More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_1305 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1190  hypothetical protein  36.68 
 
 		 1177 aa  655    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1034  UvrD/REP helicase  37.21 
 
 		 1173 aa  657    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0891257  normal  0.693052 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1126  UvrD/REP helicase  36.99 
 
 		 1173 aa  681    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.443367 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0641  UvrD/REP helicase  73.37 
 
 		 1173 aa  1786    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0566745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1305  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 1185 aa  2441    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.737945  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2114  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  36.44 
 
 		 1197 aa  610  1e-173  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2131  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V subunit A  37.32 
 
 		 1187 aa  609  9.999999999999999e-173  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.564437  normal  0.516906 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0033  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  33.08 
 
 		 1089 aa  446  1e-123  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.115384 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2124  UvrD/REP helicase  31.16 
 
 		 1147 aa  392  1e-107  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2265  UvrD/REP helicase  29.43 
 
 		 1095 aa  380  1e-104  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1285  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  30.83 
 
 		 1086 aa  377  1e-103  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.196421  normal  0.100578 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2193  UvrD/REP helicase  31.68 
 
 		 1103 aa  364  5.0000000000000005e-99  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1503  UvrD/REP helicase  31.7 
 
 		 1101 aa  345  2.9999999999999997e-93  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.699543  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0648  UvrD/REP helicase  30.22 
 
 		 1140 aa  342  2e-92  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.464664  normal  0.326348 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2641  UvrD/REP helicase  28.89 
 
 		 1168 aa  285  4.0000000000000003e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0136938 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2896  UvrD/REP helicase  34.06 
 
 		 1165 aa  270  1e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.522615  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2325  UvrD/REP helicase  28.31 
 
 		 1087 aa  260  1e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.293004  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3438  double-strand break repair helicase AddA  26.96 
 
 		 1125 aa  241  6.999999999999999e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2355  UvrD/REP helicase  34.61 
 
 		 1101 aa  235  3e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2794  UvrD-like DNA helicase domain-containing protein  27.33 
 
 		 1124 aa  231  9e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.370193 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0077  double-strand break repair helicase AddA  25.64 
 
 		 1161 aa  228  5.0000000000000005e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.458203  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4066  UvrD/REP helicase  26.1 
 
 		 1120 aa  223  9.999999999999999e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.160711 
 
 
-
 
NC_002978  WD0359  UvrD/Rep/AddA family helicase  25.95 
 
 		 1089 aa  221  5e-56  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0138  double-strand break repair helicase AddA  25.94 
 
 		 1156 aa  218  5e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.727377 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0202  UvrD/REP helicase  25.29 
 
 		 1159 aa  205  3e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0387  UvrD/REP helicase  27.57 
 
 		 1164 aa  198  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.625573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2020  double-strand break repair helicase AddA  24.39 
 
 		 1180 aa  198  5.000000000000001e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.411715  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2103  UvrD/Rep family helicase  24.47 
 
 		 1180 aa  198  6e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.664576  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1498  UvrD/REP helicase  26.23 
 
 		 1080 aa  196  2e-48  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0058  UvrD/REP helicase  24.78 
 
 		 1162 aa  191  7e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.106754  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4954  double-strand break repair helicase AddA  24.88 
 
 		 1147 aa  182  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.218744 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3581  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  24.59 
 
 		 1177 aa  181  7e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1997  UvrD/REP helicase  25.18 
 
 		 1161 aa  180  1e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283179  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1357  double-strand break repair helicase AddA  25.71 
 
 		 1155 aa  172  3e-41  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0817  double-strand break repair helicase AddA  24.36 
 
 		 1180 aa  172  3e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0551  UvrD/REP helicase  24.61 
 
 		 1149 aa  168  5.9999999999999996e-40  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0345301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0629  UvrD/REP helicase  22.53 
 
 		 854 aa  165  4.0000000000000004e-39  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1481  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  28.62 
 
 		 1230 aa  164  9e-39  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1322  hypothetical protein  24.71 
 
 		 1057 aa  159  4e-37  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2175  double-strand break repair helicase AddA  25.93 
 
 		 1164 aa  159  4e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.997727 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1855  recombination helicase AddA  24.46 
 
 		 1282 aa  151  7e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0546193 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0555  exonuclease RexA  24.01 
 
 		 1218 aa  150  2.0000000000000003e-34  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0629  UvrD/REP helicase  25.95 
 
 		 1161 aa  145  3e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.590503 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0086  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  25.58 
 
 		 1183 aa  144  7e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3434  UvrD/REP helicase  24.5 
 
 		 1187 aa  144  9.999999999999999e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0025  recombination helicase AddA  23.71 
 
 		 1270 aa  143  1.9999999999999998e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0025  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.64 
 
 		 1271 aa  141  6e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0973  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  26.86 
 
 		 1155 aa  140  2e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.117254 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3242  double-strand break repair helicase AddA  27.94 
 
 		 1189 aa  137  8e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2846  UvrD/REP helicase  26.84 
 
 		 1121 aa  137  9e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.347056 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1377  Exodeoxyribonuclease V  26.17 
 
