More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_0702 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009379  Pnuc_0702  recombination protein RecR  100 
 
 
204 aa  418  1e-116  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0646  recombination protein RecR  94.61 
 
 
204 aa  397  9.999999999999999e-111  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1038  recombination protein RecR  70.92 
 
 
206 aa  307  5e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.466344  normal  0.413598 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1130  recombination protein RecR  71.43 
 
 
206 aa  307  8e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.885989  normal  0.90848 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2110  recombination protein RecR  70.85 
 
 
204 aa  304  5.0000000000000004e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00315118  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2127  recombination protein RecR  70.85 
 
 
204 aa  304  5.0000000000000004e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.441017  normal  0.634686 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1194  recombination protein RecR  70.92 
 
 
207 aa  290  1e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.381578  normal  0.476781 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1736  recombination protein RecR  68.21 
 
 
198 aa  287  8e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.43701  normal  0.0799588 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1763  recombination protein RecR  68.21 
 
 
198 aa  287  8e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0737796  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1828  recombination protein RecR  68.21 
 
 
198 aa  286  2e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.872304  normal  0.176292 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0953  recombination protein RecR  67.18 
 
 
198 aa  285  2.9999999999999996e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0143869  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5126  recombination protein RecR  68.21 
 
 
198 aa  285  2.9999999999999996e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00768296  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1849  recombination protein RecR  68.21 
 
 
198 aa  285  2.9999999999999996e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.41197  normal  0.133584 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2359  recombination protein RecR  67.69 
 
 
198 aa  285  2.9999999999999996e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0253642  normal  0.0767451 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6254  recombination protein RecR  68.21 
 
 
198 aa  285  2.9999999999999996e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0609451  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1825  recombination protein RecR  68.21 
 
 
198 aa  285  2.9999999999999996e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.287441  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1121  recombination protein RecR  66.16 
 
 
200 aa  284  5e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1359  recombination protein RecR  66.16 
 
 
200 aa  284  5e-76  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.604607  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2371  recombination protein RecR  66.16 
 
 
202 aa  285  5e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1849  recombination protein RecR  66.16 
 
 
200 aa  284  5e-76  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00281563  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0047  recombination protein RecR  66.16 
 
 
200 aa  284  5e-76  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.612857  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2204  recombination protein RecR  65.66 
 
 
200 aa  284  7e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0167487  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1448  recombination protein RecR  67.18 
 
 
198 aa  284  7e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.672382  normal  0.0921659 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2242  recombination protein RecR  65.66 
 
 
200 aa  284  7e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0434311  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2221  recombination protein RecR  65.66 
 
 
200 aa  283  1.0000000000000001e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.325098  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1574  recombination protein RecR  61.54 
 
 
199 aa  258  4e-68  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.045793  unclonable  0.000000162046 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1856  recombination protein RecR  60.7 
 
 
199 aa  254  7e-67  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0808  recombination protein RecR  63.08 
 
 
199 aa  253  1.0000000000000001e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000914779  hitchhiker  0.00000103011 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2646  recombination protein RecR  62.56 
 
 
199 aa  249  2e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.004729 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0517  recombination protein RecR  63.08 
 
 
197 aa  248  5e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.592608 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2348  recombination protein RecR  63.08 
 
 
196 aa  247  7e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1509  recombination protein RecR  62.56 
 
 
196 aa  246  2e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0509  recombination protein RecR  60.8 
 
 
196 aa  246  2e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2270  recombination protein RecR  57.97 
 
 
208 aa  245  3e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.695471  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2332  recombination protein RecR  59.3 
 
 
196 aa  245  3e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1401  recombination protein RecR  58.16 
 
 
197 aa  244  6.999999999999999e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1672  recombination protein RecR  57 
 
 
208 aa  243  9.999999999999999e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.465594 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2532  recombination protein RecR  59.3 
 
 
196 aa  237  6.999999999999999e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0955394  normal  0.601822 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1974  recombination protein RecR  57.65 
 
 
198 aa  237  9e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.181193 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4901  recombination protein RecR  58.97 
 
 
196 aa  235  4e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1459  recombination protein RecR  58.29 
 
 
196 aa  235  4e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.325048  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2595  RecR protein  56.92 
 
 
199 aa  231  7.000000000000001e-60  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00242938  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1460  recombination protein RecR  56.54 
 
 
203 aa  225  3e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1508  recombination protein RecR  55.67 
 
 
199 aa  224  9e-58  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0537537  normal  0.426443 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2895  recombination protein RecR  56.25 
 
 
200 aa  222  2e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134697  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1075  recombination protein RecR  56.7 
 
 
197 aa  223  2e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1337  recombinational DNA repair protein  55.67 
 
 
197 aa  219  3e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.43328  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1853  recombination protein RecR  53.09 
 
