More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_2078 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009379  Pnuc_2078  methionyl-tRNA formyltransferase  100 
 
 
332 aa  677    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1777  methionyl-tRNA formyltransferase  74.32 
 
 
332 aa  511  1e-144  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3123  methionyl-tRNA formyltransferase  55.38 
 
 
327 aa  322  4e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.760657  normal  0.204185 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6477  methionyl-tRNA formyltransferase  56.33 
 
 
327 aa  322  4e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.79537 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3677  methionyl-tRNA formyltransferase  53.42 
 
 
327 aa  322  6e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0072  methionyl-tRNA formyltransferase  53.75 
 
 
327 aa  320  1.9999999999999998e-86  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.603691  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3064  methionyl-tRNA formyltransferase  55.7 
 
 
327 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3181  methionyl-tRNA formyltransferase  55.38 
 
 
327 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3142  methionyl-tRNA formyltransferase  54.89 
 
 
330 aa  320  3e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.757511  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2512  methionyl-tRNA formyltransferase  54.43 
 
 
330 aa  320  3e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3126  methionyl-tRNA formyltransferase  54.43 
 
 
330 aa  320  3e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.879337  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3354  methionyl-tRNA formyltransferase  52.34 
 
 
327 aa  319  3.9999999999999996e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0036  methionyl-tRNA formyltransferase  55.38 
 
 
327 aa  318  6e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0151  methionyl-tRNA formyltransferase  53.8 
 
 
327 aa  315  8e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3407  methionyl-tRNA formyltransferase  52.66 
 
 
331 aa  315  9e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.667416  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0160  methionyl-tRNA formyltransferase  53.8 
 
 
327 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2353  methionyl-tRNA formyltransferase  53.8 
 
 
337 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2275  methionyl-tRNA formyltransferase  53.8 
 
 
337 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0143  methionyl-tRNA formyltransferase  53.8 
 
 
327 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.853701  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2805  methionyl-tRNA formyltransferase  53.8 
 
 
337 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0347  methionyl-tRNA formyltransferase  53.48 
 
 
327 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3564  methionyl-tRNA formyltransferase  51.52 
 
 
344 aa  313  1.9999999999999998e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0022  methionyl-tRNA formyltransferase  53.8 
 
 
307 aa  312  3.9999999999999997e-84  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.402535 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0310  methionyl-tRNA formyltransferase  53.94 
 
 
328 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0129  methionyl-tRNA formyltransferase  54.11 
 
 
328 aa  312  4.999999999999999e-84  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0831  methionyl-tRNA formyltransferase  54.18 
 
 
327 aa  310  2e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4415  methionyl-tRNA formyltransferase  53.94 
 
 
328 aa  309  4e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.628902 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3877  methionyl-tRNA formyltransferase  52.19 
 
 
323 aa  304  2.0000000000000002e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4053  methionyl-tRNA formyltransferase  52.2 
 
 
323 aa  297  2e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3398  methionyl-tRNA formyltransferase  51.89 
 
 
323 aa  295  5e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.726388  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0284  methionyl-tRNA formyltransferase  52.22 
 
 
315 aa  295  5e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0176978 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0351  methionyl-tRNA formyltransferase  50.63 
 
 
322 aa  295  6e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.227981 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4638  methionyl-tRNA formyltransferase  51.71 
 
 
357 aa  295  6e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.857325  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4690  methionyl-tRNA formyltransferase  55.24 
 
 
329 aa  293  4e-78  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3859  methionyl-tRNA formyltransferase  50.62 
 
 
323 aa  291  1e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0094  methionyl-tRNA formyltransferase  51.42 
 
 
320 aa  285  1.0000000000000001e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.922112  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5111  methionyl-tRNA formyltransferase  55.62 
 
 
318 aa  278  8e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.030161  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3584  methionyl-tRNA formyltransferase  50.63 
 
 
307 aa  278  9e-74  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04056  methionyl-tRNA formyltransferase  49.69 
 
 
307 aa  277  2e-73  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0042  methionyl-tRNA formyltransferase  50 
 
 
311 aa  275  8e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0186  methionyl-tRNA formyltransferase  47.63 
 
 
308 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000823971 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0086  methionyl-tRNA formyltransferase  49.68 
 
 
310 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2251  hitchhiker  0.0000000986218 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0196  methionyl-tRNA formyltransferase  49.37 
 
 
318 aa  273  4.0000000000000004e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00869838  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4081  methionyl-tRNA formyltransferase  49.38 
 
 
330 aa  272  5.000000000000001e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0262  methionyl-tRNA formyltransferase  48.28 
 
 
310 aa  271  8.000000000000001e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0016  methionyl-tRNA formyltransferase  48.43 
 
 
319 aa  271  1e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000109798  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0018  methionyl-tRNA formyltransferase  47.48 
 
 
314 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3719  methionyl-tRNA formyltransferase  45.77 
 
 
315 aa  270  2.9999999999999997e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.236435  hitchhiker  0.00730816 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2868  methionyl-tRNA formyltransferase  48.6 
 
 
325 aa  270  2.9999999999999997e-71  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0875  methionyl-tRNA formyltransferase  48.92 
 
