143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_4778 on replicon NC_008761
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008761  Pnap_4778  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 		 415 aa  856    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.16943  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2452  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  45 
 
 		 419 aa  346  3e-94  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.587532 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0836  type I restriction-modification system S subunit  44.96 
 
 		 416 aa  326  5e-88  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.444813  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2791  type I restriction-modification system, S subunit  43.65 
 
 		 418 aa  316  5e-85  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2415  restriction modification system DNA specificity domain  43.65 
 
 		 418 aa  316  5e-85  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.589349  normal  0.260014 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1087  type I restriction-modification system, S subunit  40.7 
 
 		 422 aa  298  2e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247708  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.01 
 
 		 388 aa  212  9e-54  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2016  restriction modification system DNA specificity subunit  32.86 
 
 		 417 aa  207  3e-52  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0839323  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.28 
 
 		 413 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0549  restriction modification system DNA specificity subunit  32.09 
 
 		 385 aa  197  4.0000000000000005e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  31.2 
 
 		 397 aa  196  8.000000000000001e-49  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2909  restriction modification system DNA specificity subunit  36.1 
 
 		 440 aa  195  1e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1941  restriction endonuclease S subunits-like  37.91 
 
 		 451 aa  186  7e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0182546  normal  0.0682578 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0223  putative HsdS protein  41.5 
 
 		 438 aa  179  9e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0006  restriction modification system, type I  32.46 
 
 		 412 aa  176  6e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3768  restriction modification system DNA specificity subunit  29.83 
 
 		 374 aa  163  4.0000000000000004e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.36553  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0287  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  29.21 
 
 		 471 aa  162  8.000000000000001e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  29.61 
 
 		 447 aa  156  8e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.539395  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3010  restriction modification system DNA specificity subunit  32.16 
 
 		 549 aa  154  2.9999999999999998e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.9 
 
 		 429 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1037  restriction modification system DNA specificity domain  31.82 
 
 		 364 aa  148  2.0000000000000003e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0890662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3129  restriction modification system DNA specificity subunit  30.93 
 
 		 416 aa  147  3e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.343622  normal  0.0250234 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4472  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.42 
 
 		 428 aa  146  7.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4241  restriction modification system DNA specificity subunit  29.64 
 
 		 411 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.491612  hitchhiker  0.00127278 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1094  restriction modification system DNA specificity domain protein  37.29 
 
 		 205 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0782363  normal  0.473834 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3297  restriction modification system DNA specificity subunit  30.79 
 
 		 430 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489204 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1360  restriction modification system DNA specificity subunit  27.85 
 
 		 453 aa  129  1.0000000000000001e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1218  restriction modification system DNA specificity subunit  38.1 
 
 		 351 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.67755  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2285  hypothetical protein  29.41 
 
 		 425 aa  126  7e-28  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0313194  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  30.97 
 
 		 424 aa  126  8.000000000000001e-28  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1710  restriction modification system DNA specificity subunit  40.13 
 
 		 414 aa  123  5e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1643  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.62 
 
 		 428 aa  122  9e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2910  putative type I restriction-modification system, S subunit  32.84 
 
 		 373 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3757  restriction modification system S subunit  26.87 
 
 		 436 aa  115  1.0000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.386531  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.28 
 
 		 442 aa  112  9e-24  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3499  restriction modification system DNA specificity subunit  34.64 
 
 		 405 aa  109  1e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.082109 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  27.09 
 
 		 432 aa  109  1e-22  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0637  restriction modification system DNA specificity domain  27.96 
 
 		 422 aa  108  2e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  24.37 
 
 		 425 aa  107  3e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3382  restriction modification system DNA specificity subunit  25.47 
 
 		 485 aa  106  9e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  26.06 
 
 		 420 aa  105  1e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0005  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.74 
 
 		 378 aa  105  1e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1808  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 		 483 aa  104  4e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.300643  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3144  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.58 
 
 		 412 aa  103  5e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.527027  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12768  type I restriction/modification system specificity determinant hsdS.1  49.45 
 
 		 91 aa  94  4e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  21.29 
 
 		 419 aa  93.6  6e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000406123 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  24.94 
 
 		 439 aa  93.6  6e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2742  type I restriction-modification system specificity determinant  27.8 
 
 		 398 aa  90.9  4e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.971087  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0987  restriction modification system DNA specificity subunit  22.01 
 
