More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_0873 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009379  Pnuc_0873  pyruvate carboxyltransferase  100 
 
 		 309 aa  639    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  unclonable  0.000000000264563  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4037  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  78.57 
 
 		 313 aa  511  1e-144  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.588205  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3506  pyruvate carboxyltransferase  77.52 
 
 		 315 aa  494  1e-139  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2358  pyruvate carboxyltransferase  62.66 
 
 		 324 aa  403  1e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.697342  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2871  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  62.06 
 
 		 327 aa  401  1e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.114442  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2875  pyruvate carboxyltransferase  60.71 
 
 		 329 aa  395  1e-109  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.755928  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3267  pyruvate carboxyltransferase  61.44 
 
 		 327 aa  391  1e-108  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.705038  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4853  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  64.33 
 
 		 321 aa  391  1e-108  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0316835 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1652  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  62.99 
 
 		 326 aa  392  1e-108  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1664  pyruvate carboxyltransferase  64 
 
 		 320 aa  388  1e-107  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1213  pyruvate carboxyltransferase  64.33 
 
 		 320 aa  389  1e-107  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1692  pyruvate carboxyltransferase  64.33 
 
 		 320 aa  389  1e-107  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1622  pyruvate carboxyltransferase  65 
 
 		 320 aa  384  1e-105  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.327428  normal  0.983543 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1600  pyruvate carboxyltransferase  65.67 
 
 		 320 aa  383  1e-105  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1442  pyruvate carboxyltransferase  57.79 
 
 		 331 aa  375  1e-103  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.306479  normal  0.841752 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1378  pyruvate carboxyltransferase  58.12 
 
 		 331 aa  374  1e-103  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.869565  normal  0.11843 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2729  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  57.93 
 
 		 336 aa  371  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0443196 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1554  pyruvate carboxyltransferase  62.67 
 
 		 325 aa  367  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.127892 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6976  pyruvate carboxyltransferase  54.4 
 
 		 318 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.17246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5092  pyruvate carboxyltransferase  56.19 
 
 		 306 aa  355  6.999999999999999e-97  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.345477  normal  0.596578 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3870  pyruvate carboxyltransferase  56.67 
 
 		 308 aa  354  1e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.240337  normal  0.779005 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1315  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  54.18 
 
 		 308 aa  352  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5024  pyruvate carboxyltransferase  54.33 
 
 		 311 aa  347  1e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.480683  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4905  pyruvate carboxyltransferase  55.85 
 
 		 308 aa  347  2e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.41695  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1472  pyruvate carboxyltransferase  52.92 
 
 		 321 aa  346  4e-94  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.490385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2107  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  54.25 
 
 		 326 aa  345  6e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.483824  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25990  HMG-CoA lyase-like protein  53.31 
 
 		 312 aa  345  7e-94  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0293  pyruvate carboxyltransferase  54.22 
 
 		 332 aa  341  1e-92  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.305293 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4250  pyruvate carboxyltransferase  52.98 
 
 		 315 aa  333  2e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2124  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  53.75 
 
 		 326 aa  331  1e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.365673  normal  0.426986 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0401  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  46.82 
 
 		 309 aa  271  7e-72  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.828633  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1303  pyruvate carboxyltransferase  45.76 
 
 		 315 aa  264  1e-69  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.254964  hitchhiker  0.0013896 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0762  pyruvate carboxyltransferase  44.03 
 
 		 327 aa  263  3e-69  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0816  pyruvate carboxyltransferase  45.52 
 
 		 304 aa  261  1e-68  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.722196 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4878  pyruvate carboxyltransferase  42.27 
 
 		 317 aa  253  2.0000000000000002e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.980177 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1838  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  46.15 
 
 		 299 aa  250  2e-65  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.611608  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0026  pyruvate carboxyltransferase  43.14 
 
 		 303 aa  249  5e-65  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0124  pyruvate carboxyltransferase  41.47 
 
 		 305 aa  248  1e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00944301 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4162  pyruvate carboxyltransferase  43.77 
 
 		 328 aa  246  3e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3783  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.1 
 
 		 319 aa  244  9.999999999999999e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0032  pyruvate carboxyltransferase  43.43 
 
 		 303 aa  243  3.9999999999999997e-63  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.624868  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2053  pyruvate carboxyltransferase  44 
 
 		 301 aa  239  5e-62  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00230012  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0594  pyruvate carboxyltransferase  43.77 
 
 		 313 aa  238  6.999999999999999e-62  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.528974 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2514  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.07 
 
 		 303 aa  238  1e-61  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2358  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.07 
 
 		 303 aa  238  1e-61  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2372  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.07 
 
