221 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnec_0259 on replicon NC_010531
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010531  Pnec_0259  putative RNA methylase  100 
 
 		 480 aa  982    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0237  putative RNA methylase  87.66 
 
 		 485 aa  867    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.601089  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2739  hypothetical protein  45.82 
 
 		 471 aa  389  1e-107  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.895962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2828  putative RNA methylase:THUMP  43.37 
 
 		 417 aa  370  1e-101  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.712566  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0598  putative RNA methylase  46.25 
 
 		 432 aa  372  1e-101  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.116947  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0623  putative RNA methylase  46.25 
 
 		 432 aa  370  1e-101  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.244531  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2568  putative RNA methylase  44.23 
 
 		 472 aa  367  1e-100  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.509771 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2967  putative RNA methylase  44.75 
 
 		 419 aa  363  3e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4003  hypothetical protein  47.61 
 
 		 430 aa  362  6e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.656935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0696  putative RNA methylase  46.99 
 
 		 433 aa  360  4e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.273634  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2978  putative RNA methylase  44.03 
 
 		 472 aa  357  1.9999999999999998e-97  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2677  putative RNA methylase  46.25 
 
 		 432 aa  354  1e-96  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2537  putative RNA methylase  47.27 
 
 		 425 aa  354  2e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0224  putative RNA methylase  45.93 
 
 		 434 aa  352  1e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.219183  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0675  putative RNA methylase  45.93 
 
 		 434 aa  352  1e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.936037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0708  putative RNA methylase  45.93 
 
 		 434 aa  352  1e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3795  putative RNA methylase  46.35 
 
 		 433 aa  348  9e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.405369  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2374  THUMP domain-containing protein  47.17 
 
 		 430 aa  347  2e-94  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3387  N6-adenine-specific DNA methylase  47.17 
 
 		 430 aa  347  2e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0288  THUMP domain-containing protein  47.17 
 
 		 430 aa  347  2e-94  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1150  THUMP domain-containing protein  47.17 
 
 		 430 aa  347  2e-94  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3378  THUMP domain-containing protein  47.17 
 
 		 430 aa  347  2e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.270297  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2557  THUMP domain-containing protein  47.17 
 
 		 430 aa  347  2e-94  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1265  THUMP domain-containing protein  47.39 
 
 		 430 aa  347  3e-94  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3344  THUMP domain-containing protein  47.17 
 
 		 430 aa  346  5e-94  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.615958  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4484  putative RNA methylase  41.13 
 
 		 468 aa  327  3e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.322135 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3711  putative RNA methylase  40 
 
 		 471 aa  326  6e-88  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.770893  normal  0.0760034 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0422  putative RNA methylase  40.29 
 
 		 441 aa  323  5e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.472219  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0683  putative RNA methylase  39.75 
 
 		 426 aa  318  1e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0473  putative RNA methylase  39.18 
 
 		 413 aa  315  8e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0350  putative RNA methylase  39.17 
 
 		 440 aa  315  9.999999999999999e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0339  putative RNA methylase  38.96 
 
 		 437 aa  313  4.999999999999999e-84  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.179905  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0779  putative RNA methylase  39.18 
 
 		 428 aa  312  6.999999999999999e-84  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0579  putative RNA methylase  39.08 
 
 		 430 aa  309  8e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1032  putative RNA methylase  38.27 
 
 		 399 aa  298  2e-79  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.370932  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1236  putative RNA methylase  39.37 
 
 		 385 aa  286  5e-76  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.286379 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3705  putative RNA methylase  37.76 
 
 		 387 aa  278  2e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4180  putative RNA methylase  36.67 
 
 		 440 aa  273  7e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0282  putative RNA methylase:THUMP  37.47 
 
 		 380 aa  269  8.999999999999999e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.377639  normal  0.859939 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0147  N6-adenine-specific DNA methylase-like protein  42.19 
 
 		 779 aa  238  2e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2424  N6-adenine-specific DNA methylase  35.31 
 
 		 398 aa  230  5e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0494  putative RNA methylase  33.26 
 
 		 376 aa  214  3.9999999999999995e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00380676 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0477  putative RNA methylase  33.26 
 
 		 376 aa  213  7e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3994  putative RNA methylase  31.5 
 
 		 375 aa  206  8e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000218402  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1946  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.75 
 
 		 711 aa  204  2e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.478167  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1540  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.91 
 
