More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_0012 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009379  Pnuc_0012  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
256 aa  517  1e-146  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.777235  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.49 
 
 
258 aa  347  1e-94  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.2 
 
 
257 aa  328  5.0000000000000004e-89  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.807197  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.2 
 
 
255 aa  249  4e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710312  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35950  putative dehydrogenase  52.16 
 
 
255 aa  246  3e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00392824  hitchhiker  0.00000000000000176535 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2794  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  51.76 
 
 
255 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3848  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.81 
 
 
253 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.41 
 
 
253 aa  237  1e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.6 
 
 
251 aa  233  2.0000000000000002e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.25 
 
 
253 aa  231  9e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2753  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.25 
 
 
260 aa  227  1e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.53957  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1212  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  47.43 
 
 
253 aa  227  2e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.59 
 
 
253 aa  220  9.999999999999999e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3793  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.2 
 
 
253 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5289  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.27 
 
 
263 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0559291  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6365  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.27 
 
 
263 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.54288  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1358  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.41 
 
 
258 aa  210  2e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.469708  normal  0.558071 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4614  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.6 
 
 
250 aa  207  2e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2718  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
253 aa  204  1e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.410014 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2348  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.96 
 
 
281 aa  200  1.9999999999999998e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6403  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.92 
 
 
258 aa  194  1e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3288  short chain dehydrogenase  42.91 
 
 
260 aa  192  3e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0233742  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3083  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.06 
 
 
259 aa  191  1e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.192229  normal  0.191447 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3017  short chain dehydrogenase  41.73 
 
 
260 aa  188  7e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1985  short chain dehydrogenase  40.71 
 
 
261 aa  180  2e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2673  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 
253 aa  180  2e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.381753  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1568  short chain dehydrogenase  39.92 
 
 
301 aa  179  2.9999999999999997e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1655  short chain dehydrogenase  40.71 
 
 
261 aa  179  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0365832  normal  0.0290451 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3982  short chain dehydrogenase  38.19 
 
 
260 aa  177  2e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0357942 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1566  short chain dehydrogenase  41.67 
 
 
258 aa  175  5e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2067  short chain dehydrogenase  38.82 
 
 
260 aa  175  7e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0224014 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1379  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
249 aa  174  9.999999999999999e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3138  short chain dehydrogenase  37.8 
 
 
260 aa  172  3.9999999999999995e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0721208  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2764  short chain dehydrogenase  41.67 
 
 
258 aa  167  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.191986  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1363  short chain dehydrogenase  41.67 
 
 
258 aa  166  4e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.737736 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1787  short chain dehydrogenase  41.94 
 
 
258 aa  166  5e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1438  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.59 
 
 
245 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1263  short chain dehydrogenase  40.34 
 
 
270 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0981  2-deoxy-d-gluconate 3-dehydrogenase, putative  39.29 
 
 
249 aa  163  3e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1896  short chain dehydrogenase  36.22 
 
 
260 aa  163  3e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.506281 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0918  putative 2-deoxy-d-gluconate 3-dehydrogenase  39.29 
 
 
249 aa  163  3e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.311873  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1448  short chain dehydrogenase  37.74 
 
 
260 aa  162  6e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.213081  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11957  short chain dehydrogenase  38.58 
 
 
255 aa  161  1e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0556392  normal  0.717734 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1147  short chain dehydrogenase  42.29 
 
 
261 aa  160  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1527  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.15 
 
 
277 aa  159  3e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.234758  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
259 aa  159  4e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000516058  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
255 aa  158  7e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2612  short chain dehydrogenase  42.57 
 
 
259 aa  157  2e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0879  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39 
 
 
254 aa  157  2e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.3 
 
 
246 aa  156  4e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.77 
 
 
247 aa  155  6e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  36.09 
 
 
259 aa  155  9e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4607  short chain dehydrogenase  41.6 
 
 
260 aa  154  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0183292  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
254 aa  154  1e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0980  short chain dehydrogenase  41.6 
 
 
260 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1387  short chain dehydrogenase  41.53 
 
 
258 aa  154  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1440  short chain dehydrogenase  41.6 
 
 
260 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1462  short chain dehydrogenase  41.6 
 
 
260 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  34.09 
 
 
260 aa  154  2e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1347  short chain dehydrogenase  41.53 
 
 
258 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1115  short chain dehydrogenase  41.77 
 
 
259 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00652763  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1692  short chain dehydrogenase  41.77 
 
 
259 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.749857  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1870  short chain dehydrogenase  41.77 
 
 
259 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0823567  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0943  short chain dehydrogenase  41.77 
 
 
259 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1716  short chain dehydrogenase  41.77 
 
 
259 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4929  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.58 
 
 
270 aa  153  2.9999999999999998e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.212781  normal  0.926969 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1557  short chain dehydrogenase  41.77 
 
 
259 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000396998  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0218  short chain dehydrogenase  41.77 
 
 
259 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0481209  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1961  putative glucose 1-dehydrogenase  39.17 
 
 
254 aa  152  5e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.536357  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3702  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.89 
 
 
246 aa  152  5e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.852261  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3592  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.89 
 
 
246 aa  152  5e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3610  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.89 
 
 
246 aa  152  5e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3865  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.89 
 
 
246 aa  152  5e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.78131e-47 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3989  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.89 
 
 
246 aa  152  5e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0408742  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3895  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.76 
 
 
248 aa  152  5.9999999999999996e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.589012  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
246 aa  152  5.9999999999999996e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR2039  glucose 1-dehydrogenase, putative  38.75 
 
 
254 aa  152  7e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0380824  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3893  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.89 
 
 
246 aa  151  8e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0131  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.21 
 
 
245 aa  150  1e-35  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.120855  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1293  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.96 
 
 
246 aa  151  1e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.252649  hitchhiker  0.0000000000000846656 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3950  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.96 
 
 
246 aa  150  2e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3899  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.49 
 
 
246 aa  150  2e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000498723  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3674  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.49 
 
 
246 aa  150  2e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.119797  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.08 
 
 
246 aa  149  3e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.84 
 
 
255 aa  149  4e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.24294  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.15 
 
 
248 aa  149  6e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.76 
 
 
257 aa  149  6e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000174096  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1662  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.99 
 
 
245 aa  148  7e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.31 
 
 
246 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.87 
 
 
247 aa  147  1.0000000000000001e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.27 
 
 
262 aa  147  1.0000000000000001e-34  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.113816  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.05 
 
 
246 aa  147  2.0000000000000003e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  37.94 
 
 
254 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.94 
 
 
254 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2662  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.12 
 
 
266 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.783199  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3419  short chain dehydrogenase  36.88 
 
 
255 aa  146  3e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.689572  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0517  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.59 
 
 
246 aa  146  3e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
252 aa  146  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40890  short chain dehydrogenase  36.88 
 
 
255 aa  146  3e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0197  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.77 
 
 
245 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>