299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_R0033 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_R0033  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.974847  normal  0.895856 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0034  tRNA-Arg  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000649431  normal  0.612549 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0049  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0027  tRNA-Arg  94.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.360005  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0057  tRNA-Arg  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0042  tRNA-Arg  94.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0118555  normal  0.877407 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0017  tRNA-Arg  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.33811 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0042  tRNA-Arg  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.369409  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0015  tRNA-Gly  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.5531599999999996e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2232  tRNA-Gly  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.000000940116  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2192  tRNA-Gly  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000563667  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0008  tRNA-Arg  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0034  tRNA-Arg  95.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.193658  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0008  tRNA-Arg  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00037457  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1718  tRNA-Gly  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000000351586  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0017  tRNA-Gly  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000311098  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0438  tRNA-Gly  92.45 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.0000000644893  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1467  tRNA-Gly  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000000429546  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1327  tRNA-Gly  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0266697  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0009  tRNA-Gly  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0539709  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0052  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280732  normal  0.142339 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0046  tRNA-Arg  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000177541  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1282  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 79 bp  69.9  0.00000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000513688  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t09  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146869  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0007  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173702  normal  0.696884 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0010  tRNA-Arg  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000187587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t39  tRNA-Arg  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000107973  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0088  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000315213  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0037  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0040  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0019  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0061  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.204064  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0045  tRNA-Arg  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000300165  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1674  tRNA-Gly  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00000649019  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0042  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155325  normal  0.0810865 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4261  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 79 bp  69.9  0.00000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000175716  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0020  tRNA-Arg  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.000000000806008  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0007  tRNA-Gly  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000198503  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0029  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0012  tRNA-Gly  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0572972  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0017  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.915469  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0020  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0247478  normal  0.430055 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0325  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.924352  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0046  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000649566  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0025  tRNA-Gly  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.42192  normal  0.527647 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0010  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0606  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0764025 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0664  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.294078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0006  tRNA-Gly  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.285278  hitchhiker  0.0000641182 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0055  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0014  tRNA-Gly  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000000286454  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0600  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.775158  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0066  tRNA-Gly  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00320497 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0044  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0599  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000676837 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0602  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.921994  normal  0.0915325 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0025  tRNA-Gly  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0682  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.868676  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt24  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt24  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0040  tRNA-Arg  97.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000422727  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0787  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.506305  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0088  tRNA-Arg  97.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  6.56142e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0018  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0056  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0086  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000450897  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0041  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000701691  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS05228  tRNA-Arg  97.06 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0030  tRNA-Arg  97.06 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220532  normal  0.0165224 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>