More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_1808 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009379  Pnuc_1808  two component LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 
207 aa  424  1e-118  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000516369  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4470  two component LuxR family transcriptional regulator  37.81 
 
 
232 aa  149  4e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.370568  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2928  two component LuxR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
213 aa  146  2e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5714  two component LuxR family transcriptional regulator  36.59 
 
 
210 aa  145  5e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5940  LuxR family response regulator  35.27 
 
 
220 aa  144  6e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  7.81929e-07  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5536  LuxR response regulator receiver  36.41 
 
 
209 aa  144  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.882777  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4331  two component LuxR family transcriptional regulator  36 
 
 
212 aa  143  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.748519  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2093  putative two-component response regulator  36.71 
 
 
207 aa  140  9e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24710  putative two-component response regulator  36.71 
 
 
207 aa  140  9e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6883  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.32 
 
 
213 aa  140  1e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.239531  normal  0.170628 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1194  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.85 
 
 
217 aa  139  2e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.272513  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2101  LuxR family DNA-binding response regulator  35.78 
 
 
207 aa  139  2e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00862279  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3638  two component LuxR family transcriptional regulator  35.78 
 
 
205 aa  139  2e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.489861 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1643  two component LuxR family transcriptional regulator  34.8 
 
 
205 aa  136  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.003137  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2160  LuxR family DNA-binding response regulator  34.76 
 
 
210 aa  136  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2269  two component LuxR family transcriptional regulator  34.76 
 
 
210 aa  136  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2227  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.31 
 
 
217 aa  136  2e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.632961  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4334  two component LuxR family transcriptional regulator  35.12 
 
 
209 aa  135  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.255025  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1160  putative two-component response regulator  35.92 
 
 
209 aa  135  5e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0122525  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6866  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.8 
 
 
202 aa  135  5e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.140006  normal  0.169631 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12780  putative two-component response regulator  35.92 
 
 
209 aa  135  6e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  4.36161e-10  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00430  putative two-component response regulator  38.83 
 
 
207 aa  134  9e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.247974 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0036  putative two-component response regulator  38.83 
 
 
207 aa  134  9e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.035019  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2113  LuxR family DNA-binding response regulator  34.29 
 
 
210 aa  134  1e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.616678 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1620  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
206 aa  132  5e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0222153 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2906  two component LuxR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
203 aa  130  1e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1119  two component LuxR family transcriptional regulator  35.61 
 
 
208 aa  129  2e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3890  LuxR response regulator receiver  34.45 
 
 
208 aa  129  3e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.330128 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4322  two component LuxR family transcriptional regulator  33.5 
 
 
207 aa  129  3e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4151  DNA-binding response regulator, LuxR family  34.45 
 
 
208 aa  129  3e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.35782  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1090  LuxR family DNA-binding response regulator  33.5 
 
 
207 aa  129  4e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1131  two component LuxR family transcriptional regulator  33.5 
 
 
236 aa  129  4e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.796271  normal  0.799889 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2114  LuxR response regulator receiver  31.55 
 
 
212 aa  127  1e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.22828 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2699  transmission activator LetA  32.69 
 
 
219 aa  125  4e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2571  transmission activator LetA  32.69 
 
 
219 aa  125  4e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4515  two component LuxR family transcriptional regulator  33.97 
 
 
208 aa  125  5e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00786387 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0304  two component LuxR family transcriptional regulator  34.62 
 
 
207 aa  125  6e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0174  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.45 
 
 
208 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0577  transcriptional regulator FimZ  31.22 
 
 
210 aa  124  1e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0610  transcriptional regulator FimZ  31.22 
 
 
210 aa  124  1e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0636  transcriptional regulator FimZ  31.22 
 
 
210 aa  124  1e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.931873  normal  0.250092 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00490  hypothetical protein  31.22 
 
 
210 aa  124  1e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3087  transcriptional regulator FimZ  31.22 
 
 
210 aa  124  1e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00485  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.22 
 
 
210 aa  124  1e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3078  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.22 
 
 
210 aa  124  1e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3974  two component LuxR family transcriptional regulator  30.1 
 
 
208 aa  123  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0580  transcriptional regulator FimZ  31.22 
 
 
210 aa  123  2e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4335  two component LuxR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
194 aa  122  4e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3790  two component LuxR family transcriptional regulator  32.37 
 
 
226 aa  120  1e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0815  two component LuxR family transcriptional regulator  30.92 
 
 
213 aa  120  2e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  1.80305e-06  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0292  response regulator transcription regulator protein  30.29 
 
 
210 aa  120  2e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1122  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.05 
 