 		 713 aa  204  2e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1601  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.5 
 
 		 713 aa  204  2e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0419159  normal  0.867514 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1851  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.75 
 
 		 711 aa  204  3e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1607  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.91 
 
 		 713 aa  204  4e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00710463  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2355  putative RNA methylase  32.95 
 
 		 393 aa  202  9.999999999999999e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00636349  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0398  putative RNA methylase:THUMP  31.5 
 
 		 389 aa  200  3.9999999999999996e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0174402  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2822  putative RNA methylase  31.79 
 
 		 393 aa  200  6e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1632  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  29.79 
 
 		 709 aa  198  2.0000000000000003e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0586736  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2610  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  29.46 
 
 		 709 aa  194  3e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000568014  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2685  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  29.46 
 
 		 709 aa  194  4e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.379022  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1774  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  29.88 
 
 		 709 aa  193  5e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.828749  hitchhiker  0.000200873 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2570  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  29.46 
 
 		 709 aa  193  6e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0113028  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2661  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.75 
 
 		 712 aa  192  1e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1600  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  29.73 
 
 		 708 aa  191  2e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3086  hypothetical protein  31.55 
 
 		 391 aa  189  1e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2283  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  34.49 
 
 		 749 aa  188  2e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.402285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1812  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.7 
 
 		 711 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0884579  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2072  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.48 
 
 		 713 aa  182  8.000000000000001e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4012  putative RNA methylase  30.8 
 
 		 387 aa  182  1e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.206929  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2473  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  34.92 
 
 		 711 aa  179  8e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00287682 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0412  putative RNA methylase  30.17 
 
 		 382 aa  179  1e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.456044 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1699  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.87 
 
 		 722 aa  177  3e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2470  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.24 
 
 		 711 aa  177  4e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000238626  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2005  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  27.92 
 
 		 701 aa  177  5e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.391349  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0499  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  28.87 
 
 		 734 aa  176  7e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.639423  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0712  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.83 
 
 		 738 aa  176  9e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1551  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.15 
 
 		 718 aa  176  9.999999999999999e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.728211  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1292  putative RNA methylase  28.54 
 
 		 375 aa  175  9.999999999999999e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.963614  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1261  putative RNA methylase  28.54 
 
 		 375 aa  175  9.999999999999999e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2108  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  34.72 
 
 		 750 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.949067  decreased coverage  0.00266929 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1952  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.88 
 
 		 712 aa  174  1.9999999999999998e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.64464  normal  0.031867 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2311  methylase, putative  34.44 
 
 		 762 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.9895  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3279  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.68 
 
 		 715 aa  172  1e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4154  putative RNA methylase  30.59 
 
 		 387 aa  172  1e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2495  putative RNA methylase  29.36 
 
 		 387 aa  171  2e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.256792  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2090  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  34.72 
 
 		 725 aa  170  4e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0889  putative RNA methylase  28.9 
 
 		 375 aa  170  4e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4128  putative RNA methylase  30.38 
 
 		 387 aa  170  5e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1788  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.61 
 
 		 756 aa  168  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2143  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.43 
 
 		 711 aa  167  4e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1608  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.78 
 
 		 730 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.159338 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1615  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.89 
 
 		 730 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000568261 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2096  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.06 
 
 		 730 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.110427 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3643  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.06 
 
 		 730 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.698608 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1020  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.12 
 
 		 718 aa  165  2.0000000000000002e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.164858  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1263  N6-adenine-specific DNA methylase-like  29.2 
 
 		 374 aa  164  3e-39  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0245346  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2035  putative RNA methylase  28.88 
 
 		 395 aa  162  1e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000306959  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3009  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.89 
 
 		 725 aa  162  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.30746  hitchhiker  0.0000000000188031 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00591  RNA methylase family protein  27.52 
 
 		 374 aa  161  3e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.950833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0249  putative RNA methylase  27.22 
 
 		 374 aa  160  5e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0789594  normal  0.0276638 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00768  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  34.6 
 
 		 711 aa  159  8e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.192916  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0429  putative RNA methylase  27.69 
 
 		 380 aa  158  2e-37  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  decreased coverage  0.000469504  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0023  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.67 
 
 		 707 aa  157  3e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24665  hypothetical protein  41.74 
 
 		 367 aa  157  3e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1739  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.2 
 
 		 721 aa  156  8e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.876202  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>