More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_1133 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4741  type I restriction-modification system, M subunit  74.18 
 
 		 489 aa  776    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6045  type I restriction-modification system subunit M  75.88 
 
 		 489 aa  782    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0475301  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0502  N-6 DNA methylase  62.93 
 
 		 493 aa  655    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.173184 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0684  type I restriction-modification system, M subunit  66.67 
 
 		 489 aa  686    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4612  N-6 DNA methylase  75.46 
 
 		 489 aa  780    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000590691 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4881  type I restriction-modification system M subunit  63.75 
 
 		 489 aa  674    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.900731 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2616  N-6 DNA methylase  65.36 
 
 		 492 aa  676    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0464512 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3271  putative RNA methylase  63.8 
 
 		 479 aa  642    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.11081  normal  0.0311183 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0823  N-6 DNA methylase  67.28 
 
 		 493 aa  692    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5860  type I restriction-modification system, M subunit  64.62 
 
 		 493 aa  674    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.822857 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2498  type I restriction-modification system, M subunit  64.34 
 
 		 488 aa  672    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.095428  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02073  type I restriction enzyme EcoEI M protein  73.4 
 
 		 489 aa  768    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1977  N-6 DNA methylase  63.17 
 
 		 500 aa  661    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.850783  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1310  N-6 DNA methylase  65.57 
 
 		 489 aa  684    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1235  N-6 DNA methylase  62.45 
 
 		 501 aa  669    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1133  N-6 DNA methylase  100 
 
 		 490 aa  1018    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.813419  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2863  N-6 DNA methylase  65.11 
 
 		 500 aa  664    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0353  N-6 DNA methylase  64.96 
 
 		 488 aa  659    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0833  N-6 DNA methylase  66.67 
 
 		 489 aa  686    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.564652 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1016  N-6 DNA methylase  63.37 
 
 		 485 aa  645    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1254  N-6 DNA methylase  62.01 
 
 		 484 aa  632  1e-180  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0713487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3226  N-6 DNA methylase  61.86 
 
 		 481 aa  629  1e-179  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3534  EcoEI R domain-containing protein  61.86 
 
 		 481 aa  627  1e-178  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0122101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1282  N-6 DNA methylase  63.5 
 
 		 481 aa  619  1e-176  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1415  N-6 DNA methylase  56.4 
 
 		 477 aa  574  1.0000000000000001e-162  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0877265  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3088  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  55.41 
 
 		 502 aa  533  1e-150  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.143322  normal  0.282714 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20220  N-6 DNA methylase  53.13 
 
 		 484 aa  516  1.0000000000000001e-145  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.644983  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2008  Sec-independent protein translocase protein TatC  48.43 
 
 		 489 aa  467  9.999999999999999e-131  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0269  N-6 DNA methylase  47.83 
 
 		 519 aa  442  1e-123  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.264877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04061  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  44.35 
 
 		 703 aa  398  1e-109  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0786  N-6 DNA methylase  43.5 
 
 		 710 aa  386  1e-106  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.798778  normal  0.467887 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4455  N-6 DNA methylase  37.15 
 
 		 492 aa  294  3e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.435107  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1724  type I restriction-modification system, M subunit  36.22 
 
 		 494 aa  291  2e-77  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1577  type I restriction-modification system, M subunit  37.4 
 
 		 484 aa  291  2e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.947149  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0228  N-6 DNA methylase  37.13 
 
 		 484 aa  290  4e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1535  N-6 DNA methylase  34.14 
 
 		 486 aa  274  2.0000000000000002e-72  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1634  N-6 DNA methylase  34.83 
 
 		 495 aa  273  5.000000000000001e-72  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.145722  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0807  DNA-methyltransferase, type I restriction-modification enzyme subunit M  34 
 
 		 486 aa  272  8.000000000000001e-72  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.444408  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0613  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  36.01 
 
 		 484 aa  271  1e-71  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3570  N-6 DNA methylase  36.74 
 
 		 484 aa  271  2e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.054861  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2651  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  35.43 
 
 		 484 aa  269  1e-70  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0553747  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41600  DNA methylase  61.9 
 
 		 212 aa  262  8.999999999999999e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2087  N-6 DNA methylase  35.46 
 
 		 509 aa  254  2.0000000000000002e-66  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000122296 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1259  N-6 DNA methylase  34.48 
 
 		 490 aa  251  2e-65  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.624489  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0734  N-6 DNA methylase  34.82 
 
 		 534 aa  243  5e-63  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.303269  normal  0.308572 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4142  N-6 DNA methylase  32.91 
 
 		 503 aa  239  5.999999999999999e-62  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5277  N-6 DNA methylase  32.84 
 
 		 571 aa  224  2e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0031  N-6 DNA methylase  31.2 
 
 		 539 aa  197  4.0000000000000005e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.775177  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1169  N-6 DNA methylase  32.32 
 
