299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_R0023 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_R0023  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0037  tRNA-Val  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.104744  normal  0.385221 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0044  tRNA-Val  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0017  tRNA-Val  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0032  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0382858 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0013  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.557667  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0016  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0267125  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0037  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.599971  normal  0.116724 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0022  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0050  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000717049  hitchhiker  0.0000186152 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0036  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.429203  normal  0.313017 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0015  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0394069 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0079  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000280112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0061  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000000599859  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_003295  RS02886  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.96324  normal  0.0580057 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1228  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0078  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000294531  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Val-3  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.752155  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0022  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.692684  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2359  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2476  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0042  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.408267  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0050  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0037  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000198123  normal  0.111595 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0043  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.0000000280883  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2123  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0036  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000106131  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2318  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0283125  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0063  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000680631  normal  0.0845615 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0039  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.654664  normal  0.302741 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0021  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0415147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0100  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0050  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.260163  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0050  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.293545  normal  0.0134461 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0048  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.117873  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3351  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0607256  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1953  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0049  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.443386 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0032  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.632823 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0058  tRNA-Val  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.400004  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0020  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0249185  hitchhiker  0.00249648 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0031  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.0000744729  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0024  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.409216  normal  0.339151 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0077  tRNA-Val  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000297609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0062  tRNA-Val  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000000673345  normal  0.0836086 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1639  tRNA-Val  87.67 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  2.42917e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0506  tRNA-Val  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000210489  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0023  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0696683  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0013  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.459697  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0027  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00584836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0005  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000127143  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0054  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.18853  normal  0.800854 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0011  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0033  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.166955 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0032  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000419269  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0036  tRNA-Val  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.457558 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0029  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000448285  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0032  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  9.69442e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0036  tRNA-Val  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0393  tRNA-Val  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0047  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0050  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.721622 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0043  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.408373 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0012  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0051  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.472837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0066  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.894934  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0048  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0062  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0042  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.965777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0048  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.253759  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0052  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0025  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000570702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0038  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000120227  normal  0.246953 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0053  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.460889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0023  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000109055  hitchhiker  0.00000350688 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1167  tRNA-Val  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0026  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000000263702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0040  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000028212  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0026  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00233079  normal  0.0590774 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0020  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000221319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0028  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0840048 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0014  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.20827  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4223  tRNA-Val  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000199522  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0017  tRNA-Val  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000103702  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0015  tRNA-Val  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000000129516  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0016  tRNA-Val  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000000137967  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0915  tRNA-Val  84.29 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.118093  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2738  tRNA-Val  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000778313  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2737  tRNA-Val  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000828053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4225  tRNA-Val  94.12 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000236439  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4224  tRNA-Val  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000021788  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0020  tRNA-Val  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00000915512  hitchhiker  0.000000256884 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0028  tRNA-Lys  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000473663  hitchhiker  0.000687264 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0014  tRNA-Lys  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000717707 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00043  tRNA-Val  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000135072  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5051  tRNA-Val  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000673895  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0014  tRNA-Val  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.328994 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5021  tRNA-Val  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000079938  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5050  tRNA-Val  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000068764  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0013  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000000261851  hitchhiker  0.00494296 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>