More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_1375 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009379  Pnuc_1375  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 311 aa  622  1e-177  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.58375  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3588  LysR family transcriptional regulator  45.58 
 
 		 299 aa  251  9.000000000000001e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.300751  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  46.96 
 
 		 301 aa  248  6e-65  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1336  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 298 aa  245  6.999999999999999e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0531475  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4881  LysR family transcriptional regulator  43.62 
 
 		 317 aa  231  1e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.635282  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2948  transcriptional regulator, LysR family protein  42.86 
 
 		 305 aa  230  2e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.190207  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3132  transcriptional regulator, LysR family  42.57 
 
 		 308 aa  229  5e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000319195  normal  0.475584 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1181  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 308 aa  229  6e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00113734  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1258  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 308 aa  229  6e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000142134  normal  0.057719 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1225  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 308 aa  229  6e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00128193  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1328  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 304 aa  226  3e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2868  LysR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 303 aa  226  3e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000208433  normal  0.445531 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2950  LysR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 303 aa  226  3e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00110696  normal  0.296544 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1139  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 303 aa  226  4e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000235154  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3046  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 303 aa  225  7e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000304897  normal  0.295225 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4602  LysR family transcriptional regulator  43.45 
 
 		 302 aa  224  1e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2788  LysR, substrate-binding  43.21 
 
 		 301 aa  223  4.9999999999999996e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1922  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 308 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1157  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 326 aa  217  2e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.329049 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2425  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 308 aa  215  9e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.540189  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  43.33 
 
 		 301 aa  214  9.999999999999999e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0334  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 320 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1346  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 302 aa  214  1.9999999999999998e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.124004  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 320 aa  213  2.9999999999999995e-54  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3833  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 301 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1129  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 303 aa  212  7.999999999999999e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000620786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0860  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 323 aa  212  7.999999999999999e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00062779  normal  0.0657108 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1035  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 305 aa  211  1e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000217191  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2440  transcriptional regulator, putative hydrogen peroxide-inducible regulon activator  39.86 
 
 		 299 aa  210  3e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1224  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 303 aa  208  1e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000272647  hitchhiker  0.00900481 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2782  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 301 aa  206  3e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.427064  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1016  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 311 aa  204  1e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.217718  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0334  transcriptional regulator, LysR family  41.47 
 
 		 323 aa  202  5e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.937617  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0709  transcriptional regulator OxyR, putative  39.18 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01040  transcriptional regulator  40.26 
 
 		 301 aa  201  1.9999999999999998e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0434  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 312 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351851  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0323  transcriptional regulator, LysR family  41.14 
 
 		 323 aa  200  3e-50  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.712215  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1422  transcriptional regulator, LysR family  40.86 
 
 		 310 aa  199  3.9999999999999996e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0382  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 317 aa  199  7e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0665  putative transcriptional regulator OxyR  38.33 
 
 		 301 aa  199  7e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0265  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 301 aa  198  7.999999999999999e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000402003  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48440  Transcriptional regulator, LysR family protein  36.04 
 
 		 311 aa  198  7.999999999999999e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0556278  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0029  regulatory protein, LysR  38.54 
 
 		 304 aa  198  9e-50  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.242113 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  36.03 
 
 		 296 aa  198  1.0000000000000001e-49  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2079  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.399656  normal  0.607866 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  36.03 
 
 		 296 aa  196  4.0000000000000005e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1919  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 314 aa  196  4.0000000000000005e-49  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.156623  normal  0.456297 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04591  oxidative stress transcriptional regulator  42.47 
 
 		 313 aa  196  5.000000000000001e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2140  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 303 aa  195  7e-49  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.828195  normal  0.0106328 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.05 
 
 		 305 aa  195  9e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4681  transcriptional regulator, LysR family  41.92 
 
 		 304 aa  194  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.468795  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4725  transcriptional regulator, LysR family  41.24 
 
 		 304 aa  194  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2792  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 307 aa  195  1e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.303963 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  41.73 
 
 		 320 aa  195  1e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2432  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 320 aa  194  2e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0871  oxidative stress transcriptional regulator  41.91 
 
 		 311 aa  194  2e-48  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.0000180312  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0036  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 301 aa  194  2e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1798  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 302 aa  193  3e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.270258  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0520  hydrogen peroxide-inducible genes activator  38.93 
 
 		 311 aa  193  3e-48  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.454545  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0783  LysR family transcriptional regulator  41.91 
 
 		 311 aa  193  3e-48  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.33611  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0312  LysR family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 323 aa  193  4e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1654  hydrogen peroxide-inducible genes activator  38.59 
 
 		 311 aa  192  5e-48  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00724333  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  38.83 
 
 		 300 aa  192  7e-48  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.82 
 
 		 305 aa  192  9e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.82 
 
 		 305 aa  192  9e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.82 
 
 		 305 aa  192  9e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6567  hydrogen peroxide-inducible genes activator protein  38.41 
 
 		 314 aa  190  2e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.222143  hitchhiker  0.00672743 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.97 
 
 		 305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1585  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 306 aa  189  5.999999999999999e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.173107  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2217  LysR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 324 aa  189  5.999999999999999e-47  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.335771  normal  0.670692 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2661  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 319 aa  189  7e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.230449 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.12 
 
 		 302 aa  189  7e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0362  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 300 aa  189  7e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.12 
 
 		 302 aa  189  7e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3324  oxidative stress regulatory protein OxyR  36.42 
 
 		 319 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.519513  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2576  oxidative stress regulatory protein OxyR  36.42 
 
 		 319 aa  188  1e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2390  oxidative stress regulatory protein OxyR  36.42 
 
 		 319 aa  188  1e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3367  oxidative stress regulatory protein  36.42 
 
 		 319 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0672559  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3813  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 319 aa  187  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4222  LysR family transcriptional regulator  41.73 
 
 		 302 aa  187  1e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.79182  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0307  oxidative stress regulatory protein OxyR  36.42 
 
 		 319 aa  188  1e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1168  oxidative stress regulatory protein OxyR  36.42 
 
 		 319 aa  188  1e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3358  oxidative stress regulatory protein OxyR  36.42 
 
 		 319 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0693  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 319 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0589363  normal  0.107501 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0640  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 319 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5771  transcriptional regulator LysR family  37.22 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.67 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0241  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 319 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0594299  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0725  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 319 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36 
 
 		 305 aa  186  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36 
 
 		 305 aa  186  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36 
 
 		 305 aa  186  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1816  transcriptional regulator, LysR family  41.03 
 
 		 304 aa  186  3e-46  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36 
 
 		 305 aa  186  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36 
 
 		 305 aa  186  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0615  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 319 aa  187  3e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3312  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 303 aa  186  4e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00186947  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3053  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 309 aa  186  6e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.979958  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.57 
 
 		 302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.79 
 
 		 305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>