116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_4792 on replicon NC_008761
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008761  Pnap_4792  hypothetical protein  100 
 
 
395 aa  809    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3665  hypothetical protein  48.2 
 
 
372 aa  366  1e-100  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00323542  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3472  hypothetical protein  48.48 
 
 
355 aa  341  2e-92  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000645952  unclonable  0.000000776593 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1625  hypothetical protein  46.39 
 
 
366 aa  330  3e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3355  hypothetical protein  47.38 
 
 
354 aa  329  5.0000000000000004e-89  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.0000160143  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3976  hypothetical protein  46.28 
 
 
355 aa  308  1.0000000000000001e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.14662  normal  0.346708 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0430  helix-turn-helix domain-containing protein  45.13 
 
 
356 aa  295  1e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.177138  hitchhiker  0.0000000020389 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3866  protein of unknown function DUF955  41.37 
 
 
357 aa  291  1e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000000210124  normal  0.0502715 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4600  protein of unknown function DUF955  39.5 
 
 
350 aa  244  3e-63  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3570  hypothetical protein  34.1 
 
 
372 aa  173  3.9999999999999995e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.854766  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0104  helix-turn-helix domain-containing protein  31.33 
 
 
372 aa  168  1e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0634562  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3160  protein of unknown function DUF955  31.44 
 
 
404 aa  162  8.000000000000001e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.208418  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0062  hypothetical protein  31.06 
 
 
394 aa  155  1e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2224  protein of unknown function DUF955  28.77 
 
 
399 aa  144  2e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000122328  unclonable  0.000000000370902 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1489  hypothetical protein  31 
 
 
365 aa  135  9.999999999999999e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0715409  decreased coverage  0.000118566 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1909  hypothetical protein  29.58 
 
 
376 aa  130  5.0000000000000004e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.000017114  decreased coverage  0.00513377 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3835  protein of unknown function DUF955  30.17 
 
 
370 aa  127  4.0000000000000003e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1622  putative DNA-binding protein  30.83 
 
 
352 aa  124  3e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.139864  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4039  helix-turn-helix domain-containing protein  30.06 
 
 
356 aa  124  3e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0188  hypothetical protein  30.52 
 
 
383 aa  122  9e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00138963  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0133  hypothetical protein  29.26 
 
 
391 aa  122  9.999999999999999e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0138  hypothetical protein  29.26 
 
 
391 aa  122  9.999999999999999e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.217596  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1365  helix-turn-helix domain-containing protein  28.57 
 
 
352 aa  122  1.9999999999999998e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6153  protein of unknown function DUF955  32.08 
 
 
359 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.782766  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12052  transcriptional regulator  28.78 
 
 
346 aa  119  7.999999999999999e-26  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.12403  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1951  helix-turn-helix domain-containing protein  27.32 
 
 
367 aa  116  7.999999999999999e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3955  hypothetical protein  27.05 
 
 
400 aa  115  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3468  helix-turn-helix domain protein  26.99 
 
 
367 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6257  helix-turn-helix domain protein  31.38 
 
 
351 aa  115  2.0000000000000002e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2694  protein of unknown function DUF955  28.57 
 
 
360 aa  113  5e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00279069  normal  0.0238985 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0823  helix-turn-helix domain-containing protein  26.14 
 
 
367 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4968  helix-turn-helix domain-containing protein  30.65 
 
 
372 aa  107  4e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal  0.0119707 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1350  hypothetical protein  26.94 
 
 
362 aa  105  1e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1331  protein of unknown function DUF955  26.55 
 
 
401 aa  103  5e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  unclonable  0.000000000196734  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1391  hypothetical protein  26.88 
 
 
342 aa  101  2e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2812  helix-turn-helix domain protein  28.93 
 
 
347 aa  100  3e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2853  helix-turn-helix domain protein  26.11 
 
 
355 aa  99.8  7e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0686  helix-turn-helix domain protein  29.38 
 
 
349 aa  99.4  9e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0820462  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2168  protein of unknown function DUF955  24.24 
 
 
386 aa  83.6  0.000000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2790  helix-turn-helix domain protein  28.14 
 
 
393 aa  82.4  0.00000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.783266 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1425  hypothetical protein  25.64 
 
 
416 aa  80.5  0.00000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6282  helix-turn-helix domain-containing protein  26.24 
 
 
366 aa  80.5  0.00000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4770  protein of unknown function DUF955  26.69 
 
 
399 aa  70.9  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.166779  hitchhiker  0.00150402 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2984  helix-turn-helix domain protein  24.47 
 
 
348 aa  66.2  0.0000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0858456  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1806  hypothetical protein  28.8 
 
 
370 aa  62  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.057388 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1603  adenine deaminase  23.68 
 
 
347 aa  62  0.00000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000000366307  hitchhiker  0.000640003 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4388  helix-turn-helix domain-containing protein  24.32 
 
 
355 aa  62.4  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0511  hypothetical protein  28.65 
 
