More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnec_1051 on replicon NC_010531
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010531  Pnec_1051  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 276 aa  579  1e-164  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.238902 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0770  tRNA pseudouridine synthase A  80.8 
 
 		 275 aa  484  1e-136  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2469  tRNA pseudouridine synthase A  57.69 
 
 		 278 aa  335  2.9999999999999997e-91  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.371859 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2308  tRNA pseudouridine synthase A  56.37 
 
 		 273 aa  334  1e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.742773  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  57.47 
 
 		 270 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  56.7 
 
 		 270 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  55.94 
 
 		 267 aa  326  3e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  54.89 
 
 		 274 aa  323  2e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  56.64 
 
 		 274 aa  322  3e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  56.64 
 
 		 274 aa  322  5e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  53.76 
 
 		 270 aa  313  9.999999999999999e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3346  tRNA pseudouridine synthase A  57.14 
 
 		 270 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.291019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3851  tRNA pseudouridine synthase A  56.77 
 
 		 270 aa  312  2.9999999999999996e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.845811 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  53.01 
 
 		 270 aa  310  2e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  53.01 
 
 		 270 aa  310  2e-83  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  53.01 
 
 		 270 aa  310  2e-83  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  53.01 
 
 		 270 aa  310  2e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  53.01 
 
 		 271 aa  310  2e-83  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  53.01 
 
 		 270 aa  310  2e-83  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  53.01 
 
 		 271 aa  310  2e-83  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3572  tRNA pseudouridine synthase A  56.39 
 
 		 270 aa  309  2.9999999999999997e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00438278  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2127  tRNA pseudouridine synthase A  56.39 
 
 		 270 aa  309  2.9999999999999997e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00123964 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4411  tRNA pseudouridine synthase A  56.39 
 
 		 270 aa  309  2.9999999999999997e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3956  tRNA pseudouridine synthase A  56.39 
 
 		 270 aa  309  2.9999999999999997e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0536594  normal  0.184707 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4624  tRNA pseudouridine synthase A  55.64 
 
 		 270 aa  304  9.000000000000001e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.886734  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1417  tRNA pseudouridine synthase A  47.55 
 
 		 270 aa  261  1e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2159  tRNA pseudouridine synthase A  46.67 
 
 		 260 aa  258  1e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0844535 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3044  tRNA pseudouridine synthase A  48.54 
 
 		 264 aa  254  1.0000000000000001e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  46.33 
 
 		 265 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3237  tRNA pseudouridine synthase A  44.37 
 
 		 274 aa  253  2.0000000000000002e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3614  tRNA pseudouridine synthase A  45.26 
 
 		 264 aa  252  5.000000000000001e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.421656  normal  0.842605 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2590  tRNA pseudouridine synthase A  44.01 
 
 		 274 aa  251  8.000000000000001e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1217  tRNA pseudouridine synthase A  44.44 
 
 		 278 aa  250  2e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0106552 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5241  tRNA pseudouridine synthase A  42.12 
 
 		 282 aa  246  4e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  43.7 
 
 		 273 aa  244  9.999999999999999e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1914  tRNA pseudouridine synthase A  45 
 
 		 351 aa  243  1.9999999999999999e-63  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  44.7 
 
 		 261 aa  243  3e-63  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1916  tRNA pseudouridine synthase A  46.36 
 
 		 260 aa  242  3.9999999999999997e-63  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.974239 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  44.36 
 
 		 261 aa  242  3.9999999999999997e-63  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  44.74 
 
 		 261 aa  241  7.999999999999999e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  44.06 
 
 		 270 aa  240  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  44.06 
 
 		 270 aa  240  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  44.36 
 
 		 261 aa  239  2e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1790  tRNA pseudouridine synthase A  45 
 
