerase III subunit beta  29.58 
 
 		 397 aa  132  9e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.41342  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.61 
 
 		 367 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.201514  hitchhiker  0.00206466 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4592  DNA polymerase III subunit beta  28.68 
 
 		 372 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0352599 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.77 
 
 		 397 aa  132  1.0000000000000001e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00789927  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.05 
 
 		 368 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.481367  normal  0.530719 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.61 
 
 		 372 aa  130  3e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0730917  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2554  DNA polymerase III subunit beta  28.05 
 
 		 368 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.376427  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3047  DNA polymerase III subunit beta  27.7 
 
 		 371 aa  130  3e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.579013  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.05 
 
 		 368 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0846842  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3240  DNA polymerase III subunit beta  28.33 
 
 		 367 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.551286  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0004  DNA polymerase III subunit beta  28.76 
 
 		 385 aa  129  6e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.638398  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.7 
 
 		 372 aa  129  6e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.120269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3183  DNA polymerase III subunit beta  27.76 
 
 		 368 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00267181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.76 
 
 		 368 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0645593  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.76 
 
 		 368 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.011531  normal  0.38726 
 
 
-
 
NC_002978  WD1067  DNA polymerase III, beta subunit  27.59 
 
 		 365 aa  129  1.0000000000000001e-28  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0458358  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.35 
 
 		 372 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2372  DNA polymerase III subunit beta  27.51 
 
 		 366 aa  128  2.0000000000000002e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.18 
 
 		 372 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0004  DNA polymerase III subunit beta  27.75 
 
 		 372 aa  127  3e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000114385  unclonable  5.12755e-25 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.43 
 
 		 365 aa  127  3e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0231  DNA polymerase III, beta subunit  26.33 
 
 		 367 aa  127  4.0000000000000003e-28  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000000874025  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.89 
 
 		 371 aa  126  7e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0290452  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.61 
 
 		 371 aa  125  1e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0351  DNA polymerase III subunit beta  27.7 
 
 		 412 aa  124  4e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3441  DNA polymerase III subunit beta  26.89 
 
 		 371 aa  123  5e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.325472  normal  0.470058 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.33 
 
 		 366 aa  123  5e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366013 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3705  DNA polymerase III subunit beta  27.42 
 
 		 372 aa  123  6e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0432616 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0963  DNA polymerase III, beta subunit  27.63 
 
 		 362 aa  122  9.999999999999999e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.245361  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.97 
 
 		 371 aa  122  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.453135  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03482  DNA polymerase III subunit beta  25.59 
 
 		 366 aa  122  9.999999999999999e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.58 
 
 		 372 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3715  DNA polymerase III, beta subunit  27.59 
 
 		 367 aa  121  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.348294  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.79 
 
 		 373 aa  121  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0861969  hitchhiker  0.000000929484 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00003  DNA polymerase III, beta subunit  24.93 
 
 		 366 aa  119  6e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000112219  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.05 
 
 		 373 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0823829  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0001  DNA polymerase III, beta subunit  24.22 
 
 		 372 aa  119  9e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0872728  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1226  DNA polymerase III, beta subunit  26.44 
 
 		 366 aa  119  9e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.123805  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00443  DNA polymerase III subunit beta  25.2 
 
 		 366 aa  118  9.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002008  DNA polymerase III beta subunit  25.72 
 
 		 366 aa  118  1.9999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000997729  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2082  DNA polymerase IF1 subunit beta  26.17 
 
 		 382 aa  117  3e-25  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0161872  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0993  DNA polymerase III, beta subunit  25.27 
 
 		 376 aa  117  3e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1278  DNA polymerase III subunit beta  26.56 
 
 		 373 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  unclonable  2.76035e-25  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1227  DNA polymerase III, beta subunit  24.23 
 
 		 378 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000128167  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.53 
 
 		 367 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.150547  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0002  DNA polymerase III subunit beta  25 
 
 		 367 aa  116  5e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000905958  normal  0.127223 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0002  DNA polymerase III, beta chain  24.64 
 
 		 367 aa  116  6e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.05 
 
 		 373 aa  116  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1009  DNA polymerase III, beta subunit  24.23 
 
 		 378 aa  116  7.999999999999999e-25  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.0000000000512645  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.49 
 
 		 372 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0708  DNA polymerase III subunit beta  25.59 
 
 		 371 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.147601  normal  0.843721 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.65 
 
 		 366 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000544098  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2239  DNA polymerase III subunit beta  25.98 
 
 		 373 aa  114  3e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0102545  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0002  DNA polymerase III, beta chain  24.78 
 
 		 367 aa  113  4.0000000000000004e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0953  DNA polymerase III, beta subunit  24.03 
 
 		 374 aa  114  4.0000000000000004e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24 
 
 		 373 aa  113  5e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.394263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.71 
 
 		 372 aa  113  5e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.201968  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1328  DNA polymerase III subunit beta  26.53 
 
 		 386 aa  112  8.000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1036  DNA polymerase III, beta subunit  23.72 
 
 		 378 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000328779  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.86 
 
 		 365 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.03 
 
 		 368 aa  111  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0185617  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0002  DNA polymerase III subunit beta  26 
 
 		 366 aa  111  2.0000000000000002e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0011847  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0007  DNA-directed DNA polymerase  25.64 
 
 		 366 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000118658  unclonable  0.000000000121971 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>