More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_0062 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009379  Pnuc_0062  30S ribosomal protein S17  100 
 
 
89 aa  179  2e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000414135  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0059  30S ribosomal protein S17  100 
 
 
89 aa  179  2e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000129273  hitchhiker  1.52646e-17 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3010  30S ribosomal protein S17  73.03 
 
 
89 aa  131  3e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000000740755  normal  0.0471511 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3308  30S ribosomal protein S17  71.74 
 
 
92 aa  131  3e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000182432  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3170  30S ribosomal protein S17  72.83 
 
 
92 aa  130  6e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00000175324  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3288  30S ribosomal protein S17  69.66 
 
 
89 aa  130  6.999999999999999e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.0000278806  hitchhiker  0.00000199578 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2941  30S ribosomal protein S17  69.66 
 
 
89 aa  130  6.999999999999999e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00001015  hitchhiker  0.00000362348 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4904  30S ribosomal protein S17  68.6 
 
 
89 aa  124  3e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.049648  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3786  30S ribosomal protein S17  67.44 
 
 
89 aa  123  8.000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.164158  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0336  30S ribosomal protein S17  69.51 
 
 
90 aa  123  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000156672  normal  0.0197388 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0258  30S ribosomal protein S17  69.51 
 
 
90 aa  122  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000603244  hitchhiker  0.00894491 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3456  30S ribosomal protein S17  69.51 
 
 
90 aa  123  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000380443  decreased coverage  0.00396929 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2750  30S ribosomal protein S17  69.51 
 
 
90 aa  123  1e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00000100032  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0357  30S ribosomal protein S17  69.51 
 
 
90 aa  123  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000267511  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2623  30S ribosomal protein S17  69.51 
 
 
90 aa  122  2e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.699398  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3737  30S ribosomal protein S17  69.51 
 
 
90 aa  122  2e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000331818  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3767  30S ribosomal protein S17  69.51 
 
 
90 aa  122  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000138754  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3487  30S ribosomal protein S17  69.51 
 
 
90 aa  122  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00115602  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0287  30S ribosomal protein S17  67.44 
 
 
89 aa  122  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000277089 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0323  30S ribosomal protein S17  70.73 
 
 
90 aa  122  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000666609  decreased coverage  0.00233353 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0282  30S ribosomal protein S17  67.44 
 
 
89 aa  122  2e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.000313457  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3795  30S ribosomal protein S17  69.51 
 
 
90 aa  122  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1933  30S ribosomal protein S17  69.51 
 
 
90 aa  122  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000000633723  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3160  30S ribosomal protein S17  69.51 
 
 
90 aa  122  2e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000677141  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3635  30S ribosomal protein S17  70.73 
 
 
90 aa  122  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000372531  decreased coverage  0.00000000000123606 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0347  30S ribosomal protein S17  66.28 
 
 
89 aa  121  3e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.451528  decreased coverage  0.000267992 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3059  30S ribosomal protein S17  69.51 
 
 
90 aa  121  3e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000184164  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2831  30S ribosomal protein S17  69.51 
 
 
90 aa  121  3e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000151537  normal  0.471664 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1273  30S ribosomal protein S17  63.95 
 
 
89 aa  121  4e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0468178  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0265  30S ribosomal protein S17  65.17 
 
 
89 aa  119  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.696196  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0285  30S ribosomal protein S17  68.29 
 
 
90 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000405514  normal  0.0233018 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0276  30S ribosomal protein S17  68.29 
 
 
90 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000137406  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0212  30S ribosomal protein S17  66.28 
 
 
89 aa  118  1.9999999999999998e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.149422 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3990  30S ribosomal protein S17  68.75 
 
 
98 aa  118  3e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000165652 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0400  30S ribosomal protein S17  63.95 
 
 
89 aa  117  3.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3434  30S ribosomal protein S17  69.23 
 
 
90 aa  115  3e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0295981  normal  0.193423 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0414  30S ribosomal protein S17  64.37 
 
 
87 aa  111  3e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00000036421  normal  0.356143 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0328  SSU ribosomal protein S17P  63.1 
 
 
88 aa  109  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  3.11157e-25  unclonable  0.0000000432201 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3329  30S ribosomal protein S17  61.63 
 
 
89 aa  107  4.0000000000000004e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000398832  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0968  30S ribosomal protein S17  59.55 
 
 
88 aa  106  1e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000132893  hitchhiker  0.000000938527 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0288  30S ribosomal protein S17  61.45 
 
 
90 aa  105  2e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000125562  hitchhiker  0.00000171329 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0463  30S ribosomal protein S17  58.33 
 
 
88 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.903355  hitchhiker  0.00000264542 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0496  30S ribosomal protein S17  58.33 
 
 
88 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000477154  normal  0.104043 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4740  30S ribosomal protein S17  57.14 
 
 
88 aa  101  3e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0349479  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0493  30S ribosomal protein S17  57.14 
 
 
88 aa  101  3e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.221769  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0776  ribosomal protein S17  56.1 
 
 
88 aa  100  5e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000000337654  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0846  30S ribosomal protein S17  57.14 
 
 
88 aa  100  6e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.349116  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08940  30S ribosomal protein S17  57.14 
 
 
88 aa  100  6e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.299482  normal  0.0340675 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06340  30S ribosomal protein S17  59.49 
 
 
88 aa  100  7e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.543967  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3900  30S ribosomal protein S17  60.76 
 