 
302 aa  269  5e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0178  methionyl-tRNA formyltransferase  46.86 
 
 
314 aa  268  1e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0083  methionyl-tRNA formyltransferase  47.48 
 
 
310 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.417966  decreased coverage  0.00000000000000611556 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0393  methionyl-tRNA formyltransferase  49.05 
 
 
312 aa  268  1e-70  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.894516  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3583  methionyl-tRNA formyltransferase  45.28 
 
 
315 aa  268  1e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.291651  normal  0.0987748 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0028  methionyl-tRNA formyltransferase  46.23 
 
 
318 aa  268  1e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.709441  hitchhiker  0.00475764 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0642  methionyl-tRNA formyltransferase  48.31 
 
 
297 aa  267  1e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.183207  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03138  methionyl-tRNA formyltransferase  45.6 
 
 
315 aa  267  2e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.511897  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0426  methionyl-tRNA formyltransferase  45.6 
 
 
315 aa  267  2e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0031  methionyl-tRNA formyltransferase  46.23 
 
 
318 aa  267  2e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4610  methionyl-tRNA formyltransferase  45.6 
 
 
315 aa  267  2e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0267184  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0426  methionyl-tRNA formyltransferase  45.6 
 
 
315 aa  267  2e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00147266 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0019  methionyl-tRNA formyltransferase  48.39 
 
 
310 aa  267  2e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.107334  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2577  methionyl-tRNA formyltransferase  49.67 
 
 
308 aa  267  2e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.4212  hitchhiker  0.000000800769 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03089  hypothetical protein  45.6 
 
 
315 aa  267  2e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3481  methionyl-tRNA formyltransferase  45.6 
 
 
315 aa  267  2e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000745387  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3770  methionyl-tRNA formyltransferase  45.28 
 
 
315 aa  266  4e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0147386  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3672  methionyl-tRNA formyltransferase  45.6 
 
 
315 aa  266  4e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0026  methionyl-tRNA formyltransferase  45.91 
 
 
318 aa  266  5e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0905739 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0192  methionyl-tRNA formyltransferase  46.79 
 
 
312 aa  265  7e-70  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2535  methionyl-tRNA formyltransferase  48.61 
 
 
302 aa  265  8e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.614949  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0034  methionyl-tRNA formyltransferase  46.23 
 
 
329 aa  264  1e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0590691 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2844  methionyl-tRNA formyltransferase  46.23 
 
 
308 aa  264  1e-69  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  45.6 
 
 
318 aa  264  1e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00109779 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  45.6 
 
 
318 aa  264  1e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000188499 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0031  methionyl-tRNA formyltransferase  45.6 
 
 
318 aa  264  1e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0034  methionyl-tRNA formyltransferase  45.6 
 
 
318 aa  264  1e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000257015 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0067  methionyl-tRNA formyltransferase  46.86 
 
 
310 aa  264  2e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.196453  unclonable  0.000000439837 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0023  methionyl-tRNA formyltransferase  45.6 
 
 
318 aa  264  2e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0083  methionyl-tRNA formyltransferase  46.86 
 
 
310 aa  263  2e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.217446 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0026  methionyl-tRNA formyltransferase  45.28 
 
 
318 aa  263  4e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00392  methionyl-tRNA formyltransferase  43.71 
 
 
315 aa  263  4e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3774  methionyl-tRNA formyltransferase  45.28 
 
 
315 aa  262  6e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002056  methionyl-tRNA formyltransferase  43.08 
 
 
315 aa  262  8e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3711  methionyl-tRNA formyltransferase  44.97 
 
 
315 aa  261  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.734888  normal  0.143925 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  44.97 
 
 
321 aa  261  1e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3603  methionyl-tRNA formyltransferase  44.97 
 
 
315 aa  261  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.109792  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3604  methionyl-tRNA formyltransferase  44.97 
 
 
315 aa  261  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.575944 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0074  methionyl-tRNA formyltransferase  44.34 
 
 
321 aa  261  1e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3676  methionyl-tRNA formyltransferase  44.97 
 
 
315 aa  261  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1864  methionyl-tRNA formyltransferase  47.06 
 
 
307 aa  260  2e-68  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1928  methionyl-tRNA formyltransferase  47.19 
 
 
307 aa  260  2e-68  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0181  methionyl-tRNA formyltransferase  48 
 
 
299 aa  258  1e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.142178  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0438  methionyl-tRNA formyltransferase  46.23 
 
 
313 aa  257  2e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00190  methionyl-tRNA formyltransferase  48.06 
 
 
314 aa  257  2e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.767541  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4512  methionyl-tRNA formyltransferase  43.71 
 
 
314 aa  256  3e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.017466  hitchhiker  0.000185831 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0469  methionyl-tRNA formyltransferase  47.78 
 
 
301 aa  256  3e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.516302  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0020  methionyl-tRNA formyltransferase  45.96 
 
 
322 aa  256  3e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0151  methionyl-tRNA formyltransferase  47.2 
 
 
302 aa  256  4e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.338305  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00021  methionyl-tRNA formyltransferase  43.4 
 
 
312 aa  255  7e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00160  methionyl-tRNA formyltransferase  47.74 
 
 
325 aa  254  1.0000000000000001e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>