102 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_4917 on replicon NC_008759
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008759  Pnap_4917  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 		 412 aa  835    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.143388  normal  0.544675 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2606  restriction modification system DNA specificity subunit  33.25 
 
 		 429 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3673  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.88 
 
 		 459 aa  188  2e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2688  restriction endonuclease S subunits-like  43.3 
 
 		 487 aa  151  2e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.165356  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1221  restriction modification system DNA specificity subunit  38.38 
 
 		 463 aa  150  3e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0899  restriction endonuclease S subunit  38.33 
 
 		 396 aa  129  8.000000000000001e-29  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000681459  hitchhiker  0.00000169581 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.66 
 
 		 471 aa  124  3e-27  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2028  restriction modification system DNA specificity subunit  27.48 
 
 		 391 aa  123  7e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000400239 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3180  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.07 
 
 		 390 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  23.89 
 
 		 469 aa  118  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1536  restriction modification system DNA specificity domain  28.53 
 
 		 364 aa  115  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0128  N-6 DNA methylase  33.7 
 
 		 846 aa  108  1e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  32.95 
 
 		 538 aa  103  8e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  25.83 
 
 		 477 aa  99.4  1e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  26.76 
 
 		 461 aa  99.4  1e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3030  restriction modification system DNA specificity subunit  34 
 
 		 564 aa  97.4  4e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3227  restriction modification system DNA specificity subunit  32.57 
 
 		 575 aa  97.4  4e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1253  Type I restriction enzyme EcoAI specificity protein  35.75 
 
 		 597 aa  95.9  1e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00376854  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  37.79 
 
 		 429 aa  95.9  1e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  29.32 
 
 		 439 aa  92  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.55 
 
 		 565 aa  90.5  5e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  23.99 
 
 		 464 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1091  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.88 
 
 		 444 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1551  type I restriction enzyme  28.72 
 
 		 439 aa  81.6  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2926  restriction modification system DNA specificity subunit  35.71 
 
 		 434 aa  79.7  0.00000000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.96 
 
 		 456 aa  79  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13680  hypothetical protein  26.43 
 
 		 354 aa  77.4  0.0000000000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.247083  normal  0.424884 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  31.66 
 
 		 429 aa  75.9  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2285  hypothetical protein  32.08 
 
 		 425 aa  73.6  0.000000000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0313194  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1791  restriction modification system DNA specificity subunit  26.13 
 
 		 419 aa  73.2  0.000000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.365715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3010  restriction modification system DNA specificity subunit  38.71 
 
 		 549 aa  72.4  0.00000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.55 
 
 		 453 aa  72.4  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  29.57 
 
 		 442 aa  71.6  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0193  type I restriction-modification system specificity determinant  26.05 
 
 		 416 aa  71.6  0.00000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.311495 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.78 
 
 		 462 aa  71.6  0.00000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4761  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  23.4 
 
 		 428 aa  70.9  0.00000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3297  restriction modification system DNA specificity subunit  29.57 
 
 		 430 aa  70.9  0.00000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489204 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  27.8 
 
 		 429 aa  70.1  0.00000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2742  type I restriction-modification system specificity determinant  37.27 
 
 		 398 aa  69.7  0.00000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.971087  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22810  hypothetical protein  25.15 
 
 		 418 aa  69.3  0.0000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.2219 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0615  restriction modification system DNA specificity subunit  23.53 
 
 		 417 aa  68.2  0.0000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0545068  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0796  restriction modification system DNA specificity domain  22.79 
 
 		 441 aa  67.8  0.0000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00343889 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0006  restriction modification system, type I  30.57 
 
 		 412 aa  67.4  0.0000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3081  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.03 
 
 		 415 aa  66.2  0.0000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.758933 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2226  restriction modification system DNA specificity subunit  26.07 
 
 		 451 aa  66.2  0.000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.890862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2690  hypothetical protein  31.88 
 
 		 649 aa  66.2  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0487  restriction modification system DNA specificity subunit  24.41 
 
 		 438 aa  65.5  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.700794  normal  0.0187002 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0750  putative type I restriction-modification system  23.86 
 
 		 436 aa  64.7  0.000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.769779  normal  0.272821 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2682  putative restriction endonuclease S subunit  24.93 
 
 		 400 aa  63.5  0.000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.845062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  26.26 
 
 		 374 aa  63.9  0.000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2508  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  29.01 
 