 
234 aa  119  4e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.752968  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0153  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.29 
 
 
210 aa  118  5e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0598  transcriptional regulator FimZ  31.71 
 
 
210 aa  118  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.110504 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0595  transcriptional regulator FimZ  31.71 
 
 
210 aa  118  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.447967  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1123  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.27 
 
 
242 aa  118  6e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2401  response regulator receiver  31.63 
 
 
230 aa  118  7e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0808908 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0145  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.29 
 
 
210 aa  117  9e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2375  DNA-binding response regulator, LuxR family  31.53 
 
 
209 aa  117  1e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.248491  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0594  transcriptional regulator FimZ  31.71 
 
 
210 aa  117  1e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.627077  hitchhiker  0.00790766 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0602  transcriptional regulator FimZ  31.71 
 
 
210 aa  117  1e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.379869  normal  0.0923244 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0659  transcriptional regulator FimZ  31.71 
 
 
210 aa  117  1e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.611229  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4449  two component LuxR family transcriptional regulator  30.7 
 
 
230 aa  116  2e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.683214 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2350  two component LuxR family transcriptional regulator  30.35 
 
 
204 aa  116  2e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3412  LuxR family DNA-binding response regulator  30.35 
 
 
204 aa  115  3e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.338288 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3423  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.07 
 
 
235 aa  115  4e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.324081  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2781  two component LuxR family transcriptional regulator  29.85 
 
 
204 aa  115  4e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0121  two component LuxR family transcriptional regulator  28.85 
 
 
210 aa  115  6e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.830531  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1460  two component LuxR family transcriptional regulator  31.9 
 
 
210 aa  115  6e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.39219  normal  0.352919 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2780  two component LuxR family transcriptional regulator  33.18 
 
 
226 aa  115  6e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0993  transcriptional regulator FimZ  30.24 
 
 
210 aa  115  6e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000287084 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2528  two component LuxR family transcriptional regulator  29.21 
 
 
204 aa  114  1e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0522002 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1300  DNA-binding transcriptional activator EvgA  31.84 
 
 
204 aa  113  2e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3600  DNA-binding transcriptional activator EvgA  31.84 
 
 
204 aa  113  2e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0441797 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02279  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with EvgS  31.84 
 
 
204 aa  113  2e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1288  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.84 
 
 
204 aa  113  2e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2519  DNA-binding transcriptional activator EvgA  31.84 
 
 
204 aa  113  2e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2506  DNA-binding transcriptional activator EvgA  31.84 
 
 
204 aa  113  2e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00265649  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02240  hypothetical protein  31.84 
 
 
204 aa  113  2e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3945  putative DNA-binding response regulator EsrB  31.03 
 
 
210 aa  113  2e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0480381  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2655  DNA-binding transcriptional activator EvgA  31.84 
 
 
204 aa  113  2e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3747  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.33 
 
 
221 aa  113  2e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7764  two component LuxR family transcriptional regulator  32 
 
 
210 aa  112  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.527093  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3919  two component LuxR family transcriptional regulator  31.03 
 
 
210 aa  112  3e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2738  DNA-binding transcriptional activator EvgA  31.84 
 
 
204 aa  112  3e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2048  response regulator  30.54 
 
 
209 aa  112  3e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.102554  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2265  LuxR family DNA-binding response regulator  30.54 
 
 
209 aa  112  3e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.201191  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2290  DNA-binding response regulator, LuxR family  30.54 
 
 
209 aa  112  3e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.36213e-15 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2109  LuxR family DNA-binding response regulator  30.54 
 
 
209 aa  112  3e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3833  putative DNA-binding response regulator EsrB  31.03 
 
 
210 aa  112  3e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3271  response regulator  29.95 
 
 
214 aa  112  3e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0222898  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2046  response regulator  30.54 
 
 
209 aa  112  3e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1429  two component LuxR family transcriptional regulator  31.09 
 
 
211 aa  112  3e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.85494 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2087  two component LuxR family transcriptional regulator  32.68 
 
 
213 aa  112  4e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0358431  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0726  response regulator  30.15 
 
 
211 aa  112  4e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2245  DNA-binding response regulator, LuxR family  30.73 
 
 
213 aa  112  5e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3789  response regulator receiver  29.95 
 
 
228 aa  111  6e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0916709 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4250  two component LuxR family transcriptional regulator  31.92 
 
 
246 aa  111  6e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.59923 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0462  transcriptional regulator FimZ  30.96 
 
 
199 aa  111  6e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.739138  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0180  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.27 
 
 
213 aa  111  7e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>