More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_1956 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc0343  ammonium transporter  75.81 
 
 
436 aa  686    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0199  ammonium transporter  76.04 
 
 
515 aa  688    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.356507 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0218  ammonium transporter  76.27 
 
 
524 aa  688    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000738069 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0292  ammonium transporter  68.55 
 
 
513 aa  682    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0241  ammonium transporter  68.17 
 
 
510 aa  674    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.60924  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1956  ammonium transporter  100 
 
 
494 aa  981    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0054  ammonium transporter  71.13 
 
 
499 aa  621  1e-176  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0265828  normal  0.286755 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3941  ammonium transporter  71.04 
 
 
504 aa  615  1e-175  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0184  ammonium transporter  68.55 
 
 
515 aa  592  1e-168  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.186841  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0473  ammonium transporter  69.06 
 
 
522 aa  585  1e-166  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0121  ammonium transporter  69.23 
 
 
521 aa  579  1e-164  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0596893 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2136  ammonium transporter  63.62 
 
 
480 aa  577  1.0000000000000001e-163  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0172  putative ammonium transporter transmembrane protein  67.87 
 
 
508 aa  570  1e-161  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.17564  normal  0.523075 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3313  ammonium transporter  66.97 
 
 
512 aa  557  1e-157  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.572322  normal  0.097706 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0219  ammonium transporter  68.59 
 
 
432 aa  554  1e-156  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3626  ammonium transporter  57.24 
 
 
499 aa  527  1e-148  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.115388 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1817  ammonium transporter  56.36 
 
 
500 aa  511  1e-144  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.664398  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4093  ammonium transporter  59.13 
 
 
476 aa  512  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0241  ammonium transporter  62.39 
 
 
468 aa  511  1e-143  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.943388 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0448  ammonium transporter  56.22 
 
 
480 aa  511  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.595017  normal  0.335861 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3769  ammonium transporter  58.9 
 
 
477 aa  510  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.63779 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1860  ammonium transporter  55.91 
 
 
506 aa  508  9.999999999999999e-143  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.889912 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2375  ammonium transporter  54.98 
 
 
498 aa  501  1e-140  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.442944 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03566  ammonium transporter  60.6 
 
 
480 aa  498  1e-140  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0272  ammonium transporter  55.34 
 
 
480 aa  497  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.352116 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0434  ammonium transporter  57.01 
 
 
434 aa  498  1e-139  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0771346  normal  0.5124 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5498  ammonium transporter  55.7 
 
 
500 aa  496  1e-139  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.705033  normal  0.0460746 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2099  ammonium transporter  56.26 
 
 
498 aa  492  9.999999999999999e-139  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.315626  normal  0.0101926 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0373  ammonium transporter  58.22 
 
 
480 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2051  ammonium transporter  56.26 
 
 
498 aa  491  1e-137  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.608567  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0292  ammonium transporter  55.16 
 
 
500 aa  488  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0278  ammonium transporter  56 
 
 
480 aa  485  1e-136  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.379824  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2734  ammonium transporter  56.33 
 
 
509 aa  482  1e-135  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.17122 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0593  ammonium transporter  60.51 
 
 
440 aa  484  1e-135  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1122  ammonium transporter  54.77 
 
 
483 aa  476  1e-133  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.909008  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0303  ammonium transporter  57.54 
 
 
457 aa  476  1e-133  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1088  ammonium transporter  55.01 
 
 
484 aa  473  1e-132  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.149046  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2170  ammonium transporter  57.24 
 
 
512 aa  474  1e-132  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0246241  normal  0.111123 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4237  ammonium transporter  55.4 
 
 
452 aa  469  1.0000000000000001e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1061  ammonium transporter  55.99 
 
 
428 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3250  ammonium transporter  56.22 
 
 
430 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3038  ammonium transporter  57.08 
 
 
430 aa  465  9.999999999999999e-131  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.447574 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0523  ammonium transporter  53.16 
 
 
428 aa  466  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.536777  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3077  ammonium transporter  57.08 
 
 
430 aa  465  9.999999999999999e-131  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.822444  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3219  ammonium transporter  57.08 
 
 
430 aa  465  9.999999999999999e-131  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0513  ammonium transporter  53.16 
 
 
428 aa  465  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0507  ammonium transporter  53.16 
 
 
428 aa  466  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0566  ammonium transporter  53.16 
 
 
428 aa  465  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.887749  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0504  ammonium transporter  53.16 
 
 
428 aa  467  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0177698  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2032  ammonium transporter  53.57 
 