 		 401 aa  63.2  0.000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.39699  normal  0.700746 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0416  type I restriction-modification system S subunit  22.76 
 
 		 457 aa  61.6  0.00000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0531711 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1481  restriction endonuclease S subunits-like protein  22.06 
 
 		 443 aa  61.6  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2910  putative type I restriction-modification system, S subunit  28.67 
 
 		 373 aa  60.5  0.00000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1860  type I restriction enzyme, S subunit  23.71 
 
 		 474 aa  60.1  0.00000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0504746  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2939  type I restriction-modification system  20.18 
 
 		 432 aa  60.1  0.00000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0304782 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.18 
 
 		 427 aa  59.3  0.0000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  21.53 
 
 		 422 aa  57.8  0.0000004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  29.23 
 
 		 595 aa  57  0.0000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19070  hypothetical protein  23.42 
 
 		 425 aa  57.4  0.0000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0871344 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3777  restriction endonuclease S subunits-like protein  22.66 
 
 		 419 aa  56.6  0.0000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3850  restriction endonuclease S subunits-like protein  22.66 
 
 		 419 aa  56.6  0.0000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.554786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4455  restriction modification system DNA specificity subunit  29.5 
 
 		 388 aa  56.2  0.0000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.353509  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  19.66 
 
 		 411 aa  55.8  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4714  restriction modification system DNA specificity domain  25.3 
 
 		 380 aa  55.8  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.232226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0599  type I restriction-modification system, S subunit  24.1 
 
 		 458 aa  55.8  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  21.61 
 
 		 477 aa  54.7  0.000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0658  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.91 
 
 		 473 aa  54.7  0.000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3443  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.18 
 
 		 445 aa  54.3  0.000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.38 
 
 		 477 aa  54.3  0.000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0277  hypothetical protein  22.35 
 
 		 474 aa  53.5  0.000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0080  restriction modification system DNA specificity subunit  26.39 
 
 		 392 aa  53.5  0.000007  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2665  type I restriction-modification system specificity subunit  22.36 
 
 		 446 aa  53.1  0.000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0650221  normal  0.332066 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2869  type I restriction-modification system, S subunit  32.58 
 
 		 448 aa  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0947716  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003235  type I restriction-modification system specificity subunit S  24.28 
 
 		 437 aa  52  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0640  restriction modification system DNA specificity subunit  19.72 
 
 		 447 aa  51.2  0.00003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1064  type I restriction-modification  34.88 
 
 		 453 aa  50.8  0.00004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000898872  normal  0.027841 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1366  hypothetical protein  20.78 
 
 		 462 aa  49.3  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.7 
 
 		 493 aa  49.7  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4472  restriction modification system DNA specificity subunit  26.87 
 
 		 415 aa  48.5  0.0002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.270866  normal  0.0902542 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2200  type I restriction-modification system specificity subunit  23.76 
 
 		 461 aa  48.1  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.844306  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  23.83 
 
 		 435 aa  47.8  0.0004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0959  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.86 
 
 		 442 aa  47.8  0.0004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  47.92 
 
 		 439 aa  47.4  0.0005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  25.32 
 
 		 430 aa  47.4  0.0005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6260  restriction modification system DNA specificity domain protein  35.11 
 
 		 441 aa  47.4  0.0005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1635  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.59 
 
 		 419 aa  46.6  0.0007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0235263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  22.66 
 
 		 479 aa  46.6  0.0008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4454  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.66 
 
 		 406 aa  46.6  0.0009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.859615  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4264  type I restriction-modification system, S subunit  23.56 
 
 		 495 aa  46.2  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2409  restriction modification system DNA specificity subunit  25.88 
 
 		 442 aa  45.8  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.39474  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4742  type I restriction-modification system, S subunit  25.34 
 
 		 576 aa  45.1  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266617  hitchhiker  0.00441093 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  22.22 
 
 		 419 aa  45.4  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  25.78 
 
 		 456 aa  45.1  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  18.97 
 
 		 438 aa  44.3  0.004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1327  restriction modification system DNA specificity subunit  27.59 
 
 		 431 aa  43.9  0.005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.280518 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1095  hypothetical protein  25.66 
 
 		 401 aa  43.5  0.006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.78 
 
 		 433 aa  43.5  0.006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1859  restriction modification system DNA specificity subunit  26.52 
 
 		 409 aa  43.5  0.007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.777891  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1894  restriction modification system DNA specificity subunit  26.52 
 
 		 409 aa  43.5  0.007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.850685  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>