 		 303 aa  237  2e-61  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13104  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2288  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.07 
 
 		 303 aa  237  2e-61  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2550  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.07 
 
 		 303 aa  237  2e-61  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2606  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.07 
 
 		 303 aa  237  2e-61  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.185638  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2563  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.07 
 
 		 303 aa  237  2e-61  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.5413e-18 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2551  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.07 
 
 		 303 aa  236  3e-61  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.694334  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2809  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.72 
 
 		 303 aa  236  5.0000000000000005e-61  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000154528 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2330  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.07 
 
 		 303 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.566352  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1232  pyruvate carboxyltransferase  44.53 
 
 		 305 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2658  pyruvate carboxyltransferase  41.52 
 
 		 311 aa  232  7.000000000000001e-60  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.675009  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1805  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.72 
 
 		 303 aa  231  9e-60  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0421584  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2443  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  44.16 
 
 		 297 aa  228  7e-59  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3592  pyruvate carboxyltransferase  41.44 
 
 		 314 aa  228  8e-59  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.255257  hitchhiker  0.00183471 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4125  pyruvate carboxyltransferase  43.8 
 
 		 313 aa  225  7e-58  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0233  pyruvate carboxyltransferase  43.93 
 
 		 310 aa  218  1e-55  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.326886 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3564  pyruvate carboxyltransferase  38.23 
 
 		 294 aa  215  5.9999999999999996e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5348  pyruvate carboxyltransferase  39.48 
 
 		 333 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2166  pyruvate carboxyltransferase  39.53 
 
 		 315 aa  214  1.9999999999999998e-54  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.349965  normal  0.754969 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4807  pyruvate carboxyltransferase  39.48 
 
 		 328 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.490864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2317  pyruvate carboxyltransferase  41.24 
 
 		 307 aa  213  3.9999999999999995e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0819697 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3719  pyruvate carboxyltransferase  39.18 
 
 		 296 aa  212  7e-54  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0367  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.77 
 
 		 311 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.128401  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0543  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.77 
 
 		 311 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0353  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.77 
 
 		 311 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5465  pyruvate carboxyltransferase  38.97 
 
 		 328 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0487859  normal  0.125166 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4804  pyruvate carboxyltransferase  39.71 
 
 		 328 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.734971 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4523  pyruvate carboxyltransferase  38.26 
 
 		 301 aa  211  1e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.278564  normal  0.113304 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2115  pyruvate carboxyltransferase  38.33 
 
 		 306 aa  211  1e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.348555 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2490  pyruvate carboxyltransferase  39.86 
 
 		 323 aa  211  1e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.387658  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5396  pyruvate carboxyltransferase  38.97 
 
 		 328 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.615332  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2353  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.2 
 
 		 327 aa  209  3e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0402015  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1101  pyruvate carboxyltransferase  38.71 
 
 		 314 aa  209  4e-53  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3515  pyruvate carboxyltransferase  37.68 
 
 		 297 aa  209  4e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3143  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.86 
 
 		 323 aa  209  4e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0918895  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0313  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40 
 
 		 310 aa  209  5e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3757  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.71 
 
 		 304 aa  207  1e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0122709  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0040  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.33 
 
 		 287 aa  207  1e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.723185  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0049  pyruvate carboxyltransferase  39.52 
 
 		 304 aa  208  1e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.328102 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0445  pyruvate carboxyltransferase  39.09 
 
 		 312 aa  207  1e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3038  pyruvate carboxyltransferase  40 
 
 		 304 aa  208  1e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.928882  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2762  pyruvate carboxyltransferase  41.4 
 
 		 329 aa  208  1e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2967  pyruvate carboxyltransferase  40.57 
 
 		 331 aa  208  1e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1303  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.64 
 
 		 287 aa  207  2e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.15453  normal  0.0935443 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0440  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.22 
 
 		 308 aa  205  6e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1123  pyruvate carboxyltransferase  40.98 
 
 		 324 aa  205  7e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0217211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1922  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.98 
 
 		 308 aa  204  1e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4270  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.22 
 
 		 309 aa  205  1e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0533201 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0806  pyruvate carboxyltransferase  39.07 
 
 		 325 aa  204  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4514  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.34 
 
 		 729 aa  204  2e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.014296  normal  0.538689 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0165  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.84 
 
 		 308 aa  204  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0968  pyruvate carboxyltransferase  37.59 
 
 		 307 aa  203  3e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.513623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2559  pyruvate carboxyltransferase  38.74 
 
 		 302 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0014  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.92 
 
 		 287 aa  202  5e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2955  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.15 
 
 		 310 aa  202  7e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6280  pyruvate carboxyltransferase  38.51 
 
 		 313 aa  202  7e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>