More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnec_0977 on replicon NC_010531
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010531  Pnec_0977  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  100 
 
 
438 aa  892    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  66.67 
 
 
442 aa  593  1e-168  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1249  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  38.03 
 
 
425 aa  228  1e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0850  hypothetical protein  37.56 
 
 
431 aa  213  7e-54  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0825  hypothetical protein  37.09 
 
 
431 aa  213  7.999999999999999e-54  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1980  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.48 
 
 
468 aa  211  2e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2110  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.95 
 
 
473 aa  211  3e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1809  hypothetical protein  32.23 
 
 
472 aa  201  1.9999999999999998e-50  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1088  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  33.49 
 
 
487 aa  201  3e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00200666  normal  0.0296865 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6002  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  36.05 
 
 
473 aa  199  7e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2075  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.05 
 
 
473 aa  199  7e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1673  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.07 
 
 
457 aa  198  2.0000000000000003e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1125  PP-loop  35.21 
 
 
484 aa  196  5.000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00891393  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2094  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.54 
 
 
473 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.238854  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1011  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.46 
 
 
472 aa  195  1e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.258759  normal  0.14023 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0475  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.86 
 
 
449 aa  194  2e-48  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1692  tRNA(Ile)-lysidine synthase  33.18 
 
 
449 aa  194  3e-48  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1105  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.36 
 
 
472 aa  192  8e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.340413  normal  0.54377 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1360  PP-loop  36.24 
 
 
445 aa  190  4e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5381  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.38 
 
 
473 aa  190  4e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0261986  normal  0.928843 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17280  hypothetical protein  36.74 
 
 
442 aa  190  4e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1805  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.87 
 
 
439 aa  188  2e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.193318  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1178  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.77 
 
 
419 aa  188  2e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.509041  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0589  cell cycle protein MesJ  34.98 
 
 
445 aa  187  3e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0620316  normal  0.254248 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1163  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.62 
 
 
427 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.114234  normal  0.932043 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1629  PP family ATPase  36.9 
 
 
476 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.379742  normal  0.312409 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1263  PP-loop  31.84 
 
 
420 aa  183  6e-45  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1170  putative cell cycle protein  36.64 
 
 
462 aa  182  1e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0031509  normal  0.791895 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3036  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.63 
 
 
440 aa  182  2e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0244601 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0918  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.73 
 
 
445 aa  180  4e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2410  tRNA(Ile)-lysidine synthase  31.82 
 
 
443 aa  180  4.999999999999999e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1944  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.46 
 
 
494 aa  180  4.999999999999999e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1206  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.91 
 
 
468 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.187826 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1551  cell cycle protein mesJ, putative  36.17 
 
 
455 aa  179  7e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0263  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.86 
 
 
430 aa  179  8e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.202307  normal  0.144292 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0277  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.86 
 
 
430 aa  179  9e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1608  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.01 
 
 
427 aa  179  1e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00186  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.08 
 
 
432 aa  178  2e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.445968  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0258  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.94 
 
 
430 aa  178  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.921604  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00185  hypothetical protein  32.08 
 
 
432 aa  178  2e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.434611  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2507  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.48 
 
 
481 aa  178  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.14647  hitchhiker  0.00723394 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0959  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.94 
 
 
425 aa  176  6e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0258  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.63 
 
 
430 aa  176  6e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.380491  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2678  cell cycle protein mesJ  43.06 
 
 
492 aa  176  7e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0688879  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2593  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.06 
 
 
492 aa  176  7e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3415  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.84 
 
 
432 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1653  cell cycle protein mesJ  42.7 
 
 
489 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000820354  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0198  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.38 
 
 
431 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2156  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.7 
 
 
489 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1429  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.7 
 
 
489 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.431978  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0274  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.48 
 
 
430 aa  175  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.433905  normal  0.237659 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3159  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.7 
 
 
489 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.765148  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0199  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.08 
 
 
432 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2542  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.35 
 
 
489 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1572  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.89 
 
 
462 aa  174  2.9999999999999996e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.685949  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0192  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.84 
 
 
432 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0726  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.33 
 
 
426 aa  172  7.999999999999999e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.238503  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0181  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.6 
 
 
432 aa  172  9e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3472  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.6 
 
 
432 aa  172  1e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.878016  normal  0.473347 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0190  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.6 
 
 
432 aa  171  2e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.781391  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3765  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.79 
 
 
436 aa  171  3e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000300868  normal  0.108005 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4169  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.36 
 
 
427 aa  171  3e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.911807 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2962  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.67 
 
 
448 aa  171  3e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3147  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.29 
 
 
442 aa  170  4e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4065  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.92 
 
 
426 aa  169  1e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000422892 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3417  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.47 
 
 
460 aa  169  1e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1031  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.47 
 
 
451 aa  169  1e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0934  cell-cycle protein  32 
 
 
427 aa  167  2e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.504247  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2453  putative cell cycle protein  33.41 
 
 
452 aa  167  4e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1084  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.47 
 
 
460 aa  167  4e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2960  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.46 
 
 
460 aa  165  1.0000000000000001e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0827717 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1118  hypothetical protein  33.57 
 
 
442 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0580  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  32.7 
 
 
430 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0306545  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1834  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.57 
 
 
440 aa  163  6e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0103  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.27 
 
 
486 aa  163  6e-39  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1501  hypothetical protein  36.68 
 
 
439 aa  162  1e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002764  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.48 
 
 
436 aa  162  2e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1289  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.91 
 
 
436 aa  161  3e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.7067 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2619  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.58 
 
 
474 aa  160  3e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3342  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.9 
 
 
439 aa  157  3e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1237  GntR family transcriptional regulator  32.3 
 
 
429 aa  156  8e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1842  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.64 
 
 
445 aa  154  2.9999999999999998e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.2555  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3087  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.33 
 
 
325 aa  154  4e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1387  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.34 
 
 
472 aa  152  8e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.287685  normal  0.186962 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01899  tRNA(Ile)-lysidine synthase (tRNA(Ile)-lysidinesynthetase) (tRNA(Ile)-2-lysyl-cytidine synthase)  32.46 
 
 
434 aa  152  1e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1266  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.84 
 
 
464 aa  152  1e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0849  tRNA(Ile)-lysidine synthase  33.26 
 
 
442 aa  150  3e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03220  hypothetical protein  30.86 
 
 
448 aa  150  5e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  36.09 
 
 
326 aa  150  5e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38820  PP-loop-tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.18 
 
 
435 aa  149  8e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01389  cell cycle protein MesJ  30.6 
 
 
441 aa  148  2.0000000000000003e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.683525  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0164  hypothetical protein  33.33 
 
 
525 aa  148  2.0000000000000003e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.156481  unclonable  0.00000174204 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2892  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.86 
 
 
476 aa  146  7.0000000000000006e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1179  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.1 
 
 
464 aa  146  7.0000000000000006e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.34468  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1464  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.1 
 
 
464 aa  146  7.0000000000000006e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.727377  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1570  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  30.2 
 
 
476 aa  143  5e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2510  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.56 
 
 
319 aa  142  8e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336339  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1601  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.35 
 
 
435 aa  142  1.9999999999999998e-32  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.78438  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0175  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  38.36 
 
 
535 aa  140  3.9999999999999997e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0845  PP-loop  41.13 
 
 
323 aa  139  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.985439  hitchhiker  0.00439343 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>