 		 390 aa  89.7  9e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.99 
 
 		 457 aa  88.2  3e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1307  restriction modification system DNA specificity subunit  25.86 
 
 		 285 aa  87.4  4e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.186237 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2978  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.14 
 
 		 194 aa  84.7  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0808  specificity determinant HsdS-like  30.59 
 
 		 363 aa  84  0.000000000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.361917  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.01 
 
 		 493 aa  82.8  0.000000000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  28.76 
 
 		 392 aa  82.8  0.00000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  24.84 
 
 		 427 aa  82.8  0.00000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1536  hypothetical protein  21.76 
 
 		 380 aa  81.6  0.00000000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00344436  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1219  restriction modification system DNA specificity domain  25.65 
 
 		 412 aa  81.6  0.00000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4348  restriction modification system DNA specificity subunit  29.8 
 
 		 363 aa  79  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2988  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.91 
 
 		 386 aa  75.1  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4455  restriction modification system DNA specificity subunit  29.63 
 
 		 388 aa  73.9  0.000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.353509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  27.59 
 
 		 402 aa  73.2  0.000000000009  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4810  putative type I restriction-modification system specificity subunit  24.59 
 
 		 360 aa  71.2  0.00000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4454  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.25 
 
 		 406 aa  70.5  0.00000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.859615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  25.91 
 
 		 511 aa  69.7  0.00000000009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2249  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.63 
 
 		 384 aa  68.9  0.0000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.153937  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1095  hypothetical protein  24.48 
 
 		 401 aa  68.6  0.0000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  23.06 
 
 		 456 aa  68.9  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1635  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.56 
 
 		 419 aa  68.6  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0235263  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1220  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.23 
 
 		 620 aa  67.8  0.0000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0249  restriction modification system DNA specificity subunit  24.84 
 
 		 393 aa  67.8  0.0000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2176  restriction modification system DNA specificity subunit  29.86 
 
 		 444 aa  67.8  0.0000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.962317  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  22.82 
 
 		 456 aa  67.8  0.0000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  25.49 
 
 		 476 aa  67.4  0.0000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  21.11 
 
 		 429 aa  66.2  0.0000000009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2665  type I restriction-modification system specificity subunit  23.43 
 
 		 446 aa  65.9  0.000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0650221  normal  0.332066 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0333  restriction modification system DNA specificity subunit  22.69 
 
 		 371 aa  65.9  0.000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1122  restriction endonuclease S subunits-like  23.89 
 
 		 428 aa  65.5  0.000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.878738  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0871  restriction modification system DNA specificity subunit  23.83 
 
 		 211 aa  65.1  0.000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2237  restriction modification system DNA specificity subunit  23.34 
 
 		 412 aa  65.1  0.000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1103  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.61 
 
 		 400 aa  64.7  0.000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0442932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0750  restriction endonuclease S subunit  22.39 
 
 		 387 aa  63.9  0.000000004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2328  type I restriction-modification system specificity subunit  23.22 
 
 		 404 aa  62.8  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4472  restriction modification system DNA specificity subunit  21.43 
 
 		 415 aa  62.8  0.00000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.270866  normal  0.0902542 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1015  restriction modification system DNA specificity subunit  27.27 
 
 		 575 aa  62.4  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4007  restriction endonuclease S subunits-like  25.17 
 
 		 412 aa  62  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.73 
 
 		 423 aa  61.6  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  23.66 
 
 		 426 aa  60.5  0.00000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.18 
 
 		 422 aa  60.1  0.00000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3914  Restriction endonuclease S subunit  25.27 
 
 		 405 aa  59.7  0.00000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2743  type I restriction-modification system, S subunit, truncation  23.85 
 
 		 175 aa  59.7  0.0000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.441032  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  27.27 
 
 		 460 aa  58.9  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.99 
 
 		 424 aa  58.9  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17660  restriction endonuclease S subunit  21.78 
 
 		 416 aa  57.4  0.0000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  22.87 
 
 		 426 aa  57.4  0.0000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  19.81 
 
 		 390 aa  56.6  0.0000008  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12774  type I restriction/modification system specificity determinant hsdS  29.45 
 
 		 364 aa  54.3  0.000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.63 
 
 		 477 aa  54.3  0.000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  20.31 
 
 		 453 aa  53.9  0.000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4189  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.55 
 
 		 401 aa  53.5  0.000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>