 
482 aa  465  9.999999999999999e-131  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.482356  normal  0.210082 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3217  ammonium transporter  56.16 
 
 
444 aa  461  1e-129  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0192  ammonium transporter  56.16 
 
 
466 aa  461  1e-129  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0653  ammonium transporter  56.16 
 
 
478 aa  461  1e-129  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0469  ammonium transporter  56.16 
 
 
500 aa  461  1e-129  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.929058  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1401  ammonium transporter  56.16 
 
 
466 aa  461  1e-129  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0488  ammonium transporter  56.16 
 
 
500 aa  461  1e-129  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.256418  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2828  ammonium transporter  56.16 
 
 
466 aa  461  1e-129  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0919  ammonium transporter  52.07 
 
 
428 aa  461  9.999999999999999e-129  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0408  ammonium transporter  55.94 
 
 
469 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.737141  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2514  ammonium transporter  49.6 
 
 
461 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0323636  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0164  ammonium transporter  58.81 
 
 
475 aa  460  9.999999999999999e-129  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.611454 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00403  ammonium transporter  51.42 
 
 
428 aa  457  1e-127  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3158  ammonium transporter  51.63 
 
 
428 aa  457  1e-127  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0487  ammonium transporter  51.63 
 
 
428 aa  456  1e-127  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00407  hypothetical protein  51.42 
 
 
428 aa  457  1e-127  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0540  ammonium transporter  51.63 
 
 
428 aa  457  1e-127  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.53448  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0182  ammonium transporter  58.81 
 
 
473 aa  457  1e-127  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0599171  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3164  ammonium transporter  51.63 
 
 
428 aa  457  1e-127  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0378  ammonium transporter  51.63 
 
 
428 aa  456  1e-127  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2876  ammonium transporter  55.71 
 
 
500 aa  457  1e-127  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0601179  normal  0.287688 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2251  ammonium transporter  55.71 
 
 
500 aa  457  1e-127  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.112232  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2208  ammonium transporter  54.77 
 
 
498 aa  457  1e-127  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.653827  normal  0.466403 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2865  ammonium transporter  55.71 
 
 
500 aa  457  1e-127  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00160968  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0495  ammonium transporter  51.63 
 
 
428 aa  457  1e-127  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0438  ammonium transporter  55.71 
 
 
500 aa  458  1e-127  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.481032  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0528  ammonium transporter  51.63 
 
 
428 aa  457  1e-127  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6194  ammonium transporter  54.83 
 
 
504 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3236  ammonium transporter  56.22 
 
 
454 aa  452  1.0000000000000001e-126  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1110  ammonium transporter  56.12 
 
 
428 aa  455  1.0000000000000001e-126  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0348758  hitchhiker  0.00000315771 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3051  ammonium transporter  56.78 
 
 
451 aa  449  1e-125  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2911  ammonium transporter  54.32 
 
 
438 aa  444  1e-123  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0257  ammonium transporter  53.65 
 
 
501 aa  445  1e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2526  ammonium transporter  54.32 
 
 
438 aa  444  1e-123  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4189  ammonium transporter  54.57 
 
 
499 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.793194 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5505  ammonium transporter  54.94 
 
 
445 aa  438  1e-121  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.698175  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0888  ammonium transporter  54.99 
 
 
450 aa  437  1e-121  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2327  ammonium transporter  55.56 
 
 
489 aa  435  1e-121  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.414332  normal  0.481619 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2546  ammonium transporter  54.99 
 
 
450 aa  437  1e-121  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2864  ammonium transporter  53.83 
 
 
430 aa  434  1e-120  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.962346  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0526  ammonium transporter  54.11 
 
 
502 aa  434  1e-120  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2356  ammonium transporter  52.9 
 
 
435 aa  432  1e-120  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0377  ammonium transporter  52.82 
 
 
433 aa  432  1e-120  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.182782  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3056  ammonium transporter  53.91 
 
 
430 aa  431  1e-119  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47780  Ammonium transporter  55.85 
 
 
438 aa  429  1e-119  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.261032  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2782  ammonium transporter  54.79 
 
 
503 aa  429  1e-119  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0900246  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2920  ammonium transporter  54.79 
 
 
497 aa  430  1e-119  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0617737  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0994  ammonium transporter  49.04 
 
 
436 aa  430  1e-119  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.540241  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1305  ammonium transporter  50.99 
 
 
444 aa  425  1e-118  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.179882 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6029  ammonium transporter  53.8 
 
 
442 aa  425  1e-118  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69795  ammonium transporter AmtB  53.8 
 
 
442 aa  426  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.155925  normal  0.25807 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>