More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_0275 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010531  Pnec_0303  translocation protein TolB  94.29 
 
 
403 aa  783  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.307961  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0275  translocation protein TolB  100 
 
 
436 aa  891  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00839364  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2675  translocation protein TolB  62.87 
 
 
446 aa  531  1e-149  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.202485  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0795  translocation protein TolB  61.79 
 
 
450 aa  524  1e-147  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2455  translocation protein TolB  58.55 
 
 
430 aa  521  1e-147  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328002  normal  0.860267 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0728  translocation protein TolB  60.59 
 
 
434 aa  518  1e-146  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00650912  normal  0.160751 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0759  translocation protein TolB  57.38 
 
 
430 aa  513  1e-144  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.397862  normal  0.413932 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3920  translocation protein TolB  57.85 
 
 
430 aa  513  1e-144  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0501302 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0735  translocation protein TolB  56.78 
 
 
432 aa  510  1e-143  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.9087  normal  0.380909 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2587  translocation protein TolB  57.24 
 
 
431 aa  507  1e-142  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0694  translocation protein TolB  57.01 
 
 
431 aa  502  1e-141  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.125399  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0769  translocation protein TolB  57.01 
 
 
431 aa  502  1e-141  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.103724  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0800  translocation protein TolB  57.01 
 
 
431 aa  503  1e-141  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.665253  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1373  translocation protein TolB  57.08 
 
 
463 aa  502  1e-141  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0684  translocation protein TolB  60.34 
 
 
434 aa  500  1e-140  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.672983  normal  0.603997 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0317  translocation protein TolB  56.78 
 
 
431 aa  501  1e-140  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0520547  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3889  translocation protein TolB  56.54 
 
 
431 aa  498  1e-140  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.53422  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0677  translocation protein TolB  57.01 
 
 
431 aa  499  1e-140  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.814489  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2081  translocation protein TolB  55.92 
 
 
433 aa  495  1e-139  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3256  translocation protein TolB  56.15 
 
 
463 aa  498  1e-139  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1949  translocation protein TolB  55.92 
 
 
433 aa  495  1e-139  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3241  translocation protein TolB  56.81 
 
 
430 aa  496  1e-139  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.786429  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2661  translocation protein TolB  55.92 
 
 
431 aa  495  1e-139  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.622452  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3203  translocation protein TolB  56.81 
 
 
430 aa  496  1e-139  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.95129  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0827  translocation protein TolB  55.92 
 
 
463 aa  495  1e-139  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1723  translocation protein TolB  48.6 
 
 
443 aa  436  1e-121  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0502645 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1984  translocation protein TolB  49.28 
 
 
426 aa  433  1e-120  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.517365  normal  0.378967 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3394  translocation protein TolB  49.4 
 
 
441 aa  433  1e-120  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0076717 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2092  translocation protein TolB  48.39 
 
 
425 aa  427  1e-118  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.626129  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4053  translocation protein TolB  51.49 
 
 
437 aa  427  1e-118  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1981  translocation protein TolB  49.26 
 
 
440 aa  424  1e-117  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2050  translocation protein TolB  46.96 
 
 
429 aa  421  1e-116  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2339  TolB-like protein  52.33 
 
 
415 aa  418  1e-116  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  4.1462e-08  normal  0.0677463 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3406  translocation protein TolB  47.96 
 
 
438 aa  415  1e-115  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.569267 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1346  translocation protein TolB  49.25 
 
 
421 aa  416  1e-115  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2692  translocation protein TolB  49.01 
 
 
408 aa  418  1e-115  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1011  translocation protein TolB  47.27 
 
 
421 aa  413  1e-114  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0782  translocation protein TolB  49.63 
 
 
425 aa  413  1e-114  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0181245  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1944  translocation protein TolB  48.9 
 
 
427 aa  409  1e-113  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.526613 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2714  translocation protein TolB  48.46 
 
 
441 aa  400  1e-110  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0459045  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2206  translocation protein TolB  48.69 
 
 
427 aa  397  1e-109  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00281817 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2194  translocation protein TolB  42.69 
 
 
432 aa  337  3e-91  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.246481  normal  0.294233 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0145  translocation protein TolB  40.6 
 
 
434 aa  327  2e-88  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1853  translocation protein TolB  41.94 
 
 
428 aa  320  3e-86  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3119  translocation protein TolB  40.87 
 
 
439 aa  319  7e-86  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2229  translocation protein TolB  40.53 
 
 
435 aa  315  8e-85  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1068  translocation protein TolB  40.7 
 
 
439 aa  310  2e-83  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.360403  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0949  translocation protein TolB  40.7 
 
 
474 aa  310  4e-83  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.400419  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01564  translocation protein TolB  40.09 
 
 
439 aa  310  4e-83  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.188797  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2529  translocation protein TolB  42.09 
 
