More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_2063 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009379  Pnuc_2063  phage integrase family protein  100 
 
 		 188 aa  387  1e-107  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.668188  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2812  integrase family protein  55.85 
 
 		 188 aa  231  4.0000000000000004e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0500  integrase family protein  56.38 
 
 		 188 aa  228  5e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1075  integrase family protein  57.37 
 
 		 190 aa  226  1e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1689  phage integrase family protein  54.21 
 
 		 190 aa  221  4.9999999999999996e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1839  phage integrase family protein  51.58 
 
 		 193 aa  202  2e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.637517  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2946  phage integrase family protein  42.86 
 
 		 190 aa  161  6e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.329988 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0081  integrase family protein  42.86 
 
 		 189 aa  153  1e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0076  integrase family protein  41.8 
 
 		 189 aa  151  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0163  integrase family protein  42.33 
 
 		 189 aa  150  1e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0140  hypothetical protein  40.88 
 
 		 194 aa  130  7.999999999999999e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4322  phage integrase family protein  31.58 
 
 		 193 aa  99.4  3e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.205034  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5700  integrase family protein  32.69 
 
 		 226 aa  84  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4571  integrase family protein  31.07 
 
 		 221 aa  83.2  0.000000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.624666  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4358  phage integrase family protein  28.97 
 
 		 221 aa  83.2  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.436387  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6742  integrase family protein  31.65 
 
 		 236 aa  79  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013168  Cyan8802_4647  integrase family protein  27.66 
 
 		 223 aa  77.4  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3102  integrase family protein  28.19 
 
 		 301 aa  74.7  0.0000000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000184896  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0924  phage integrase family protein  31.4 
 
 		 294 aa  70.9  0.00000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.852644  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2522  integrase family protein  29.83 
 
 		 334 aa  67.4  0.0000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000359584  hitchhiker  0.00166754 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0519  phage integrase family protein  29.88 
 
 		 300 aa  67  0.0000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.24612  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5218  integrase family protein  28.1 
 
 		 326 aa  67  0.0000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1237  integrase family protein  29.83 
 
 		 334 aa  67.4  0.0000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.212345 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3706  integrase family protein  29.83 
 
 		 334 aa  67.4  0.0000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000354013  normal  0.710204 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  33.14 
 
 		 305 aa  66.2  0.0000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0159  integrase family protein  27.72 
 
 		 295 aa  66.2  0.0000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0712  integrase family protein  31.15 
 
 		 285 aa  67  0.0000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00227312  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2329  tyrosine recombinase XerD  32.73 
 
 		 277 aa  66.2  0.0000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00235896  normal  0.0350779 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  28.75 
 
 		 332 aa  65.9  0.0000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011733  PCC7424_5613  hypothetical protein  25.82 
 
 		 273 aa  65.1  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1659  tyrosine recombinase XerD  29.88 
 
 		 254 aa  65.1  0.0000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0748  tyrosine recombinase XerD  31.18 
 
 		 303 aa  64.7  0.0000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.50433  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4451  phage integrase  27.6 
 
 		 229 aa  63.9  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0772  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.12 
 
 		 324 aa  64.3  0.000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  33.33 
 
 		 296 aa  63.2  0.000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2585  integrase family protein  31.52 
 
 		 324 aa  63.5  0.000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0684  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.48 
 
 		 324 aa  63.5  0.000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.631001  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4728  integrase family protein  31.52 
 
 		 324 aa  63.5  0.000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  29.63 
 
 		 294 aa  63.5  0.000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1196  tyrosine recombinase XerD  32.53 
 
 		 309 aa  63.2  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0670859  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3458  tyrosine recombinase XerD  30.23 
 
 		 303 aa  63.2  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.664548  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2670  integrase family protein  31.52 
 
 		 324 aa  63.5  0.000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1673  integrase family protein  26.51 
 
 		 374 aa  62.8  0.000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000152851  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.12 
 
 		 311 aa  62.8  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0758  phage integrase family protein  25.79 
 
 		 304 aa  62.8  0.000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.000222973  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0750  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.72 
 
 		 311 aa  62  0.000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2038  tyrosine recombinase XerD  29.52 
 
 		 311 aa  61.6  0.000000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.487981  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5382  phage integrase  25.77 
 
 		 228 aa  61.2  0.000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.31221  hitchhiker  0.00239771 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3012  tyrosine recombinase XerD subunit  27.27 
 
 		 295 aa  61.6  0.000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.146868  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1489  tyrosine recombinase XerD  27.61 
 
