272 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnec_1713 on replicon NC_010531
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010531  Pnec_1713  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
229 aa  474  1e-133  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1998  NAD-dependent epimerase/dehydratase  84.72 
 
 
302 aa  407  1e-113  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0087  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase protein  55.88 
 
 
334 aa  231  7e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3663  NADH dehydrogenase  53.17 
 
 
334 aa  225  5e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0177  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.94 
 
 
340 aa  224  1e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.440205 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0220  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  51.46 
 
 
340 aa  224  1e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3340  NADH dehydrogenase  52.68 
 
 
334 aa  224  1e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3737  NADH dehydrogenase  50.97 
 
 
317 aa  212  4e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.288709  normal  0.886457 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0199  hypothetical protein  50.49 
 
 
317 aa  208  6e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3028  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.76 
 
 
319 aa  206  2e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.563899 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.76 
 
 
319 aa  204  1e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.851831  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3033  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.76 
 
 
319 aa  203  2e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2419  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.76 
 
 
319 aa  203  2e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3052  NADH dehydrogenase  49.28 
 
 
319 aa  203  2e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2944  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  50.72 
 
 
319 aa  198  5e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.808799  normal  0.557805 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.76 
 
 
319 aa  194  8e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2899  NADH dehydrogenase  46.86 
 
 
318 aa  194  9e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328837  normal  0.117785 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3910  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.93 
 
 
318 aa  187  1e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835741  normal  0.353507 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0701  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.66 
 
 
318 aa  186  3e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4134  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase:NmrA-like  47.32 
 
 
320 aa  180  2e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2450  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.91 
 
 
312 aa  176  2e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.54 
 
 
314 aa  174  1e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0234  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  44.5 
 
 
319 aa  167  1e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.09 
 
 
320 aa  166  2e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3363  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  44.98 
 
 
319 aa  166  2e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2985  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  44.98 
 
 
319 aa  166  2e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2107  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  44.98 
 
 
319 aa  166  2e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3315  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  44.98 
 
 
312 aa  166  2e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0270  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  44.98 
 
 
319 aa  166  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0258  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  44.98 
 
 
320 aa  166  3e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.3276  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0455  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  44.98 
 
 
319 aa  164  8e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3466  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.45 
 
 
318 aa  164  1e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.826321  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2361  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  39.48 
 
 
345 aa  163  2e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.252137 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0110  NADH dehydrogenase  42.65 
 
 
321 aa  163  3e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00120981 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0390  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.38 
 
 
320 aa  161  9e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2690  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.06 
 
 
319 aa  161  1e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2454  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.74 
 
 
320 aa  160  1e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3296  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  44.88 
 
 
316 aa  157  1e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.587332  normal  0.308743 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.34 
 
 
338 aa  155  5e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0963  male sterility protein  39.34 
 
 
338 aa  155  5e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0593  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.79 
 
 
316 aa  145  6e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.490453  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0385  NADH dehydrogenase subunit, putative  34.42 
 
 
294 aa  136  2e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.24 
 
 
321 aa  136  3e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  2.70425e-05 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.62 
 
 
295 aa  135  8e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40 
 
 
295 aa  134  1e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0184  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.62 
 
 
296 aa  134  2e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.5 
 
 
294 aa  130  2e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0016  3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase  34.35 
 
 
340 aa  128  7e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0332  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  34.23 
 
 
307 aa  125  5e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.171865  normal  0.33471 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0898  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.85 
 
 
309 aa  125  6e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.760567  normal  0.885082 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.18 
 
 
321 aa  124  1e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00247828  normal  0.481083 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.44 
 
 
309 aa  124  1e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0783672  hitchhiker  3.70596e-05 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0755  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  35.98 
 
 
389 aa  122  5e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0977  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.76 
 
 
294 aa  122  6e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152042  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0046  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  33.66 
 
 
321 aa  121  7e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1891  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.98 
 
 
298 aa  121  9e-27  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0168492  normal  0.486121 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1007  NADH dehydrogenase  34.58 
 
 
389 aa  120  2e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0437  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
349 aa  118  7e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.1 
 
 
381 aa  117  1e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0842718  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0374  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.91 
 
 
299 aa  117  2e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.932671  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4953  NADH dehydrogenase  32.87 
 
 
318 aa  116  3e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.575257  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1318  NADH dehydrogenase  34.11 
 
 
389 aa  115  5e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.131603 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0197  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.82 
 
 
321 aa  115  8e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2136  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  36.41 
 
 
312 aa  115  8e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2820  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  34.11 
 
 
329 aa  114  9e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0203208  normal  0.613644 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.18 
 
 
294 aa  114  1e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.270994  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.63 
 
 
306 aa  114  1e-24  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.217032  normal  0.873139 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0660  dehydrogenase  33.99 
 
 
321 aa  112  5e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.173269 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.94 
 
 
320 aa  112  5e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.665439  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.46 
 
 
291 aa  112  6e-24  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0490  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.94 
 
 
298 aa  111  8e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0173  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  33.17 
 
 
321 aa  110  1e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1668  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  34.04 
 
 
316 aa  109  3e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1049  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  32.24 
 
 
412 aa  109  4e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1308  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  29.17 
 
 
336 aa  107  1e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3602  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.04 
 
 
323 aa  107  1e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.692612  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0980  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  33.49 
 
 
328 aa  107  2e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.687755  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1041  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  33.49 
 
 
328 aa  107  2e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0246  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  35.43 
 
 
327 aa  107  2e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0166  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.52 
 
 
353 aa  106  3e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1340  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.51 
 
 
328 aa  105  5e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.112176  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0020  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  32.28 
 
 
297 aa  105  7e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.12867e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
308 aa  104  1e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.135035  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2629  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.35 
 
 
309 aa  104  1e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.262596  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2812  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.37 
 
 
328 aa  102  4e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.626398  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1223  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.62 
 
 
287 aa  102  4e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  1.6396e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1151  NADH-ubiquinone oxidoreductase  30.37 
 
 
328 aa  102  4e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_26150  predicted protein  33.52 
 
 
366 aa  102  5e-21  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.22468 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0661  NADH dehydrogenase  36.41 
 
 
312 aa  102  6e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.251745  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0183  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.52 
 
 
322 aa  102  7e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.922509  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1129  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  30.43 
 
 
316 aa  101  1e-20  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0386  NADH-ubiquinone oxidoreductase family protein  33.33 
 
 
340 aa  100  1e-20  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1691  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  35.27 
 
 
328 aa  100  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0053937  hitchhiker  6.12217e-07 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2240  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  33.02 
 
 
381 aa  99.4  4e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.167528  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2776  NADH dehydrogenase  29.11 
 
 
328 aa  96.7  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.424947  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0492  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.34 
 
 
330 aa  95.1  8e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3590  ubiquinone dependent NADH dehydrogenase  30.65 
 
 
327 aa  94.7  9e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.885976  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0107  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30 
 
 
308 aa  94.4  1e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3081  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.12 
 
 
310 aa  94.7  1e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0638  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.19 
 
 
306 aa  94  2e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>