 
414 aa  60.8  0.00000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5417  hypothetical protein  28.65 
 
 
414 aa  60.8  0.00000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.198683 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5397  hypothetical protein  28.65 
 
 
414 aa  60.8  0.00000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.69326 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3288  hypothetical protein  38.38 
 
 
169 aa  59.3  0.0000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0186314  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2629  helix-turn-helix domain protein  22.99 
 
 
359 aa  58.9  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000486694  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1934  hypothetical protein  27 
 
 
386 aa  58.5  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.671247  normal  0.125283 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1805  XRE family transcriptional regulator  21.77 
 
 
396 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.506514 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2504  protein of unknown function DUF955  29.38 
 
 
272 aa  56.2  0.000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.557214 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1957  XRE family transcriptional regulator  24.72 
 
 
410 aa  55.5  0.000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.63284  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3885  hypothetical protein  26.97 
 
 
375 aa  55.1  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0992506  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0018  helix-turn-helix domain protein  32.74 
 
 
347 aa  55.1  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2981  helix-turn-helix domain-containing protein  21.55 
 
 
387 aa  54.7  0.000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0265  XRE family transcriptional regulator  22.68 
 
 
400 aa  53.9  0.000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3552  hypothetical protein  22.16 
 
 
385 aa  53.9  0.000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0275  DNA-binding protein  21.59 
 
 
377 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0300  helix-turn-helix domain-containing protein  25.97 
 
 
370 aa  52.8  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.193502  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0651  hypothetical protein  34.31 
 
 
215 aa  52  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0095  protein of unknown function DUF955  26.29 
 
 
273 aa  51.6  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1409  protein of unknown function DUF955  25.46 
 
 
383 aa  51.6  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02310  hypothetical protein  26.14 
 
 
349 aa  52  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0882  hypothetical protein  28.15 
 
 
182 aa  50.4  0.00006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.956838 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12537  hypothetical protein  23.48 
 
 
415 aa  49.7  0.0001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  7.9395e-37  hitchhiker  0.00258051 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3877  helix-turn-helix domain protein  26.91 
 
 
383 aa  48.9  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.862285 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0309  hypothetical protein  23.37 
 
 
392 aa  48.5  0.0002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0386  helix-turn-helix domain-containing protein  25.6 
 
 
422 aa  48.5  0.0002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.375659  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0412  hypothetical protein  28.17 
 
 
188 aa  47.4  0.0005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0322  helix-turn-helix/peptidase S24-like domain-containing protein  41.18 
 
 
213 aa  47.4  0.0005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.274392  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1455  protein of unknown function DUF955  27.37 
 
 
269 aa  46.6  0.0007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.642925  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3906  hypothetical protein  31.54 
 
 
382 aa  46.6  0.0008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2003  Zn peptidase-like protein  26.83 
 
 
286 aa  45.8  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03130  predicted Zn peptidase  23.44 
 
 
387 aa  45.8  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.105125  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1032  helix-turn-helix domain-containing protein  36.23 
 
 
162 aa  46.2  0.001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2922  XRE family transcriptional regulator  34.18 
 
 
96 aa  46.2  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.371341  hitchhiker  0.000558445 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1107  helix-turn-helix domain protein  24.36 
 
 
410 aa  45.8  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0678  hypothetical protein  29.22 
 
 
156 aa  45.1  0.002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0204911  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4623  hypothetical protein  26 
 
 
255 aa  45.1  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2140  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
196 aa  45.1  0.002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1191  hypothetical protein  28.81 
 
 
177 aa  45.1  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.000518947  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0144  transcriptional regulator, XRE family  34.85 
 
 
109 aa  45.1  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000142855  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2477  protein of unknown function DUF955  23.18 
 
 
384 aa  45.1  0.002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.204932  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4601  hypothetical protein  26 
 
 
255 aa  45.1  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0443  transcriptional regulator  31.94 
 
 
140 aa  45.1  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.0000554716  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3546  prophage LambdaBa01, repressor protein  32.05 
 
 
142 aa  44.3  0.003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3460  hypothetical protein  32.05 
 
 
142 aa  44.3  0.003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0627917  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3830  prophage LambdaBa01, repressor protein  32.05 
 
 
142 aa  44.3  0.003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0429  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 
109 aa  44.7  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00138099  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2518  protein of unknown function DUF955  22.66 
 
 
378 aa  44.3  0.003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.010681 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7309  protein of unknown function DUF955  27.98 
 
 
283 aa  44.7  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  unclonable  0.00000000844609  hitchhiker  0.000028574 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4250  DNA-binding protein  26.82 
 
 
378 aa  44.3  0.004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.503621  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1823  hypothetical protein  26.95 
 
 
173 aa  43.9  0.004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7073  transcriptional regulator  33.87 
 
 
138 aa  44.3  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3235  protein of unknown function DUF955  43.08 
 
 
270 aa  44.3  0.004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.554214  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0016  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 
138 aa  44.3  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000711578 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>