More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_2008 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009379  Pnuc_2008  exodeoxyribonuclease III Xth  100 
 
 		 260 aa  543  1e-154  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1725  exodeoxyribonuclease III Xth  92.69 
 
 		 260 aa  513  1.0000000000000001e-145  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.569641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0194  AP endonuclease  70 
 
 		 258 aa  395  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0149  exodeoxyribonuclease III (xth)  71.54 
 
 		 258 aa  385  1e-106  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0123  AP endonuclease  67.57 
 
 		 259 aa  378  1e-104  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0042  exodeoxyribonuclease III Xth  68.46 
 
 		 261 aa  375  1e-103  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.169682 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3043  exodeoxyribonuclease III Xth  66.8 
 
 		 257 aa  376  1e-103  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0140  putative exodeoxyribonuclease III protein  67.82 
 
 		 261 aa  377  1e-103  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0167  exodeoxyribonuclease III  66.8 
 
 		 256 aa  375  1e-103  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.580227  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0175  exodeoxyribonuclease III  66.8 
 
 		 256 aa  375  1e-103  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0036  exodeoxyribonuclease III Xth  68.46 
 
 		 261 aa  375  1e-103  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0371  exodeoxyribonuclease III  66.8 
 
 		 256 aa  375  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2299  exodeoxyribonuclease III  66.8 
 
 		 256 aa  375  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.87728  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6456  exodeoxyribonuclease III xth  66.02 
 
 		 257 aa  375  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2379  exodeoxyribonuclease III  66.8 
 
 		 256 aa  375  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.124522  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0186  exodeoxyribonuclease III  66.8 
 
 		 256 aa  375  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3160  exodeoxyribonuclease III Xth  66.8 
 
 		 257 aa  376  1e-103  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0485064  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2780  exodeoxyribonuclease III  66.8 
 
 		 256 aa  375  1e-103  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0151  exodeoxyribonuclease III  66.02 
 
 		 256 aa  372  1e-102  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0057  exodeoxyribonuclease III Xth  66.92 
 
 		 259 aa  373  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0331  exodeoxyribonuclease III Xth  66.15 
 
 		 259 aa  369  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4393  exodeoxyribonucleaseiii xth  66.54 
 
 		 259 aa  369  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.599259  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0685  exodeoxyribonuclease III Xth  64.23 
 
 		 260 aa  364  1e-100  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3102  exodeoxyribonuclease III Xth  65.12 
 
 		 256 aa  367  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3121  exodeoxyribonuclease III Xth  64.09 
 
 		 257 aa  363  2e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.918757 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2491  exodeoxyribonuclease III (xth)  64.09 
 
 		 257 aa  363  2e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.510804  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3105  exodeoxyribonuclease III Xth  64.09 
 
 		 257 aa  363  2e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0254  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  66.02 
 
 		 259 aa  358  5e-98  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2484  exodeoxyribonuclease III (xth)  62.89 
 
 		 257 aa  357  9.999999999999999e-98  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3929  exodeoxyribonuclease III  62.88 
 
 		 263 aa  353  1e-96  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4050  exodeoxyribonuclease III Xth  63.12 
 
 		 262 aa  345  4e-94  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000121179 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0227  exodeoxyribonuclease III Xth  58.96 
 
 		 267 aa  333  2e-90  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0233  exodeoxyribonuclease III Xth  58.58 
 
 		 267 aa  332  5e-90  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0277  exodeoxyribonuclease III Xth  59.33 
 
 		 267 aa  331  8e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0273673  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0288  exodeoxyribonuclease III Xth  60.69 
 
 		 264 aa  329  3e-89  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923056 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0224  exodeoxyribonuclease III  58.3 
 
 		 259 aa  328  4e-89  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.465844  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0339  exodeoxyribonuclease III Xth  57.09 
 
 		 267 aa  319  3e-86  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1619  exodeoxyribonuclease III Xth  58.8 
 
 		 266 aa  318  5e-86  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.8373 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0109  exodeoxyribonuclease III Xth  55.86 
 
 		 261 aa  315  5e-85  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0626468  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0167  exodeoxyribonuclease III Xth  50.78 
 
 		 319 aa  313  1.9999999999999998e-84  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.201775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0089  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  60.98 
 
 		 263 aa  309  2.9999999999999997e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.499029 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0321  exodeoxyribonuclease III  54.44 
 
 		 257 aa  308  6.999999999999999e-83  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.323864  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0070  exodeoxyribonuclease III Xth  55.86 
 
 		 257 aa  302  4.0000000000000003e-81  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0039  exodeoxyribonuclease III Xth  54.3 
 
 		 256 aa  283  1.0000000000000001e-75  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0403  exodeoxyribonuclease III  50 
 
 		 259 aa  273  2.0000000000000002e-72  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0702  hypothetical protein  49.81 
 
 		 260 aa  270  1e-71  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0684  hypothetical protein  49.81 
 
 		 260 aa  270  1e-71  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1784  exodeoxyribonuclease III  49.61 
 
 		 259 aa  270  2e-71  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0295  exodeoxyribonuclease III Xth  51.31 
 
 		 266 aa  267  1e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.049779 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1541  AP endonuclease  47.53 
 
 		 267 aa  260  1e-68  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.241112  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3225  exodeoxyribonuclease III Xth  45.83 
 
 		 265 aa  259  3e-68  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.103281  hitchhiker  0.00000209509 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02934  exodeoxyribonuclease III  49.62 
 
