267 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_4782 on replicon NC_008761
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012669  Bcav_3906  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  36.03 
 
 
1097 aa  637    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0838  type I restriction-modification system, R subunit  48.56 
 
 
1210 aa  732    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0288  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  39 
 
 
1003 aa  734    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3082  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  39.01 
 
 
1085 aa  678    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1089  type I restriction-modification enzyme, R subunit, putative  75.96 
 
 
1040 aa  1607    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.340753  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1093  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  37.46 
 
 
1074 aa  651    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17680  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  38.54 
 
 
1035 aa  694    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1804  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  55.66 
 
 
1068 aa  1174    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2911  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  45.22 
 
 
1079 aa  938    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3142  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  46.84 
 
 
1053 aa  944    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.311039  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1124  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  44.87 
 
 
1084 aa  943    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1642  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  38.86 
 
 
1003 aa  724    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2740  type I restriction-modification system endonuclease  50.33 
 
 
1051 aa  1052    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2781  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  47.32 
 
 
1042 aa  970    Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.759966 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0028  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  56.3 
 
 
1046 aa  1186    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.77996  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4010  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  45.37 
 
 
1067 aa  940    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2251  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  46.92 
 
 
1044 aa  920    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1944  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  87.43 
 
 
1034 aa  1842    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31477 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0222  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  84.32 
 
 
1028 aa  1778    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1213  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  46.97 
 
 
1074 aa  994    Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  49.03 
 
 
1022 aa  987    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3755  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  51.54 
 
 
1029 aa  1079    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0174443  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2012  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  50.91 
 
 
1046 aa  1019    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.599838  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2450  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR family  52.8 
 
 
1042 aa  1058    Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1863  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  81.49 
 
 
855 aa  1397    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0874  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  41.51 
 
 
1041 aa  801    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2507  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  39.31 
 
 
1068 aa  742    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.351896  normal  0.319546 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0040  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  48.31 
 
 
1032 aa  1013    Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.126055  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0289  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  56.02 
 
 
1044 aa  1215    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0986  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  45.98 
 
 
1040 aa  912    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4244  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  52.77 
 
 
1084 aa  1125    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00104553 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2283  Type I site-specific deoxyribonuclease  49.9 
 
 
1044 aa  1049    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7554  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  37.62 
 
 
1072 aa  658    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1854  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  79.26 
 
 
1026 aa  1657    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0037  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  38.68 
 
 
1061 aa  678    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0281  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  51.97 
 
 
1028 aa  1042    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  unclonable  0.0000241298 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2413  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  49.03 
 
 
1022 aa  987    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.623106 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3386  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  56.74 
 
 
1052 aa  1204    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2912  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  79.87 
 
 
1045 aa  1687    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4782  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  100 
 
 
1029 aa  2124    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3013  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  48.54 
 
 
1070 aa  1002    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.36517  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3131  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  49.72 
 
 
1060 aa  1036    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.789076  normal  0.0879634 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4470  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  52.5 
 
 
1084 aa  1127    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.566129  normal  0.610404 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1534  type I restriction-modification enzyme, R subunit  44.13 
 
 
1031 aa  884    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0146067  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0017  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  48.21 
 
 
1032 aa  1011    Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.13213  hitchhiker  0.00259353 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0011  type I site-specific deoxyribonuclease  81.42 
 
 
1061 aa  1741    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.386666 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2995  type I site-specific deoxyribonuclease  83.52 
 
 
539 aa  894    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1105  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  35.52 
 
 
1066 aa  613  9.999999999999999e-175  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.147445  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1362  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.97 
 
 
1060 aa  466  9.999999999999999e-131  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.21821 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4929  hypothetical protein  30.99 
 
 
1088 aa  458  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.511306  normal  0.806169 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0881  putative type I site specific deoxyribonuclease HsdR  29.57 
 
 
1060 aa  455  1.0000000000000001e-126  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0350782  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1217  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  36.63 
 
 
1065 aa  433  1e-119  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2327  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.29 
 