 
88 aa  99.4  1e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00230536  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001733  SSU ribosomal protein S17p (S11e)  56.25 
 
 
84 aa  99.8  1e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000075143  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0635  ribosomal protein S17  55.95 
 
 
88 aa  98.6  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00000269745  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4539  30S ribosomal protein S17  55.95 
 
 
88 aa  98.6  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.116738 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5070  30S ribosomal protein S17  55.95 
 
 
88 aa  97.8  4e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000035859  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0728  30S ribosomal protein S17  54.76 
 
 
88 aa  97.4  6e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00313213  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00739  30S ribosomal protein S17  53.75 
 
 
84 aa  97.4  6e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0332  30S ribosomal protein S17  52.44 
 
 
89 aa  97.1  7e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000351608  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0430  SSU ribosomal protein S17P  55.7 
 
 
86 aa  97.1  8e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.179877  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2165  30S ribosomal protein S17  55.13 
 
 
84 aa  96.7  1e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000168  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1858  30S ribosomal protein S17  56.1 
 
 
94 aa  94.7  3e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.147715  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0414  ribosomal protein S17  55.84 
 
 
84 aa  94.7  4e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0217362  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1363  30S ribosomal protein S17  63.38 
 
 
80 aa  94.7  4e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.355182  normal  0.0197009 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0332  ribosomal protein S17  54.55 
 
 
84 aa  93.6  7e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.0000873863  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1129  30S ribosomal protein S17  58.23 
 
 
100 aa  94  7e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0049809  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0240  30S ribosomal protein S17  56.76 
 
 
82 aa  93.6  8e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2610  30S ribosomal protein S17  58.23 
 
 
97 aa  93.6  8e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000173593  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0208  30S ribosomal protein S17  56.76 
 
 
82 aa  93.6  8e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000014726  unclonable  0.0000000000149425 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0203  30S ribosomal protein S17  56.76 
 
 
82 aa  93.6  8e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000279278  hitchhiker  0.00162508 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0208  30S ribosomal protein S17  56.76 
 
 
82 aa  93.6  8e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000159917  hitchhiker  0.0000000011379 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03162  30S ribosomal protein S17  53.25 
 
 
84 aa  93.2  9e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0016617  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0402  ribosomal protein S17  53.25 
 
 
84 aa  93.2  9e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000755989  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3696  30S ribosomal protein S17  53.25 
 
 
84 aa  93.2  9e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000629724  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3794  30S ribosomal protein S17  53.25 
 
 
84 aa  93.2  9e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000413516  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3505  30S ribosomal protein S17  53.25 
 
 
84 aa  93.2  9e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000141629  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4535  30S ribosomal protein S17  50.63 
 
 
84 aa  93.6  9e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011061  hitchhiker  0.0016313 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3606  30S ribosomal protein S17  53.25 
 
 
84 aa  93.2  9e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000146035  normal  0.0220451 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03113  hypothetical protein  53.25 
 
 
84 aa  93.2  9e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00156817  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0402  30S ribosomal protein S17  53.25 
 
 
84 aa  93.2  9e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000858813  hitchhiker  0.0000630078 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4634  30S ribosomal protein S17  53.25 
 
 
84 aa  93.2  9e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000429697  normal  0.304682 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3700  30S ribosomal protein S17  53.25 
 
 
84 aa  93.2  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000665408  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3627  30S ribosomal protein S17  53.25 
 
 
84 aa  93.2  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000562694  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1937  30S ribosomal protein S17  61.11 
 
 
90 aa  92.8  1e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3627  30S ribosomal protein S17  53.25 
 
 
84 aa  93.2  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00167821  normal  0.881176 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3798  30S ribosomal protein S17  53.25 
 
 
84 aa  93.2  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0301634  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0337  ribosomal protein S17  50.68 
 
 
89 aa  92.8  1e-18  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.177398  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3992  30S ribosomal protein S17  53.25 
 
 
84 aa  92.8  1e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000847939  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3742  30S ribosomal protein S17  53.25 
 
 
84 aa  92.8  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000425306  hitchhiker  0.00355064 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3735  30S ribosomal protein S17  53.25 
 
 
84 aa  93.2  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.000974473  normal  0.0213342 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0856  SSU ribosomal protein S17P  62.5 
 
 
83 aa  93.2  1e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000349571  hitchhiker  0.000457351 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0292  30S ribosomal protein S17  53.25 
 
 
84 aa  92  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000607542  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1929  30S ribosomal protein S17  50 
 
 
84 aa  91.7  3e-18  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3813  30S ribosomal protein S17  53.25 
 
 
84 aa  92  3e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000352623  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1301  30S ribosomal protein S17  56.58 
 
 
107 aa  91.3  4e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000654359  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0329  30S ribosomal protein S17  50.63 
 
 
84 aa  91.3  4e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00017601  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2315  30S ribosomal protein S17  46.59 
 
 
87 aa  90.9  5e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0524873  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2898  30S ribosomal protein S17  58.23 
 
 
97 aa  90.5  6e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0205  30S ribosomal protein S17  54.05 
 
 
82 aa  90.5  7e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000179685  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0209  30S ribosomal protein S17  54.05 
 
 
82 aa  90.5  7e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000139872  unclonable  0.00000794162 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4047  30S ribosomal protein S17  54.05 
 
 
82 aa  90.5  7e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000100461  unclonable  0.00000000000380928 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4161  30S ribosomal protein S17  54.05 
 
 
82 aa  90.5  7e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000038185  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>