78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnec_1340 on replicon NC_010531
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010531  Pnec_1340  cytochrome c prime  100 
 
 
150 aa  304  3e-82  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000194758 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0474  cytochrome c, class II  70.67 
 
 
150 aa  205  2e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.731529  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3537  cytochrome c prime  54.05 
 
 
150 aa  159  1e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0147332 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0404  cytochrome c prime  48.82 
 
 
136 aa  137  6e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0216  cytochrome c, class II  47.69 
 
 
151 aa  132  1.9999999999999998e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.322979 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0600  cytochrome c, class II  44.52 
 
 
150 aa  122  2e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0286  cytochrome c prime  46.92 
 
 
153 aa  120  4e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0933227  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1277  cytochrome c, class II  49.23 
 
 
151 aa  120  5e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.593485  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0291  cytochrome c, class II  46.15 
 
 
153 aa  119  9.999999999999999e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000294803 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0269  cytochrome c, class II  44.62 
 
 
151 aa  119  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1062  cytochrome c class II  44.09 
 
 
153 aa  108  4.0000000000000004e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.251364  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3420  cytochrome c'  40.28 
 
 
149 aa  105  2e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1135  cytochrome c, class II  40.97 
 
 
149 aa  105  3e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000323618  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2738  cytochrome c, class II  39.86 
 
 
149 aa  104  3e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000239572  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1205  cytochrome c, class II  40.97 
 
 
149 aa  105  3e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000342907  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1267  cytochrome c class II  39.19 
 
 
149 aa  103  7e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000308815  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1223  cytochrome c, class II  39.19 
 
 
149 aa  103  8e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000308946  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3090  cytochrome c prime  39.19 
 
 
149 aa  103  8e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000689857  normal  0.0144373 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1300  cytochrome c prime  38.51 
 
 
149 aa  102  1e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000000571925  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1134  cytochrome c, class II  40.97 
 
 
149 aa  103  1e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000245313  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1075  cytochrome c, class II  42.86 
 
 
153 aa  102  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000870281  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1266  cytochrome c prime  38 
 
 
153 aa  101  4e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00355907 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0901  cytochrome c, class II  39.86 
 
 
147 aa  101  4e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.502133 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1171  cytochrome c, class II  36 
 
 
153 aa  99  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2910  cytochrome c, class II  38.51 
 
 
149 aa  95.9  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.963403  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2744  cytochrome c, class II  41.73 
 
 
149 aa  91.7  4e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1123  cytochrome c prime  39.07 
 
 
155 aa  89.4  1e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000239105  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3283  cytochrome c, class II  39.49 
 
 
152 aa  87.4  6e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00438456  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0462  cytochrome c'  31.76 
 
 
155 aa  77  0.00000000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2799  cytochrome c'  32.28 
 
 
159 aa  74.7  0.0000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.340153  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1225  cytochrome c prime  30.72 
 
 
155 aa  74.3  0.0000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.239177 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1325  cytochrome c, class II  31.33 
 
 
151 aa  73.6  0.0000000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49090  Cytochrome C, class II  38.52 
 
 
151 aa  71.6  0.000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.472535  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1989  cytochrome c, class II  29.03 
 
 
155 aa  70.5  0.000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.13994  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3135  cytochrome c prime  32.8 
 
 
172 aa  70.5  0.000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02251  cytochrome c  30.32 
 
 
170 aa  68.9  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.536111  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2126  cytochrome c, class II  35.43 
 
 
149 aa  68.2  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1455  cytochrome c, class II  29.86 
 
 
153 aa  68.6  0.00000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0569  cytochrome c, class II  36.36 
 
 
158 aa  67.8  0.00000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0474  cytochrome c'  34.65 
 
 
149 aa  65.9  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0242  cytochrome c, class II  30.2 
 
 
156 aa  64.3  0.0000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00183316  normal  0.94125 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2396  cytochrome c, class II  35.88 
 
 
149 aa  62  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  hitchhiker  0.00865436  normal  0.433653 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0408  cytochrome c, class II  28.57 
 
 
148 aa  61.6  0.000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.0156942 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4700  cytochrome c, class II  29.73 
 
 
151 aa  59.3  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.311415  normal  0.313773 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2256  cytochrome c, class II  34.96 
 
 
147 aa  58.5  0.00000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.335708  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07030  putative cytochrome c'  27.27 
 
 
152 aa  58.2  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0644  putative lipoprotein  27.27 
 
 
152 aa  57.4  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.773212  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0495  cytochrome c prime  25 
 
 
148 aa  57.4  0.00000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1296  Cytochrome c556-like protein  28.29 
 
 
154 aa  56.6  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.618676  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0107  cytochrome c prime  33.33 
 
 
150 aa  56.6  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2868  cytochrome c  30.57 
 
 
159 aa  56.6  0.0000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3015  cytochrome c, class II  30.4 
 
 
154 aa  55.1  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.628177  normal  0.504757 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4970  cytochrome c', putative  26.4 
 
 
155 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.151016  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4843  cytochrome c, class II  25.6 
 
 
152 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.250644  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1106  cytochrome c, class II  25.97 
 
 
152 aa  54.3  0.0000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00108735  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2557  cytochrome c prime  32.21 
 
 
146 aa  54.3  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.524451  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5019  cytochrome c'  25.6 
 
 
152 aa  54.3  0.0000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2785  cytochrome c-554  30.38 
 
 
153 aa  53.1  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.336484  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1427  cytochrome c, class II  31.25 
 
 
153 aa  53.1  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.466816  normal  0.0348813 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1236  cytochrome C-556  30 
 
 
157 aa  53.1  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2023  cytochrome c prime  27.64 
 
 
152 aa  53.1  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1163  cytochrome c, class II  26.62 
 
 
149 aa  52.4  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.678207  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03580  cytochrome C  23.58 
 
 
166 aa  51.2  0.000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0385574  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2229  cytochrome c, class II  31.01 
 
 
156 aa  50.8  0.000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4420  cytochrome c, class II  25.21 
 
 
154 aa  50.8  0.000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5606  cytochrome c, class II  32.06 
 
 
149 aa  48.5  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.325565 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1043  cytochrome c, class II  29.13 
 
 
153 aa  47.8  0.00005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0112  cytochrome c prime  26.4 
 
 
144 aa  47  0.00009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.277441 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1440  cytochrome c, class II  28.08 
 
 
150 aa  46.6  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.675106  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5272  cytochrome c, class II  22.58 
 
 
149 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.400589  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06854  hypothetical protein  29.75 
 
 
147 aa  45.4  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2544  cytochrome c, class II  26.28 
 
 
159 aa  45.1  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4122  hypothetical protein  27.56 
 
 
169 aa  44.3  0.0006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.22167  normal  0.119493 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0972  cytochrome c prime  28.07 
 
 
146 aa  43.9  0.0007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0041  cytochrome c, class II  24.48 
 
 
151 aa  42.7  0.002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.417622  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2695  cytochrome c class II  28.28 
 
 
146 aa  42  0.003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.618119  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0590  cytochrome c class II  24.58 
 
 
148 aa  41.6  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4496  cytochrome c prime  25 
 
 
149 aa  40.4  0.009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.609438  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>