More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_1974 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009379  Pnuc_1974  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
258 aa  530  1e-149  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.59 
 
 
300 aa  254  8e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.261261  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0496  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.01 
 
 
251 aa  232  5e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.661007 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0468  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.38 
 
 
257 aa  222  4e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1455  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.1 
 
 
260 aa  218  1e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.271159  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6102  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.2 
 
 
264 aa  210  2e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0605001  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46 
 
 
263 aa  204  1e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.195504 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.47 
 
 
260 aa  203  3e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.166977 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2391  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.47 
 
 
260 aa  202  4e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0230  hypothetical protein  41.9 
 
 
261 aa  192  4e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.599536 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.39 
 
 
249 aa  190  2e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1889  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 
256 aa  182  6e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.84 
 
 
264 aa  181  8e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.33 
 
 
277 aa  179  5e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.44916 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0729  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
259 aa  174  9e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.503076  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1440  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
277 aa  174  1e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.313918 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.99 
 
 
245 aa  172  3e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.19024  normal  0.201158 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
282 aa  172  6e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.390824  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.09 
 
 
265 aa  172  6e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.218017  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.89 
 
 
243 aa  171  8e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1087  short-chain dehydrogenase/reductase family protein  38.37 
 
 
245 aa  171  1e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.3765  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2750  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 
245 aa  171  1e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0379321  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0408  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.71 
 
 
240 aa  171  1e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.75 
 
 
258 aa  166  3e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.461582  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0085  gluconate 5-dehydrogenase  41.2 
 
 
256 aa  163  3e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0959  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.95 
 
 
262 aa  154  1e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4738  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 
260 aa  152  5e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.9226  normal  0.284155 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3172  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.21 
 
 
250 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0471693  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.18 
 
 
251 aa  147  1e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.39 
 
 
245 aa  146  3e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.980517  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2099  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.96 
 
 
250 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2737  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.37 
 
 
250 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.420132  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3016  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.37 
 
 
250 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1484  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
260 aa  139  6e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.591298  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2097  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.27 
 
 
238 aa  135  8e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.434652  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1119  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  35.34 
 
 
262 aa  135  9e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0375  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.8 
 
 
254 aa  135  9e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.187579 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2775  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.92 
 
 
238 aa  132  8e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.88847  normal  0.739494 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1329  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.91 
 
 
238 aa  127  1e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.371699  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3382  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.63 
 
 
266 aa  128  1e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01434  Short chain dehydrogenase family protein  35.17 
 
 
239 aa  126  3e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.6 
 
 
240 aa  125  9e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4129  short chain dehydrogenase  36.32 
 
 
270 aa  124  1e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3487  short chain dehydrogenase  35.9 
 
 
270 aa  124  1e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4895  short chain dehydrogenase  32.78 
 
 
258 aa  124  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000739396  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
266 aa  124  1e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.29 
 
 
275 aa  124  2e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0637  short chain dehydrogenase  35.34 
 
 
241 aa  123  3e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  3.68636e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1238  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.79 
 
 
266 aa  122  4e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1490  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.79 
 
 
239 aa  122  5e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1168  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.79 
 
 
266 aa  122  6e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.41 
 
 
266 aa  122  7e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.857449 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003864  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  32.67 
 
 
241 aa  121  1e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.013707  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
240 aa  120  2e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3066  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
266 aa  120  2e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.84 
 
 
239 aa  120  2e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.300792  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
266 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.05 
 
 
252 aa  119  4e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.576341  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
245 aa  119  7e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00978147  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1311  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.01 
 
 
266 aa  117  1e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.978372 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2469  TonB-dependent receptor  31.35 
 
 
265 aa  118  1e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01815  short chain dehydrogenase  33.07 
 
 
241 aa  117  2e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3863  short chain dehydrogenase  34.71 
 
 
260 aa  116  3e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.331172  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2713  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.62 
 
 
266 aa  116  4e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4665  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.29 
 
 
266 aa  115  8e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.871012  hitchhiker  3.83418e-10 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2049  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.15 
 
 
230 aa  114  2e-24  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5291  short chain dehydrogenase  32.48 
 
 
260 aa  114  2e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0362  hypothetical protein  34.04 
 
 
257 aa  113  2e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.78 
 
 
274 aa  113  3e-24  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.448097 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
256 aa  112  4e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
239 aa  112  4e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0813  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.53 
 
 
253 aa  112  5e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0338  hypothetical protein  34.04 
 
 
257 aa  112  6e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0171  short chain dehydrogenase  31.25 
 
 
246 aa  110  2e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.808724 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.5 
 
 
274 aa  109  3e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2888  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 
257 aa  110  3e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0119499 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.7 
 
 
257 aa  109  4e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.76225  normal  0.242071 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.18 
 
 
242 aa  109  5e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0185  short chain dehydrogenase  31.36 
 
 
256 aa  108  7e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1684  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.85 
 
 
263 aa  108  7e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1537  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.2 
 
 
255 aa  108  7e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.61 
 
 
264 aa  108  7e-23  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2453  short chain dehydrogenase  31.22 
 
 
261 aa  107  2e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.11 
 
 
246 aa  106  3e-22  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
267 aa  107  3e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0396452 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0293  short chain dehydrogenase  29.66 
 
 
267 aa  106  4e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3918  short chain dehydrogenase  30.95 
 
 
267 aa  106  4e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2238  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.46 
 
 
317 aa  106  4e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3415  short chain dehydrogenase  33.04 
 
 
268 aa  105  6e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.560569  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1175  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.17 
 
 
254 aa  105  7e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3806  short chain dehydrogenase  31.12 
 
 
260 aa  105  1e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.187681 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.89 
 
 
249 aa  104  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.377805  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.42 
 
 
253 aa  105  1e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.98 
 
 
231 aa  103  2e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.459049  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1374  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.42 
 
 
253 aa  104  2e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.542817  normal  0.89387 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3844  short chain dehydrogenase  30.56 
 
 
267 aa  104  2e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000447473 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4040  short chain dehydrogenase  30.56 
 
 
267 aa  104  2e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0416  short chain dehydrogenase  30.56 
 
 
267 aa  104  2e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2505  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.98 
 
 
231 aa  103  2e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
245 aa  103  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.553727  normal  0.0273902 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>