 		 313 aa  60.8  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.966498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0770  tyrosine recombinase XerD  32.5 
 
 		 303 aa  60.8  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0646575 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1344  integrase family protein  26.78 
 
 		 292 aa  60.8  0.00000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000678444  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0728  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.1 
 
 		 330 aa  60.8  0.00000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.442089  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0903  tyrosine recombinase XerD  29.52 
 
 		 303 aa  60.8  0.00000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0988  tyrosine recombinase XerD  29.52 
 
 		 303 aa  60.8  0.00000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.252447  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2127  tyrosine recombinase XerD  30.3 
 
 		 308 aa  60.8  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1434  integrase family protein  27.37 
 
 		 342 aa  59.7  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5117  tyrosine recombinase XerD  29.76 
 
 		 327 aa  60.1  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.843466 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6957  integrase family protein  27.12 
 
 		 292 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0523  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.94 
 
 		 315 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.221654  normal  1 
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3445  integrase family protein  29.38 
 
 		 304 aa  59.7  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0169  phage integrase family protein  26.82 
 
 		 282 aa  60.1  0.00000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0558238  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8452  integrase family protein  30 
 
 		 286 aa  60.1  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.032039  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2544  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.33 
 
 		 308 aa  59.7  0.00000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0586  site-specific recombinase, phage integrase family  28.92 
 
 		 336 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.243719  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1015  integrase/recombinase XerC, putative  28.92 
 
 		 336 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1519  integrase family protein  27.7 
 
 		 279 aa  59.7  0.00000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.959361  decreased coverage  3.1361700000000003e-18 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2992  tyrosine recombinase XerD  28.83 
 
 		 308 aa  58.9  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3587  integrase family protein  30.32 
 
 		 304 aa  58.9  0.00000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  decreased coverage  0.00000000515843  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0030  Integrase  28.25 
 
 		 351 aa  58.9  0.00000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0264646  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1806  Integrase  28.25 
 
 		 351 aa  58.9  0.00000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0548075  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1335  Integrase  28.25 
 
 		 351 aa  58.9  0.00000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.128026  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0310  Integrase  28.25 
 
 		 351 aa  58.9  0.00000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.004878  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2344  phage integrase  29.47 
 
 		 322 aa  58.9  0.00000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0456613  normal  0.219342 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02665  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.13 
 
 		 336 aa  58.9  0.00000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1531  phage integrase family protein  25.89 
 
 		 311 aa  58.9  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.504949 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2391  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.33 
 
 		 311 aa  58.5  0.00000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2064  phage integrase  32.77 
 
 		 297 aa  58.5  0.00000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1228  hypothetical protein  25.71 
 
 		 137 aa  58.5  0.00000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.505674  normal  1 
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5548  integrase family protein  27.87 
 
 		 289 aa  58.5  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2276  tyrosine recombinase XerD  31.14 
 
 		 301 aa  58.5  0.00000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.235275  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1732  integrase/recombinase XerD  26.04 
 
 		 308 aa  58.2  0.00000007  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  30.51 
 
 		 302 aa  58.2  0.00000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0540  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.73 
 
 		 325 aa  58.2  0.00000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0147694  normal  0.75101 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1520  tyrosine recombinase XerD  27.32 
 
 		 362 aa  58.2  0.00000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000383292 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5395  integrase family protein  27.81 
 
 		 402 aa  57.8  0.00000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  29.79 
 
 		 310 aa  57.8  0.00000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_013386  Adeg_2179  integrase family protein  26.23 
 
 		 288 aa  57.8  0.00000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.353401  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  27.56 
 
 		 302 aa  57.8  0.00000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  29.76 
 
 		 299 aa  57.8  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  27.22 
 
 		 294 aa  57  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0537  tyrosine recombinase XerD subunit  27.78 
 
 		 302 aa  57.4  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1144  phage integrase  27.23 
 
 		 422 aa  57.4  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.132159  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3714  tyrosine recombinase XerD  27.61 
 
 		 301 aa  57.4  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5323  integrase family protein  27.71 
 
 		 422 aa  57.4  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0388032 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  28.14 
 
 		 309 aa  56.6  0.0000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2478  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.91 
 
 		 322 aa  57  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0183983 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5891  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.91 
 
 		 316 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.51818 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11988  putative tyrosine recombinase  25.81 
 
 		 298 aa  57  0.0000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2607  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.91 
 
 		 322 aa  57  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>