208 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_R0001 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009379  Pnuc_R0001  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.285544  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0001  tRNA-Arg  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00219476  hitchhiker  0.0000103826 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0019  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.414165 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0002  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0001  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0002  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0353519  normal  0.248157 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0001  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0002  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0001  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.510939 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0024  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.80866  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0001  tRNA-Arg  96.23 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0019  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0987359  normal  0.649702 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0085  tRNA-Arg  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.962482 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0042  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0110634  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0065  tRNA-Arg  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0016  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.889676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0017  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0454906  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS00484  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0490424  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Arg-5  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0056  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0065  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0119  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.495298  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0013  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.825441  normal  0.630995 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3262  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0021  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.191091  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0066  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0068  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0002  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.630561  normal  0.469319 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0005  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0005  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.565082  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0005  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0075  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0107603 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3301  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.979254  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1533  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3916  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000194682  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3988  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3069  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0060  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.863552 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0005  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt24  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt24  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0787  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.506305  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0682  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.868676  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0013  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000258053  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna022  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000131099  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0047  tRNA-Arg  86.08 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.116443  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0037  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00485  tRNA-Arg  89.06 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0020  tRNA-Arg  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0069  tRNA-Arg  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.139316  normal  0.953487 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3097t  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000646764  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0037  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0056  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30020  tRNA-Arg  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00306954  normal  0.612102 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0041  tRNA-Arg  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0315154 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0034  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.1136  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0028  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000461136  normal  0.88573 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg01  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 80 bp  58  0.0000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000810736  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0023  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0039  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0291069  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0017  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.915469  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0007  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.688543  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2557  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.55794e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0033  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0015  tRNA-Arg  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000253898  normal  0.0315467 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0044  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0001  tRNA-Arg  96.88 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0022  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00454117  normal  0.0684867 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0002  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000177149  normal  0.0400034 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0048  tRNA-Arg  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00910953  normal  0.118857 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0015  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.776869  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0001  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000000693599  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t09  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146869  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0005  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00128122  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0043  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0018  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0048  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000177864  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0048  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.109665  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0003  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.744258 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0007  tRNA-Arg  85.14 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0022  tRNA-Gly  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.997438  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0011  tRNA-Arg  96.67 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.721893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0041  tRNA-Arg  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00651741  normal  0.289964 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>