 		 1226 aa  137  9e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.246845  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1774  recombination helicase AddA  26.84 
 
 		 1248 aa  137  9.999999999999999e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2985  UvrD/REP helicase  25.27 
 
 		 1131 aa  137  9.999999999999999e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.105436  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4286  double-strand break repair helicase AddA  25.48 
 
 		 1183 aa  135  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.564831 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2951  UvrD-like DNA helicase, C terminal  25.98 
 
 		 1119 aa  134  7.999999999999999e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0785704  normal  0.12863 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3959  double-strand break repair helicase AddA  24.51 
 
 		 1183 aa  131  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1455  UvrD-like DNA helicase, C terminal  28.4 
 
 		 1157 aa  131  8.000000000000001e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.719405  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0967  recombination helicase AddA  25.38 
 
 		 1217 aa  131  8.000000000000001e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0986  recombination helicase AddA  25.38 
 
 		 1217 aa  131  8.000000000000001e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0857621  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0090  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  25.03 
 
 		 1156 aa  131  8.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195606  normal  0.386807 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1295  double-strand break repair helicase AddA  26.29 
 
 		 1185 aa  130  1.0000000000000001e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1527  UvrD/Rep family helicase  28.83 
 
 		 1106 aa  130  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.529663  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0203  UvrD-like DNA helicase, C terminal  25.6 
 
 		 1233 aa  130  2.0000000000000002e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2681  double-strand break repair helicase AddA  27.63 
 
 		 1142 aa  130  2.0000000000000002e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1416  UvrD-like DNA helicase, C terminal  26.01 
 
 		 1244 aa  129  4.0000000000000003e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1751  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  24.4 
 
 		 1129 aa  129  4.0000000000000003e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.910924 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1286  UvrD/REP helicase  23.41 
 
 		 1074 aa  129  5e-28  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0671  recombination helicase AddA  26.98 
 
 		 1244 aa  127  1e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2039  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  27.9 
 
 		 1251 aa  127  1e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0178  UvrD-like DNA helicase, C terminal  29.06 
 
 		 1106 aa  126  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.124424  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1357  UvrD/REP helicase  28 
 
 		 1196 aa  124  8e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0050  UvrD/REP helicase  25.48 
 
 		 1202 aa  124  9.999999999999999e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.253682 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1412  double-strand break repair helicase AddA  26.03 
 
 		 1151 aa  124  9.999999999999999e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0056  ATP-dependant DNA helicase  25.8 
 
 		 1182 aa  122  3.9999999999999996e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1708  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  24.54 
 
 		 1118 aa  120  1.9999999999999998e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4904  double-strand break repair helicase AddA  23.68 
 
 		 1147 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.921527 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0769  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.62 
 
 		 1207 aa  119  3e-25  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4440  double-strand break repair helicase AddA  23.68 
 
 		 1147 aa  119  3e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.548671  normal  0.292809 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4853  double-strand break repair helicase AddA  28.11 
 
 		 1157 aa  118  5e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.744046  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1805  UvrD/REP helicase  27.36 
 
 		 1184 aa  116  3e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0382  putative recombination protein RecB  27.05 
 
 		 915 aa  115  4.0000000000000004e-24  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.309071  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5412  UvrD/REP helicase  26.49 
 
 		 1117 aa  115  5e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0157  UvrD/REP helicase  25.48 
 
 		 1166 aa  115  5e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.271961  normal  0.551574 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0309  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  25.17 
 
 		 1186 aa  115  6e-24  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1041  recombination helicase AddA  25.48 
 
 		 1241 aa  113  2.0000000000000002e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.552246  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2076  UvrD/REP helicase  24.97 
 
 		 1240 aa  113  2.0000000000000002e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.692604  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0782  UvrD/REP helicase  25.26 
 
 		 1107 aa  112  4.0000000000000004e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.685172  normal  0.12668 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2832  recombination helicase AddA  24.05 
 
 		 1392 aa  112  4.0000000000000004e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3105  UvrD/REP helicase  27.32 
 
 		 1047 aa  112  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.224612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1828  putative recombination protein RecB  27.51 
 
 		 921 aa  112  4.0000000000000004e-23  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00117116  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3423  recombination helicase AddA  24.11 
 
 		 1377 aa  111  6e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1193  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.04 
 
 		 1241 aa  111  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1610  double-strand break repair helicase AddA  28.69 
 
 		 1157 aa  111  7.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3377  double-strand break repair helicase AddA  26.76 
 
 		 1165 aa  110  1e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.291395  normal  0.767589 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0387  ATP-dependent DNA helicase UvrD  24.2 
 
 		 860 aa  111  1e-22  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1061  ATP-dependent nuclease subunit A  25.28 
 
 		 1241 aa  110  2e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1039  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.32 
 
 		 1241 aa  110  2e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1142  ATP-dependent nuclease subunit A  25.28 
 
 		 1241 aa  110  2e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1157  hypothetical protein  26.07 
 
 		 1061 aa  110  2e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1245  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.24 
 
 		 1241 aa  109  3e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>