 
445 aa  309  5e-83  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  3.20948e-10  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1229  translocation protein TolB  40.33 
 
 
424 aa  308  1e-82  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1699  translocation protein TolB  40.23 
 
 
442 aa  308  2e-82  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.182328  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3972  tolB protein  40.68 
 
 
433 aa  305  1e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0956227  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1415  translocation protein TolB  40.23 
 
 
433 aa  301  2e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00100672  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1462  translocation protein TolB  39.82 
 
 
442 aa  301  2e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000134108  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1785  translocation protein TolB  39.6 
 
 
442 aa  296  5e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  9.78843e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1746  translocation protein TolB  39.37 
 
 
442 aa  296  7e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  1.49314e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2538  translocation protein TolB  39.37 
 
 
442 aa  295  8e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  1.86682e-08  hitchhiker  1.62747e-05 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1742  translocation protein TolB  39.37 
 
 
442 aa  295  1e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  7.14613e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0566  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  37.88 
 
 
428 aa  293  3e-78  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.22163  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1222  translocation protein TolB  39.68 
 
 
433 aa  292  7e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1251  translocation protein TolB  40.05 
 
 
423 aa  292  9e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0936092  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4196  translocation protein TolB  39.81 
 
 
423 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2440  translocation protein TolB  39.82 
 
 
442 aa  291  1e-77  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  1.37237e-05  normal  0.263362 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2531  translocation protein TolB  39.82 
 
 
442 aa  291  1e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  1.71266e-07  normal  0.044306 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2368  translocation protein TolB  39.82 
 
 
442 aa  291  1e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  7.51795e-08  normal  0.188875 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4402  translocation protein TolB  40.62 
 
 
414 aa  291  2e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.145947  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2748  translocation protein TolB  39.6 
 
 
442 aa  291  2e-77  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1607  translocation protein TolB  39.37 
 
 
442 aa  290  3e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  1.08344e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2731  translocation protein TolB  38.71 
 
 
442 aa  288  1e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00144802  decreased coverage  4.3993e-06 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2939  translocation protein TolB  36.42 
 
 
451 aa  288  1e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00432408  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3993  translocation protein TolB  39.16 
 
 
423 aa  287  2e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.213865  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1898  translocation protein TolB  38.68 
 
 
450 aa  288  2e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0242  translocation protein TolB  37.91 
 
 
428 aa  288  2e-76  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0898  TolB-like  37.47 
 
 
432 aa  286  4e-76  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  3.36659e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0175  TolB protein  38.77 
 
 
437 aa  285  8e-76  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.313268  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2019  TolB  38.77 
 
 
440 aa  285  1e-75  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.636869  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1277  translocation protein TolB  39.95 
 
 
432 aa  283  4e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.154906  normal  0.476044 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2564  translocation protein TolB  37.3 
 
 
440 aa  282  6e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  8.66572e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1527  translocation protein TolB  36.95 
 
 
441 aa  281  1e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  8.32022e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1857  translocation protein TolB  37.79 
 
 
442 aa  282  1e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00113428  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1394  translocation protein TolB  38.22 
 
 
442 aa  281  1e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  2.03609e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2217  translocation protein TolB  37.81 
 
 
436 aa  279  7e-74  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02684  translocation protein TolB  37.56 
 
 
451 aa  278  1e-73  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0273488  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0536  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  38.32 
 
 
435 aa  277  2e-73  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00175631  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2086  translocation protein TolB  37.16 
 
 
441 aa  276  4e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  5.40509e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1429  translocation protein TolB  37.19 
 
 
450 aa  276  7e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.34537e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0727  TolB domain-containing protein  38.2 
 
 
437 aa  275  1e-72  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.162759  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003913  TolB protein precursor  37.02 
 
 
442 aa  274  2e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.26371  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4536  translocation protein TolB  38.9 
 
 
432 aa  275  2e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51720  translocation protein TolB  38.9 
 
 
432 aa  275  2e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  1.09745e-08  hitchhiker  3.39249e-05 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1529  TolB protein  38.3 
 
 
419 aa  274  2e-72  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36640  translocation protein TolB  39.1 
 
 
430 aa  273  4e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.239695  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1454  TolB protein  38.3 
 
 
419 aa  273  6e-72  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1731  translocation protein TolB  37.31 
 
 
449 aa  271  1e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.693647  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01610  translocation protein TolB  36.79 
 
 
442 aa  271  2e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3621  translocation protein TolB  32.57 
 
 
435 aa  256  6e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0467  TolB domain-containing protein  35.61 
 
 
450 aa  253  5e-66  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.84052  normal  0.495381 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0068  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  35.44 
 
 
422 aa  253  7e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0067  tol-pal system beta propeller repeat protein TolB  35.44 
 
 
422 aa  253  7e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.518188  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>