More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnec_0641 on replicon NC_010531
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_1034  UvrD/REP helicase  36.78 
 
 
1173 aa  670  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0891257  normal  0.693052 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1190  hypothetical protein  37.97 
 
 
1177 aa  672  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1305  UvrD/REP helicase  73.37 
 
 
1185 aa  1786  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.737945  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0641  UvrD/REP helicase  100 
 
 
1173 aa  2428  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0566745  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1126  UvrD/REP helicase  37.67 
 
 
1173 aa  694  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.443367 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2114  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  37.26 
 
 
1197 aa  636  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2131  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V subunit A  36.21 
 
 
1187 aa  606  1e-172  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.564437  normal  0.516906 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0033  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  32.8 
 
 
1089 aa  459  1e-127  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.115384 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2325  UvrD/REP helicase  28.5 
 
 
1087 aa  388  1e-106  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.293004  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2265  UvrD/REP helicase  30.4 
 
 
1095 aa  382  1e-104  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1285  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  30.78 
 
 
1086 aa  371  1e-101  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.196421  normal  0.100578 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2124  UvrD/REP helicase  29.21 
 
 
1147 aa  367  1e-100  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2193  UvrD/REP helicase  32.49 
 
 
1103 aa  355  2e-96  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0648  UvrD/REP helicase  32.04 
 
 
1140 aa  338  5e-91  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.464664  normal  0.326348 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2641  UvrD/REP helicase  35.18 
 
 
1168 aa  280  1e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0136938 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2896  UvrD/REP helicase  33.45 
 
 
1165 aa  257  1e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.522615  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1503  UvrD/REP helicase  34.75 
 
 
1101 aa  231  5e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.699543  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2794  UvrD-like DNA helicase domain-containing protein  27.82 
 
 
1124 aa  228  4e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.370193 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0077  double-strand break repair helicase AddA  25.86 
 
 
1161 aa  226  3e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.458203  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1357  double-strand break repair helicase AddA  25.44 
 
 
1155 aa  223  1e-56  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2355  UvrD/REP helicase  34.94 
 
 
1101 aa  223  2e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112594  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0202  UvrD/REP helicase  25.56 
 
 
1159 aa  213  2e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0138  double-strand break repair helicase AddA  25.58 
 
 
1156 aa  209  3e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.727377 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2175  double-strand break repair helicase AddA  24.6 
 
 
1164 aa  209  3e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.997727 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2020  double-strand break repair helicase AddA  24 
 
 
1180 aa  208  6e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.411715  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2103  UvrD/Rep family helicase  24.08 
 
 
1180 aa  206  2e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.664576  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1412  double-strand break repair helicase AddA  24.34 
 
 
1151 aa  201  7e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4286  double-strand break repair helicase AddA  25.14 
 
 
1183 aa  198  6e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.564831 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0090  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  25.74 
 
 
1156 aa  197  1e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195606  normal  0.386807 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3242  double-strand break repair helicase AddA  25.49 
 
 
1189 aa  194  6e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1527  UvrD/Rep family helicase  26.87 
 
 
1106 aa  192  4e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.529663  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1481  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  24.53 
 
 
1230 aa  190  2e-46  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4954  double-strand break repair helicase AddA  24.66 
 
 
1147 aa  186  2e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.218744 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0817  double-strand break repair helicase AddA  23.64 
 
 
1180 aa  185  3e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0086  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  25.83 
 
 
1183 aa  183  1e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3581  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  24.36 
 
 
1177 aa  181  7e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0058  UvrD/REP helicase  24.09 
 
 
1162 aa  180  1e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.106754  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0050  UvrD/REP helicase  26.14 
 
 
1202 aa  179  4e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.253682 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0178  UvrD-like DNA helicase, C terminal  26.66 
 
 
1106 aa  178  6e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.124424  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1997  UvrD/REP helicase  24.52 
 
 
1161 aa  176  3e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283179  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0359  UvrD/Rep/AddA family helicase  24.48 
 
 
1089 aa  173  2e-41  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1295  double-strand break repair helicase AddA  24.39 
 
 
1185 aa  169  3e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0551  UvrD/REP helicase  25 
 
 
1149 aa  168  5e-40  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0345301  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0555  exonuclease RexA  23.49 
 
 
1218 aa  159  3e-37  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0025  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.51 
 
 
1271 aa  159  4e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0025  recombination helicase AddA  24.23 
 
 
1270 aa  156  2e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4066  UvrD/REP helicase  26.32 
 
 
1120 aa  150  2e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.160711 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1416  UvrD-like DNA helicase, C terminal  26.81 
 