 
196 aa  218  3.9999999999999997e-56  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.38333 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0952  recombination protein RecR  55.38 
 
 
201 aa  214  8e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.051321  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2645  recombination protein RecR  57.29 
 
 
199 aa  214  9e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.140151  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3832  recombination protein RecR  55.73 
 
 
200 aa  214  9e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.539989 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1808  recombination protein RecR  55.73 
 
 
200 aa  213  9.999999999999999e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44610  recombination protein RecR  57.29 
 
 
198 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.235567 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3396  recombination protein RecR  55.21 
 
 
200 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0105717  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0859  recombination protein RecR  50.78 
 
 
199 aa  212  1.9999999999999998e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2532  recombination protein RecR  54.12 
 
 
197 aa  212  2.9999999999999995e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.200135  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0531  recombination protein RecR  54.36 
 
 
201 aa  211  5.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19850  recombination protein RecR  54.69 
 
 
199 aa  211  5.999999999999999e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0537  recombination protein RecR  54.36 
 
 
201 aa  211  5.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.152096  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0547  recombination protein RecR  54.36 
 
 
201 aa  211  5.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0591  recombination protein RecR  54.36 
 
 
201 aa  211  5.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0531  recombination protein RecR  54.36 
 
 
201 aa  211  5.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.907674  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3799  recombination protein RecR  56.77 
 
 
198 aa  211  5.999999999999999e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4267  recombination protein RecR  55.21 
 
 
200 aa  211  7e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.106398  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1601  recombination protein RecR  55.21 
 
 
200 aa  211  7e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.973097  normal  0.137201 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1308  recombination protein RecR  55.38 
 
 
201 aa  210  1e-53  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000265038  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00423  recombination protein RecR  54.64 
 
 
201 aa  209  2e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0108888  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3138  recombination protein RecR  54.64 
 
 
201 aa  209  2e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00115483  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3144  recombination protein RecR  54.64 
 
 
201 aa  209  2e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000102552  normal  0.0467861 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0515  recombination protein RecR  54.64 
 
 
201 aa  209  2e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0104504  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0404  recombination protein RecR  54.64 
 
 
201 aa  209  2e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00880245  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0510  recombination protein RecR  54.64 
 
 
201 aa  209  2e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00333921  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0549  recombination protein RecR  54.64 
 
 
201 aa  209  2e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0169902  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0563  recombination protein RecR  54.64 
 
 
201 aa  209  2e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0205035  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1021  recombination protein RecR  54.36 
 
 
201 aa  209  3e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.541462  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3037  recombination protein RecR  54.87 
 
 
201 aa  209  3e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1137  recombination protein RecR  54.87 
 
 
201 aa  208  3e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.1524  unclonable  0.0000000160552 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3585  recombination protein RecR  54.69 
 
 
200 aa  208  4e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02441  recombination protein RecR  50.26 
 
 
197 aa  208  4e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03085  recombination protein RecR  53.33 
 
 
194 aa  208  5e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1326  recombination protein RecR  52.82 
 
 
198 aa  206  2e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.787155  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3638  recombination protein RecR  53.65 
 
 
200 aa  205  3e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2804  recombination protein RecR  48.72 
 
 
197 aa  205  3e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2673  recombination protein RecR  48.72 
 
 
197 aa  205  3e-52  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0574  recombination protein RecR  52.82 
 
 
200 aa  206  3e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000410882  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1087  recombination protein RecR  52.82 
 
 
200 aa  204  5e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1078  recombination protein RecR  52.82 
 
 
201 aa  202  2e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00501486  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3233  recombination protein RecR  52.82 
 
 
201 aa  203  2e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00290146  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0230  recombination protein RecR  52.58 
 
 
201 aa  202  3e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.601647  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1121  recombination protein RecR  47.67 
 
 
198 aa  202  4e-51  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.874704  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3057  recombination protein RecR  54.12 
 
 
201 aa  201  5e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2891  recombination protein RecR  54.12 
 
 
201 aa  201  5e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.860554  normal  0.0804911 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0771  recombination protein RecR  50.79 
 
 
197 aa  201  6e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.69145  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1215  recombination protein RecR  47.67 
 
 
198 aa  201  6e-51  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2233  recombination protein RecR  52.08 
 
 
199 aa  201  9e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000324315  hitchhiker  0.000184375 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3196  recombination protein RecR  54.21 
 
 
191 aa  199  1.9999999999999998e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.49485  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1312  recombination protein RecR  52.36 
 
 
199 aa  198  3.9999999999999996e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000599572  normal  0.10008 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0531  recombination protein RecR  48.97 
 
 
197 aa  197  7.999999999999999e-50  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0553702  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1525  recombination protein RecR  52.08 
 
 
199 aa  197  7.999999999999999e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.3253  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3690  recombination protein RecR  50.78 
 
 
201 aa  196  2.0000000000000003e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>