 		 260 aa  240  2e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  44.06 
 
 		 270 aa  240  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  44.06 
 
 		 270 aa  240  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  44.06 
 
 		 270 aa  240  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  43.3 
 
 		 270 aa  239  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  45.21 
 
 		 259 aa  239  2.9999999999999997e-62  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1368  tRNA pseudouridine synthase A  43.07 
 
 		 276 aa  239  2.9999999999999997e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  43.3 
 
 		 270 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  43.3 
 
 		 270 aa  239  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  43.3 
 
 		 270 aa  239  4e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1680  tRNA pseudouridine synthase A  45.76 
 
 		 262 aa  238  8e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  43.3 
 
 		 270 aa  238  9e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  43.3 
 
 		 270 aa  238  9e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  43.3 
 
 		 270 aa  238  9e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  43.3 
 
 		 270 aa  238  9e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  43.3 
 
 		 270 aa  238  1e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  44.44 
 
 		 269 aa  236  3e-61  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  44.06 
 
 		 270 aa  235  5.0000000000000005e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  42.75 
 
 		 259 aa  234  8e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  42.86 
 
 		 261 aa  234  8e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  42.01 
 
 		 283 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  43.61 
 
 		 261 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  43.61 
 
 		 261 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  44.53 
 
 		 261 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  43.61 
 
 		 261 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0868  tRNA pseudouridine synthase A  44.66 
 
 		 262 aa  231  9e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00469579  hitchhiker  0.00315924 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2836  tRNA pseudouridine synthase A  43.77 
 
 		 261 aa  230  2e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0418534  hitchhiker  0.00932261 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  43.68 
 
 		 261 aa  230  2e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4870  tRNA pseudouridine synthase A  45.05 
 
 		 272 aa  230  2e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.440295 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  43.77 
 
 		 261 aa  230  2e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2576  tRNA pseudouridine synthase A  43.87 
 
 		 275 aa  229  3e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  43.3 
 
 		 261 aa  229  3e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1617  tRNA pseudouridine synthase A  43.4 
 
 		 261 aa  228  1e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00313277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2742  tRNA pseudouridine synthase A  43.4 
 
 		 261 aa  227  2e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0368715  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01204  tRNA pseudouridine synthase A  41.64 
 
 		 264 aa  226  3e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1420  tRNA pseudouridine synthase A  44.44 
 
 		 264 aa  226  4e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1700  tRNA pseudouridine synthase A  43.08 
 
 		 261 aa  225  6e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.125972 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  39.21 
 
 		 264 aa  225  7e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2800  tRNA pseudouridine synthase A  42.38 
 
 		 283 aa  225  8e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.420943  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  42.01 
 
 		 285 aa  225  8e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  42.01 
 
 		 285 aa  225  8e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0361  tRNA pseudouridine synthase A  44.06 
 
 		 293 aa  224  9e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1529  tRNA pseudouridine synthase A  44.06 
 
 		 293 aa  224  9e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  39.21 
 
 		 264 aa  223  2e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  43.87 
 
 		 261 aa  223  2e-57  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  43.87 
 
 		 261 aa  223  2e-57  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2717  tRNA pseudouridine synthase A  42.07 
 
 		 287 aa  224  2e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0374382 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  41.38 
 
 		 262 aa  223  3e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  41 
 
 		 263 aa  222  4e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  41 
 
 		 262 aa  222  6e-57  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0364  tRNA pseudouridine synthase A  43.08 
 
 		 267 aa  221  7e-57  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  40.59 
 
 		 262 aa  221  8e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 		 264 aa  221  9.999999999999999e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  40.96 
 
 		 289 aa  221  9.999999999999999e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1337  tRNA pseudouridine synthase A  42.08 
 
 		 269 aa  219  5e-56  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.354676  normal  0.497364 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1234  tRNA pseudouridine synthase A  41.31 
 
 		 261 aa  218  7e-56  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.512181  normal  0.233712 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1555  tRNA pseudouridine synthase A  39.78 
 
 		 284 aa  217  2e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  0.309308 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>