 
1244 aa  149  2e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1498  UvrD/REP helicase  27.94 
 
 
1080 aa  148  7e-34  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3434  UvrD/REP helicase  25.18 
 
 
1187 aa  145  4e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0986  recombination helicase AddA  23.62 
 
 
1217 aa  144  8e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0857621  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0967  recombination helicase AddA  23.62 
 
 
1217 aa  144  8e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1774  recombination helicase AddA  27.17 
 
 
1248 aa  144  9e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0671  recombination helicase AddA  23.94 
 
 
1244 aa  143  2e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0629  UvrD/REP helicase  25.54 
 
 
1161 aa  143  2e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.590503 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0769  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.52 
 
 
1207 aa  138  7e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2846  UvrD/REP helicase  25.03 
 
 
1121 aa  137  9e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.347056 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0037  UvrD/REP helicase  24.31 
 
 
1115 aa  134  8e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1322  hypothetical protein  27.21 
 
 
1057 aa  134  1e-29  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0004  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  22.78 
 
 
1203 aa  134  1e-29  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1855  recombination helicase AddA  26.23 
 
 
1282 aa  133  2e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0546193 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1357  UvrD/REP helicase  27.8 
 
 
1196 aa  132  3e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4408  UvrD/REP helicase  25.44 
 
 
1123 aa  132  3e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.471337  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1741  UvrD/REP helicase  25.55 
 
 
1162 aa  132  4e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.616964  hitchhiker  0.00243499 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2076  UvrD/REP helicase  24.1 
 
 
1240 aa  132  5e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.692604  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4440  double-strand break repair helicase AddA  24.27 
 
 
1147 aa  132  5e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.548671  normal  0.292809 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1377  Exodeoxyribonuclease V  25.29 
 
 
1226 aa  130  1e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.246845  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3959  double-strand break repair helicase AddA  25.37 
 
 
1183 aa  128  6e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0309  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  27.95 
 
 
1186 aa  128  8e-28  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4904  double-strand break repair helicase AddA  24.15 
 
 
1147 aa  127  9e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.921527 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2039  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  26.16 
 
 
1251 aa  127  2e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0973  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  25.57 
 
 
1155 aa  125  6e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.117254 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1805  UvrD/REP helicase  26.99 
 
 
1184 aa  125  6e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1276  UvrD-like DNA helicase, C terminal  27.97 
 
 
1230 aa  124  8e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0387  UvrD/REP helicase  26.95 
 
 
1164 aa  124  9e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.625573  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1708  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  24.02 
 
 
1118 aa  124  1e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3423  recombination helicase AddA  23.54 
 
 
1377 aa  124  2e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3438  double-strand break repair helicase AddA  26.89 
 
 
1125 aa  123  2e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2951  UvrD-like DNA helicase, C terminal  27.78 
 
 
1119 aa  122  4e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0785704  normal  0.12863 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5412  UvrD/REP helicase  27.8 
 
 
1117 aa  120  1e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0203  UvrD-like DNA helicase, C terminal  26.19 
 
 
1233 aa  120  2e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0988  UvrD/REP helicase  23.53 
 
 
1146 aa  120  2e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.181635  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4853  double-strand break repair helicase AddA  27.8 
 
 
1157 aa  119  4e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.744046  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1486  recombination helicase AddA  26.87 
 
 
1242 aa  119  4e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0056  ATP-dependant DNA helicase  24.58 
 
 
1182 aa  119  4e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2832  recombination helicase AddA  24.66 
 
 
1392 aa  117  9e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1041  recombination helicase AddA  25.16 
 
 
1241 aa  117  1e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.552246  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2681  double-strand break repair helicase AddA  27.56 
 
 
1142 aa  115  4e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3105  UvrD/REP helicase  26.29 
 
 
1047 aa  114  9e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.224612  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0860  recombination helicase AddA  25.79 
 
 
1242 aa  114  1e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1061  ATP-dependent nuclease subunit A  25.04 
 
 
1241 aa  114  1e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1142  ATP-dependent nuclease subunit A  25.04 
 
 
1241 aa  114  1e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0157  UvrD/REP helicase  23.61 
 
 
1166 aa  113  2e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.271961  normal  0.551574 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1297  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.04 
 
 
1241 aa  113  2e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1220  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.04 
 
 
1240 aa  114  2e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3377  double-strand break repair helicase AddA  27.2 
 
 
1165 aa  112  3e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.291395  normal  0.767589 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1193  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.88 
 
 
1241 aa  112  3e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1039  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.88 
 
 
1241 aa  112  4e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1041  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.72 
 
 
1241 aa  111  7e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1245  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.88 
 
 
1241 aa  111  7e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>