 
1046 aa  431  1e-119  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.279582  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2239  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.48 
 
 
1046 aa  424  1e-117  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3502  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  30.31 
 
 
1079 aa  419  9.999999999999999e-116  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.23995 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0006  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.86 
 
 
1068 aa  418  9.999999999999999e-116  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0024  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.84 
 
 
1108 aa  414  1e-114  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.955051  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0032  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.84 
 
 
1108 aa  414  1e-114  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0395746 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1308  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  31.36 
 
 
1077 aa  410  1e-113  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.181512 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2662  putative type I restriction enzyme R protein  31.45 
 
 
1076 aa  411  1e-113  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.322424  normal  0.707209 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2793  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.09 
 
 
1012 aa  401  9.999999999999999e-111  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.81193  normal 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0037  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.06 
 
 
1022 aa  400  9.999999999999999e-111  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.18362  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2596  type I restriction-modification system, R subunit  29.27 
 
 
1059 aa  400  9.999999999999999e-111  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04460  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.19 
 
 
1010 aa  396  1e-108  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  30.64 
 
 
967 aa  374  1e-102  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0842  type I restriction-modification enzyme, R subunit  30.43 
 
 
967 aa  372  1e-101  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.156677  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0334  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.81 
 
 
1075 aa  370  1e-101  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2363  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.78 
 
 
1067 aa  366  2e-99  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.267976 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2392  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.5 
 
 
1044 aa  363  1e-98  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4345  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.15 
 
 
920 aa  361  5e-98  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2909  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  32.12 
 
 
1042 aa  357  6.999999999999999e-97  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3790  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.47 
 
 
1053 aa  340  9.999999999999999e-92  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1790  restriction enzyme  28.44 
 
 
1072 aa  338  2.9999999999999997e-91  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.21 
 
 
1067 aa  336  2e-90  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0380  type I restriction-modification system, R subunit  28.41 
 
 
1033 aa  334  4e-90  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3150  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.54 
 
 
1000 aa  323  9.999999999999999e-87  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3142  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.21 
 
 
1042 aa  320  7e-86  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.175068  normal  0.39911 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.57 
 
 
1111 aa  317  7e-85  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3606  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.46 
 
 
1000 aa  314  4.999999999999999e-84  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0843  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.68 
 
 
993 aa  313  9e-84  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0099  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  28.43 
 
 
1089 aa  312  2.9999999999999997e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.26483  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2256  type I restriction-modification system, R subunit  33.85 
 
 
1061 aa  311  5.9999999999999995e-83  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3172  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.43 
 
 
995 aa  310  8e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000000000957293 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2923  R (restriction) subunit/helicase  32.79 
 
 
984 aa  308  3e-82  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3424  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  33.09 
 
 
984 aa  306  9.000000000000001e-82  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1070  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.87 
 
 
1067 aa  301  3e-80  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.558069  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4037  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.72 
 
 
1084 aa  300  6e-80  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4011  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.31 
 
 
1110 aa  295  4e-78  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.724918 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0567  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.04 
 
 
1087 aa  294  5e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0552282  hitchhiker  0.00000000000212216 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4202  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.65 
 
 
1034 aa  293  1e-77  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05615  type I site-specific deoxyribonuclease  29.68 
 
 
1179 aa  293  1e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0608  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.38 
 
 
1006 aa  291  6e-77  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2927  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.29 
 
 
1020 aa  278  3e-73  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3986  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.2 
 
 
1020 aa  275  4.0000000000000004e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4822  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.96 
 
 
1020 aa  272  2.9999999999999997e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.5346  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0616  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.89 
 
 
1024 aa  272  2.9999999999999997e-71  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.945786  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2344  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.71 
 
 
1045 aa  269  2e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0184878 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1807  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.71 
 
 
982 aa  269  2e-70  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.71292 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1670  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.72 
 
 
965 aa  266  2e-69  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000414451 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1898  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.47 
 
 
981 aa  265  3e-69  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>