 		 499 aa  194  2e-48  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.337809  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2095  N-6 DNA methylase  28.11 
 
 		 506 aa  194  3e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.866989  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0805  N-6 DNA methylase  28.81 
 
 		 484 aa  194  4e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.614419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3652  N-6 DNA methylase  31.53 
 
 		 489 aa  193  7e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.729594 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0161  N-6 DNA methylase  28.35 
 
 		 508 aa  188  2e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.885199 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2961  N-6 DNA methylase  31.77 
 
 		 530 aa  186  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0841  type I restriction-modification system, M subunit  32.06 
 
 		 484 aa  184  3e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2746  type I restriction-modification system, M subunit  32.36 
 
 		 480 aa  184  4.0000000000000006e-45  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.453882  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1096  N-6 DNA methylase  31.88 
 
 		 486 aa  182  2e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0844  type I restriction enzyme EcoKI M protein  32.57 
 
 		 484 aa  181  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.14895e-23 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3600  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  30.84 
 
 		 530 aa  181  4e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4265  type I restriction-modification system, M subunit  31.72 
 
 		 537 aa  179  1e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4931  type I restriction enzyme EcoKI M protein  29.36 
 
 		 529 aa  179  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3672  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  31.61 
 
 		 533 aa  179  1e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04215  DNA methylase M  29.66 
 
 		 529 aa  178  2e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1036  N-6 DNA methylase  30.17 
 
 		 527 aa  178  2e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00552327  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04181  hypothetical protein  29.66 
 
 		 529 aa  178  2e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2725  N-6 DNA methylase  30 
 
 		 554 aa  177  5e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1501  N-6 DNA methylase  27.9 
 
 		 513 aa  176  6e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3648  N-6 DNA methylase  29.43 
 
 		 529 aa  175  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4188  N-6 DNA methylase  26.72 
 
 		 540 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1671  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  29.36 
 
 		 529 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.552607  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4809  N-6 DNA methylase  25.95 
 
 		 544 aa  173  5.999999999999999e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.136314  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0901  N-6 DNA methylase  32.14 
 
 		 478 aa  173  5.999999999999999e-42  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.741705  normal  0.972786 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0199  N-6 DNA methylase  26.86 
 
 		 506 aa  172  9e-42  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.471881  decreased coverage  0.000223426 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0512  type I restriction modification system M subunit (site-specific DNA-methyltransferase subunit)  26.24 
 
 		 489 aa  172  1e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2876  N-6 DNA methylase  28.24 
 
 		 544 aa  171  2e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4713  N-6 DNA methylase  25.95 
 
 		 544 aa  171  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0950517  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4241  N-6 DNA methylase  29.38 
 
 		 570 aa  171  3e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02064  type I restriction enzyme EcoKI M protein  28.78 
 
 		 514 aa  170  6e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1673  N-6 DNA methylase  30.63 
 
 		 493 aa  170  6e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3200  N-6 DNA methylase  28.1 
 
 		 545 aa  169  1e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2027  N-6 DNA methylase  26.59 
 
 		 513 aa  169  1e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000128967 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1130  N-6 DNA methylase  29.65 
 
 		 553 aa  169  1e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1992  N-6 DNA methylase  31.05 
 
 		 479 aa  168  2e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0409108  normal  0.188366 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1454  N-6 DNA methylase  29.01 
 
 		 553 aa  168  2e-40  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.330488  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1092  N-6 DNA methylase  29.16 
 
 		 505 aa  168  2e-40  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.299691  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1026  N-6 DNA methylase  29.15 
 
 		 549 aa  168  2e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3181  N-6 DNA methylase  29 
 
 		 512 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1436  N-6 DNA methylase  26.96 
 
 		 517 aa  166  9e-40  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1059  N-6 DNA methylase  29.23 
 
 		 516 aa  162  1e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1031  N-6 DNA methylase  30.02 
 
 		 477 aa  162  2e-38  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.11238  normal  0.336468 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3011  N-6 DNA methylase  30.59 
 
 		 563 aa  160  6e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.467528  normal  0.22274 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2095  N-6 DNA methylase  30.15 
 
 		 481 aa  159  1e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0898  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  27.42 
 
 		 504 aa  158  2e-37  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000642099  hitchhiker  0.000000156294 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1525  type I restriction modification enzyme methylase subunit  26.1 
 
 		 579 aa  155  2e-36  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0725  type III restriction protein res subunit  33.67 
 
 		 1005 aa  153  5e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.147192 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0895  N-6 DNA methylase  28.72 
 
 		 834 aa  152  1e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3396  type I restriction enzyme M protein  33.58 
 
 		 481 aa  151  3e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2418  N-6 DNA methylase  28.36 
 
 		 493 aa  151  3e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0240611  normal  0.175475 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03611  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  25 
 
 		 548 aa  150  4e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0188  N-6 DNA methylase  31.77 
 
 		 775 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.113729  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>