More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_0830 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009379  Pnuc_0830  translation initiation factor IF-3  100 
 
 
169 aa  335  1.9999999999999998e-91  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.124767  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1009  translation initiation factor IF-3  98.22 
 
 
169 aa  330  8e-90  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1578  translation initiation factor IF-3  80.37 
 
 
178 aa  271  4.0000000000000004e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1976  translation initiation factor IF-3  76.51 
 
 
173 aa  266  1e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1557  translation initiation factor IF-3  80 
 
 
156 aa  261  4e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1095  translation initiation factor IF-3  79.35 
 
 
156 aa  255  2e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.171775  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1538  translation initiation factor IF-3  79.35 
 
 
156 aa  255  2e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1891  translation initiation factor IF-3  79.35 
 
 
156 aa  255  2e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.210834  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2594  translation initiation factor IF-3  79.35 
 
 
156 aa  255  2e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1736  translation initiation factor IF-3  79.35 
 
 
156 aa  255  2e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1713  translation initiation factor IF-3  79.35 
 
 
156 aa  255  2e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.225755  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1372  translation initiation factor 3  76.77 
 
 
156 aa  254  3e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0696405  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0201  translation initiation factor IF-3  78.71 
 
 
156 aa  254  5e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00116998  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0964  translation initiation factor IF-3  78.71 
 
 
156 aa  254  5e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.698743  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2755  translation initiation factor IF-3  76.13 
 
 
156 aa  253  8e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.22658  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4616  translation initiation factor 3  77.42 
 
 
156 aa  252  2.0000000000000002e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00507113  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1453  translation initiation factor IF-3  77.42 
 
 
156 aa  252  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0525841  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0994  translation initiation factor IF-3  77.42 
 
 
156 aa  252  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1476  translation initiation factor IF-3  77.42 
 
 
156 aa  252  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.348442  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1778  translation initiation factor IF-3  77.42 
 
 
156 aa  251  3e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.843423 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1400  translation initiation factor IF-3  76.77 
 
 
156 aa  251  4.0000000000000004e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0821028  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1360  translation initiation factor IF-3  76.77 
 
 
156 aa  251  4.0000000000000004e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.485624  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3024  translation initiation factor IF-3  71.08 
 
 
173 aa  250  9.000000000000001e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1161  translation initiation factor 3  79.08 
 
 
154 aa  248  2e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.41261  normal  0.930143 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0488  translation initiation factor IF-3  73.55 
 
 
184 aa  236  8e-62  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.270402  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2002  translation initiation factor 3  71.71 
 
 
153 aa  233  1.0000000000000001e-60  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0112753  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1008  translation initiation factor 3  70.97 
 
 
155 aa  232  2.0000000000000002e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0442083  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2853  translation initiation factor IF-3  68.99 
 
 
174 aa  226  1e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0116753 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2103  translation initiation factor 3  67.09 
 
 
177 aa  223  1e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.286317  normal  0.133955 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1968  translation initiation factor IF-3  63.41 
 
 
183 aa  223  1e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00361564  hitchhiker  0.00796429 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2466  translation initiation factor IF-3  63.41 
 
 
177 aa  222  2e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00240261  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3224  translation initiation factor IF-3  63.41 
 
 
183 aa  222  2e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.51494 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3480  translation initiation factor IF-3  63.41 
 
 
183 aa  222  2e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0422454  normal  0.0155112 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3090  translation initiation factor IF-3  66.46 
 
 
179 aa  215  2e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.639467  normal  0.0869717 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2052  translation initiation factor IF-3  70.66 
 
 
180 aa  215  2.9999999999999998e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0593383  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2858  translation initiation factor 3  67.74 
 
 
173 aa  215  2.9999999999999998e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.357759  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1952  translation initiation factor IF-3  70.66 
 
 
180 aa  214  4e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.26259  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4615  translation initiation factor IF-3  67.68 
 
 
205 aa  214  5e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.550189  hitchhiker  0.00733617 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2218  translation initiation factor IF-3  61.08 
 
 
182 aa  214  5e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000264089  normal  0.129164 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2769  translation initiation factor IF-3  64.81 
 
 
178 aa  213  8e-55  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2642  translation initiation factor IF-3  64.81 
 
 
178 aa  213  9e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1932  translation initiation factor IF-3  63.41 
 
 
177 aa  213  9.999999999999999e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00133999  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2379  translation initiation factor IF-3  63.41 
 
 
177 aa  212  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0845211  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2163  translation initiation factor IF-3  63.41 
 
 
177 aa  212  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000118732  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2399  translation initiation factor 3  66.87 
 
 
205 aa  212  1.9999999999999998e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.414773  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2613  translation initiation factor IF-3  65.85 
 
 
172 aa  212  1.9999999999999998e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0154974  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2242  translation initiation factor IF-3  65.85 
 
 
166 aa  211  2.9999999999999995e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.0000466118  hitchhiker  0.00531509 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20430  translation initiation factor IF-3  62.73 
 
 
177 aa  211  3.9999999999999995e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2505  translation initiation factor IF-3  63.41 
 
 
177 aa  211  5.999999999999999e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.99075  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2181  translation initiation factor IF-3  69.46 
 