 		 266 aa  253  3e-66  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.636028  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6475  exodeoxyribonuclease III Xth  45.08 
 
 		 264 aa  247  1e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05100  exodeoxyribonuclease III  45.66 
 
 		 265 aa  245  4e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0121  exodeoxyribonuclease III Xth  48.5 
 
 		 266 aa  244  9.999999999999999e-64  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00155792  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0138  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  48.12 
 
 		 266 aa  241  7e-63  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.287048  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2193  exodeoxyribonuclease III Xth  44.91 
 
 		 267 aa  241  7.999999999999999e-63  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000941808  hitchhiker  0.000239022 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5745  exodeoxyribonuclease III Xth  41.79 
 
 		 294 aa  237  1e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321792  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0216  exodeoxyribonuclease III (xth)  58.64 
 
 		 349 aa  224  1e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0269  exodeoxyribonuclease III  42.91 
 
 		 254 aa  222  4.9999999999999996e-57  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0890  exodeoxyribonuclease III Xth  43.82 
 
 		 254 aa  219  3.9999999999999997e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4271  exodeoxyribonuclease III Xth  43.8 
 
 		 256 aa  217  1e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3497  exodeoxyribonuclease III  41.73 
 
 		 254 aa  215  5.9999999999999996e-55  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.570342 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3242  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  40.78 
 
 		 258 aa  212  4.9999999999999996e-54  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0851525 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0618  exodeoxyribonuclease III Xth  37.98 
 
 		 258 aa  212  5.999999999999999e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000157128 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3205  exodeoxyribonuclease III  40.23 
 
 		 255 aa  210  2e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0948  exodeoxyribonuclease III Xth  43.45 
 
 		 272 aa  209  4e-53  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.875165  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6108  catabolite repression control protein  37.45 
 
 		 259 aa  205  5e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0466604  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70390  catabolite repression control protein  37.45 
 
 		 259 aa  205  6e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2145  exodeoxyribonuclease III  39.36 
 
 		 251 aa  202  3e-51  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5545  exodeoxyribonuclease III xth  37.07 
 
 		 259 aa  202  5e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1195  exodeoxyribonuclease III Xth  40.44 
 
 		 277 aa  202  5e-51  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000488572 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0215  exodeoxyribonuclease III xth  36.68 
 
 		 259 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0079  exodeoxyribonuclease III, putative  36.68 
 
 		 259 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4873  exodeoxyribonuclease III Xth  40.96 
 
 		 274 aa  200  1.9999999999999998e-50  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0668549  normal  0.0519409 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02870  catabolite repression control protein; Crc  37.07 
 
 		 259 aa  199  3e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0180  exodeoxyribonuclease III Xth  36.68 
 
 		 259 aa  199  3e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.101584  hitchhiker  0.00000710685 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5292  exodeoxyribonuclease III Xth  36.68 
 
 		 259 aa  199  5e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.328538 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5341  exodeoxyribonuclease III Xth  36.68 
 
 		 259 aa  199  5e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.11599  hitchhiker  0.00893933 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5200  exodeoxyribonuclease III Xth  36.68 
 
 		 259 aa  199  5e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  0.425377 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4384  exodeoxyribonuclease III Xth  35.14 
 
 		 259 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.465503  normal  0.053083 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1647  exodeoxyribonuclease III Xth  37.65 
 
 		 249 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0461  exodeoxyribonuclease III (xth)  41.8 
 
 		 267 aa  196  3e-49  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.25576  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2986  exodeoxyribonuclease III Xth  41.9 
 
 		 254 aa  196  4.0000000000000005e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0547  exodeoxyribonuclease III Xth  34.33 
 
 		 268 aa  194  1e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01760  exodeoxyribonuclease  39.92 
 
 		 254 aa  193  3e-48  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0582  exodeoxyribonuclease III Xth  36.72 
 
 		 249 aa  192  4e-48  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.24337  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0832  exodeoxyribonuclease III Xth  39.61 
 
 		 253 aa  192  4e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.808552  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0258  exonuclease III  38.95 
 
 		 286 aa  192  5e-48  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.209471  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0254  exodeoxyribonuclease III Xth  37.89 
 
 		 249 aa  192  6e-48  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.345857  normal  0.41311 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0377  exodeoxyribonuclease III Xth  39.37 
 
 		 255 aa  191  7e-48  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1247  exodeoxyribonuclease III Xth  38.43 
 
 		 255 aa  191  9e-48  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1734  exodeoxyribonuclease III  40.38 
 
 		 256 aa  190  2e-47  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00350824  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3507  exodeoxyribonuclease III Xth  39.37 
 
 		 252 aa  190  2e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0122233  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27900  exodeoxyribonuclease III Xth  40.3 
 
 		 266 aa  190  2e-47  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.408548  normal  0.79978 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1192  exodeoxyribonuclease III  39.13 
 
 		 250 aa  190  2.9999999999999997e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0173462  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1556  exodeoxyribonuclease III Xth  40 
 
 		 270 aa  189  5e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0939703 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1377  exodeoxyribonuclease III  39.13 
 
 		 250 aa  188  7e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00689884  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1451  exodeoxyribonuclease III Xth  38.58 
 
 		 254 aa  188  7e-47  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.991336  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3671  histidine kinase  35.8 
 
 		 261 aa  186  2e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.148225 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>