 
180 aa  210  7e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0268784  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1889  translation initiation factor IF-3  69.46 
 
 
180 aa  209  1e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28660  translation initiation factor IF-3  62.8 
 
 
177 aa  209  2e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000259634 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1149  translation initiation factor IF-3  62.42 
 
 
202 aa  207  4e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1977  translation initiation factor IF-3  63.35 
 
 
177 aa  205  2e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.269445  normal  0.0568676 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1871  translation initiation factor IF-3  62.99 
 
 
181 aa  206  2e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1319  translation initiation factor IF-3  61.11 
 
 
190 aa  205  2e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0918782  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1924  translation initiation factor IF-3  67.66 
 
 
180 aa  205  3e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000676935  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01676  hypothetical protein  67.66 
 
 
180 aa  205  3e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0101258  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1937  translation initiation factor IF-3  59.76 
 
 
194 aa  205  3e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0510424  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0588  translation initiation factor IF-3  59.76 
 
 
194 aa  205  3e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.954262  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1914  translation initiation factor IF-3  67.66 
 
 
180 aa  205  3e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.119522  normal  0.223345 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2676  translation initiation factor 3  71.64 
 
 
137 aa  204  6e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.233816 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2221  translation initiation factor IF-3  68.26 
 
 
180 aa  202  1e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000103984  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2185  translation initiation factor IF-3  68.26 
 
 
180 aa  202  1e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000180897  normal  0.0386823 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0333  translation initiation factor IF-3  57.93 
 
 
194 aa  202  2e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.392305  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1449  translation initiation factor IF-3  67.09 
 
 
178 aa  202  3e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1713  translation initiation factor IF-3  68.86 
 
 
183 aa  201  4e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000356147  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2908  translation initiation factor IF-3  62.28 
 
 
185 aa  198  3.9999999999999996e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447885  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0471  translation initiation factor IF-3  58.18 
 
 
171 aa  197  5e-50  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.973019  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0428  translation initiation factor IF-3  61.78 
 
 
156 aa  194  6e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1887  translation initiation factor 3  63.29 
 
 
160 aa  193  9e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.729735  normal  0.011077 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1337  translation initiation factor IF-3  61.39 
 
 
171 aa  193  1e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2490  translation initiation factor IF-3  64.07 
 
 
180 aa  191  3e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000196048  hitchhiker  0.0000835818 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1141  initiation factor 3  68 
 
 
152 aa  191  5e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116617  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4532  translation initiation factor IF-3  54.32 
 
 
204 aa  190  8e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.199562 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1937  translation initiation factor IF-3  55.56 
 
 
174 aa  190  9e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.413665  normal  0.0464847 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4267  translation initiation factor IF-3  55.56 
 
 
178 aa  189  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0803  translation initiation factor IF-3  56.17 
 
 
178 aa  189  2e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2804  translation initiation factor IF-3  56.29 
 
 
180 aa  189  2e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0641  translation initiation factor IF-3  57.41 
 
 
175 aa  188  2.9999999999999997e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0129727 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2031  translation initiation factor IF-3  65.27 
 
 
173 aa  188  4e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00250222  hitchhiker  0.0000245728 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1516  translation initiation factor IF-3  55.28 
 
 
172 aa  187  8e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.027432  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01384  translation initiation factor IF-3  57.96 
 
 
159 aa  187  8e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1800  translation initiation factor 3  58.54 
 
 
163 aa  187  9e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00939294  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2150  translation initiation factor IF-3  54.32 
 
 
173 aa  186  1e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.235978  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0425  translation initiation factor IF-3  57.14 
 
 
171 aa  184  5e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00000964088  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1341  translation initiation factor IF-3  54.32 
 
 
173 aa  184  6e-46  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2596  translation initiation factor IF-3  58.18 
 
 
177 aa  183  1.0000000000000001e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000000880416  hitchhiker  0.000575086 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2262  translation initiation factor IF-3  63.69 
 
 
158 aa  183  1.0000000000000001e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000757605  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0207  translation initiation factor IF-3  53.7 
 
 
173 aa  182  2.0000000000000003e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1763  translation initiation factor 3  62.69 
 
 
137 aa  182  2.0000000000000003e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05720  translation initiation factor 3  54.82 
 
 
207 aa  182  2.0000000000000003e-45  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.0000188671  normal  0.0169059 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0877  translation initiation factor IF-3  64.97 
 
 
159 aa  181  3e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000348215  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1766  translation initiation factor IF-3  66 
 
 
150 aa  181  3e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000229466  normal  0.021725 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15200  translation initiation factor 3  54.6 
 
 
197 aa  181  4.0000000000000006e-45  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.000028162  normal  0.0802518 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3488  translation initiation factor 3  58.02 
 
 
173 aa  181  6e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3158  translation initiation factor IF-3  53.99 
 
 
173 aa  181  6e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0534  translation initiation factor IF-3  57.89 
 
 
165 aa  180  8.000000000000001e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000000758155  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1383  translation initiation factor IF-3  53.99 
 
 
187 aa  180  8.000000000000001e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111233  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1612  translation initiation factor IF-3  53.99 
 
 
173 aa  180  9.000000000000001e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00252676 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>